genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1371183--1371309	42	3.0	42	86	6	170	29	26	14	29	1.95
1371268--1371391	47	2.7	46	86	2	167	29	27	16	27	1.97
1371396--1371424	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
1371430--1371571	31	4.6	31	91	0	221	28	28	16	27	1.97
1371547--1371675	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
1374587--1374635	17	2.9	17	75	3	55	46	8	8	36	1.63
1376758--1376803	3	15.3	3	82	8	58	39	0	2	58	1.10
1376766--1376801	19	1.9	18	88	5	54	36	0	2	61	1.11
1377853--1377942	23	3.9	23	88	0	126	10	5	35	48	1.60
1378568--1378640	36	2.0	36	97	0	137	30	6	20	42	1.78
1381914--1382044	48	2.7	49	75	16	121	18	25	21	35	1.96
1381964--1382055	25	3.8	25	80	9	109	17	22	21	38	1.93
1384224--1384255	15	2.1	15	94	0	55	21	6	3	68	1.26
1385870--1386067	68	3.0	67	70	21	182	38	4	4	52	1.43
1389931--1389977	25	1.9	25	86	4	69	76	0	17	6	0.98
1390267--1390343	29	2.5	31	80	12	88	46	12	12	27	1.79
1391543--1391610	31	2.2	31	91	0	118	38	10	17	33	1.84
1392759--1392797	17	2.3	17	86	0	60	10	12	46	30	1.75
1398329--1398363	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1398312--1398497	54	3.2	54	69	19	167	44	2	3	50	1.32
1398234--1398406	54	2.9	60	70	21	164	42	4	2	50	1.36
1398234--1398497	120	2.2	120	96	0	483	43	3	3	50	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1398282--1398465	54	3.1	59	69	20	173	43	2	4	48	1.38
1398462--1398503	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
1398453--1398494	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
1398437--1398753	157	2.0	157	94	2	557	47	5	3	44	1.41
1398805--1398895	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
1398876--1398944	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
1398876--1398944	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
1399327--1399386	28	2.1	29	84	6	79	35	0	1	63	1.05
1403388--1403455	21	3.3	21	80	13	63	16	4	33	45	1.67
1404928--1404972	6	7.5	6	100	0	90	68	0	0	31	0.89
1413045--1413090	23	2.0	24	86	4	67	45	19	10	23	1.82
1413149--1413174	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1415826--1416081	72	3.6	72	99	0	503	42	24	6	27	1.78
1416082--1416116	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
1420335--1420518	72	2.6	72	98	0	350	41	23	6	28	1.79
1420519--1420556	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
1423478--1423543	23	2.9	22	66	14	53	43	1	1	53	1.19
1423512--1423545	15	2.2	16	89	5	52	32	2	0	64	1.08
1430260--1430331	36	2.0	36	86	10	103	41	4	0	54	1.20
1433605--1433712	40	3.1	34	78	18	123	41	6	37	14	1.72
1433617--1433692	40	1.9	40	97	0	143	38	7	35	18	1.80
1435089--1435194	52	2.0	52	98	0	203	33	2	13	50	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1436267--1436329	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
1438051--1438110	18	3.3	19	80	13	63	51	0	3	45	1.17
1438103--1438147	23	2.0	22	86	8	63	64	2	2	31	1.18
1445144--1445207	30	2.1	32	85	5	87	48	6	3	42	1.44
1455470--1455502	4	8.2	4	100	0	66	48	27	0	24	1.51
1460741--1460816	38	2.0	38	94	0	134	30	19	9	40	1.83
1468621--1468690	24	2.9	24	91	4	106	22	0	24	52	1.47
1468672--1469021	153	2.3	155	87	5	503	34	1	20	44	1.59
1468934--1468987	23	2.4	22	75	6	54	18	1	29	50	1.58
1469021--1469054	16	2.1	17	88	5	52	52	32	0	14	1.42
1470942--1471001	31	1.9	31	89	0	93	23	13	11	51	1.73
1470944--1471011	31	2.2	31	81	5	75	26	11	10	51	1.70
1471222--1471353	62	2.1	62	83	5	160	41	8	15	34	1.77
1471258--1471353	31	3.1	31	70	14	81	43	8	12	35	1.73
1472714--1472774	9	6.6	9	71	14	52	49	0	0	50	1.00
1472714--1472772	14	3.7	17	76	19	65	49	0	0	50	1.00
1473179--1473208	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
1474371--1474395	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
1476028--1476066	14	2.8	14	84	0	51	64	0	0	35	0.94
1493699--1493732	5	6.8	5	93	0	50	58	0	26	14	1.36
1500107--1500136	6	5.0	6	100	0	60	0	33	0	66	0.92
1500101--1500136	18	2.0	18	88	0	54	0	38	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1500711--1500745	12	3.0	12	91	4	54	40	0	5	54	1.24
1501023--1501601	305	1.9	306	84	3	772	44	9	12	33	1.75
1504879--1504936	28	2.1	28	83	6	73	44	3	10	41	1.55
1505435--1505469	17	2.1	17	89	10	54	54	17	8	20	1.68
1508607--1508828	43	5.1	44	74	9	152	22	21	19	36	1.95
1508919--1509023	43	2.4	44	84	7	126	19	18	23	39	1.92
1508957--1509121	88	1.9	87	83	3	215	18	22	22	36	1.95
1508985--1509424	219	2.0	219	98	0	853	23	18	21	36	1.95
1517083--1517241	80	2.0	80	96	0	291	22	24	18	34	1.96
1523750--1523821	29	2.5	29	76	13	69	41	0	4	54	1.20
1524420--1524520	47	2.1	47	85	3	132	23	18	22	34	1.96
1530338--1530401	19	3.3	18	69	14	56	56	0	17	26	1.41
1530354--1530421	20	3.5	20	70	11	68	61	1	17	19	1.42
1530338--1530422	39	2.2	39	95	0	152	58	1	17	22	1.45
1530860--1530906	22	2.1	22	84	0	58	34	2	14	48	1.56
1532678--1532723	15	2.9	16	83	6	58	32	13	0	54	1.39
1532671--1532730	16	3.9	16	77	14	54	31	13	0	55	1.39
1532671--1532729	15	3.9	15	80	4	55	32	13	0	54	1.40
1535273--1535446	46	3.8	45	79	8	197	24	28	18	28	1.98
1536419--1536457	20	2.0	20	89	0	60	15	25	2	56	1.52
1539717--1539896	46	3.9	46	90	2	274	42	12	22	22	1.87
1539716--1539901	92	2.0	92	91	4	304	41	12	22	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1540182--1540214	17	2.0	17	88	5	50	48	3	12	36	1.56
1547309--1547347	20	2.0	21	90	10	64	17	28	2	51	1.59
1550958--1550991	15	2.2	16	90	10	54	38	0	2	58	1.13
1562416--1562632	108	2.0	105	97	0	353	32	24	9	33	1.88
1565102--1565139	20	1.9	20	84	10	51	57	2	15	23	1.51
1572173--1572214	22	2.0	22	95	4	77	9	42	28	19	1.82
1575460--1575528	31	2.3	31	79	2	77	28	23	20	27	1.99
1575529--1575587	31	1.9	31	89	0	91	28	22	18	30	1.97
1575595--1575743	50	3.0	50	95	0	271	27	22	15	34	1.94
1580254--1580294	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
1585986--1586082	46	2.1	46	81	7	108	29	19	27	22	1.98
1593249--1593319	35	2.0	35	94	0	124	42	14	15	28	1.86
1593337--1593383	24	2.0	24	91	0	76	34	2	12	51	1.52
1598577--1598606	8	3.8	8	95	0	51	36	23	3	36	1.71
1601796--1601921	61	2.1	58	85	7	164	52	3	0	44	1.17
1601884--1601929	24	1.9	24	86	8	67	47	2	0	50	1.13
1602200--1602240	21	2.0	21	85	9	57	53	7	0	39	1.29
1602334--1602405	35	2.1	35	97	0	135	37	11	9	41	1.74
1605756--1605780	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
1609318--1609354	20	1.9	19	89	10	58	51	10	0	37	1.37
1610982--1611046	25	2.6	25	78	9	69	26	16	24	32	1.96
1611031--1611099	25	2.8	25	84	0	84	34	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1620039--1620066	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
1621068--1621107	21	1.9	21	85	10	55	10	37	5	47	1.59
1628343--1628381	18	2.1	19	85	4	53	30	12	15	41	1.85
1639598--1639643	15	2.9	16	77	6	58	45	0	0	54	0.99
1646256--1646316	23	2.6	23	80	10	70	54	6	0	39	1.27
1648167--1648222	24	2.3	24	79	14	62	57	3	3	35	1.34
1648247--1648290	15	2.9	15	80	12	54	56	9	4	29	1.50
1650010--1650113	45	2.3	45	80	6	113	27	25	14	32	1.94
1650192--1650344	43	3.6	41	71	8	110	19	18	23	37	1.94
1650185--1650344	86	1.9	85	80	7	189	19	20	23	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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