genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65422866--65423092	93	2.4	93	95	0	409	22	19	28	29	1.98
65422916--65423085	47	3.6	47	78	13	215	22	20	28	28	1.98
65425124--65425171	19	2.5	19	96	0	87	20	25	31	22	1.98
65432265--65433084	273	3.0	273	96	0	1480	28	25	13	33	1.93
65438070--65438111	20	2.1	20	100	0	84	50	4	0	45	1.23
65446127--65446174	23	2.1	23	96	0	87	18	29	12	39	1.88
65460026--65460197	46	3.7	45	78	7	166	24	29	15	30	1.96
65463510--65463558	22	2.2	21	82	10	62	24	8	2	65	1.31
65463540--65463589	20	2.4	21	86	6	66	40	4	6	50	1.46
65469779--65469811	17	1.9	17	93	0	57	54	12	3	30	1.52
65471098--65471125	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
65476833--65477324	174	2.8	174	88	4	670	29	12	16	41	1.85
65480242--65480276	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
65481988--65482050	32	2.0	32	93	0	108	52	4	23	19	1.65
65483160--65483203	23	1.9	23	86	9	63	11	25	20	43	1.85
65486323--65486364	21	2.0	21	81	9	50	42	9	0	47	1.36
65489282--65489351	34	2.0	35	83	8	90	57	18	7	17	1.62
65490788--65490817	12	2.4	13	94	5	53	73	3	0	23	0.98
65491305--65491369	32	2.0	32	94	5	114	53	3	20	23	1.59
65492601--65492645	23	2.0	23	86	4	65	46	4	0	48	1.22
65494969--65495190	112	2.0	112	91	3	358	23	26	22	26	2.00
65497063--65497944	63	14.0	63	100	0	1764	31	25	11	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65503255--65503310	21	2.7	21	75	2	60	25	30	30	14	1.95
65508602--65508759	45	3.5	45	90	0	235	22	18	26	32	1.97
65508602--65508779	45	4.0	45	85	2	124	22	18	26	32	1.97
65508602--65508779	90	2.0	90	82	0	221	22	18	26	32	1.97
65513778--65513989	48	4.5	47	80	9	202	28	19	27	23	1.98
65513778--65514093	94	3.4	95	79	6	315	26	20	28	24	1.99
65513778--65513948	46	3.7	46	81	9	204	28	19	28	23	1.98
65520106--65520159	12	4.7	11	86	4	63	77	0	5	16	0.94
65520119--65520157	6	6.5	6	93	0	69	82	0	2	15	0.79
65520098--65520159	18	3.7	17	85	8	83	79	0	4	16	0.90
65520104--65520159	23	2.5	22	88	8	85	78	0	5	16	0.92
65522095--65522119	13	1.9	13	100	0	50	24	40	16	20	1.91
65532493--65532530	16	2.4	16	90	0	58	23	2	42	31	1.68
65532576--65533091	258	2.0	258	97	0	980	37	14	11	37	1.82
65532837--65533234	211	1.9	210	92	1	672	38	15	10	35	1.82
65534357--65534404	16	2.9	16	90	3	69	33	2	22	41	1.66
65541005--65541039	6	5.8	6	100	0	70	17	31	0	51	1.45
65546327--65546418	33	2.8	33	80	8	107	33	23	10	31	1.90
65547133--65547233	46	2.2	47	78	12	118	30	17	9	41	1.82
65547150--65547243	46	2.0	46	95	0	170	27	17	12	42	1.85
65547881--65547972	47	2.0	45	97	0	157	15	15	22	44	1.83
65557804--65557828	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65566629--65566680	27	1.9	27	84	7	70	32	0	9	57	1.31
65567129--65567705	40	14.4	40	88	2	779	44	2	18	33	1.65
65567135--65567705	13	42.8	13	69	14	225	44	2	18	33	1.65
65571189--65571281	36	2.6	36	85	0	123	45	30	6	18	1.74
65583590--65583658	36	1.9	37	85	8	99	40	0	17	42	1.49
65584510--65584552	18	2.4	18	88	0	59	69	6	13	9	1.35
65593253--65593364	27	4.2	26	80	7	125	39	23	22	15	1.91
65593253--65593364	54	2.1	54	88	3	163	39	23	22	15	1.91
65595954--65595985	16	2.0	16	93	0	55	15	0	28	56	1.40
65595954--65595986	15	2.1	16	88	5	50	18	0	27	54	1.44
65604349--65604456	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
65607666--65607718	18	2.9	18	83	10	72	54	0	20	24	1.44
65607666--65607712	19	2.5	18	89	6	67	57	0	19	23	1.41
65612833--65612884	24	2.2	24	89	0	77	44	15	26	13	1.84
65612927--65613110	48	3.8	48	90	2	280	37	19	22	21	1.94
65612927--65613115	96	2.0	96	93	0	324	38	18	22	20	1.94
65613507--65613565	9	6.6	9	73	7	57	62	1	30	5	1.26
65626769--65626814	16	2.7	18	78	21	55	26	4	0	69	1.07
65626762--65626806	23	2.0	23	82	8	56	26	6	0	66	1.16
65639063--65639094	16	2.0	16	100	0	64	31	18	6	43	1.75
65642519--65642708	40	4.8	40	88	1	238	25	22	27	24	1.99
65642519--65642728	80	2.6	80	85	3	271	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65644299--65644393	47	2.0	47	100	0	190	38	21	2	37	1.65
65645424--65645473	18	2.6	19	84	15	68	16	30	4	50	1.63
65645789--65645838	18	2.6	19	84	15	68	16	30	4	50	1.63
65645359--65647515	365	5.9	365	98	0	4091	27	20	15	36	1.93
65646519--65646568	18	2.6	19	84	15	68	16	30	4	50	1.63
65653925--65653951	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
65656023--65656078	28	2.0	28	82	3	67	21	21	10	46	1.81
65656155--65656179	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
65656433--65656512	33	2.4	33	91	2	133	33	7	5	53	1.51
65656853--65656944	35	2.8	31	79	12	94	33	7	4	54	1.49
65669025--65669375	74	4.9	71	80	4	337	29	15	21	33	1.95
65669025--65669337	144	2.2	144	83	4	396	28	16	21	33	1.95
65669394--65669561	88	1.9	88	88	2	257	27	19	19	34	1.95
65669812--65669996	72	2.5	72	81	1	217	29	15	24	30	1.96
65677400--65677561	43	3.8	42	79	11	150	29	24	20	25	1.99
65677405--65677561	86	1.8	85	82	6	201	29	24	20	25	1.99
65688093--65688252	43	3.8	42	74	16	125	31	23	19	26	1.98
65688160--65688256	43	2.3	43	85	8	128	30	22	20	25	1.98
65692390--65692414	8	3.1	8	100	0	50	40	12	12	36	1.79
65699318--65699344	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
65700527--65700560	16	2.1	16	100	0	68	55	17	0	26	1.42
65700521--65700557	16	2.4	15	90	4	56	54	21	0	24	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65701729--65701762	16	2.2	16	89	5	52	23	23	26	26	2.00
65702294--65702444	55	2.7	54	75	6	151	29	20	22	27	1.98
65703274--65703322	19	2.6	19	75	18	50	36	2	2	59	1.21
65703348--65703384	19	2.0	19	89	5	58	40	0	8	51	1.32
65706775--65706933	27	5.9	27	78	11	157	35	21	23	20	1.96
65706793--65706933	54	2.6	54	92	2	230	35	22	22	19	1.96
65707039--65707112	28	2.8	26	85	4	85	31	9	22	36	1.86
65708561--65708931	26	14.3	26	100	0	742	34	26	8	30	1.85
65712851--65712885	17	2.1	17	89	10	54	28	2	2	65	1.21
65713840--65713998	27	5.9	27	80	11	175	35	22	23	18	1.96
65713858--65713998	54	2.6	54	90	2	230	35	23	23	17	1.95
65715591--65715958	26	14.2	26	99	0	727	38	26	4	30	1.75
65727720--65727775	22	2.5	23	80	13	64	66	5	8	19	1.39
65733357--65733724	26	14.2	26	96	0	682	36	26	5	30	1.81
65739096--65739139	18	2.4	19	81	11	56	13	27	2	56	1.49
65741589--65741647	16	3.8	16	78	8	50	33	0	1	64	1.04
65745157--65745183	14	1.9	14	100	0	54	14	14	40	29	1.86
65745021--65745432	216	1.9	215	88	2	621	32	19	25	22	1.98
65758344--65758374	2	15.5	2	93	0	53	0	51	3	45	1.17
65760694--65760725	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
65765819--65765850	14	2.3	14	94	0	55	9	15	46	28	1.77
65770095--65770138	22	2.0	22	95	0	79	52	18	20	9	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65773815--65773853	19	2.1	19	100	0	78	30	25	5	38	1.78
65776450--65776549	41	2.4	41	78	9	114	41	19	22	18	1.91
65776450--65776564	41	2.8	41	77	6	108	39	19	24	17	1.92
65776876--65776920	22	2.0	22	83	8	56	24	2	15	57	1.49
65777060--65777130	7	10.4	7	74	4	56	16	1	33	47	1.56
65777397--65777437	14	2.9	15	75	14	50	26	0	19	53	1.45
65777378--65777437	28	2.2	27	85	8	77	26	0	21	51	1.48
65777855--65778176	82	3.9	82	98	0	608	30	21	9	38	1.85
65778417--65778478	30	2.1	28	82	5	70	27	11	8	53	1.64
65779078--65779121	23	1.9	23	95	0	79	70	15	9	4	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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