genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  71  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22655800--22655897	49	2.0	49	97	0	187	30	22	17	29	1.96
22655903--22655929	8	3.4	8	100	0	54	55	22	22	0	1.44
22655903--22655938	16	2.2	16	90	0	54	55	22	19	2	1.56
22660654--22660717	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
22660925--22661052	24	5.4	24	91	4	206	28	21	20	28	1.98
22660932--22661051	23	5.1	23	92	3	195	30	20	20	28	1.98
22660932--22661053	47	2.6	47	96	0	217	29	20	21	28	1.98
22661110--22661166	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
22661098--22661168	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
22661103--22661157	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
22662411--22662488	27	2.9	26	81	14	95	23	21	21	33	1.97
22662529--22662580	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
22662617--22662757	54	2.6	54	84	4	185	31	8	20	39	1.83
22662537--22662811	27	10.1	27	78	7	155	34	8	18	38	1.82
22662506--22662757	81	3.1	79	71	10	186	32	9	19	38	1.84
22662707--22662932	54	4.2	54	84	1	211	39	9	21	29	1.84
22662709--22662939	81	2.9	81	81	2	205	40	9	20	29	1.84
22662735--22662946	27	7.9	27	86	5	259	40	8	23	27	1.84
22662735--22662939	54	3.8	54	88	1	295	40	9	21	28	1.84
22662952--22663040	27	3.3	27	84	6	101	33	10	16	39	1.83
22662971--22663049	26	2.9	27	85	9	99	34	10	16	39	1.82
22664770--22664848	31	2.5	31	95	0	149	22	26	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22665065--22665161	26	3.8	26	90	1	135	26	22	23	26	2.00
22665209--22665247	11	3.7	11	80	13	55	30	17	12	38	1.88
22666551--22666575	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
22673485--22673568	25	3.4	25	79	12	77	28	21	20	29	1.98
22673616--22673663	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
22689756--22689798	13	3.3	13	96	0	77	55	16	4	23	1.59
22691378--22691418	5	8.4	5	97	2	75	19	0	0	80	0.71
22692313--22692385	32	2.2	33	82	4	85	54	4	6	34	1.46
22693772--22693822	21	2.4	21	93	0	84	33	52	9	3	1.53
22695261--22695702	221	2.0	221	95	0	785	36	29	9	24	1.88
22699536--22699581	13	3.5	13	77	16	58	60	4	2	32	1.28
22699536--22699588	16	3.6	16	71	23	62	62	3	1	32	1.24
22699536--22699596	21	2.9	20	76	9	59	63	3	3	29	1.26
22699538--22699603	27	2.6	27	85	7	75	65	4	3	27	1.27
22709201--22709295	47	2.0	47	100	0	190	35	16	14	32	1.90
22710188--22710246	25	2.4	25	97	2	111	27	16	5	50	1.66
22718324--22718365	18	2.2	19	84	16	52	59	4	4	30	1.39
22721933--22721983	5	10.6	5	91	8	88	60	0	0	39	0.97
22721935--22721991	13	4.2	13	82	14	71	61	1	0	36	1.07
22721933--22721992	18	3.5	18	84	13	90	60	1	0	38	1.07
22723535--22723580	22	2.1	22	100	0	92	43	0	23	32	1.54
22724037--22724305	48	5.6	48	74	7	199	28	16	28	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22724034--22724306	96	2.8	95	74	7	248	28	17	28	26	1.97
22732064--22732101	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
22732078--22732102	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
22732127--22732179	6	8.5	6	87	8	61	75	7	0	16	1.02
22732199--22732266	9	7.6	9	86	0	91	23	8	23	44	1.81
22732199--22732267	36	1.9	36	90	0	111	23	8	23	44	1.80
22733159--22733350	5	38.4	5	100	0	384	59	0	0	40	0.97
22748953--22748977	12	2.1	12	100	0	50	24	0	68	8	1.16
22751195--22751234	21	2.0	20	85	5	53	17	2	20	60	1.48
22753458--22753505	24	2.0	24	100	0	96	29	8	25	37	1.85
22760503--22760605	40	2.6	40	87	3	145	24	28	23	24	2.00
22766872--22766945	37	2.0	37	97	0	139	37	20	10	31	1.87
22766987--22767215	40	5.7	40	78	8	234	24	26	24	24	2.00
22766987--22767172	79	2.3	81	85	2	241	24	26	25	23	2.00
22766987--22767211	120	1.9	120	81	5	276	24	27	24	23	2.00
22768497--22768533	10	3.7	10	92	0	65	0	18	0	81	0.70
22768504--22768533	14	2.1	14	93	0	51	0	16	0	83	0.65
22791833--22792094	40	6.6	40	96	1	465	23	22	27	26	1.99
22796334--22796413	27	3.0	27	81	5	92	37	10	23	28	1.87
22800382--22800472	29	3.2	27	75	10	83	27	29	14	28	1.95
22815333--22815416	28	3.0	28	80	3	87	26	32	14	27	1.95
22818440--22818487	25	1.9	25	86	0	69	25	8	8	58	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22822745--22822850	44	2.4	44	100	0	212	30	11	25	33	1.91
22826290--22826314	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
22826862--22827039	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
22826863--22827018	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
22826859--22827039	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
22827895--22828666	386	2.0	386	95	1	1397	33	17	21	27	1.96
22837274--22837430	43	3.7	44	81	5	169	29	14	24	31	1.94
22837516--22837664	43	3.5	44	80	7	173	28	14	22	33	1.94
22837203--22837686	242	2.0	241	90	1	772	30	14	22	31	1.94
22855259--22855300	21	2.0	21	100	0	84	33	19	19	28	1.96
22875617--22875647	12	2.6	12	94	0	53	32	3	45	19	1.66
22877406--22877535	40	3.3	40	81	1	145	27	27	21	23	1.99
22880674--22880741	34	2.0	34	85	0	91	27	23	20	27	1.99
22886489--22886664	49	3.6	48	79	8	180	25	18	31	24	1.97
22890551--22890682	48	2.8	46	81	4	156	29	15	29	25	1.96
22890511--22890873	48	7.7	49	69	12	143	28	17	28	25	1.97
22893496--22893540	6	7.5	6	94	0	72	44	15	22	17	1.86
22894080--22894136	22	2.7	22	86	10	75	5	17	7	70	1.29
22894265--22894310	14	3.1	15	78	18	51	50	2	0	47	1.13
22896608--22896634	12	2.2	12	100	0	54	48	14	7	29	1.71
22898886--22898915	12	2.6	11	90	10	51	53	26	0	20	1.46
22898873--22899099	111	2.0	111	99	0	445	42	23	1	31	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22899548--22899588	18	2.3	18	86	0	55	41	17	9	31	1.82
22899557--22899591	18	1.9	18	94	0	61	37	17	14	31	1.89
22899699--22899737	6	6.5	6	90	0	60	48	15	17	17	1.81
22899706--22899743	12	3.2	12	92	0	58	52	15	13	18	1.74
22900286--22900341	22	2.7	20	84	13	69	5	16	7	71	1.27
22900285--22900341	20	2.7	21	84	12	73	5	15	7	71	1.25
22902936--22903006	31	2.3	31	90	0	106	21	16	12	49	1.79
22902936--22903030	6	15.5	6	67	12	50	20	16	11	51	1.75
22902992--22903030	12	3.2	12	92	0	60	17	15	10	56	1.66
22903060--22903093	17	2.0	17	88	0	50	20	26	26	26	1.99
22904989--22905167	54	3.3	54	80	0	198	39	20	8	30	1.83
22904989--22905173	27	6.9	27	82	8	173	38	20	9	31	1.84
22905162--22905266	27	3.9	27	80	7	124	31	20	7	40	1.80
22905262--22905371	27	4.1	27	87	0	157	35	17	21	25	1.95
22905419--22905561	27	5.3	27	88	0	205	30	23	5	39	1.78
22905996--22906097	6	16.7	6	71	15	66	19	16	12	50	1.77
22905967--22906046	31	2.6	31	80	4	90	21	17	11	50	1.77
22905996--22906088	37	2.5	37	83	0	114	19	17	11	51	1.75
22906479--22906516	19	2.0	19	94	0	67	23	26	39	10	1.87
22906481--22906524	19	2.3	19	88	0	61	25	27	34	13	1.93
22909422--22909599	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22909443--22909598	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22917485--22917662	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22917506--22917661	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22933708--22933838	55	2.4	55	81	2	138	29	30	22	17	1.97
22935683--22935735	6	9.0	6	85	2	72	16	1	1	79	0.92
22937806--22937831	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
22939020--22939064	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
22942228--22942272	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
22945268--22945297	12	2.5	12	94	0	51	26	16	30	26	1.97
22952575--22952940	48	7.7	47	72	12	218	27	19	28	24	1.99
22952578--22952938	49	7.6	47	71	14	176	28	19	27	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310