genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84399602--84399755	74	2.1	75	93	1	265	50	7	8	33	1.61
84403069--84403137	24	2.9	24	74	6	61	42	15	21	20	1.89
84412420--84412448	14	2.0	15	93	6	51	37	6	6	48	1.57
84422785--84422827	17	2.6	16	81	7	50	58	2	0	39	1.11
84429646--84429686	21	2.0	20	86	13	57	53	0	0	46	1.00
84430317--84430355	20	1.9	20	84	5	51	33	5	7	53	1.51
84430837--84430938	49	2.1	49	85	7	136	30	28	15	25	1.96
84431539--84431583	22	2.0	22	86	4	63	8	13	11	66	1.44
84437039--84437220	91	2.0	91	97	0	346	39	9	24	26	1.86
84438356--84438451	26	3.7	26	81	1	111	27	13	17	41	1.87
84438344--84438451	52	2.1	53	82	1	128	25	14	16	42	1.87
84440783--84440831	25	1.9	26	91	4	82	48	22	4	24	1.67
84441855--84441929	34	2.2	34	80	2	89	53	20	4	22	1.62
84450543--84450567	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
84451096--84451152	26	2.2	26	96	0	105	24	17	19	38	1.93
84457245--84457746	269	1.9	266	87	5	739	29	24	16	30	1.96
84460159--84460288	58	2.2	58	87	4	181	52	3	0	43	1.22
84460584--84460609	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
84462218--84462290	35	2.1	35	97	0	137	50	8	15	26	1.71
84467482--84467541	30	1.9	32	83	12	81	66	3	1	28	1.17
84469192--84469250	24	2.5	24	83	10	68	62	3	0	33	1.12
84470114--84470183	18	4.0	18	74	9	65	41	15	15	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84470066--84470209	52	2.8	52	81	9	152	47	11	13	27	1.77
84471682--84471768	30	3.0	30	88	3	115	45	4	17	32	1.68
84471956--84472452	77	6.3	77	80	8	487	35	19	16	28	1.93
84472045--84472452	155	2.6	156	84	7	482	34	19	15	29	1.93
84472272--84472522	87	2.8	86	82	5	263	36	19	15	29	1.92
84472271--84472522	91	2.8	87	80	8	285	36	19	15	28	1.92
84486348--84486506	18	9.1	18	68	16	77	46	11	11	30	1.76
84486348--84486383	17	2.1	17	100	0	72	55	11	11	22	1.66
84487988--84488136	30	5.3	29	71	18	100	42	2	21	34	1.64
84490219--84490344	43	2.9	43	88	2	155	32	23	18	26	1.97
84493377--84493407	16	1.9	16	100	0	62	3	12	0	83	0.75
84493365--84493410	19	2.4	19	82	7	58	6	10	0	82	0.83
84500394--84501027	317	2.0	317	100	0	1268	47	13	14	24	1.81
84502828--84502887	19	3.1	19	70	15	50	58	3	0	38	1.15
84503440--84503586	72	2.0	72	100	0	294	40	26	9	23	1.85
84503473--84503585	35	3.2	35	62	18	88	40	24	9	24	1.85
84506427--84506541	56	2.0	57	83	5	144	42	3	5	48	1.42
84507706--84507739	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
84510539--84510579	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
84512485--84512518	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
84523105--84523263	43	3.7	43	71	10	119	25	17	25	31	1.97
84526422--84526684	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84526422--84526684	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
84526616--84526693	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
84534372--84534674	40	7.6	40	87	4	344	26	27	21	25	1.99
84534606--84534683	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
84537351--84537438	33	2.7	33	87	1	133	25	23	14	36	1.93
84537881--84537963	43	1.9	43	97	0	157	34	21	3	39	1.71
84538867--84538892	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
84542738--84542768	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
84542735--84542774	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
84542960--84543214	55	4.8	53	80	9	245	21	25	17	36	1.95
84543007--84543207	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	34	1.96
84556836--84556877	18	2.3	18	83	0	57	45	4	4	45	1.45
84560543--84560727	79	2.3	81	83	9	229	25	27	22	24	2.00
84560543--84560727	40	4.7	40	80	12	211	25	27	22	24	2.00
84568435--84568657	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
84568435--84568657	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
84580698--84580995	133	2.2	133	87	2	429	26	20	25	27	1.99
84580747--84581066	133	2.4	133	80	5	308	27	21	22	28	1.99
84583105--84583154	26	2.0	25	81	11	59	24	4	8	64	1.38
84583864--84584330	131	3.6	130	81	3	462	27	17	19	36	1.94
84595815--84595857	19	2.2	20	91	4	70	46	23	6	23	1.76
84598816--84599002	55	3.5	53	78	10	175	23	25	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84600386--84600518	48	2.8	48	77	2	142	34	25	17	22	1.96
84606869--84606918	25	2.0	25	88	0	73	24	20	28	28	1.99
84619882--84619973	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
84619863--84620026	40	4.1	40	78	10	167	24	26	23	25	2.00
84622701--84622865	43	3.9	42	79	7	172	30	24	17	26	1.97
84624167--84624201	17	2.1	17	94	0	61	11	45	8	34	1.71
84625074--84625204	47	2.7	49	77	5	151	25	19	29	25	1.99
84627883--84628024	41	3.5	41	90	0	203	24	19	18	37	1.94
84628369--84628639	137	2.0	136	83	5	341	37	17	14	30	1.90
84628502--84628778	77	3.6	76	84	4	317	33	19	15	31	1.92
84633845--84634103	40	6.5	40	93	3	391	25	28	23	22	1.99
84643813--84643845	12	2.8	12	86	4	50	57	3	0	39	1.14
84643855--84644195	3	111.3	3	67	18	100	59	4	4	31	1.38
84643893--84643965	29	2.3	34	81	13	93	65	2	2	28	1.20
84644005--84644076	31	2.3	31	83	9	85	56	4	5	33	1.41
84644002--84644076	17	4.6	17	76	12	68	57	4	5	33	1.40
84648965--84649003	14	2.7	14	81	18	53	17	0	2	79	0.84
84654154--84654197	15	2.9	15	83	6	54	59	0	0	40	0.98
84663143--84663319	67	2.6	67	81	7	173	31	16	29	22	1.95
84663167--84663350	67	2.8	64	77	8	194	29	16	30	23	1.96
84669026--84669058	17	1.9	17	100	0	66	54	12	12	21	1.69
84675960--84675999	13	3.1	13	85	0	53	15	27	35	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84682747--84682960	67	3.2	64	77	8	189	33	14	28	24	1.94
84689753--84689814	30	2.1	30	93	0	106	37	1	27	33	1.67
84704425--84704600	24	7.0	24	82	10	208	24	19	15	40	1.90
84704413--84704600	76	2.5	77	82	8	233	24	21	14	39	1.91
84704425--84704602	52	3.5	51	88	3	236	24	20	15	39	1.91
84708865--84708994	46	2.8	46	96	0	233	28	32	22	16	1.96
84714573--84714835	40	6.6	40	84	4	300	24	27	23	24	2.00
84715141--84715219	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
84715201--84715303	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
84717169--84717247	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
84717366--84720451	47	65.6	47	99	0	6019	29	29	8	32	1.87
84732332--84732398	33	2.0	33	100	0	134	49	11	11	26	1.74
84732730--84732811	43	1.9	42	87	2	119	34	25	15	24	1.95
84734299--84734411	41	2.7	41	79	4	127	27	23	16	31	1.96
84741721--84741830	43	2.6	42	83	8	134	27	26	18	28	1.98
84744992--84745153	27	6.0	27	86	0	189	40	20	14	25	1.90
84746161--84746223	25	2.4	27	79	10	69	28	12	3	55	1.52
84746228--84746361	17	7.7	17	74	7	92	30	9	1	58	1.39
84746148--84746329	3	59.7	3	74	10	102	29	9	2	58	1.44
84746328--84746369	21	2.0	22	86	13	61	28	16	2	52	1.56
84764421--84764670	40	6.3	40	90	3	292	24	21	28	26	1.99
84764368--84764670	80	3.8	79	84	3	342	25	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84764368--84764670	120	2.5	119	83	3	358	25	21	27	26	1.99
84770517--84770740	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
84770478--84770740	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
84770478--84770740	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
84772171--84772269	49	2.0	49	90	3	155	44	23	7	25	1.78
84774885--84774921	20	1.9	20	88	5	58	56	5	5	32	1.45
84776390--84776433	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
84779088--84779259	90	1.9	91	90	3	276	48	8	9	32	1.67
84779091--84779284	90	2.1	89	85	8	241	50	8	9	31	1.65
84779503--84779535	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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