genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21161053--21161135	36	2.4	36	81	4	98	51	6	1	40	1.34
21162663--21162739	28	2.7	29	82	6	104	27	18	24	29	1.98
21163222--21163301	35	2.3	36	77	14	94	30	25	18	26	1.98
21166056--21166141	36	2.7	29	69	24	75	13	12	10	62	1.54
21168981--21169054	37	2.0	37	100	0	148	35	10	10	43	1.75
21169267--21169349	28	3.0	28	85	0	121	30	27	9	32	1.89
21169268--21169374	56	1.9	56	88	3	162	29	26	11	32	1.91
21176050--21176120	28	2.5	28	86	0	88	29	28	11	30	1.91
21182824--21182868	23	1.9	24	82	13	58	66	0	31	2	1.04
21182842--21182886	18	2.5	19	82	10	51	64	0	33	2	1.06
21184737--21184783	19	2.6	18	80	10	51	31	4	21	42	1.72
21185316--21185487	43	4.0	45	76	9	171	28	14	23	33	1.94
21188567--21188652	33	2.6	33	86	0	109	19	41	11	26	1.86
21188590--21188653	33	1.9	33	96	0	119	20	42	9	28	1.83
21189452--21189495	22	2.0	22	100	0	88	40	13	0	45	1.44
21191340--21191451	36	3.1	35	80	2	125	39	16	10	33	1.84
21191340--21191451	18	6.2	18	70	4	82	39	16	10	33	1.84
21191609--21191700	44	2.1	44	81	4	105	36	22	18	21	1.95
21192464--21192503	22	1.9	22	85	10	57	22	20	2	55	1.56
21192944--21192985	13	3.2	13	81	18	52	52	2	0	45	1.13
21200429--21200468	17	2.4	17	87	4	55	67	2	2	27	1.16
21201311--21201521	113	1.9	114	81	3	264	52	17	1	27	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21201538--21201577	11	3.6	11	86	6	55	75	5	0	20	0.99
21208389--21208474	26	3.3	25	90	6	136	36	4	23	36	1.76
21208697--21209307	27	22.8	26	77	8	424	39	19	9	30	1.85
21208675--21209228	107	5.2	107	86	3	758	39	19	9	30	1.85
21208675--21209298	107	5.8	106	84	5	720	39	19	9	31	1.84
21208675--21209283	322	1.9	320	92	1	1013	39	19	9	31	1.84
21209830--21209992	27	6.0	26	82	7	191	17	23	22	36	1.95
21209830--21209992	54	3.0	54	91	1	256	17	23	22	36	1.95
21213329--21213367	20	2.0	20	85	10	53	51	2	0	46	1.14
21222807--21222861	16	3.4	16	74	18	60	36	7	1	54	1.39
21222807--21222869	32	2.0	32	96	0	117	38	7	3	50	1.47
21226877--21226920	12	3.7	12	80	19	56	68	0	31	0	0.90
21229745--21229941	48	4.1	48	88	4	290	47	11	9	31	1.72
21231035--21231139	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
21232753--21232886	26	5.2	26	97	0	250	35	26	6	31	1.82
21240273--21240307	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
21243696--21243736	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
21257665--21257760	49	2.0	49	97	0	183	40	14	7	37	1.74
21265431--21265496	23	3.2	23	62	28	56	43	3	13	39	1.60
21265421--21265499	39	2.0	39	97	0	149	45	2	13	37	1.58
21282143--21282372	3	77.3	3	67	14	84	57	2	8	31	1.42
21282098--21282158	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21282372--21282403	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
21282507--21282549	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
21283380--21283404	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
21286428--21286472	21	2.2	20	84	8	54	66	0	2	31	1.04
21286531--21286558	8	3.5	8	100	0	56	64	10	0	25	1.26
21291105--21291138	16	2.1	16	94	0	59	41	2	29	26	1.70
21295187--21295487	156	1.9	155	87	3	435	43	9	4	42	1.59
21295674--21295745	34	2.1	35	92	2	119	59	27	2	9	1.43
21296995--21297044	11	4.3	11	80	10	55	30	4	0	66	1.10
21297125--21297178	27	2.0	27	85	3	74	31	5	5	57	1.45
21302468--21302550	3	27.7	3	100	0	166	67	0	32	0	0.91
21303893--21304291	44	9.2	43	72	7	288	28	21	24	26	1.99
21303923--21304324	130	3.1	130	93	0	689	28	22	23	26	1.99
21304387--21304492	44	2.4	44	90	1	167	32	14	22	31	1.93
21304581--21304684	44	2.3	45	83	1	120	29	20	22	27	1.98
21305088--21305204	44	2.7	44	81	2	119	33	18	17	29	1.95
21305491--21305529	14	2.6	15	80	12	53	58	20	0	20	1.39
21305469--21305598	35	3.7	35	82	6	140	56	26	1	14	1.47
21310906--21310943	17	2.2	17	90	0	58	76	2	7	13	1.11
21313945--21314029	42	2.0	42	95	0	152	24	4	34	36	1.77
21322238--21322346	55	2.0	55	100	0	218	32	25	18	23	1.97
21330259--21330288	14	2.1	14	100	0	60	43	6	20	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21330295--21330322	13	2.2	13	100	0	56	42	7	21	28	1.79
21332354--21332391	3	12.0	3	89	10	58	31	0	2	65	1.06
21332338--21332388	26	2.0	26	84	0	66	31	7	1	58	1.37
21334083--21334368	132	2.2	132	88	2	423	32	18	15	33	1.92
21334084--21334472	132	3.0	131	83	1	386	30	19	15	33	1.93
21345731--21345853	41	2.8	42	79	9	131	30	19	21	28	1.97
21346022--21346307	135	2.1	139	80	7	318	33	16	20	29	1.94
21346267--21346441	89	2.0	89	91	0	287	34	22	18	23	1.96
21346267--21346478	89	2.4	89	87	0	271	33	23	18	24	1.97
21348406--21348443	3	12.0	3	89	10	58	31	0	2	65	1.06
21348390--21348440	26	2.0	26	84	0	66	31	7	1	58	1.37
21350135--21350634	132	3.8	129	79	4	477	30	19	16	33	1.94
21353111--21353162	20	2.6	20	96	0	95	21	26	30	21	1.98
21361803--21361939	31	4.4	31	96	0	247	30	25	15	28	1.96
21362622--21362688	27	2.5	26	79	11	73	22	22	19	35	1.96
21362717--21362952	27	8.7	27	79	2	186	31	9	19	39	1.84
21362720--21362985	54	4.9	54	76	5	187	30	10	19	39	1.86
21362830--21363021	80	2.4	80	78	3	190	30	10	21	37	1.87
21362984--21363129	27	5.4	27	89	3	195	37	6	26	29	1.82
21362971--21363141	54	3.2	54	76	13	156	36	8	23	32	1.84
21362964--21363147	81	2.3	81	78	4	203	35	7	24	32	1.84
21365746--21365831	43	2.0	43	95	0	154	36	19	22	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21366688--21366834	66	2.2	65	79	5	179	25	25	25	23	2.00
21369469--21369835	48	7.7	50	76	9	243	23	29	18	28	1.98
21369518--21369835	48	6.6	48	78	8	244	23	30	18	27	1.98
21369518--21369835	142	2.2	144	80	10	348	23	30	18	27	1.98
21369467--21369835	94	3.9	95	74	12	312	23	29	18	28	1.98
21372393--21372425	8	4.0	8	96	4	57	12	0	24	63	1.28
21378671--21378718	18	2.7	18	83	3	62	75	4	2	18	1.07
21386964--21386999	11	3.3	11	88	0	54	27	5	2	63	1.30
21389552--21389654	42	2.3	45	88	6	149	20	6	13	59	1.57
21389628--21389684	24	2.4	24	87	0	87	29	12	12	45	1.78
21389671--21389751	22	3.9	20	73	13	74	22	12	11	54	1.69
21389595--21389736	67	2.1	69	81	4	162	22	10	11	54	1.67
21389719--21389767	20	2.4	20	79	3	53	26	12	10	51	1.71
21392657--21392696	17	2.4	17	95	0	71	22	52	15	10	1.71
21398988--21399054	35	2.0	34	91	5	109	37	7	10	44	1.67
21399691--21399739	25	2.0	25	83	0	62	63	4	4	28	1.31
21400833--21402004	583	2.0	583	100	0	2344	36	15	12	35	1.85
21402074--21402104	13	2.4	13	94	0	53	41	12	0	45	1.42
21402756--21402934	77	2.3	77	85	6	247	41	3	36	18	1.67
21402846--21402870	13	1.9	13	100	0	50	52	0	32	16	1.44
21405960--21406011	24	2.2	24	100	0	104	48	15	21	15	1.81
21406811--21407007	102	2.0	99	87	3	286	36	22	13	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21407092--21407154	14	4.4	14	76	9	56	36	0	0	63	0.95
21407122--21407212	46	2.0	46	100	0	182	41	1	2	54	1.19
21409933--21409980	25	2.0	24	91	4	78	39	0	2	58	1.10
21409989--21410029	21	2.0	21	86	13	59	36	0	4	58	1.20
21412418--21412501	40	2.1	40	97	0	159	27	19	29	23	1.98
21427173--21427243	33	2.2	33	97	0	133	19	9	19	50	1.75
21427342--21427434	43	2.2	43	96	0	168	16	20	29	34	1.94
21436856--21437007	48	3.2	48	87	1	216	20	17	29	32	1.96
21440081--21440208	64	2.0	62	86	11	181	32	8	17	41	1.80
21440323--21440563	41	5.9	41	87	2	324	20	18	27	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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