genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  61  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19191591--19191752	47	3.4	46	80	11	168	24	30	11	33	1.91
19191631--19191777	47	3.1	47	90	1	215	27	28	9	34	1.88
19205005--19205045	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
19213937--19213975	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
19218416--19218494	13	6.0	13	72	8	52	40	16	0	43	1.48
19218470--19218536	13	5.0	13	77	13	73	35	11	1	50	1.48
19218467--19218536	28	2.6	27	74	14	81	34	12	1	51	1.49
19218414--19218539	41	3.1	41	84	5	141	37	17	0	44	1.55
19223974--19224044	25	2.8	26	75	14	76	25	23	19	30	1.98
19225150--19225179	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
19231508--19231605	34	2.9	33	83	7	108	25	21	25	27	1.99
19234580--19234619	21	1.9	21	84	0	53	30	10	22	37	1.87
19234877--19234911	16	2.2	16	89	0	52	57	20	14	8	1.63
19235125--19235232	28	3.9	27	78	10	119	26	12	33	26	1.93
19236872--19237015	28	5.2	28	73	9	125	28	18	29	23	1.98
19236872--19237003	56	2.4	56	88	1	185	28	18	28	23	1.98
19237075--19237167	32	2.9	32	91	0	114	35	10	24	29	1.89
19243147--19243246	28	3.6	28	78	5	103	25	19	31	25	1.98
19243147--19243278	56	2.4	56	87	1	176	28	19	28	23	1.98
19243174--19243273	28	3.6	28	80	0	119	28	21	28	23	1.99
19243350--19243423	32	2.3	32	83	0	85	39	10	24	25	1.88
19243365--19243444	32	2.5	32	91	0	124	36	11	23	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19247389--19247573	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
19247390--19247573	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
19247442--19247606	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
19251053--19251201	75	2.0	75	97	0	280	24	16	29	29	1.97
19257352--19257575	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
19257352--19257575	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
19269347--19269443	40	2.5	40	84	5	126	24	24	25	24	2.00
19271301--19271412	24	4.6	24	77	2	89	26	30	16	26	1.96
19279459--19279494	16	2.2	17	90	9	58	33	11	5	50	1.61
19287907--19288337	61	7.1	61	83	3	483	30	16	25	28	1.96
19288058--19288162	32	3.4	32	70	17	94	25	14	28	31	1.95
19287907--19288337	183	2.4	183	85	1	569	30	16	25	28	1.96
19288361--19288537	61	2.9	62	81	5	173	33	16	21	28	1.95
19288199--19288498	161	1.9	161	85	1	422	33	17	22	27	1.96
19288136--19288539	222	1.8	222	83	1	540	32	16	23	28	1.96
19301302--19301328	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
19315120--19315239	3	40.0	3	100	0	240	66	0	0	33	0.92
19315229--19315267	17	2.2	18	86	4	53	56	2	5	35	1.35
19316884--19317003	3	40.0	3	100	0	240	66	0	0	33	0.92
19316993--19317031	17	2.2	18	86	4	53	56	2	5	35	1.35
19319532--19319646	27	4.2	26	75	10	97	30	26	18	25	1.98
19324413--19325049	319	2.0	319	99	0	1256	33	15	10	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19330429--19330493	23	3.0	22	73	15	71	41	23	18	16	1.90
19332192--19332242	25	2.0	25	84	0	66	37	11	11	39	1.79
19334858--19335059	26	7.8	26	84	1	226	30	25	15	28	1.96
19334858--19335059	52	3.9	52	84	3	257	30	25	15	28	1.96
19342102--19342274	93	1.9	93	95	0	310	27	30	21	20	1.98
19342095--19342270	46	3.8	46	80	10	205	28	30	21	20	1.98
19342103--19342289	46	4.0	46	73	15	145	28	29	20	20	1.98
19344276--19344482	46	4.5	46	78	5	170	26	16	31	24	1.97
19347487--19347666	28	6.6	27	94	2	288	31	28	13	26	1.94
19347487--19347666	55	3.3	55	94	1	299	31	28	13	26	1.94
19347487--19347666	83	2.2	82	93	1	306	31	28	13	26	1.94
19350409--19350547	71	2.0	71	92	0	233	28	28	17	24	1.98
19350862--19350995	66	2.0	66	94	0	232	27	30	11	29	1.92
19351085--19351182	49	2.0	49	91	0	160	27	31	23	17	1.97
19351657--19351841	93	2.0	93	98	0	361	30	23	21	24	1.99
19354187--19354332	75	1.9	75	95	0	265	27	18	16	37	1.92
19355960--19356129	40	4.3	40	90	0	234	26	28	21	23	1.99
19356293--19356546	39	6.5	39	94	1	402	25	27	22	24	1.99
19356828--19356987	80	2.0	80	100	0	320	23	23	10	42	1.84
19366818--19366847	15	2.1	15	93	6	53	0	16	16	66	1.25
19368192--19368270	32	2.5	32	82	0	95	27	21	21	29	1.99
19368433--19368465	17	1.9	17	88	11	50	57	3	6	33	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19368433--19368465	16	2.0	17	88	5	50	57	3	6	33	1.38
19368481--19368523	11	3.7	11	78	9	50	58	2	2	37	1.24
19375093--19375142	17	3.1	17	76	23	54	66	8	0	26	1.19
19375099--19375158	15	3.6	17	78	17	56	73	5	0	21	1.02
19375095--19375158	30	2.0	32	82	11	78	71	4	0	23	1.04
19375761--19375861	3	33.0	3	69	15	55	31	3	4	59	1.37
19376385--19376445	16	3.6	16	77	12	59	29	3	3	63	1.26
19376400--19376459	26	2.4	25	81	13	61	30	1	5	63	1.25
19376385--19376459	35	2.1	35	83	9	91	30	2	4	62	1.27
19376524--19376582	26	2.4	24	75	10	64	33	5	3	57	1.37
19378059--19378161	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
19378143--19378216	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
19380239--19380592	40	8.9	40	89	0	465	24	21	27	26	1.99
19383186--19383347	82	2.0	81	97	1	306	44	10	20	24	1.83
19386915--19387178	47	5.7	46	74	12	193	24	28	18	28	1.98
19386913--19387178	140	1.9	141	85	6	371	24	28	18	28	1.98
19387839--19387863	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
19390921--19391072	27	5.6	27	92	3	232	30	28	14	26	1.95
19390921--19391072	55	2.8	55	92	0	250	30	28	14	26	1.95
19400082--19400179	43	2.3	42	85	1	133	27	19	17	35	1.94
19401363--19401426	31	2.1	31	90	0	101	28	17	7	46	1.75
19403236--19403285	25	1.9	27	84	8	68	22	16	26	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19405329--19405437	56	1.9	56	90	0	173	47	13	14	23	1.80
19407582--19407747	46	3.6	46	78	6	147	30	19	25	24	1.98
19407765--19407883	49	2.4	50	82	9	138	25	19	31	24	1.98
19421008--19421269	68	4.0	65	74	11	198	29	16	29	25	1.96
19426910--19427136	45	5.1	44	84	6	255	27	28	19	23	1.99
19426909--19427136	90	2.6	90	86	6	315	28	28	19	23	1.98
19429089--19429293	27	7.6	27	86	3	250	31	27	14	27	1.95
19436370--19436429	29	2.1	29	96	0	111	26	25	10	38	1.87
19439089--19439122	16	2.2	15	89	5	50	55	2	0	41	1.15
19442801--19442870	25	2.8	25	80	4	79	34	22	18	24	1.96
19443982--19444011	12	2.5	12	94	0	51	16	30	30	23	1.96
19449345--19449384	20	2.0	20	85	14	55	47	10	10	32	1.70
19450768--19450809	21	2.0	20	86	13	59	14	9	23	52	1.71
19451160--19451225	32	2.1	32	91	0	105	37	7	18	36	1.79
19454053--19454103	21	2.4	22	83	6	61	9	21	0	68	1.18
19457607--19457686	40	2.0	41	82	9	101	27	25	21	26	1.99
19464941--19465047	26	4.1	26	77	0	97	23	18	21	36	1.95
19466170--19466355	50	3.7	50	85	5	223	24	16	27	31	1.96
19468894--19468946	26	2.0	26	92	0	88	22	16	32	28	1.96
19472128--19472263	50	2.7	51	85	3	168	24	18	27	29	1.98
19475397--19475619	40	5.6	40	85	3	227	26	27	21	24	1.99
19484863--19484915	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19488178--19488400	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
19488332--19488409	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
19494095--19494182	25	3.6	25	76	14	85	34	17	25	23	1.96
19500831--19500895	24	2.7	24	83	4	78	23	18	32	26	1.97
19504113--19504178	33	2.0	33	96	0	123	18	28	9	43	1.80
19509486--19509681	55	3.6	54	79	9	197	21	25	17	36	1.95
19513393--19513440	20	2.3	20	82	10	53	43	6	6	43	1.54
19515475--19515572	33	3.0	33	77	2	101	44	12	23	19	1.84
19515483--19515572	31	2.8	32	76	3	92	43	13	23	20	1.86
19521399--19521518	64	1.9	64	81	6	145	23	20	20	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310