genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60573487--60574684	594	2.0	598	95	1	2145	34	17	17	30	1.93
60575459--60577000	771	2.0	771	99	0	3066	32	22	19	25	1.97
60580767--60580793	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
60585233--60585278	14	3.1	15	81	9	58	30	15	4	50	1.63
60585625--60585676	24	2.2	24	86	6	70	28	23	26	21	1.99
60587575--60587724	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
60587547--60587724	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
60587548--60587703	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
60595610--60595787	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
60595610--60595787	54	3.3	55	82	5	218	26	15	28	29	1.96
60595611--60595766	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60595607--60595787	82	2.2	81	83	2	229	26	15	28	29	1.96
60599626--60599735	37	2.8	39	71	9	98	29	26	18	26	1.98
60600553--60600593	14	3.0	14	85	7	57	0	29	0	70	0.87
60601124--60601430	169	1.8	169	90	1	490	34	10	15	39	1.82
60602275--60602536	125	2.1	127	82	5	316	37	16	10	34	1.84
60602705--60603121	3	139.3	3	67	17	95	60	2	8	28	1.40
60602697--60602754	20	2.9	20	84	5	73	65	0	6	27	1.18
60602824--60603050	14	15.7	14	65	19	58	62	2	7	26	1.36
60602877--60603050	20	8.6	20	65	8	64	63	2	6	27	1.33
60603548--60603592	12	3.9	12	82	11	67	8	0	46	44	1.34
60603539--60603597	22	2.5	22	91	8	91	8	0	49	42	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60604080--60604367	134	2.2	133	82	3	328	28	23	18	29	1.97
60604115--60604367	133	1.9	134	85	2	348	29	24	16	30	1.96
60604115--60604408	133	2.2	134	82	1	340	28	23	17	29	1.97
60604061--60604540	45	10.8	45	70	8	230	27	24	18	29	1.98
60604114--60604561	44	10.1	44	70	4	157	27	24	18	29	1.98
60604346--60604673	177	1.8	178	86	7	479	26	22	21	29	1.99
60604515--60604939	133	3.2	132	90	2	636	25	21	21	31	1.98
60604346--60604717	177	2.1	177	83	5	448	26	22	21	29	1.99
60604443--60604939	266	1.9	266	82	3	642	25	21	21	31	1.98
60604733--60605084	177	2.0	177	83	4	442	25	20	20	33	1.97
60604910--60605006	44	2.2	44	78	7	106	26	22	19	30	1.98
60604515--60605029	266	1.9	266	80	2	595	25	21	21	31	1.98
60606323--60606355	7	4.7	7	100	0	66	0	12	0	87	0.53
60606323--60606369	21	2.2	21	85	7	60	0	10	4	85	0.74
60611300--60611553	125	2.0	127	83	4	318	38	16	11	33	1.84
60611727--60611764	20	1.9	20	89	10	60	63	2	7	26	1.35
60611835--60612052	3	73.7	3	66	19	66	61	2	9	26	1.38
60611986--60612049	23	2.8	23	81	9	78	62	0	9	28	1.26
60612578--60612611	10	3.2	10	84	15	50	8	0	50	41	1.34
60612566--60612611	22	2.1	22	95	0	83	10	0	45	43	1.39
60612565--60612609	12	3.9	12	85	11	67	11	0	42	46	1.39
60626098--60626136	20	2.1	19	90	9	62	56	5	5	33	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60626569--60626635	3	22.3	3	78	6	73	59	1	7	31	1.34
60632176--60632200	11	2.3	11	100	0	50	40	8	16	36	1.77
60633308--60633443	53	2.6	51	82	12	159	35	13	24	26	1.93
60636255--60636500	122	2.0	124	93	3	426	45	13	6	34	1.70
60636541--60636604	31	2.1	31	88	2	94	59	14	4	21	1.53
60637392--60637416	13	1.9	13	100	0	50	56	28	0	16	1.41
60641586--60641629	21	2.1	21	91	0	70	25	13	25	36	1.92
60654916--60655344	226	1.9	226	90	0	680	38	17	17	27	1.91
60655587--60655685	47	2.1	47	81	7	112	39	10	18	32	1.84
60657962--60658034	25	2.9	25	81	4	76	23	23	26	27	2.00
60659930--60659964	18	1.9	18	88	0	52	34	17	14	34	1.90
60659910--60660193	36	7.7	36	71	13	159	37	14	11	35	1.84
60660003--60660193	18	10.6	18	73	12	151	37	15	12	35	1.84
60660004--60660204	72	2.8	71	79	7	203	36	14	11	36	1.84
60660362--60660395	6	5.7	6	92	0	50	47	17	20	14	1.83
60670661--60670685	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
60673471--60673530	29	2.0	30	84	9	79	45	6	11	36	1.67
60676477--60676511	18	1.9	18	94	0	61	40	5	0	54	1.24
60682063--60682089	12	2.2	12	100	0	54	14	7	29	48	1.71
60686100--60686183	45	1.9	44	85	4	116	32	17	23	26	1.97
60686221--60686273	22	2.4	23	81	6	56	28	9	33	28	1.88
60689174--60689228	25	2.2	25	93	0	92	21	25	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60691293--60691423	60	2.2	61	87	1	183	25	19	31	23	1.98
60693394--60693461	27	2.5	26	76	21	68	69	0	8	22	1.16
60694784--60694840	29	1.9	30	89	3	89	56	22	1	19	1.51
60695953--60695990	19	2.0	19	100	0	76	26	26	5	42	1.76
60700200--60700310	54	2.1	54	89	3	170	31	4	40	23	1.75
60701552--60701633	39	2.0	40	95	4	148	47	2	7	42	1.44
60706090--60706116	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
60710552--60710705	43	3.6	43	75	14	131	24	17	25	32	1.97
60717763--60717811	23	2.3	21	83	13	64	18	55	18	8	1.67
60719919--60720199	129	2.1	131	82	7	338	30	19	17	32	1.95
60723742--60723900	3	54.0	3	68	16	75	64	3	5	27	1.31
60731638--60731772	70	1.9	70	98	0	261	54	17	4	23	1.61
60733879--60733958	38	2.1	38	81	9	92	41	2	2	53	1.27
60743826--60743860	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
60745793--60745834	21	2.0	21	86	9	59	19	0	7	73	1.05
60746236--60746285	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
60746597--60746642	21	2.2	21	84	0	56	67	6	4	21	1.32
60747549--60747580	14	2.3	14	94	0	55	87	0	3	9	0.64
60753342--60753377	5	7.2	5	93	0	54	19	25	19	36	1.95
60754006--60754059	26	2.0	27	89	3	83	42	24	3	29	1.72
60758621--60758797	50	3.5	49	89	3	264	36	15	21	26	1.93
60758773--60758859	31	2.8	31	89	0	138	27	19	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60758858--60758886	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
60758938--60759092	42	3.7	42	90	3	233	31	14	25	27	1.95
60762100--60762394	155	1.9	156	85	1	405	38	10	18	31	1.85
60763529--60763566	18	2.1	19	85	5	51	47	2	2	47	1.30
60764187--60764221	16	2.2	16	85	5	54	20	11	0	68	1.20
60764188--60764221	15	2.3	15	90	10	52	20	11	0	67	1.21
60780734--60780767	6	5.7	6	100	0	68	85	0	0	14	0.60
60787543--60787585	18	2.4	18	88	0	59	9	13	6	69	1.35
60788696--60788741	20	2.4	19	82	13	58	19	2	4	73	1.10
60788690--60788741	20	2.7	18	80	16	52	21	1	3	73	1.10
60793406--60793503	49	2.0	49	87	0	142	39	17	17	25	1.91
60796961--60797017	28	2.0	28	100	0	114	31	17	0	50	1.46
60799389--60799428	21	1.9	21	85	10	55	37	15	17	30	1.90
60799389--60799421	11	3.1	11	86	8	50	39	18	15	27	1.90
60799388--60799438	21	2.5	20	78	9	50	39	13	13	33	1.84
60799484--60799543	25	2.4	25	91	0	93	23	26	21	28	1.99
60799499--60799570	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
60807126--60807197	25	2.9	24	87	6	99	25	25	23	26	2.00
60808266--60808387	47	2.6	47	90	0	199	27	26	21	24	1.99
60808212--60808433	46	4.8	47	78	12	194	27	27	21	22	1.99
60814215--60815184	93	10.4	93	98	0	1841	28	27	21	23	1.99
60823911--60823945	14	2.5	14	95	0	61	20	11	14	54	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60824362--60824394	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
60828964--60829023	6	11.4	5	77	19	52	21	3	0	75	0.95
60831936--60831968	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
60851445--60851493	21	2.3	22	82	7	64	57	12	10	20	1.64
60863791--60863851	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
60864734--60864879	72	2.0	72	100	0	292	29	19	20	30	1.97
60867921--60867977	21	2.7	21	94	0	96	21	24	33	21	1.97
60872803--60873044	86	2.8	86	95	0	423	36	18	14	30	1.91
60873335--60873389	27	2.0	27	92	0	92	40	27	20	12	1.88
60880328--60880701	187	2.0	187	100	0	748	31	9	20	38	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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