genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81507136--81507393	43	6.0	43	80	1	160	29	25	17	28	1.97
81507504--81507541	19	2.0	19	85	10	51	57	31	2	7	1.41
81511099--81511185	9	9.9	9	77	12	58	34	1	16	48	1.54
81518956--81519017	18	3.4	18	71	8	63	33	0	22	43	1.54
81520353--81520419	32	2.1	31	86	8	91	40	1	1	56	1.17
81526902--81526948	18	2.5	19	83	13	62	38	2	31	27	1.69
81527194--81527399	110	1.9	110	81	2	252	27	16	19	35	1.94
81527718--81527806	7	12.7	7	74	0	70	42	34	2	20	1.64
81527734--81527806	28	2.6	28	80	10	87	43	32	1	21	1.61
81527966--81528017	21	2.5	21	78	6	52	57	26	0	15	1.38
81527969--81528073	50	2.1	49	81	13	117	54	28	0	17	1.43
81528042--81528117	15	5.2	15	78	10	86	52	27	0	19	1.46
81527969--81528117	22	7.0	21	68	14	74	53	27	0	19	1.46
81527978--81528089	7	15.6	7	71	15	52	54	26	0	18	1.44
81528034--81528116	7	11.6	7	73	10	60	51	26	0	21	1.48
81539406--81539533	39	3.5	39	75	20	168	48	24	6	21	1.73
81539360--81539540	68	2.7	68	98	0	346	46	23	7	21	1.77
81540153--81540193	21	2.0	21	95	0	73	31	29	14	24	1.95
81544651--81544874	112	2.0	112	98	0	432	37	16	13	33	1.88
81545745--81545801	30	1.9	29	85	3	78	36	0	43	19	1.51
81546013--81546049	9	4.1	9	85	0	56	27	10	16	45	1.80
81546244--81546335	30	3.1	29	76	7	94	31	14	6	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81547847--81547912	20	3.3	20	77	8	71	34	1	0	63	1.04
81549117--81549157	21	1.9	21	95	5	73	19	2	4	73	1.13
81549118--81549167	20	2.5	20	87	9	66	22	2	4	72	1.12
81550735--81550861	45	3.0	42	82	10	125	22	28	22	25	1.99
81551064--81551313	127	2.0	127	100	0	500	34	23	10	31	1.89
81551305--81551450	43	3.4	43	88	1	215	30	32	23	13	1.92
81555221--81555344	45	2.8	44	79	8	121	22	28	24	25	2.00
81555677--81555852	43	4.1	43	88	1	248	30	31	23	14	1.94
81577478--81577518	21	2.0	21	85	0	55	21	29	19	29	1.98
81583999--81584082	37	2.2	40	85	8	113	35	29	15	19	1.92
81585998--81586143	53	2.8	53	85	4	204	26	26	13	34	1.93
81586573--81586605	16	2.0	17	88	5	50	48	18	6	27	1.71
81589772--81589820	19	2.7	18	81	12	55	48	6	2	42	1.39
81590912--81590936	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
81591013--81591046	17	2.0	17	100	0	68	41	11	11	35	1.78
81594514--81594725	40	5.3	40	87	3	295	27	27	21	23	1.99
81607196--81607329	65	2.1	65	97	1	252	39	10	16	33	1.83
81607859--81608463	45	14.1	45	70	19	375	29	20	24	25	1.99
81607904--81608341	127	3.4	127	93	0	714	30	21	23	24	1.99
81608076--81608475	209	1.9	210	92	0	676	30	20	24	25	1.99
81608203--81608418	82	2.6	82	91	0	342	29	21	24	24	1.99
81607793--81608446	254	2.6	254	76	12	778	29	20	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81619994--81620071	4	18.0	4	75	15	66	46	2	0	51	1.14
81619995--81620073	27	3.0	27	90	3	126	44	2	0	53	1.14
81624640--81624693	19	2.9	19	86	8	67	40	0	5	53	1.24
81629368--81629484	46	2.6	44	89	8	164	28	21	29	21	1.98
81643892--81644011	48	2.9	38	71	21	114	29	15	25	30	1.95
81656642--81656680	20	1.9	21	94	5	71	12	23	23	41	1.88
81658655--81658688	2	17.0	2	93	0	59	2	0	47	50	1.16
81664741--81664784	21	2.1	21	95	0	79	40	2	22	34	1.67
81671849--81671909	16	3.9	16	68	12	54	42	14	13	29	1.84
81683382--81683438	29	2.0	29	96	0	105	42	17	10	29	1.83
81702462--81702495	5	6.8	5	89	0	50	20	58	14	5	1.57
81704965--81705104	65	2.2	64	87	3	192	26	0	25	47	1.52
81704979--81705104	64	2.0	65	88	1	191	27	0	24	47	1.52
81705148--81705221	29	2.6	29	80	0	94	35	5	22	36	1.78
81707161--81707223	31	2.0	31	93	0	108	14	42	22	20	1.88
81709390--81709461	36	2.0	36	94	0	126	37	1	15	45	1.55
81711227--81712616	281	4.9	281	82	4	1510	40	12	7	40	1.70
81713252--81713301	1	50.0	1	91	0	55	90	0	2	0	0.25
81715519--81715613	15	6.5	15	77	7	61	36	5	41	16	1.71
81715573--81715613	21	2.0	21	95	0	73	31	7	43	17	1.76
81725941--81726085	52	2.7	55	78	3	161	38	19	22	20	1.93
81726323--81726398	37	2.1	37	92	0	125	34	27	15	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81728545--81728762	45	4.8	45	80	3	215	38	18	19	23	1.93
81728725--81728840	46	2.5	46	90	1	180	46	15	21	16	1.84
81730830--81730870	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
81730911--81730968	30	1.9	30	85	0	80	25	5	12	56	1.56
81731093--81731126	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
81733165--81733312	41	3.4	43	77	10	142	28	28	16	26	1.97
81734930--81734958	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
81736081--81736120	21	1.9	21	89	0	62	52	20	0	27	1.46
81736995--81737368	182	2.0	182	92	1	622	30	24	14	31	1.94
81743077--81743200	47	2.6	48	87	2	187	35	25	20	17	1.95
81746194--81746248	28	2.0	28	96	0	101	45	5	23	25	1.74
81752413--81752487	35	2.1	36	90	2	116	50	5	14	29	1.65
81755547--81755635	43	2.1	43	82	2	108	30	24	21	23	1.99
81756006--81756045	20	2.0	20	85	4	55	60	5	12	22	1.52
81759695--81759742	25	1.9	25	95	0	87	33	10	12	43	1.77
81762062--81762114	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
81763600--81763683	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
81765599--81765667	29	2.5	26	78	21	77	23	21	17	37	1.94
81765620--81765781	28	5.6	29	85	4	175	34	23	14	27	1.94
81765625--81765781	58	2.7	58	80	8	183	35	22	14	27	1.93
81767714--81767803	43	2.1	43	97	0	171	37	11	14	36	1.82
81767894--81767924	10	3.2	10	95	4	55	38	0	29	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81769580--81769661	43	1.9	43	100	0	164	39	4	4	51	1.45
81775827--81775898	25	2.9	25	79	2	83	23	22	22	31	1.98
81782796--81782890	25	3.8	25	75	10	88	23	23	23	30	1.99
81783363--81783414	20	2.6	20	90	0	86	23	25	0	51	1.48
81785238--81785285	23	2.1	23	100	0	96	45	20	8	25	1.79
81786432--81786509	40	2.0	40	84	0	102	29	19	23	28	1.98
81786983--81787105	22	5.6	22	77	7	124	22	0	33	43	1.54
81786983--81787103	15	8.3	14	73	8	71	22	0	33	44	1.53
81786976--81787131	22	7.1	22	69	11	77	25	0	29	45	1.54
81787115--81787153	15	2.6	15	83	0	51	23	0	28	48	1.51
81786922--81787131	66	3.2	66	93	3	334	23	0	30	45	1.53
81787186--81787234	22	2.2	22	81	0	53	22	0	42	34	1.54
81786922--81787263	7	46.4	7	68	11	94	22	0	33	43	1.56
81787210--81787275	30	2.2	30	100	0	132	21	0	39	39	1.53
81790260--81790312	24	2.2	24	96	0	97	43	3	3	49	1.38
81796287--81796315	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
81796722--81796771	21	2.4	21	86	0	73	28	18	50	4	1.65
81801668--81801718	23	2.2	23	92	0	84	43	5	25	25	1.77
81802112--81802138	7	3.9	7	100	0	54	59	11	0	29	1.32
81810035--81810074	19	2.1	19	85	0	53	20	22	0	57	1.41
81810863--81810968	53	2.0	53	92	0	176	18	20	22	37	1.94
81811773--81811815	20	2.3	19	80	11	54	53	4	2	39	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81819546--81819621	11	6.8	11	70	24	52	55	2	1	40	1.22
81819546--81819621	37	2.1	36	85	11	102	55	2	1	40	1.22
81823479--81823528	25	2.0	25	84	0	64	26	18	16	40	1.90
81838381--81838430	15	3.2	15	75	10	55	38	4	2	56	1.30
81838669--81838758	45	2.0	44	87	6	128	34	28	5	31	1.80
81838738--81838770	16	2.1	16	94	0	57	24	36	6	33	1.80
81840782--81840818	9	4.1	9	90	10	58	56	0	0	43	0.99
81842142--81842311	86	2.0	86	97	0	322	30	20	27	21	1.98
81842144--81842311	42	4.0	42	94	3	300	29	20	27	22	1.98
81842686--81842748	21	3.0	21	95	0	108	0	52	17	30	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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