genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54786419--54786451	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
54793682--54793733	26	2.0	26	96	0	95	30	3	13	51	1.58
54793986--54794018	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
54806690--54806832	12	11.3	12	66	14	58	23	12	2	61	1.44
54807114--54807156	15	2.7	16	89	7	61	13	2	0	83	0.74
54807114--54807173	22	2.6	22	84	10	68	18	3	0	78	0.89
54807116--54807159	10	4.2	10	80	8	52	15	2	0	81	0.78
54807113--54807175	13	4.8	13	78	18	60	20	3	0	76	0.93
54807116--54807170	16	3.3	16	83	16	60	18	3	0	78	0.90
54809244--54809282	20	2.0	20	100	0	78	41	5	15	38	1.69
54811413--54811448	18	2.0	18	100	0	72	33	0	33	33	1.58
54816654--54816679	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
54818381--54818415	13	2.8	12	91	4	52	22	2	0	74	0.95
54818494--54818567	21	3.6	20	84	10	96	36	4	1	58	1.26
54818527--54818827	134	2.2	135	79	9	364	40	3	2	53	1.31
54818675--54818730	24	2.3	24	84	9	69	39	0	1	58	1.08
54818765--54818799	13	2.8	13	91	8	56	42	0	0	57	0.99
54818759--54818846	31	2.9	31	76	18	89	43	0	0	56	0.99
54818911--54818955	24	1.9	23	86	4	63	57	2	2	37	1.23
54818937--54819008	20	3.6	21	83	9	96	59	0	1	38	1.06
54818935--54819044	19	5.9	18	77	20	104	60	0	0	39	1.03
54818930--54819075	34	4.2	34	82	14	165	60	1	0	36	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54819008--54819049	22	2.0	22	90	4	68	59	2	0	38	1.10
54818994--54819063	12	5.8	12	77	19	74	61	1	0	37	1.05
54818935--54819078	21	7.8	19	70	22	96	59	0	0	38	1.07
54824195--54824273	11	7.4	10	71	12	59	62	2	3	31	1.27
54824200--54824381	9	19.2	9	70	15	59	64	3	3	28	1.27
54824274--54824310	19	2.0	20	89	10	60	62	10	2	24	1.41
54824713--54824814	29	3.6	28	77	6	91	28	2	0	67	1.11
54824713--54824870	10	16.6	9	67	17	79	30	3	2	63	1.23
54826491--54826544	27	1.9	27	85	7	72	46	11	16	25	1.80
54832885--54832932	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
54832952--54833036	43	2.0	43	95	0	152	28	7	15	49	1.70
54837622--54837669	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
54837689--54837773	43	2.0	43	90	0	134	29	5	14	50	1.66
54839528--54839559	12	2.6	13	85	14	50	0	18	0	81	0.70
54845378--54845407	11	2.6	11	94	5	51	10	6	3	80	1.01
54848777--54848819	17	2.6	16	82	7	50	39	2	0	58	1.11
54850097--54850158	27	2.2	28	83	8	74	54	4	0	40	1.22
54850078--54850136	19	3.2	19	83	7	68	59	5	0	35	1.20
54850110--54850165	18	3.1	18	79	5	58	53	3	0	42	1.18
54850134--54850175	20	2.2	20	86	4	59	61	4	0	33	1.17
54850679--54850736	27	2.2	26	84	9	73	25	8	15	50	1.73
54851108--54851133	10	2.6	10	100	0	52	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54853000--54853046	24	2.0	24	83	8	60	48	6	29	14	1.69
54856878--54856915	16	2.3	17	86	4	51	39	15	2	42	1.61
54857950--54857998	23	2.0	25	88	7	75	53	28	0	18	1.45
54858268--54858297	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
54858858--54858882	4	6.2	4	100	0	50	0	24	24	52	1.48
54864618--54864649	16	2.0	16	100	0	64	25	18	6	50	1.70
54865907--54866149	85	2.9	83	79	10	271	43	10	12	32	1.77
54865845--54866149	85	3.7	84	76	10	270	42	11	13	32	1.80
54873269--54873303	14	2.5	15	86	13	56	62	0	5	31	1.18
54878696--54878721	11	2.4	11	100	0	52	38	15	0	46	1.46
54902318--54902357	21	2.0	21	90	5	64	25	27	35	12	1.92
54904153--54904302	28	5.4	28	86	3	187	26	12	29	31	1.93
54904178--54904302	55	2.3	55	90	2	189	28	12	28	30	1.93
54916675--54916836	46	3.5	47	77	8	147	25	30	17	26	1.97
54916708--54916856	46	3.2	46	69	18	128	25	28	18	26	1.98
54919582--54919611	7	4.3	7	100	0	60	83	0	16	0	0.65
54920987--54921172	73	2.5	73	98	0	354	40	25	6	27	1.80
54921173--54921222	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
54925550--54925590	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
54927422--54927463	20	2.1	20	100	0	84	45	14	4	35	1.66
54940079--54940160	31	2.6	31	88	3	112	46	19	10	23	1.81
54947410--54947581	46	3.7	46	79	13	208	27	28	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54947415--54947585	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	21	1.99
54949601--54949860	46	5.5	48	75	13	229	30	17	27	24	1.97
54949731--54949919	98	1.9	97	85	5	256	30	17	27	24	1.98
54949686--54949927	49	5.0	49	77	8	185	28	16	28	26	1.97
54953031--54953061	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
54953927--54953996	32	2.2	32	82	12	81	30	12	17	40	1.87
54954063--54954123	29	2.1	29	85	11	81	54	3	3	39	1.33
54954031--54954128	10	9.8	10	72	18	55	54	2	4	39	1.31
54954083--54954140	10	5.5	11	82	15	61	53	1	5	39	1.33
54955568--54955632	27	2.4	28	92	5	107	29	23	18	29	1.98
54959499--54959676	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
54959520--54959675	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
54968818--54969077	27	9.6	27	85	2	288	28	29	15	26	1.96
54968818--54969077	110	2.4	110	84	3	276	28	29	15	26	1.96
54979589--54979760	86	2.0	86	100	0	344	25	27	16	30	1.97
54980686--54980801	58	2.0	58	96	0	214	22	27	15	34	1.94
54984858--54984897	21	1.9	21	84	0	53	25	7	27	40	1.82
54986463--54986669	43	4.8	43	84	0	261	29	28	15	25	1.96
54986905--54986945	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
54986871--54986944	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
54991242--54991314	33	2.2	33	81	11	87	0	43	2	53	1.15
54992120--54992172	14	3.8	14	84	0	61	30	47	0	22	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54992114--54992178	14	4.6	14	79	7	60	33	44	0	21	1.53
54992120--54992196	21	3.7	20	83	8	75	32	46	0	20	1.51
54992163--54992221	21	2.8	21	82	7	57	42	38	0	18	1.51
54992747--54993008	41	6.4	41	87	3	323	21	21	22	35	1.96
54992747--54993008	123	2.1	123	88	3	377	21	21	22	35	1.96
54999891--55000726	26	32.2	26	92	0	1384	34	23	7	34	1.83
54999891--55000726	52	16.1	52	99	0	1636	34	23	7	34	1.83
55010192--55010269	40	2.0	40	89	0	120	20	14	32	33	1.92
55010835--55010942	26	4.2	26	95	0	189	31	7	25	35	1.84
55017989--55018149	26	6.2	26	99	0	313	34	7	22	35	1.83
55024405--55024438	12	2.9	11	91	8	50	2	52	0	44	1.16
55025996--55026127	42	3.0	44	76	19	130	21	16	20	40	1.91
55028422--55028471	24	2.1	24	100	0	100	54	22	12	12	1.69
55031757--55031809	16	3.3	16	76	10	63	35	24	5	33	1.79
55033054--55033134	4	19.0	4	80	14	83	28	3	0	67	1.07
55033110--55033183	23	3.3	22	78	10	69	39	2	2	55	1.28
55042205--55042268	32	2.0	32	100	0	128	25	21	28	25	1.99
55050967--55050999	17	1.9	17	88	11	50	36	30	15	18	1.91
55052662--55052707	24	1.9	24	90	0	74	34	4	4	56	1.39
55052456--55053002	270	2.0	271	90	1	864	42	7	8	42	1.62
55052926--55052977	24	2.2	24	85	0	68	34	1	5	57	1.33
55056578--55056741	42	3.9	41	82	4	184	29	15	24	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55080913--55080948	12	2.9	12	91	4	54	52	16	0	30	1.44
55083947--55083974	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
55092497--55092582	31	2.9	30	81	5	102	40	12	12	33	1.82
55092497--55092599	31	3.4	29	78	10	100	41	14	11	32	1.82
55092538--55092610	29	2.5	28	82	8	85	41	15	9	34	1.79
55094413--55094461	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
55094425--55094489	25	2.9	23	82	15	75	66	9	0	24	1.21
55094451--55094489	19	2.0	20	95	5	71	71	10	0	17	1.12
55095570--55095624	23	2.3	24	78	9	60	49	9	3	38	1.52
55099518--55099550	5	6.6	5	96	0	57	21	0	54	24	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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