genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57096467--57096508	3	14.0	3	89	0	66	33	4	0	61	1.17
57096860--57096892	15	2.1	16	88	11	50	36	6	3	54	1.41
57096858--57096892	17	2.1	17	94	0	61	37	5	2	54	1.39
57098914--57098957	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
57103785--57104110	44	7.6	42	71	12	198	30	20	22	26	1.98
57103961--57104122	87	1.9	87	85	2	227	30	20	22	25	1.98
57105729--57105775	20	2.3	20	86	13	62	34	2	4	59	1.29
57107486--57107515	15	2.0	15	100	0	60	33	40	6	20	1.78
57110630--57110667	17	2.2	17	90	0	58	39	2	2	55	1.28
57112021--57112066	17	2.6	17	78	21	51	36	28	2	32	1.69
57114135--57114199	5	12.6	5	78	12	60	72	1	1	24	1.02
57117306--57117349	19	2.3	19	100	0	88	15	20	0	63	1.31
57120249--57120283	19	1.9	18	88	11	54	62	5	0	31	1.18
57128819--57128869	24	2.1	25	88	3	77	72	3	0	23	1.01
57130853--57130905	24	2.2	24	82	3	61	45	15	9	30	1.77
57130862--57130910	24	2.0	24	92	0	80	38	16	12	32	1.86
57133658--57133823	43	3.9	43	82	2	174	33	25	13	26	1.94
57136753--57136788	18	2.0	18	88	0	54	55	0	22	22	1.44
57144163--57144207	22	2.0	22	91	0	72	20	31	24	24	1.98
57147565--57147672	44	2.5	42	79	5	110	25	19	25	28	1.99
57151573--57151637	31	2.1	31	97	0	121	24	10	3	61	1.43
57154431--57154490	30	2.0	30	93	0	102	25	5	15	55	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57163850--57164108	78	3.3	78	82	3	308	42	13	16	27	1.87
57166695--57166719	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
57173500--57173549	11	4.7	11	82	9	68	30	32	0	38	1.58
57173492--57173549	20	2.7	21	84	10	73	31	29	0	39	1.57
57175347--57175384	18	2.1	18	95	0	67	18	26	13	42	1.87
57178806--57179343	125	4.3	126	89	2	821	27	21	18	33	1.96
57178806--57179351	251	2.2	252	89	1	846	27	21	18	33	1.96
57179424--57179453	15	2.0	15	100	0	60	46	33	0	20	1.51
57179451--57179627	96	1.8	99	82	6	236	38	12	2	46	1.56
57181730--57181815	46	1.9	44	90	4	136	32	13	24	29	1.94
57181732--57181856	44	2.8	45	81	4	135	34	14	23	28	1.94
57188008--57189188	178	6.7	178	87	1	1559	29	21	18	30	1.97
57188388--57188484	45	2.2	45	81	7	108	29	19	19	30	1.97
57188008--57189188	355	3.3	357	87	2	1655	29	21	18	30	1.97
57188008--57189188	533	2.2	533	87	2	1633	29	21	18	30	1.97
57189101--57189188	45	2.0	45	84	4	115	31	23	17	27	1.97
57193334--57193375	19	2.2	19	83	8	50	50	14	16	19	1.79
57196833--57196890	21	2.7	21	76	10	55	67	3	5	24	1.27
57196840--57196890	22	2.3	23	80	12	63	66	3	5	23	1.30
57196972--57197038	31	2.1	32	83	8	84	35	10	10	43	1.73
57198887--57198915	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
57201472--57201513	21	2.0	21	86	4	59	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57201477--57201525	20	2.4	20	82	3	53	36	4	2	57	1.30
57203238--57203282	20	2.2	20	92	7	74	33	0	2	64	1.06
57211340--57211387	18	2.5	21	83	12	59	31	0	2	66	1.03
57213017--57213048	16	2.0	16	100	0	64	56	6	6	31	1.49
57214435--57214475	17	2.4	18	84	15	61	75	0	7	17	1.02
57214436--57214475	16	2.5	16	88	11	64	77	0	7	15	0.98
57215591--57215620	11	2.6	12	89	10	53	40	0	0	60	0.97
57215650--57215713	32	2.0	32	81	6	76	50	10	9	29	1.69
57218376--57218410	16	2.2	16	89	0	52	34	0	0	65	0.93
57221519--57221543	12	2.1	12	100	0	50	68	0	24	8	1.16
57224347--57224401	23	2.4	23	96	0	101	36	21	20	21	1.95
57227192--57227259	30	2.3	30	89	0	100	20	32	23	23	1.98
57228199--57228344	50	3.0	49	83	6	179	25	26	20	28	1.99
57231773--57231803	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
57231883--57231913	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
57236506--57236544	21	1.9	20	84	5	51	48	12	5	33	1.63
57246329--57246359	5	6.0	5	92	7	53	22	19	0	58	1.40
57246329--57246401	16	4.4	16	79	16	69	30	12	0	57	1.35
57246386--57246447	19	3.4	18	76	12	65	25	6	1	66	1.25
57246472--57246519	5	9.0	5	82	13	51	29	18	0	52	1.46
57246508--57246548	20	2.1	20	86	4	57	19	7	2	70	1.22
57246618--57246674	26	2.2	25	82	14	71	28	8	0	63	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57246692--57246791	25	4.1	24	72	10	78	27	8	3	62	1.38
57246636--57246788	47	3.3	46	81	9	184	28	9	1	60	1.40
57251795--57251834	21	1.9	21	84	0	53	25	7	27	40	1.82
57253400--57253606	43	4.8	43	84	0	261	29	28	15	25	1.96
57255362--57255613	126	2.0	125	98	0	486	27	19	17	35	1.94
57257243--57257315	33	2.2	33	81	11	87	0	43	2	53	1.15
57258115--57258186	14	5.1	14	78	9	67	38	41	0	19	1.52
57258115--57258169	7	8.0	7	84	9	60	38	41	0	20	1.52
57258737--57258996	122	2.1	123	92	3	427	20	22	24	33	1.97
57258737--57258996	41	6.4	41	91	0	423	20	22	24	33	1.97
57259052--57259077	12	2.2	12	100	0	52	46	23	15	15	1.83
57261241--57261299	25	2.3	25	82	2	73	30	22	6	40	1.79
57261256--57261313	25	2.3	25	90	0	89	24	17	6	51	1.69
57266660--57266702	22	2.0	22	90	0	68	34	23	27	13	1.93
57268649--57268732	40	2.2	38	84	4	105	29	30	11	27	1.92
57269213--57269243	5	6.2	5	92	0	53	74	0	3	22	0.96
57269429--57269708	139	2.0	139	99	0	551	35	8	11	45	1.70
57274066--57274117	23	2.3	23	100	0	104	38	0	13	48	1.43
57274075--57274130	13	4.5	13	82	13	82	37	0	14	48	1.44
57274075--57274153	36	2.2	36	93	0	131	40	1	11	46	1.48
57274611--57274709	47	2.1	47	90	0	153	25	16	31	27	1.96
57276677--57276779	25	4.2	25	72	10	86	17	26	23	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57279050--57279207	43	3.7	43	76	9	128	29	27	18	24	1.98
57281390--57281422	14	2.4	14	94	0	57	30	6	24	39	1.79
57285305--57285359	27	2.0	27	100	0	110	52	10	14	21	1.72
57290033--57290065	11	3.1	11	86	8	50	54	0	6	39	1.25
57290033--57290080	20	2.3	21	85	3	62	60	0	6	33	1.22
57292179--57292286	53	2.0	53	83	3	137	34	26	13	25	1.93
57292896--57292984	24	3.7	24	89	0	124	39	6	14	39	1.73
57294436--57294566	6	21.8	6	96	0	244	51	15	0	33	1.44
57298524--57298604	26	3.2	26	92	3	146	34	28	7	29	1.84
57299392--57299456	3	22.3	3	81	12	82	35	0	1	63	1.04
57299397--57299486	36	2.4	37	87	5	128	35	1	4	58	1.25
57299770--57299901	40	3.3	39	76	11	124	64	6	2	26	1.30
57299836--57299876	18	2.2	18	86	4	55	63	0	4	31	1.15
57299864--57299902	12	3.2	12	89	7	53	69	2	0	28	1.02
57300161--57300220	23	2.6	23	83	0	84	46	5	13	35	1.65
57301367--57301430	21	2.9	23	74	9	78	14	15	21	48	1.80
57305275--57305338	32	2.0	32	100	0	128	31	12	15	40	1.85
57306224--57306257	18	1.9	18	88	5	52	38	2	2	55	1.30
57308091--57308282	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
57308062--57308281	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
57311936--57312044	51	2.1	52	91	1	175	44	7	21	27	1.78
57313331--57313404	38	1.9	38	97	0	139	52	0	21	25	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57313457--57313493	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
57313590--57313672	41	2.0	40	82	11	98	62	1	4	31	1.23
57317639--57317688	25	2.0	26	84	11	68	12	10	14	64	1.51
57321907--57322007	28	3.5	28	72	19	89	25	27	19	26	1.99
57321905--57322043	60	2.3	59	82	8	156	26	25	19	28	1.99
57322036--57322090	19	2.8	19	76	17	51	34	25	16	23	1.95
57327400--57327442	22	1.9	23	81	13	54	41	27	2	27	1.68
57331996--57332027	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
57332054--57332093	18	2.2	18	100	0	80	57	5	0	37	1.21
57340664--57340698	17	2.1	17	94	0	61	28	8	22	40	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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