genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79852028--79852249	40	5.6	40	82	6	229	24	21	27	26	1.99
79852028--79852248	120	1.8	119	80	9	261	24	21	27	26	1.99
79854531--79855452	39	23.6	39	98	0	1729	27	28	20	23	1.99
79858109--79858149	20	2.0	20	100	0	82	43	36	0	19	1.51
79866301--79866459	43	3.7	43	81	4	196	28	27	20	23	1.99
79866296--79866462	86	2.0	85	84	3	219	31	26	19	22	1.98
79873859--79873942	43	1.9	44	87	4	125	34	25	19	21	1.96
79885282--79885503	40	5.6	40	88	2	306	23	20	25	30	1.98
79893764--79893984	40	5.6	40	90	2	322	23	21	26	28	1.99
79899506--79899635	47	2.8	46	82	4	134	22	16	27	33	1.95
79906366--79906523	46	3.5	44	81	6	167	27	31	17	22	1.97
79906496--79906666	46	3.7	45	72	16	152	22	25	20	30	1.98
79906447--79906678	94	2.5	94	76	5	220	24	28	19	27	1.99
79912714--79912842	38	3.4	38	91	1	195	22	21	25	30	1.99
79918661--79918893	124	1.9	123	90	2	315	29	8	21	40	1.83
79924205--79924794	47	12.6	47	96	0	1045	28	30	8	33	1.86
79927192--79927274	43	1.9	43	95	0	148	21	28	21	27	1.99
79928020--79928339	48	6.6	48	78	5	297	26	26	18	28	1.98
79928020--79928339	96	3.3	96	87	1	426	26	26	18	28	1.98
79928028--79928339	144	2.2	144	80	3	340	27	26	17	28	1.98
79928323--79928356	17	2.0	17	94	0	59	26	32	17	23	1.97
79928340--79928465	48	2.6	48	80	5	155	26	29	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79928227--79928452	113	2.0	113	90	0	353	27	27	17	26	1.97
79930903--79930931	14	2.1	14	100	0	58	37	13	6	41	1.72
79931751--79931810	2	29.5	2	79	3	66	46	5	5	43	1.47
79933471--79933568	24	4.0	25	90	4	148	34	6	39	19	1.76
79936400--79938531	758	2.8	758	96	0	3842	30	21	15	32	1.95
79949629--79949663	18	1.9	18	88	11	54	40	0	0	60	0.97
79955585--79955618	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
79957602--79957634	17	1.9	18	88	11	52	42	9	0	48	1.35
79963463--79963635	92	1.9	93	91	1	285	27	30	21	20	1.98
79963455--79963629	46	3.8	46	79	8	194	28	29	21	21	1.98
79963460--79963648	46	4.1	44	70	20	109	28	28	21	21	1.99
79969304--79969631	104	3.2	104	96	0	586	18	19	31	31	1.96
79969550--79969772	71	3.1	71	96	0	392	23	16	29	30	1.96
79973401--79973447	24	2.0	24	82	0	58	27	23	23	25	2.00
79973430--79973523	25	3.8	25	78	10	104	35	20	23	21	1.96
79977223--79977275	19	2.8	19	88	0	88	43	11	24	20	1.85
79977242--79977309	31	2.2	31	84	5	84	48	11	19	20	1.80
79977197--79977278	12	6.7	12	69	15	60	47	10	20	20	1.80
79977791--79978065	27	10.2	27	83	0	289	40	7	21	30	1.80
79977791--79978038	81	3.1	81	89	0	370	41	6	20	30	1.79
79978033--79978187	54	2.9	52	81	5	184	28	8	23	39	1.84
79978033--79978187	81	1.9	81	83	7	199	28	8	23	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79978033--79978187	27	5.7	27	81	6	163	28	8	23	39	1.84
79978179--79978249	27	2.6	27	81	0	88	26	22	16	33	1.96
79983775--79984089	40	7.9	40	90	0	477	22	21	29	26	1.99
79983776--79984094	80	4.0	80	93	0	530	21	21	29	26	1.99
79984049--79984242	97	2.0	97	100	0	388	18	23	30	26	1.98
79984355--79984409	25	2.2	25	90	6	85	29	12	30	27	1.93
79987615--79988114	47	10.6	47	92	1	802	32	8	30	28	1.86
79987678--79987753	22	3.3	22	67	16	64	31	10	32	25	1.89
79987615--79988114	143	3.5	143	95	1	855	32	8	30	28	1.86
79987615--79988114	190	2.6	188	93	1	838	32	8	30	28	1.86
79990246--79990318	38	1.9	38	86	5	103	31	19	23	26	1.98
79992458--79992709	40	6.3	40	88	3	321	23	19	27	29	1.98
79994112--79994288	40	4.4	40	88	0	255	25	21	27	25	1.99
79997373--79997539	84	2.0	84	96	0	307	36	11	26	25	1.91
79999650--79999693	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
79999776--79999807	15	2.2	14	94	5	55	46	0	0	53	1.00
80000753--80000811	15	3.9	15	72	0	55	5	27	0	67	1.11
80001767--80001799	17	1.9	17	88	11	50	72	0	0	27	0.85
80006062--80006296	56	4.2	56	90	2	355	29	14	23	33	1.94
80006067--80006294	114	2.0	113	90	0	357	29	13	23	33	1.93
80006511--80006595	44	1.9	44	95	0	152	48	5	15	30	1.68
80011447--80011612	40	4.2	40	91	2	255	23	22	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80013815--80013865	21	2.4	21	90	0	84	25	15	15	43	1.86
80015543--80015688	39	3.7	39	95	0	256	28	28	22	19	1.98
80030673--80030854	6	29.3	6	72	18	133	48	15	17	18	1.82
80030673--80030854	19	9.8	18	72	18	133	48	15	17	18	1.82
80030682--80030854	31	5.5	31	97	0	301	48	15	17	18	1.81
80030991--80031092	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
80031251--80031315	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
80031742--80032691	27	35.3	27	94	0	1625	23	22	20	33	1.97
80032674--80032749	27	2.8	27	89	0	107	28	7	21	42	1.81
80032674--80032774	27	3.7	27	86	2	105	26	6	22	43	1.78
80032676--80032806	27	4.9	26	78	5	91	29	6	20	42	1.78
80032676--80032812	54	2.5	54	76	6	143	29	7	21	41	1.80
80032803--80033017	27	8.0	27	88	2	308	40	8	20	30	1.82
80033030--80033114	27	3.2	25	70	12	62	30	8	21	40	1.82
80039515--80039539	11	2.3	11	100	0	50	36	36	8	20	1.82
80045236--80045411	46	3.8	46	79	12	207	29	29	20	20	1.98
80045243--80045414	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
80048383--80048560	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
80048404--80048559	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
80050791--80051019	115	2.0	115	92	0	377	32	23	16	27	1.96
80051242--80051347	53	2.0	53	92	0	176	28	33	14	23	1.94
80051991--80052102	53	2.1	53	86	4	156	35	23	12	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80053151--80053229	40	2.0	40	94	0	140	31	17	29	21	1.96
80056585--80056762	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
80056606--80056761	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
80067980--80068136	44	3.6	44	72	11	151	33	25	19	21	1.97
80067952--80068137	87	2.1	87	91	0	300	33	25	19	21	1.97
80067952--80068092	43	3.3	43	70	13	135	33	26	18	21	1.97
80080537--80080904	27	13.7	27	87	0	486	32	14	15	37	1.87
80080906--80080999	27	3.5	27	80	9	111	38	20	19	22	1.94
80080899--80081014	27	4.3	27	80	4	108	40	16	18	24	1.91
80080899--80081014	54	2.1	54	79	3	126	40	16	18	24	1.91
80084750--80084778	12	2.5	12	94	5	51	48	0	27	24	1.51
80084912--80084938	13	2.1	13	100	0	54	33	7	0	59	1.25
80089306--80089455	44	3.4	44	74	12	173	34	26	19	20	1.96
80089348--80089498	43	3.5	43	74	12	173	31	27	18	21	1.97
80089288--80089505	87	2.5	87	97	0	411	34	25	18	21	1.96
80091126--80091191	33	2.0	33	93	0	114	18	21	22	37	1.94
80093427--80093473	20	2.3	20	81	0	58	23	21	17	38	1.93
80103718--80104057	27	12.7	27	89	1	461	32	14	15	37	1.88
80104039--80104167	27	4.8	27	76	5	109	38	17	18	24	1.92
80106711--80106735	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
80110069--80110183	29	4.0	29	83	6	137	29	29	13	26	1.95
80110410--80110440	16	1.9	16	100	0	62	6	19	25	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80110398--80110444	24	2.0	24	91	0	76	10	19	23	46	1.80
80110407--80110444	8	4.8	8	84	12	51	10	18	23	47	1.79
80114391--80114700	47	6.2	47	90	6	386	35	10	28	25	1.90
80114391--80114659	56	5.1	56	90	8	367	34	11	28	24	1.90
80114529--80114650	22	5.3	22	64	24	72	35	13	27	23	1.92
80116241--80116575	85	3.9	85	99	0	661	37	8	26	27	1.85
80116533--80116611	36	2.2	36	97	0	149	34	7	25	32	1.84
80120770--80121078	107	2.9	107	97	0	573	30	19	10	40	1.85
80123155--80123215	26	2.3	27	83	10	74	57	1	4	36	1.30
80123751--80123784	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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