genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87834400--87834508	56	1.9	56	87	3	157	28	13	29	28	1.94
87837190--87837339	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
87837214--87837397	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
87852915--87852950	18	2.1	18	89	5	56	47	0	8	44	1.33
87856044--87856215	40	4.3	40	79	7	163	23	20	27	28	1.99
87856039--87856215	80	2.2	79	84	6	232	23	20	28	27	1.99
87857943--87858131	96	2.0	96	93	0	324	33	19	22	24	1.97
87859847--87859993	43	3.5	43	75	14	144	28	14	26	30	1.95
87862589--87862930	24	14.0	24	90	2	479	27	20	21	30	1.98
87862979--87863039	20	3.0	20	85	0	86	34	21	11	32	1.89
87863082--87863129	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
87864291--87864355	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
87864386--87864595	27	7.7	27	75	7	140	31	10	19	39	1.85
87864627--87864799	27	6.4	27	82	5	215	42	8	20	28	1.81
87864627--87864799	81	2.1	81	89	2	267	42	8	20	28	1.81
87867579--87867871	24	12.0	24	91	1	433	27	19	22	31	1.98
87867920--87867980	20	3.0	20	90	0	104	34	21	11	32	1.89
87868023--87868070	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
87869218--87869297	27	3.0	27	78	10	78	23	23	18	33	1.97
87869415--87869570	27	5.8	27	76	6	138	29	8	19	41	1.82
87869411--87869570	81	2.0	81	83	4	207	30	9	19	41	1.83
87869569--87869733	27	6.1	27	80	5	181	43	6	18	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87869573--87869733	81	2.0	81	86	7	229	42	6	19	31	1.76
87873287--87873431	49	2.9	49	83	4	200	28	26	20	25	1.99
87876891--87876928	19	2.0	20	84	5	51	57	21	2	18	1.52
87877795--87877832	18	2.1	18	85	9	51	23	39	23	13	1.90
87881202--87881255	27	2.0	27	89	3	83	48	12	11	27	1.76
87882211--87882251	21	2.0	21	85	9	57	65	0	29	4	1.13
87882216--87882248	15	2.1	16	88	5	50	66	0	30	3	1.06
87884562--87884602	19	2.2	18	86	4	55	17	26	29	26	1.97
87889683--87889755	15	4.9	15	82	0	92	56	13	17	12	1.68
87891013--87891405	206	1.9	209	96	1	738	41	9	17	31	1.82
87908754--87908838	27	3.1	27	91	0	143	40	20	18	21	1.92
87909211--87909278	34	2.0	34	85	5	93	29	23	20	26	1.99
87914968--87915076	29	3.9	28	75	5	103	26	14	29	29	1.95
87919813--87919898	28	3.0	28	79	3	109	25	27	13	32	1.94
87921380--87921411	16	2.0	16	93	0	55	18	3	25	53	1.59
87924293--87924463	93	1.8	93	91	0	279	29	28	21	21	1.98
87924285--87924460	46	3.8	46	77	12	189	30	28	20	21	1.98
87930622--87930654	2	16.5	2	93	0	57	51	45	0	3	1.16
87934048--87934149	29	3.6	29	80	6	109	30	27	14	27	1.95
87939729--87939762	18	1.9	18	88	5	52	29	8	20	41	1.82
87940824--87940939	29	4.1	28	76	8	108	28	28	15	27	1.96
87940815--87940925	58	1.9	58	83	1	143	27	28	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87940997--87941030	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
87945272--87945460	40	4.8	40	83	5	224	25	31	20	23	1.98
87945777--87945838	30	2.1	30	96	0	115	30	19	17	32	1.95
87951017--87951103	27	3.2	27	90	6	133	32	22	25	19	1.98
87953814--87953903	24	3.7	24	76	2	81	28	15	26	28	1.96
87965662--87965837	46	3.8	46	76	12	189	21	21	28	28	1.98
87965658--87965830	93	1.9	93	92	0	292	21	21	29	27	1.98
87974789--87974888	47	2.1	47	83	0	119	36	9	26	29	1.87
87974858--87975044	50	3.8	49	87	6	263	36	6	25	31	1.83
87974859--87975044	98	1.9	98	92	0	309	36	6	25	30	1.83
87974811--87975065	50	5.2	50	79	13	235	34	8	27	30	1.86
87975191--87975370	74	2.4	74	93	1	299	23	18	32	25	1.97
87975191--87975373	37	4.9	37	89	2	269	23	18	32	26	1.97
87979390--87979452	33	1.9	33	83	0	81	23	23	25	26	2.00
87979569--87979669	27	3.8	27	86	3	134	34	21	23	19	1.96
87979932--87980190	42	5.7	41	76	17	178	30	25	14	29	1.95
87980001--87980310	49	6.2	49	79	7	297	31	24	14	29	1.94
87980017--87980234	97	2.3	95	87	4	305	30	26	14	29	1.95
87985068--87985200	44	3.0	44	94	0	230	39	4	22	33	1.74
87986153--87986203	18	2.7	19	78	6	59	37	15	11	35	1.84
87986863--87986904	20	2.1	20	95	0	75	38	19	9	33	1.84
87995030--87995094	32	2.0	32	96	0	121	35	29	13	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88003022--88003081	30	2.0	30	86	0	84	28	25	10	36	1.88
88005547--88005588	20	2.1	20	95	0	75	38	21	7	33	1.81
88012227--88012251	13	1.9	13	100	0	50	32	32	0	36	1.58
88018634--88018708	24	3.1	24	90	0	123	32	5	41	21	1.75
88020104--88020214	27	4.2	26	85	5	123	18	23	20	37	1.94
88031305--88031526	67	3.4	66	75	14	192	23	29	17	30	1.97
88031359--88031556	67	3.0	64	80	9	168	24	29	16	29	1.96
88032021--88032081	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
88033460--88033602	42	3.3	42	82	5	144	32	26	14	25	1.95
88041002--88041146	42	3.4	42	81	7	157	33	24	16	24	1.96
88041025--88041149	44	2.9	44	82	8	150	32	28	16	23	1.96
88045199--88045302	27	3.9	27	82	1	120	39	20	16	24	1.92
88051925--88051987	29	2.3	28	81	13	69	42	11	25	20	1.85
88055389--88055451	27	2.3	28	75	8	67	38	26	17	17	1.92
88055433--88055673	27	9.0	27	87	1	288	25	21	17	35	1.95
88055433--88055680	54	4.6	54	85	3	322	25	20	17	35	1.95
88055432--88055680	81	3.1	81	87	2	342	25	20	18	35	1.95
88055664--88055763	27	3.7	27	73	5	94	33	9	21	37	1.84
88055712--88056004	27	10.9	26	82	5	176	31	8	20	39	1.83
88055712--88056004	81	3.6	79	81	6	232	31	8	20	39	1.83
88055783--88056004	27	8.3	27	88	1	302	31	8	20	40	1.81
88058665--88058716	25	2.0	27	88	7	81	32	3	0	63	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88058701--88058751	18	2.9	17	80	16	59	41	1	3	52	1.31
88058801--88058868	21	3.3	22	78	10	63	33	4	1	60	1.26
88062024--88062061	17	2.2	17	100	0	76	34	10	34	21	1.87
88070398--88070437	21	1.9	21	85	10	55	40	15	5	40	1.68
88070952--88071862	44	20.8	44	83	2	1010	32	14	25	27	1.94
88082415--88082482	21	3.3	22	82	10	72	35	4	0	60	1.17
88082432--88082483	14	3.6	14	75	12	52	32	5	0	61	1.20
88082452--88082521	33	2.1	35	84	10	92	32	4	1	61	1.24
88085790--88085832	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
88086270--88086367	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
88086298--88086381	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
88092316--88092424	55	2.0	55	98	0	209	30	14	29	25	1.95
88092745--88093148	39	10.3	39	95	2	708	23	27	23	25	2.00
88094748--88094826	24	3.4	24	64	22	69	36	41	10	11	1.75
88094753--88094842	45	2.0	45	100	0	180	37	37	13	11	1.80
88094749--88094825	21	3.5	21	65	16	57	35	42	10	11	1.76
88100920--88101016	49	2.0	49	95	0	176	31	25	21	20	1.98
88113445--88113469	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
88115587--88115743	58	2.8	59	82	9	168	30	28	14	26	1.95
88115894--88115977	43	2.0	43	90	0	132	32	29	22	15	1.95
88115970--88116205	40	5.9	40	86	1	312	27	27	21	22	1.99
88115965--88116163	80	2.5	80	95	0	353	27	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88119781--88119805	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
88126951--88127309	46	7.6	48	73	14	198	23	30	19	26	1.98
88129224--88129341	62	1.9	62	91	0	191	37	25	11	25	1.90
88136874--88137010	67	2.0	68	95	1	249	24	21	13	40	1.89
88138485--88138850	40	9.2	40	93	0	608	24	28	21	25	1.99
88138904--88138978	38	2.0	38	84	5	98	24	26	17	32	1.97
88141409--88141759	47	7.4	47	93	1	567	28	30	8	32	1.87
88147619--88147943	48	6.8	48	73	15	232	24	30	17	26	1.97
88157006--88157309	40	7.7	40	77	6	298	25	21	26	25	2.00
88157006--88157309	79	3.8	80	78	6	314	25	21	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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