genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92477104--92477287	98	1.9	98	93	2	318	31	27	5	35	1.81
92477258--92477451	47	4.1	47	93	0	316	26	28	10	34	1.90
92477326--92477452	25	5.3	25	64	21	92	27	27	10	34	1.89
92477284--92477472	94	2.1	91	83	7	231	30	25	9	33	1.88
92482016--92482597	101	5.8	101	77	3	530	28	18	24	28	1.98
92482011--92482496	151	3.2	151	91	0	774	28	17	24	28	1.98
92482167--92482651	252	1.9	251	93	0	826	28	17	24	29	1.97
92482861--92482890	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
92487635--92487662	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
92488969--92489414	224	2.0	223	97	1	849	33	11	22	32	1.89
92489380--92489538	50	3.2	50	80	0	167	25	16	28	30	1.97
92489352--92489536	99	1.8	101	81	3	230	24	15	27	32	1.95
92489736--92489765	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
92493734--92493760	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
92495205--92495240	8	4.5	8	85	0	54	52	19	22	5	1.66
92495492--92495553	26	2.3	27	72	10	65	37	22	8	32	1.83
92495659--92495764	27	3.9	27	87	2	142	23	25	16	33	1.96
92495658--92495764	55	2.0	54	87	5	153	23	25	16	34	1.95
92508737--92508776	20	2.0	21	85	5	55	60	0	7	32	1.25
92512973--92513083	29	3.9	29	79	3	118	26	32	13	27	1.94
92515286--92515416	47	2.8	47	77	17	137	25	27	18	28	1.98
92516308--92516332	9	2.8	9	100	0	50	68	24	0	8	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92521741--92521911	46	3.7	46	79	6	193	22	29	19	28	1.98
92521741--92521914	94	1.9	92	84	7	235	22	29	20	27	1.98
92522564--92522603	21	2.0	21	85	5	55	35	25	0	40	1.56
92522784--92522809	9	2.9	9	100	0	52	65	23	0	11	1.25
92525814--92525872	30	2.0	30	86	0	82	32	15	25	27	1.95
92526217--92526479	46	5.7	45	76	10	221	25	17	32	24	1.97
92526312--92526480	92	1.8	92	97	0	320	25	17	32	24	1.97
92526227--92526479	138	1.8	137	91	3	418	24	18	32	24	1.97
92528906--92529031	46	2.7	46	84	8	141	28	29	20	21	1.98
92532908--92532944	16	2.4	15	86	8	56	51	24	18	5	1.67
92533169--92533253	29	2.9	28	74	6	71	30	17	23	28	1.97
92536220--92536247	14	2.0	14	100	0	56	28	28	7	35	1.84
92545806--92546365	281	2.0	281	95	0	1012	29	17	24	28	1.97
92562040--92562122	35	2.4	35	82	8	98	46	22	4	25	1.71
92562093--92562159	35	1.9	35	87	0	98	46	17	7	28	1.75
92562453--92562572	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
92562620--92562720	50	2.0	51	98	1	195	45	19	12	21	1.84
92564091--92564957	40	21.7	40	99	0	1612	22	20	25	31	1.98
92565819--92566118	150	2.0	150	98	0	573	41	10	19	29	1.84
92569036--92569067	16	1.9	17	93	6	57	31	9	3	56	1.47
92582270--92582312	16	2.7	16	82	13	61	27	13	6	51	1.67
92582270--92582315	17	2.8	17	83	9	69	28	15	6	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92585784--92585815	16	2.0	16	93	0	55	37	9	6	46	1.61
92587224--92587269	20	2.4	19	82	7	58	52	2	2	43	1.25
92592832--92592873	21	2.0	21	90	0	66	19	4	23	52	1.65
92592703--92592971	138	1.9	138	96	0	493	21	12	22	43	1.86
92595702--92595765	31	2.1	31	100	0	128	28	15	17	39	1.90
92605678--92606027	18	19.1	18	71	12	194	39	13	10	36	1.79
92605770--92605893	54	2.3	54	97	0	230	41	12	9	35	1.76
92606196--92606305	45	2.4	45	86	0	148	41	19	19	20	1.90
92606190--92606328	45	2.9	48	78	11	142	40	20	20	18	1.92
92606283--92606307	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
92608050--92608092	5	8.4	5	97	2	77	60	0	0	39	0.97
92608180--92608232	21	2.5	22	78	9	65	58	3	0	37	1.16
92612634--92612929	18	16.1	18	71	8	121	37	14	10	37	1.81
92612634--92612917	36	7.7	36	72	11	171	38	14	10	36	1.81
92612726--92612929	54	3.8	54	76	7	164	37	13	11	37	1.82
92612727--92612929	72	2.8	72	80	6	225	37	13	11	37	1.81
92612727--92612929	36	5.6	36	75	8	189	37	13	11	37	1.81
92613100--92613209	45	2.4	45	90	0	175	42	19	18	20	1.89
92613094--92613237	45	3.0	49	81	11	163	40	20	19	19	1.91
92616671--92616717	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
92617986--92618063	38	2.1	38	87	0	111	50	0	29	20	1.49
92624819--92624943	62	2.0	62	90	0	196	33	15	19	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92634901--92634961	21	2.9	21	82	4	79	32	18	11	37	1.86
92634887--92634961	10	7.1	11	73	7	57	33	16	13	37	1.87
92640573--92640633	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
92640573--92640633	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
92659743--92659926	67	2.8	64	78	8	203	29	17	30	22	1.97
92674988--92675052	32	2.0	32	93	0	112	52	10	13	23	1.72
92676591--92676644	28	1.9	28	100	0	108	42	5	22	29	1.76
92676927--92676959	16	2.2	15	89	10	50	48	6	15	30	1.69
92678282--92678314	17	2.0	16	100	0	57	42	12	18	24	1.84
92679733--92679788	16	3.4	16	74	16	51	35	0	5	58	1.21
92681792--92681908	56	2.1	56	96	0	216	19	33	2	44	1.65
92683465--92683571	27	4.0	26	84	12	137	31	21	7	39	1.81
92683462--92683573	54	2.1	54	89	3	172	32	21	7	39	1.80
92683523--92683608	27	3.2	27	81	6	77	36	23	8	32	1.84
92683566--92683955	27	14.2	27	81	7	403	35	19	18	26	1.95
92683657--92683728	35	2.1	35	97	0	135	29	23	19	27	1.98
92684150--92684232	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
92684320--92684378	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
92684543--92684616	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
92684762--92684916	19	7.9	19	70	19	97	19	18	14	47	1.82
92684734--92684911	6	28.8	6	68	17	89	19	19	13	47	1.82
92684734--92684813	25	3.2	25	84	5	92	20	18	13	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92684756--92684838	37	2.2	37	86	0	121	19	19	15	45	1.85
92684735--92684900	62	2.7	62	89	0	233	19	18	13	48	1.81
92684797--92684857	25	2.4	25	83	0	86	22	19	9	47	1.79
92689235--92690391	40	28.9	40	95	1	2084	25	29	20	24	1.99
92694092--92694216	27	4.6	27	82	2	144	40	17	18	24	1.91
92694116--92694256	27	5.3	27	82	4	99	39	15	19	25	1.91
92698747--92698785	20	2.0	20	90	10	62	17	23	2	56	1.53
92698743--92698790	4	12.0	4	78	8	53	20	22	2	54	1.55
92699060--92699184	50	2.5	50	79	5	128	20	26	24	28	1.99
92706436--92706484	20	2.5	20	81	15	66	14	22	6	57	1.59
92706748--92706879	50	2.6	50	87	0	183	19	30	23	26	1.98
92706793--92706935	50	2.8	51	81	12	150	22	32	18	26	1.97
92709979--92710033	26	2.1	26	82	0	65	30	25	0	43	1.55
92715760--92715816	20	2.8	20	78	0	51	36	19	31	12	1.89
92723384--92723606	79	2.8	78	81	9	256	24	26	22	26	2.00
92723384--92723606	39	5.7	40	85	8	257	24	26	22	26	2.00
92736116--92736162	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
92737966--92738148	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
92737967--92738150	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
92738019--92738183	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
92745252--92745312	27	2.4	23	79	15	59	31	4	9	54	1.55
92747126--92747172	15	3.0	16	75	3	51	55	4	6	34	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92748031--92748070	18	2.2	19	90	4	64	57	10	0	32	1.32
92749582--92749783	100	2.0	100	100	0	404	36	2	19	41	1.67
92749598--92749804	100	2.1	100	91	1	335	38	2	20	37	1.68
92753417--92753632	70	3.1	70	86	6	287	25	21	21	31	1.98
92753506--92753632	36	3.6	35	71	16	100	25	21	22	31	1.98
92756400--92756453	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
92756601--92756789	49	3.8	49	80	2	234	27	18	24	29	1.98
92756596--92756790	100	2.0	100	93	0	336	27	19	24	28	1.99
92759442--92759641	96	2.1	95	87	0	283	31	19	14	35	1.92
92761677--92761723	15	3.0	16	75	3	51	55	4	6	34	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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