Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  287  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
94496380--94496749
27
13.7
27
77
6
266
38
21
8
31
1.83
94496733--94497224
27
18.3
27
86
0
635
35
19
21
23
1.96
94497615--94497681
27
2.5
27
82
2
82
20
23
17
37
1.94
94497829--94497886
19
3.4
19
67
30
58
18
15
17
48
1.82
94497818--94497956
6
22.3
6
69
22
83
18
15
16
49
1.80
94497818--94497947
31
4.2
31
91
1
197
18
15
16
50
1.79
94497853--94497917
19
3.8
19
67
26
63
18
15
16
49
1.80
94500353--94500472
24
5.2
23
73
17
81
23
20
15
40
1.90
94500369--94500419
23
2.2
24
86
10
70
19
25
15
39
1.91
94505270--94505346
31
2.5
31
95
0
136
28
25
18
27
1.98
94505370--94505461
42
2.2
42
96
0
166
39
21
11
27
1.89
94505606--94505754
26
5.8
26
92
2
221
25
20
24
29
1.99
94505804--94505860
20
3.0
20
87
10
75
33
19
8
38
1.82
94506557--94506634
27
2.9
26
76
14
86
21
20
23
34
1.97
94506675--94506782
27
3.9
27
75
15
87
32
9
17
40
1.81
94506766--94506869
54
1.9
54
88
3
156
30
9
19
40
1.83
94506766--94506869
27
3.9
27
83
2
138
30
9
19
40
1.83
94515283--94515585
40
7.6
40
89
3
389
27
28
20
23
1.99
94528524--94528600
38
2.0
38
97
0
145
20
12
6
59
1.55
94543738--94543784
8
5.9
8
75
9
51
44
25
4
25
1.72
94549720--94549760
20
2.0
20
95
0
73
34
7
29
29
1.84
94554873--94555027
46
3.3
46
71
15
138
28
28
21
21
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
94555337--94555382
18
2.6
18
100
0
92
19
19
15
45
1.85
94557781--94557837
30
1.9
29
85
3
78
57
14
14
14
1.65
94565396--94565445
21
2.4
20
80
9
55
60
4
8
28
1.43
94565412--94565486
10
7.7
9
76
19
55
62
0
5
32
1.17
94565418--94565486
9
7.2
10
72
23
51
62
0
5
31
1.19
94565501--94565548
9
5.5
8
81
13
51
47
2
2
47
1.25
94565822--94565859
18
2.2
17
86
9
51
23
7
2
65
1.32
94568658--94568785
52
2.5
52
84
3
143
31
28
13
26
1.94
94568688--94568787
52
1.9
51
89
2
155
29
29
13
29
1.94
94574214--94574338
64
2.0
63
96
1
232
38
20
12
28
1.90
94580499--94580539
21
1.9
22
85
5
57
68
4
9
17
1.35
94592570--94592595
4
6.5
4
100
0
52
73
0
0
26
0.84
94597475--94597668
24
8.2
23
68
12
74
35
7
6
50
1.56
94602667--94602699
15
2.2
15
94
0
57
75
0
15
9
1.03
94602661--94602701
15
2.9
14
82
7
55
68
2
17
12
1.31
94604115--94604594
128
3.8
128
90
0
703
30
18
25
26
1.98
94604775--94605347
100
5.7
100
94
0
896
32
23
19
24
1.97
94604775--94605349
50
11.5
50
68
4
327
33
23
19
24
1.97
94606650--94606824
91
1.9
91
97
0
332
25
8
8
57
1.56
94606866--94607059
24
8.2
23
70
12
76
35
7
6
51
1.55
94608942--94608966
10
2.5
10
100
0
50
72
8
0
20
1.10
94610163--94610188
12
2.2
12
100
0
52
53
7
0
38
1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
94615645--94615689
21
2.1
22
83
4
56
57
0
4
37
1.19
94617141--94617196
20
2.8
20
76
10
60
75
5
3
16
1.13
94617526--94617571
23
2.1
22
88
8
67
56
4
8
30
1.49
94619133--94619412
44
6.4
44
67
14
150
27
19
20
31
1.97
94619070--94619321
128
2.0
128
82
5
312
28
20
19
30
1.97
94619480--94619703
87
2.5
88
92
2
378
19
23
27
29
1.98
94619551--94619688
44
3.2
44
68
6
136
19
24
31
24
1.98
94619541--94619670
43
3.0
44
66
6
120
19
26
29
25
1.98
94631625--94631663
20
2.0
20
84
0
51
76
7
2
12
1.09
94631994--94632039
23
2.1
22
92
8
76
58
4
6
30
1.43
94636111--94636154
20
2.3
19
84
4
52
45
47
4
2
1.35
94636534--94636579
19
2.2
22
85
11
62
76
0
2
21
0.90
94642728--94642761
16
2.2
16
89
5
52
23
8
2
64
1.36
94652933--94652965
17
1.9
17
100
0
66
24
27
6
42
1.78
94657857--94657952
49
2.0
49
91
0
156
39
10
27
22
1.87
94661857--94661897
17
2.4
17
95
4
73
31
36
0
31
1.58
94665631--94665692
30
2.1
30
100
0
124
30
22
9
37
1.86
94667342--94667584
50
4.7
50
84
3
261
28
21
28
21
1.99
94671144--94671273
50
2.6
50
81
2
145
27
22
27
22
1.99
94678393--94678425
5
6.8
5
89
6
50
15
21
0
63
1.30
94681632--94682162
138
3.9
138
88
2
764
40
9
6
44
1.61
94690063--94690402
102
3.4
101
81
6
338
29
15
26
29
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
94690063--94690395
51
6.6
50
73
7
246
29
15
26
29
1.96
94697617--94697956
102
3.4
102
81
6
338
29
15
24
31
1.95
94697617--94697952
51
6.7
50
72
8
234
29
15
24
30
1.95
94707880--94708243
138
2.6
135
91
2
566
40
7
6
45
1.58
94708123--94708367
119
2.1
119
87
3
359
38
9
6
46
1.61
94727443--94727494
26
2.0
26
96
0
95
40
21
23
15
1.91
94738822--94739313
84
5.8
84
94
0
813
36
26
16
20
1.94
94742422--94742447
9
2.9
9
100
0
52
23
23
0
53
1.46
94747040--94747083
22
2.0
22
90
0
70
43
25
4
27
1.74
94766625--94766821
98
2.0
98
93
0
340
38
23
9
28
1.86
94768829--94769286
173
2.6
175
82
5
520
27
22
20
30
1.98
94768960--94769254
44
6.8
43
72
11
194
28
20
20
30
1.97
94769182--94769340
45
3.6
45
73
15
123
25
23
20
30
1.99
94769418--94769539
45
2.7
44
80
10
140
24
27
20
27
1.99
94780913--94781109
98
2.0
98
93
2
333
36
23
10
29
1.88
94786866--94786912
24
2.0
24
87
4
69
51
8
17
23
1.72
94787800--94788060
86
3.0
86
99
0
513
52
6
9
32
1.59
94788201--94788239
16
2.3
18
86
8
55
53
2
2
41
1.28
94788481--94788528
24
2.0
24
88
8
71
27
20
12
39
1.89
94795860--94795961
44
2.3
43
79
1
123
38
11
12
37
1.80
94796176--94796245
26
2.8
25
86
6
88
30
21
22
25
1.99
94797849--94797889
18
2.3
18
82
0
55
29
19
9
41
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
94802831--94802885
26
2.1
26
100
0
110
14
14
21
49
1.79
94806099--94806141
23
1.9
23
90
4
70
37
4
16
41
1.69
94806107--94806151
23
2.0
23
86
4
65
33
4
15
46
1.66
94811237--94811279
23
1.9
23
90
4
70
37
4
16
41
1.69
94816589--94816617
15
1.9
15
100
0
58
6
6
24
62
1.45
94817710--94817781
29
2.5
29
93
2
128
29
12
22
36
1.91
94818092--94818135
21
2.1
21
95
4
81
27
4
13
54
1.58
94818266--94818290
13
1.9
13
100
0
50
56
8
16
20
1.65
94818963--94818998
15
2.4
15
100
0
72
36
8
11
44
1.70
94823470--94823504
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
94823349--94823645
119
2.5
120
95
1
524
43
2
5
49
1.38
94823602--94823643
15
2.7
16
82
14
52
45
0
2
52
1.13
94823593--94823634
15
2.9
15
82
10
52
47
0
0
52
1.00
94823788--94823878
45
2.0
44
89
6
139
34
28
5
31
1.80
94823857--94823910
16
3.4
16
89
0
81
25
35
3
35
1.74
94826768--94826814
21
2.2
21
84
0
58
21
14
36
27
1.93
94826789--94826867
27
2.9
27
84
3
97
25
15
30
29
1.96
94828564--94828620
30
1.9
30
85
7
80
63
0
0
36
0.95
94828555--94828617
32
1.9
33
84
9
85
63
0
0
36
0.95
94829023--94829054
16
2.0
16
100
0
64
18
12
6
62
1.50
94832306--94832365
17
3.5
17
74
14
61
28
1
1
68
1.09
94832564--94832615
26
2.0
25
81
3
59
32
11
7
48
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
94837491--94837587
39
2.5
40
85
8
144
44
22
4
28
1.71
94842281--94842313
15
2.1
17
88
11
52
51
15
0
33
1.43
94842270--94842488
39
5.6
39
86
2
287
45
20
3
31
1.66
94843221--94843245
12
2.1
12
100
0
50
52
32
0
16
1.44
94844618--94844772
30
5.2
30
75
8
138
38
14
23
23
1.92
94844587--94844772
89
2.1
90
85
3
250
37
15
24
23
1.93
94844618--94844772
60
2.6
59
75
9
170
38
14
23
23
1.92
94853710--94853755
21
2.2
21
84
0
56
15
28
23
32
1.95
94855057--94855104
18
2.4
20
86
13
64
25
16
14
43
1.86
94862215--94862239
7
3.6
7
100
0
50
76
0
24
0
0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310