genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85435238--85435499	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
85451874--85452097	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
85451878--85452097	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
85456425--85456461	13	2.8	13	91	0	56	24	35	32	8	1.85
85458808--85458931	43	2.9	43	91	0	194	26	13	25	33	1.93
85458818--85458967	43	3.5	41	82	8	158	26	14	24	34	1.94
85458807--85459000	86	2.3	85	76	7	196	29	14	23	32	1.94
85462769--85462819	16	3.0	17	77	8	50	49	0	0	50	1.00
85465582--85465609	8	3.5	8	100	0	56	0	10	0	89	0.49
85471327--85471377	16	3.0	17	77	8	50	49	0	0	50	1.00
85481950--85482098	76	2.0	76	94	0	262	27	4	26	41	1.75
85484117--85484194	34	2.3	34	86	4	104	26	21	21	29	1.99
85484423--85484513	44	2.1	44	100	0	182	24	8	15	51	1.71
85484502--85484541	21	1.9	21	100	0	80	20	17	12	50	1.78
85487935--85487969	18	1.9	18	94	0	61	11	8	0	80	0.92
85488877--85488922	23	2.0	23	100	0	92	17	39	17	26	1.91
85488877--85488916	13	3.3	13	73	20	50	17	40	15	27	1.89
85490924--85490952	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
85495702--85495759	27	2.1	27	83	3	71	36	24	20	18	1.95
85496371--85496565	27	7.2	27	84	3	223	26	20	17	35	1.94
85496374--85496565	54	3.6	54	87	2	262	26	20	17	35	1.94
85500382--85500437	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85506643--85506741	27	3.7	26	85	4	117	31	21	27	20	1.98
85507128--85507157	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
85508337--85508444	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
85511934--85512048	56	2.1	56	98	0	221	31	10	15	42	1.81
85514667--85514702	18	1.9	18	88	5	54	11	8	5	75	1.19
85526276--85526327	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
85526186--85526346	72	2.3	69	86	5	209	33	21	25	19	1.97
85526787--85526840	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
85526841--85526984	27	5.4	27	82	1	157	25	19	18	36	1.95
85526855--85526984	54	2.4	53	83	7	174	26	18	19	36	1.94
85534433--85534578	27	5.4	27	78	0	139	25	18	19	36	1.95
85545567--85545666	33	3.0	33	81	7	112	28	27	20	25	1.99
85549499--85549581	27	3.1	27	82	1	87	38	20	9	31	1.85
85549570--85549780	27	7.8	27	87	2	244	28	24	9	37	1.86
85549759--85549887	27	4.8	27	80	7	120	38	20	9	31	1.84
85549557--85549791	54	4.4	54	79	5	143	31	23	8	36	1.86
85549773--85549887	27	4.3	26	81	9	133	40	18	9	31	1.82
85549773--85549887	54	2.2	53	85	4	151	40	18	9	31	1.82
85550772--85550797	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
85558231--85558289	27	2.1	28	96	3	111	49	16	11	22	1.78
85559599--85559764	43	3.8	43	74	6	147	25	25	20	28	1.99
85559740--85560496	44	17.5	44	70	13	408	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85559707--85559938	86	2.7	86	89	3	324	28	22	21	27	1.99
85559784--85559938	42	3.6	42	72	17	131	29	21	21	27	1.99
85559821--85560278	129	3.5	129	93	2	740	27	24	18	28	1.98
85559912--85560631	88	8.3	88	70	12	432	27	24	18	29	1.98
85560258--85560653	130	3.0	130	85	0	522	27	24	19	29	1.98
85560039--85560496	218	2.1	217	91	0	729	27	25	17	29	1.98
85560534--85560724	45	4.3	45	70	12	126	24	26	20	29	1.99
85573526--85573791	46	5.8	45	77	15	265	22	20	27	29	1.99
85573523--85573740	47	4.7	47	78	13	238	23	20	27	28	1.99
85573523--85573786	93	2.8	93	95	0	465	22	20	28	28	1.99
85574016--85574053	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
85587551--85587595	6	7.5	6	92	0	72	13	4	0	82	0.82
85587549--85587595	24	2.0	24	95	0	85	12	6	0	80	0.88
85587562--85587605	17	2.5	18	81	7	54	15	6	2	75	1.12
85588079--85588119	17	2.3	19	84	16	52	31	4	17	46	1.69
85590409--85590437	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
85594938--85594971	18	1.9	17	88	5	50	50	14	11	23	1.76
85594959--85594996	12	3.2	12	78	14	51	55	13	13	18	1.69
85595163--85595271	27	4.1	26	85	5	137	38	22	22	17	1.93
85595911--85596077	27	6.2	27	80	2	174	26	19	16	38	1.92
85595886--85596070	54	3.4	54	82	5	205	25	20	16	36	1.94
85595935--85596108	81	2.2	80	80	10	185	28	17	17	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85605657--85606284	328	1.9	328	97	0	1186	23	20	31	24	1.98
85608328--85608773	222	2.0	222	98	0	865	31	19	16	33	1.94
85614408--85614461	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
85614462--85614607	27	5.4	27	77	3	150	28	19	17	34	1.94
85624835--85624930	33	2.9	33	82	4	104	27	26	18	28	1.98
85638727--85638769	6	7.7	6	94	5	65	83	0	0	16	0.64
85638728--85638769	5	7.8	5	97	2	57	83	0	0	16	0.65
85640664--85640729	32	2.1	32	97	0	123	25	27	13	33	1.94
85643301--85643339	6	6.5	6	96	0	69	82	0	2	15	0.79
85658992--85659089	27	3.5	28	88	2	126	30	28	14	26	1.95
85661903--85661963	29	2.1	28	90	3	95	54	18	6	21	1.66
85665198--85665251	28	2.0	27	82	10	65	61	1	7	29	1.34
85667255--85667369	44	2.6	45	80	6	137	24	21	21	32	1.98
85667335--85667724	89	4.4	88	88	3	550	22	23	21	32	1.98
85667334--85667724	178	2.2	177	90	1	606	22	23	21	32	1.98
85667386--85667612	44	5.1	43	64	23	112	20	22	22	35	1.96
85674066--85674213	48	3.1	48	89	1	226	29	24	7	39	1.82
85675480--85675532	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
85677653--85677714	31	2.0	31	96	0	115	29	20	12	37	1.90
85677898--85677999	29	3.6	27	76	9	87	30	27	18	23	1.98
85677892--85678002	57	1.9	58	87	1	161	29	28	18	23	1.97
85678282--85678638	163	2.2	160	93	2	608	24	30	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85678282--85678640	40	8.9	40	91	2	576	25	30	22	22	1.99
85680555--85680702	48	3.1	48	86	0	215	29	23	7	39	1.82
85693902--85694079	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
85693923--85694078	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
85698825--85698864	21	1.9	21	85	10	55	15	30	12	42	1.83
85709539--85709567	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
85714675--85714882	64	3.2	64	78	11	199	22	27	16	32	1.96
85724249--85724308	27	2.3	26	82	2	66	33	20	25	21	1.97
85724349--85724408	27	2.3	26	82	2	66	33	20	25	21	1.97
85724237--85724500	100	2.6	100	96	2	478	31	21	27	19	1.97
85724449--85724500	27	2.0	26	84	3	68	34	19	28	17	1.94
85730723--85730837	43	2.7	43	80	0	131	25	19	28	26	1.98
85738528--85738737	43	4.9	43	72	8	158	31	29	17	22	1.96
85745591--85745621	14	2.1	15	94	5	55	61	12	6	19	1.53
85745757--85745895	69	2.0	69	95	0	251	30	15	26	27	1.96
85755626--85755964	169	2.0	169	100	0	678	33	24	26	15	1.95
85756976--85757302	100	3.3	98	85	1	411	28	18	24	29	1.98
85756976--85757302	149	2.2	149	97	0	618	28	18	24	29	1.98
85756976--85757302	49	6.6	49	83	2	411	28	18	24	29	1.98
85756976--85757360	149	2.6	148	89	4	472	28	18	24	28	1.98
85767377--85767529	79	1.9	79	100	0	306	28	20	16	33	1.95
85772181--85772286	50	2.1	49	91	6	178	26	5	30	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85772192--85772292	50	2.0	50	100	0	202	25	5	29	38	1.80
85791573--85791695	42	2.9	42	80	4	140	32	17	22	26	1.97
85796675--85796727	22	2.4	23	90	6	83	20	18	3	56	1.57
85801645--85801678	17	1.9	18	88	5	52	52	5	0	41	1.25
85803922--85803972	21	2.7	18	75	16	50	64	5	5	23	1.38
85804846--85805130	137	2.1	137	93	0	489	31	24	18	25	1.98
85805982--85806093	56	2.0	56	94	0	197	30	20	14	34	1.92
85806974--85807081	26	4.2	26	89	4	173	37	23	7	32	1.82
85806974--85807081	52	2.1	52	94	3	191	37	23	7	32	1.82
85808567--85808622	27	2.1	27	93	0	94	19	30	16	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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