genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.295.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97232039--97232064	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
97240449--97240499	27	1.9	26	84	4	66	17	27	17	37	1.93
97240539--97240598	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
97243689--97244010	158	2.0	159	94	0	565	27	14	24	33	1.95
97247785--97247860	27	2.8	26	84	11	91	18	25	23	32	1.97
97247785--97247877	27	3.5	26	84	8	89	20	25	20	33	1.97
97253784--97254007	95	2.4	95	76	8	233	23	28	20	28	1.99
97255553--97255620	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
97255442--97255769	174	1.9	174	98	0	629	30	25	14	29	1.95
97255722--97255800	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
97261596--97261857	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
97264245--97264693	47	9.6	47	87	3	627	33	8	29	28	1.87
97264245--97264693	94	4.8	94	94	0	736	33	8	29	28	1.87
97264245--97264693	141	3.2	141	90	1	693	33	8	29	28	1.87
97268119--97268276	85	1.8	86	87	4	239	27	18	24	29	1.98
97269556--97269711	45	3.4	45	83	3	179	32	27	15	24	1.95
97269586--97269715	46	2.9	45	87	2	188	33	27	15	23	1.95
97270250--97270280	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
97270574--97270652	23	3.6	23	71	10	83	48	12	3	35	1.59
97273315--97273357	15	2.9	15	90	10	63	6	20	0	72	1.08
97276621--97276775	43	3.6	41	77	6	130	29	14	24	31	1.95
97278326--97279138	38	21.4	38	99	0	1610	29	15	29	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97279192--97279579	40	9.7	40	93	0	589	23	20	29	27	1.98
97289188--97289314	45	2.9	45	85	8	156	23	29	23	23	1.99
97289644--97289841	43	4.6	43	87	0	279	31	33	22	12	1.92
97295104--97295182	31	2.5	31	93	0	131	27	24	17	30	1.97
97295206--97295298	42	2.2	42	84	0	114	35	20	15	29	1.93
97295441--97295564	26	4.8	26	88	1	178	27	21	22	28	1.99
97295441--97295564	52	2.4	52	94	1	214	27	21	22	28	1.99
97296390--97296467	27	2.9	27	88	3	113	20	23	21	34	1.97
97296489--97296838	27	13.0	27	78	7	235	30	9	20	40	1.84
97296600--97296833	81	2.9	81	86	3	321	28	8	21	41	1.81
97296825--97296955	27	4.9	27	92	0	190	41	9	20	28	1.83
97298396--97298520	45	2.9	43	83	8	130	24	28	22	24	2.00
97298838--97299026	43	4.4	43	88	1	274	28	33	23	14	1.94
97298998--97299081	38	2.2	38	86	0	123	29	27	21	21	1.98
97304091--97304200	43	2.6	43	82	1	132	32	30	16	20	1.95
97307332--97307391	15	4.0	15	80	0	66	55	13	16	15	1.70
97308675--97308733	18	3.3	18	75	0	64	44	18	15	22	1.87
97308911--97308984	36	2.1	36	86	0	103	17	29	25	27	1.97
97309128--97309216	27	3.3	27	90	3	135	23	19	16	40	1.91
97309208--97309333	27	4.7	27	89	1	184	39	17	12	30	1.87
97315223--97315293	35	2.0	35	94	0	124	26	16	26	29	1.97
97322347--97322386	20	2.0	20	95	0	71	22	17	5	55	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97322768--97322829	29	2.1	29	90	0	97	19	40	22	17	1.91
97324695--97324872	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
97324716--97324871	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
97332757--97332934	27	6.6	27	82	3	187	29	28	15	26	1.96
97332778--97332933	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.96
97335040--97335206	46	3.6	45	79	12	178	22	29	19	28	1.98
97341937--97342098	42	3.8	42	83	4	175	27	24	17	30	1.97
97341937--97342098	85	1.9	84	85	6	220	27	24	17	30	1.97
97347676--97348133	110	4.2	110	86	2	616	33	23	12	30	1.92
97350845--97350963	47	2.5	47	87	0	166	27	31	8	32	1.86
97351181--97351279	39	2.5	39	80	4	110	26	27	20	26	1.99
97354378--97354457	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
97354588--97354931	47	7.4	47	89	1	478	25	31	10	32	1.90
97360436--97360500	33	2.0	33	96	0	121	24	15	26	33	1.95
97365630--97365702	22	3.3	22	92	0	119	30	15	24	30	1.95
97367309--97367372	31	2.1	31	90	0	101	23	23	17	35	1.95
97367580--97367683	24	4.3	24	95	2	183	28	21	20	29	1.98
97368117--97368248	25	5.4	24	91	5	178	30	22	17	29	1.97
97368094--97368246	50	3.1	48	83	10	177	29	22	17	30	1.97
97368297--97368334	20	1.9	20	100	0	76	31	21	13	34	1.91
97368299--97368343	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
97368380--97368427	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97375536--97375667	25	5.4	24	90	5	169	30	22	18	28	1.97
97375513--97375665	48	3.1	47	82	10	166	29	22	18	29	1.97
97375712--97375778	20	3.3	20	89	0	107	31	20	13	34	1.92
97381942--97382097	68	2.2	68	79	11	165	19	27	17	35	1.94
97390488--97390525	14	2.5	15	87	8	51	55	0	0	44	0.99
97393520--97393576	29	2.0	29	96	0	105	59	17	8	14	1.59
97394601--97394634	17	2.0	17	88	11	52	41	11	8	38	1.73
97396618--97396678	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
97411529--97411553	12	2.1	12	100	0	50	84	8	0	8	0.79
97411870--97411899	11	2.6	11	94	5	51	10	6	3	80	1.01
97415706--97415744	19	2.0	21	90	10	64	30	0	0	69	0.89
97419248--97419315	21	3.2	21	76	15	61	17	0	35	47	1.48
97419257--97419315	7	8.6	7	76	14	52	18	0	35	45	1.50
97419258--97419328	34	2.1	34	82	10	83	21	0	36	42	1.53
97423550--97423820	93	2.9	93	79	11	261	23	29	19	27	1.98
97423503--97423816	49	6.6	47	73	13	218	23	28	19	28	1.98
97426180--97426277	24	4.0	24	89	1	142	36	6	35	21	1.78
97427664--97427741	27	2.9	27	80	14	90	17	25	23	33	1.96
97430513--97430978	49	9.6	49	96	1	841	29	29	8	32	1.86
97434527--97434555	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
97434527--97434561	18	1.9	18	88	0	52	40	0	0	60	0.97
97435109--97435277	9	18.1	9	81	9	196	42	19	2	34	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97437485--97437547	32	2.0	32	100	0	126	30	12	15	41	1.85
97447745--97447849	38	2.7	40	80	16	114	45	0	0	52	1.13
97449534--97449574	13	3.2	12	86	13	55	70	4	0	24	1.06
97454562--97454589	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
97454541--97454602	18	3.5	17	73	20	56	29	0	0	70	0.87
97454719--97454746	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
97454698--97454759	18	3.5	17	73	20	56	29	0	0	70	0.87
97454491--97454805	157	2.0	157	98	0	603	24	10	12	52	1.69
97462236--97462322	25	3.5	25	82	0	111	16	12	27	43	1.84
97462306--97462436	20	6.6	20	80	0	145	14	19	26	38	1.91
97462446--97462528	26	3.2	26	77	5	96	21	21	21	34	1.96
97467297--97467519	39	5.7	40	82	8	230	26	21	26	24	2.00
97467370--97467552	79	2.3	79	80	8	187	27	21	25	24	1.99
97474335--97474457	39	3.2	39	89	0	174	29	2	19	48	1.61
97477647--97477824	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
97477648--97477803	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
97477644--97477824	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
97485710--97485887	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
97485711--97485866	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
97485707--97485887	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
97488069--97488103	15	2.3	15	85	0	52	28	37	22	11	1.89
97497557--97497584	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97500072--97500135	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
97500342--97500422	24	3.4	24	93	5	137	28	22	19	29	1.98
97500349--97500421	23	3.1	23	96	2	128	30	20	20	28	1.98
97500480--97500536	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
97500468--97500538	20	3.5	20	94	0	124	32	19	11	36	1.87
97500473--97500527	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
97500575--97500622	25	2.0	24	87	4	69	25	16	25	33	1.96
97501783--97501855	27	2.7	27	77	12	78	26	21	19	32	1.97
97501873--97502098	27	8.3	27	72	7	118	31	9	19	38	1.85
97501958--97502098	54	2.6	53	76	6	142	29	7	21	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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