genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22020760--22020806	21	2.2	21	88	0	67	46	31	2	19	1.61
22021392--22021463	22	3.6	22	67	30	61	22	1	26	50	1.58
22021500--22021834	41	8.2	41	87	3	451	20	23	23	33	1.97
22025825--22025932	26	4.2	26	89	0	171	37	23	6	33	1.80
22028009--22028057	25	1.9	26	84	12	66	32	0	22	44	1.53
22037961--22037996	16	2.2	16	100	0	72	44	25	11	19	1.83
22040451--22040508	27	2.1	28	84	9	75	3	5	34	56	1.38
22040470--22040518	25	2.0	25	87	0	71	4	2	26	67	1.19
22042650--22042740	27	3.4	27	83	3	94	24	16	14	45	1.84
22044204--22044518	49	6.6	49	76	7	272	25	24	13	37	1.91
22044248--22044516	145	1.8	146	82	7	341	24	24	13	37	1.91
22049092--22049151	29	2.0	29	83	3	75	53	5	0	41	1.23
22049680--22049723	12	3.4	12	79	14	52	36	0	0	63	0.95
22051970--22052011	20	2.1	20	86	0	57	54	7	14	23	1.64
22052374--22052411	18	2.2	17	86	9	51	44	2	28	23	1.67
22052481--22052543	19	3.5	18	78	12	67	49	6	15	28	1.69
22053317--22053415	34	2.9	33	86	5	126	45	19	8	27	1.78
22055031--22055063	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
22055031--22055064	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
22055320--22055395	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
22055349--22055446	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
22055356--22055446	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22055797--22056070	45	6.1	45	78	8	279	25	28	15	30	1.96
22055811--22055980	89	1.9	89	91	0	277	26	31	14	28	1.95
22056010--22056304	78	3.8	78	89	1	457	25	22	18	33	1.97
22064593--22064625	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
22064593--22064626	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
22064882--22064939	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
22064918--22064954	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
22064921--22064962	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
22066367--22066413	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
22066384--22066462	19	4.2	19	87	9	117	35	16	8	39	1.80
22066384--22066456	36	2.0	38	91	5	123	35	15	9	39	1.80
22067201--22067558	84	4.3	85	82	12	447	24	22	24	29	1.99
22067201--22067558	165	2.1	165	87	9	505	24	22	24	29	1.99
22068508--22068565	8	7.7	7	81	11	62	0	20	0	79	0.74
22068508--22068566	16	3.8	16	78	12	70	0	20	0	79	0.73
22068508--22068570	23	2.8	23	90	2	101	0	19	0	80	0.70
22072746--22072843	19	5.2	19	87	7	146	36	16	9	37	1.80
22072748--22072843	36	2.5	37	86	10	131	36	16	9	37	1.81
22076967--22077004	19	2.0	19	100	0	76	26	5	36	31	1.79
22084913--22089665	592	8.0	593	94	0	8124	24	15	22	37	1.93
22089986--22090044	16	3.7	15	80	8	64	49	13	22	15	1.79
22090151--22090186	18	2.0	18	89	10	56	25	8	38	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22090255--22090401	57	2.6	55	84	9	172	27	14	32	25	1.94
22090255--22090406	29	5.3	29	81	7	170	26	14	32	26	1.95
22094994--22095061	17	3.7	18	82	7	84	36	11	11	39	1.79
22095180--22095218	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
22095410--22095609	45	4.5	45	84	3	233	23	26	16	34	1.95
22095427--22095590	89	1.8	89	89	0	256	25	27	15	31	1.96
22095622--22095917	78	3.8	78	88	1	450	26	23	18	31	1.98
22107515--22107558	21	2.0	22	86	4	63	43	15	4	36	1.68
22107515--22107571	22	2.6	22	86	2	71	40	17	5	36	1.72
22107543--22107640	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
22107550--22107640	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
22111493--22111625	56	2.4	56	92	0	212	36	25	12	25	1.92
22115506--22115654	33	4.4	35	70	10	110	32	26	12	28	1.92
22119853--22119914	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
22119938--22119980	22	2.0	22	90	0	68	74	2	2	20	1.04
22120007--22120042	18	2.0	18	88	0	54	61	0	8	30	1.26
22120168--22120281	40	3.1	39	68	24	111	50	7	9	32	1.64
22120140--22120281	71	2.0	72	95	2	259	51	7	8	33	1.59
22120321--22120568	125	2.0	130	88	9	388	51	2	7	38	1.43
22122384--22126036	206	17.7	206	93	0	5809	28	23	17	29	1.97
22137168--22137222	26	2.1	26	100	0	110	41	29	10	18	1.84
22137174--22137231	26	2.2	26	87	6	82	41	27	12	18	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22138048--22138093	17	2.6	17	82	3	56	21	41	19	17	1.90
22140149--22140177	13	2.2	13	100	0	58	44	0	6	48	1.29
22145900--22146058	27	5.9	27	82	11	184	34	22	24	18	1.96
22145918--22146061	54	2.7	54	94	2	245	34	23	24	17	1.96
22146448--22146481	8	4.2	8	84	0	50	2	23	23	50	1.63
22147664--22147771	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
22151682--22151730	22	2.2	22	100	0	98	26	4	22	46	1.69
22151682--22151793	22	5.0	22	74	14	86	28	7	20	43	1.78
22151642--22151768	68	1.9	68	91	0	209	25	7	22	44	1.78
22151704--22151792	46	1.9	46	90	0	142	28	7	20	43	1.79
22151642--22151793	68	2.2	68	87	2	198	27	7	21	44	1.78
22152128--22152158	14	2.2	14	100	0	62	41	19	6	32	1.77
22153222--22153287	23	3.0	23	73	6	64	18	18	21	42	1.89
22159201--22159260	17	3.4	18	73	15	54	68	3	1	26	1.15
22159316--22159350	15	2.2	16	90	5	54	65	0	0	34	0.93
22159657--22159781	3	40.3	3	68	20	62	61	1	4	32	1.24
22159659--22159777	30	4.1	29	73	14	102	61	1	4	32	1.25
22159712--22159774	7	8.9	7	77	16	58	61	1	1	34	1.15
22161266--22161294	13	2.2	13	100	0	58	20	13	0	65	1.26
22164649--22164674	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
22167168--22167235	33	2.1	33	100	0	136	54	8	8	27	1.61
22180119--22180148	12	2.4	12	94	5	51	80	3	16	0	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22191119--22191158	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
22191933--22192014	39	2.1	40	90	6	132	34	17	23	25	1.96
22199204--22199327	63	2.0	63	90	0	194	35	12	23	28	1.92
22201862--22201895	8	4.4	8	92	3	52	88	2	0	8	0.62
22203065--22203129	33	2.0	33	90	0	103	26	12	21	40	1.88
22214098--22214159	29	2.1	30	88	8	92	25	3	9	61	1.42
22214993--22215044	10	5.6	9	76	13	52	65	1	0	32	1.04
22218327--22218413	43	2.0	43	100	0	174	40	11	6	41	1.68
22236029--22236596	43	13.2	43	67	11	250	20	22	21	35	1.96
22236028--22236315	129	2.2	130	90	2	454	20	22	23	33	1.97
22236164--22236592	87	5.0	86	87	2	533	19	23	22	34	1.96
22236032--22236481	216	2.1	217	81	6	538	20	22	22	34	1.97
22256109--22256210	47	2.2	47	85	3	134	34	29	12	23	1.92
22257865--22257927	33	1.9	32	84	9	83	28	14	25	31	1.95
22259495--22259533	20	2.0	20	85	10	53	41	5	10	43	1.61
22267805--22268334	48	11.0	48	88	0	763	34	6	26	33	1.82
22267805--22268334	96	5.5	96	97	0	943	34	6	26	33	1.82
22268475--22268577	37	2.8	37	95	0	179	23	20	31	25	1.98
22271073--22271112	21	1.9	21	84	0	53	50	10	5	35	1.58
22272953--22272978	12	2.2	12	100	0	52	38	15	15	30	1.88
22274728--22274761	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
22283095--22283123	12	2.3	13	94	5	51	27	3	0	68	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22303538--22303656	61	2.0	61	96	0	220	22	18	22	36	1.95
22309047--22309103	29	2.0	29	89	0	87	33	1	0	64	1.04
22309135--22309317	12	16.1	12	72	21	112	31	1	1	65	1.09
22309135--22309312	29	6.6	27	75	18	124	31	1	1	66	1.06
22309144--22309312	5	34.6	5	69	23	85	31	1	0	66	1.03
22309154--22309309	23	7.0	23	73	18	125	31	1	0	66	1.04
22309152--22309309	80	2.0	82	87	7	234	31	1	0	67	1.04
22309810--22309938	66	2.0	66	80	11	149	28	5	14	51	1.65
22321373--22322142	90	8.5	90	88	1	1051	31	14	26	28	1.95
22323557--22323614	29	2.0	30	89	3	91	32	0	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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