genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86545995--86546049	29	1.9	28	88	3	83	21	23	27	27	1.99
86546009--86546080	33	2.2	33	82	2	81	22	20	26	30	1.98
86549063--86549116	28	1.9	28	85	14	76	46	1	0	51	1.11
86549063--86549127	26	2.4	28	80	15	73	44	1	0	53	1.09
86549197--86549227	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
86549265--86549321	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
86549617--86549694	25	3.2	25	66	10	70	60	5	5	29	1.40
86549584--86549700	49	2.5	49	90	5	179	61	4	5	28	1.38
86549829--86549858	14	2.1	14	93	0	51	40	16	6	36	1.75
86555254--86555614	27	13.4	26	87	4	436	34	18	22	25	1.96
86561900--86561981	26	3.2	26	61	13	60	31	6	18	43	1.74
86561890--86561993	52	2.0	52	98	0	199	31	5	18	44	1.73
86563088--86563116	14	2.0	15	93	6	51	75	6	0	17	1.01
86564043--86564135	25	3.7	25	80	0	114	24	23	24	26	2.00
86567817--86567847	9	3.4	9	95	0	53	38	12	12	35	1.82
86568030--86568085	11	4.9	11	71	16	51	16	14	17	51	1.76
86572328--86572413	31	2.8	31	79	8	104	26	24	15	33	1.95
86572637--86572700	25	2.6	25	87	0	92	25	21	26	26	2.00
86572749--86572793	21	2.2	20	92	4	72	31	15	17	35	1.92
86572749--86572793	10	4.4	10	91	5	72	31	15	17	35	1.92
86574724--86574901	27	6.6	27	81	6	164	30	27	15	26	1.96
86574745--86574900	82	1.9	81	84	6	208	30	27	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86582911--86583087	27	6.5	27	78	6	144	29	28	15	25	1.96
86588186--86588410	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
86588150--86588410	80	3.3	80	83	3	303	23	26	24	25	2.00
86595756--86596005	40	6.3	40	94	0	394	24	20	28	26	1.99
86595703--86596005	80	3.8	80	89	2	396	24	20	27	26	1.99
86595703--86596005	120	2.5	119	87	2	410	24	20	27	26	1.99
86606178--86606481	40	7.6	40	93	1	450	24	20	28	26	1.99
86606139--86606481	80	4.3	80	90	1	449	23	20	28	26	1.99
86606139--86606481	120	2.9	120	88	3	469	23	20	28	26	1.99
86607398--86607426	14	2.1	14	100	0	58	34	13	27	24	1.93
86608238--86608274	15	2.5	15	100	0	74	40	43	16	0	1.48
86608459--86608507	18	2.6	20	75	12	50	57	2	6	34	1.35
86611843--86611886	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
86612850--86612919	34	2.1	34	94	2	124	11	18	0	70	1.17
86613919--86613977	20	3.0	20	73	9	66	40	8	16	33	1.79
86619539--86619614	31	2.5	31	88	0	107	21	30	28	19	1.97
86621852--86621973	47	2.6	47	94	0	208	36	14	22	25	1.93
86621946--86622133	54	3.5	54	81	3	227	35	16	24	23	1.95
86622107--86622192	45	1.9	45	85	4	120	36	20	23	19	1.95
86622829--86622940	55	2.0	55	94	0	197	33	5	21	40	1.76
86630909--86630966	28	2.1	28	96	0	107	13	8	17	60	1.58
86638557--86638590	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86640128--86640152	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
86647002--86647123	22	5.3	22	62	21	61	25	29	12	32	1.92
86646974--86647381	47	8.6	47	93	1	588	28	29	8	33	1.87
86663167--86663318	40	3.8	41	86	4	195	20	25	30	24	1.99
86663167--86663314	80	1.9	79	88	4	226	20	25	29	24	1.99
86673504--86673730	48	4.7	49	78	7	239	27	21	27	23	1.99
86687149--86687225	29	2.7	29	93	0	127	25	31	16	25	1.97
86687448--86687498	24	2.1	24	89	7	77	11	23	13	50	1.74
86692238--86692361	43	2.9	43	75	4	115	33	26	16	24	1.96
86698414--86698565	46	3.4	46	81	2	184	25	14	23	36	1.93
86699499--86699558	28	2.2	28	79	11	70	25	25	30	20	1.99
86699681--86699751	26	2.7	26	95	0	124	40	21	22	15	1.90
86699767--86699831	27	2.4	27	84	5	78	35	23	20	21	1.96
86699973--86700065	27	3.5	26	80	4	96	23	23	17	35	1.95
86699996--86700065	27	2.6	27	88	2	97	22	25	17	34	1.96
86700116--86700294	27	6.6	27	81	3	180	32	7	16	43	1.76
86700114--86700294	54	3.3	53	83	6	211	33	7	16	43	1.75
86700095--86700307	27	7.9	27	77	9	164	32	7	17	41	1.78
86700114--86700336	54	4.1	54	77	9	143	33	8	17	40	1.79
86700152--86700355	81	2.5	81	80	4	205	31	7	19	41	1.80
86703070--86703161	33	2.8	33	80	1	105	34	22	9	32	1.87
86720804--86720846	16	2.7	16	75	13	52	37	11	11	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86721085--86721149	32	2.0	33	82	8	80	40	23	12	24	1.89
86723730--86723903	96	1.8	96	86	5	253	31	21	14	33	1.93
86741464--86741609	41	3.6	41	78	3	152	26	29	21	22	1.99
86745885--86746060	46	3.8	46	78	10	196	21	20	28	29	1.98
86745882--86746053	93	1.8	93	92	0	290	22	20	28	28	1.99
86752992--86753844	81	10.5	81	97	0	1600	28	29	21	20	1.98
86755377--86755522	72	2.0	72	95	0	265	40	18	8	32	1.80
86757095--86757168	29	2.5	30	91	2	114	40	10	31	17	1.84
86757094--86757285	30	6.4	29	72	8	127	38	11	27	22	1.89
86757270--86757341	30	2.4	30	81	4	83	40	9	23	26	1.85
86770086--86770133	20	2.4	21	80	10	57	31	6	12	50	1.65
86777104--86777155	23	2.3	23	93	0	86	50	15	11	23	1.76
86777193--86777246	17	3.2	17	86	0	72	37	18	7	37	1.79
86777884--86777919	19	1.9	18	88	5	54	58	5	2	33	1.36
86782055--86782096	21	2.0	21	90	0	66	26	23	19	30	1.98
86790702--86790749	19	2.5	19	76	6	53	62	0	4	33	1.14
86790775--86790843	29	2.3	30	76	14	72	30	7	13	49	1.68
86791130--86791195	28	2.4	28	80	12	73	48	0	16	34	1.47
86791125--86791188	27	2.3	28	76	10	69	46	0	17	35	1.48
86791169--86791260	32	2.8	32	85	6	123	38	2	17	42	1.61
86798248--86798307	12	4.9	12	72	11	50	46	0	1	51	1.10
86798298--86798372	27	2.6	28	71	25	68	36	0	1	62	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86798308--86798371	27	2.3	27	83	8	74	34	0	1	64	1.03
86798396--86798450	20	2.7	21	73	18	62	38	0	3	58	1.16
86800205--86800265	27	2.3	27	91	5	97	45	8	9	36	1.67
86801347--86801452	51	2.1	52	84	8	137	43	8	3	44	1.52
86801178--86801463	145	2.0	143	85	6	389	43	9	3	44	1.54
86802013--86802066	26	2.1	26	82	0	63	66	5	1	25	1.23
86802342--86802394	14	3.5	14	73	16	52	77	0	11	11	1.00
86804159--86804214	24	2.4	23	84	3	67	33	21	26	17	1.96
86804173--86804217	23	1.9	24	90	4	74	33	17	24	24	1.96
86804456--86804561	52	2.0	52	96	0	194	40	14	14	31	1.85
86817476--86817517	18	2.3	19	80	12	61	71	0	0	28	0.86
86817626--86817665	9	4.8	9	79	14	50	32	0	0	67	0.91
86817627--86817656	16	1.9	15	100	0	51	33	0	0	66	0.92
86817618--86817677	24	2.5	24	73	10	59	41	1	0	56	1.09
86817791--86817836	8	5.5	8	85	10	65	28	0	0	71	0.86
86817787--86817836	18	2.9	17	91	5	75	28	0	0	72	0.86
86819089--86819127	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
86819284--86819314	15	2.1	15	93	0	53	25	29	6	38	1.81
86822676--86822705	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
86823447--86823485	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
86823642--86823672	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
86825660--86825727	21	3.2	21	80	0	64	16	36	22	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86828981--86829010	13	2.3	13	94	0	51	6	36	33	23	1.81
86837564--86837731	87	1.9	87	98	0	327	25	12	27	33	1.92
86837837--86837867	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
86839855--86839922	21	3.2	21	80	0	64	16	36	22	25	1.94
86843176--86843205	13	2.3	13	94	0	51	6	36	33	23	1.81
86848883--86849038	42	3.7	42	82	5	199	26	27	17	28	1.98
86852561--86852706	40	3.7	40	82	7	163	23	21	27	27	1.99
86852561--86852739	80	2.2	80	79	6	177	25	20	27	26	1.99
86852884--86852976	40	2.3	40	88	3	134	23	19	27	29	1.98
86852614--86853153	270	2.0	270	98	0	1037	28	16	23	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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