genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28866381--28866456	37	2.1	37	82	0	89	51	11	18	18	1.76
28866708--28866838	56	2.2	59	85	8	178	47	8	3	41	1.49
28868014--28868053	21	1.9	21	90	10	64	15	0	7	77	0.98
28868074--28868124	14	3.6	14	86	0	75	21	1	7	68	1.25
28870620--28870663	22	2.0	23	86	4	63	34	9	6	50	1.61
28874357--28874491	67	2.0	67	98	0	261	47	12	2	37	1.57
28874622--28874681	19	3.4	19	73	21	76	43	0	6	50	1.28
28874610--28874710	33	3.2	33	79	13	133	40	0	6	52	1.28
28874611--28874713	30	3.4	31	79	15	126	40	0	6	52	1.28
28874605--28874690	3	28.7	3	68	9	50	38	0	5	55	1.24
28879138--28879194	17	3.3	18	85	11	84	52	7	10	29	1.62
28879472--28879610	70	2.0	69	94	1	242	54	4	10	30	1.54
28881413--28881443	12	2.7	12	95	5	55	41	0	6	51	1.27
28881677--28881719	20	2.0	21	82	13	52	37	4	2	55	1.33
28881721--28881754	17	2.0	17	88	0	50	20	5	8	64	1.43
28882952--28882983	15	2.0	17	88	11	50	62	6	0	31	1.20
28883493--28883536	18	2.4	18	80	0	52	61	0	38	0	0.96
28883565--28883613	17	2.8	18	78	3	55	8	53	30	8	1.60
28883984--28884034	18	2.7	19	93	6	95	3	0	29	66	1.09
28884856--28884912	30	1.9	30	89	7	89	45	24	8	21	1.80
28884983--28885031	24	2.0	24	96	0	89	28	24	14	32	1.94
28885304--28885468	75	2.1	77	86	6	237	30	20	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28885157--28885616	167	2.7	167	88	2	656	30	20	19	30	1.97
28885552--28885678	66	1.9	66	91	0	209	22	25	18	34	1.96
28893957--28893992	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
28893953--28893984	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
28895361--28895405	17	2.6	18	89	10	76	51	8	8	31	1.64
28896598--28896636	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
28897065--28897178	55	2.1	55	81	6	133	35	22	24	17	1.95
28897079--28897178	27	3.6	28	81	5	114	32	23	26	19	1.97
28897284--28897348	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
28899873--28899902	11	2.7	11	100	0	60	76	6	0	16	0.99
28903385--28903756	49	7.5	49	83	4	489	25	16	27	30	1.96
28903377--28903756	99	3.8	99	98	0	726	25	16	28	30	1.96
28903377--28903801	198	2.1	197	91	4	651	26	16	27	29	1.96
28912280--28912313	5	6.8	5	100	0	68	79	0	0	20	0.73
28919101--28919224	47	2.6	47	84	0	158	28	29	9	32	1.89
28919449--28919591	40	3.6	40	84	7	175	25	27	21	24	1.99
28923421--28923892	40	11.8	40	93	0	791	26	29	21	23	1.99
28926751--28927141	40	9.8	40	91	0	624	21	21	30	25	1.99
28931082--28931381	47	6.4	47	88	3	424	33	8	30	28	1.86
28943469--28943498	11	2.7	11	100	0	60	30	20	6	43	1.77
28959081--28959264	40	4.6	40	77	12	191	25	27	22	25	2.00
28959081--28959265	79	2.3	81	82	9	220	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28966371--28966715	40	8.6	40	90	3	491	27	27	20	24	1.99
28970537--28970607	31	2.3	31	97	2	135	36	0	11	52	1.38
28974607--28975630	40	25.6	40	97	1	1862	27	27	20	25	1.99
28984288--28984352	22	3.0	22	77	8	78	33	20	24	21	1.97
28984494--28984677	98	1.9	98	95	0	332	23	29	15	31	1.95
28984890--28985255	27	13.6	26	79	7	268	31	9	19	39	1.84
28984868--28985263	81	4.9	81	77	3	334	31	9	19	39	1.84
28985205--28985263	26	2.2	27	93	3	102	33	11	16	37	1.86
28985245--28985327	27	3.1	27	89	0	121	31	24	14	30	1.94
28989761--28989939	48	3.7	48	93	0	322	27	26	19	26	1.99
28991418--28991537	29	4.2	29	77	9	129	25	28	15	30	1.95
28991425--28991537	58	2.0	57	84	5	147	24	29	15	30	1.95
28991609--28991646	19	2.1	19	90	5	60	18	39	15	26	1.91
28993037--28993068	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
28997247--28997322	27	2.8	27	83	0	89	34	19	21	25	1.96
28997312--28997483	27	6.4	27	85	1	175	40	19	9	31	1.83
28997312--28997483	81	2.1	81	81	2	193	40	19	9	31	1.83
28997486--28997840	27	13.1	27	83	3	410	31	20	7	40	1.79
28998143--28998206	33	2.0	32	81	9	76	21	25	18	34	1.96
28998168--28998227	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
28998346--28998455	31	3.5	31	81	7	127	19	20	13	47	1.82
28998346--28998476	6	21.3	6	72	16	99	19	19	13	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28998346--28998467	37	3.5	37	80	13	157	18	19	13	48	1.81
29000327--29000436	27	4.1	27	89	0	148	34	16	20	29	1.94
29000418--29000575	27	5.9	27	81	5	167	38	22	8	29	1.85
29000564--29000946	27	14.2	27	89	0	453	28	21	8	42	1.81
29000526--29000640	54	2.1	55	79	4	126	33	22	8	34	1.85
29000564--29000946	54	7.1	54	88	2	504	28	21	8	42	1.81
29000564--29000946	81	4.7	81	91	1	588	28	21	8	42	1.81
29002805--29002872	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
29002694--29003021	174	1.9	174	95	0	593	30	24	14	30	1.95
29002974--29003052	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
29004626--29004684	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
29004808--29004928	6	19.7	6	71	14	86	19	19	14	47	1.83
29004816--29004907	31	3.0	31	90	0	139	20	21	13	44	1.85
29006530--29006563	16	2.1	17	89	10	54	23	14	0	61	1.33
29008129--29008173	23	2.0	23	95	0	81	22	20	33	24	1.97
29014822--29014896	20	3.8	19	79	8	80	44	10	9	36	1.72
29014822--29014898	39	2.0	40	87	7	113	44	11	9	35	1.73
29014811--29014907	40	2.4	41	77	10	110	47	9	8	35	1.66
29015051--29015090	20	1.9	22	90	10	66	42	17	5	35	1.71
29021994--29022145	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
29021994--29022170	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
29026413--29026649	41	6.0	41	74	10	190	38	15	26	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29026509--29026568	30	2.0	30	86	0	84	45	13	20	21	1.85
29026468--29026608	71	2.0	71	87	0	201	42	14	24	19	1.88
29026427--29026649	112	2.0	112	84	0	293	39	15	25	19	1.90
29026964--29027061	48	2.0	48	94	0	169	23	20	10	45	1.81
29028897--29029301	27	15.0	27	87	1	517	41	16	14	27	1.87
29030138--29030186	23	2.2	21	82	7	62	53	10	10	26	1.66
29032573--29032610	19	2.0	20	89	5	60	39	0	0	60	0.97
29032574--29032646	19	4.2	18	72	22	59	39	0	4	56	1.19
29032960--29032995	18	1.9	19	94	5	65	44	0	19	36	1.51
29036070--29036107	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
29044503--29044591	44	2.0	44	97	0	169	35	11	20	32	1.88
29049507--29049591	45	1.9	44	85	2	116	24	14	24	36	1.93
29050957--29051016	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
29051832--29051915	31	2.7	31	94	1	143	28	25	17	28	1.98
29052128--29052205	25	3.2	25	81	3	88	25	20	23	30	1.98
29052135--29052204	25	2.8	25	84	2	97	24	22	25	27	2.00
29053013--29053077	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
29053131--29053189	28	2.1	28	84	6	75	38	10	11	38	1.76
29053196--29053348	54	2.8	53	79	3	164	32	8	19	39	1.82
29053225--29053351	27	4.7	27	84	7	132	31	9	18	40	1.83
29053380--29053592	27	7.9	27	84	3	241	38	7	22	31	1.81
29053380--29053578	81	2.5	81	87	4	278	39	7	23	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29053380--29053619	81	3.0	80	82	4	241	37	7	22	32	1.81
29053587--29053860	27	10.1	27	78	10	150	31	8	21	39	1.83
29053384--29053632	107	2.3	108	82	2	268	36	6	24	32	1.82
29053628--29053860	54	4.3	54	88	2	335	31	8	21	39	1.83
29053600--29053860	81	3.2	79	80	5	265	31	8	21	39	1.83
29066410--29066609	101	2.0	101	91	1	321	29	26	19	25	1.98
29068903--29069241	27	12.7	27	81	5	359	38	20	9	30	1.85
29068903--29069242	80	4.2	80	80	4	337	38	20	9	31	1.85
29069206--29069286	27	3.0	27	85	5	101	37	16	16	30	1.90
29074364--29074391	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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