genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90743509--90743566	30	1.9	30	89	0	89	56	12	6	24	1.59
90761485--90761520	11	3.2	11	88	4	54	50	0	50	0	1.00
90764367--90764470	33	3.2	33	92	0	163	18	30	11	39	1.86
90766274--90766327	26	2.1	26	92	0	90	33	9	16	40	1.80
90768083--90768153	35	2.0	35	97	0	133	26	35	25	12	1.92
90774294--90774445	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
90774362--90774630	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
90774405--90774624	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
90774362--90774630	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
90777756--90777901	49	3.0	49	90	1	229	32	29	13	23	1.93
90779154--90779299	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
90779263--90779531	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
90779306--90779525	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
90779263--90779531	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
90782253--90782292	19	2.0	20	85	4	55	42	10	2	45	1.51
90789967--90790016	20	2.5	20	87	3	75	58	4	0	38	1.17
90795934--90796136	52	4.0	51	74	10	175	24	17	28	30	1.97
90797290--90797361	26	2.7	27	75	14	71	65	0	6	27	1.18
90798319--90798344	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
90816849--90816913	33	2.0	32	84	3	85	58	27	3	10	1.47
90822394--90822431	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
90831168--90831196	13	2.2	13	100	0	58	34	6	0	58	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90833448--90833487	19	2.1	19	100	0	80	27	15	7	50	1.70
90839338--90839470	48	2.8	48	88	1	178	16	17	31	34	1.92
90844229--90844415	50	3.7	50	83	7	223	29	28	16	25	1.97
90849334--90849449	40	2.9	41	89	3	164	36	16	10	37	1.83
90850447--90850479	14	2.4	14	94	0	57	33	3	0	63	1.10
90856852--90856899	21	2.2	22	82	14	64	47	0	16	35	1.47
90857601--90857728	65	2.0	66	84	4	170	32	12	22	32	1.91
90857587--90857777	98	1.9	98	86	2	267	33	11	23	31	1.90
90857590--90857835	33	7.5	32	77	8	158	34	11	23	30	1.91
90857586--90857835	98	2.6	98	80	5	238	34	11	22	30	1.90
90857776--90857857	33	2.5	33	80	7	87	36	12	23	28	1.90
90860328--90860405	6	13.0	6	84	0	66	2	44	1	51	1.23
90860337--90860401	9	7.2	9	72	6	51	3	41	1	53	1.25
90860331--90860401	21	3.4	21	84	0	88	2	43	1	52	1.24
90860328--90860404	15	5.3	15	73	9	61	2	45	1	50	1.23
90860334--90860404	27	2.6	27	86	4	99	2	43	1	52	1.24
90860483--90860574	6	15.3	6	82	0	94	3	43	3	50	1.34
90860575--90860626	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
90861535--90861572	16	2.4	16	86	8	51	47	5	0	47	1.24
90862687--90862759	31	2.4	30	77	4	83	34	13	12	39	1.82
90862901--90862959	29	2.0	30	86	3	84	49	15	6	28	1.70
90862911--90862980	29	2.3	29	83	9	79	44	15	7	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90867269--90867362	48	1.9	49	85	8	129	36	24	12	26	1.91
90868943--90868998	28	2.0	28	96	0	103	41	14	16	28	1.87
90873080--90873108	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
90873628--90873656	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
90874704--90874746	18	2.4	18	84	0	50	46	20	2	30	1.63
90875510--90875561	3	17.0	3	76	11	52	34	3	1	59	1.27
90875510--90875549	16	2.6	15	88	4	53	32	5	2	60	1.32
90875688--90875743	23	2.3	26	85	14	75	35	10	0	53	1.36
90877138--90877204	31	2.2	31	97	2	127	35	17	17	28	1.93
90880243--90880319	25	3.0	25	90	1	127	75	18	2	3	1.07
90880292--90880339	18	2.6	17	90	9	69	66	27	2	4	1.21
90880297--90880339	18	2.4	18	96	3	79	65	30	0	4	1.13
90883882--90883959	27	2.9	27	77	11	79	21	20	20	37	1.95
90884000--90884187	27	6.9	27	73	6	119	33	10	17	39	1.83
90884181--90884390	27	7.8	27	87	2	253	38	7	25	29	1.82
90884399--90884485	27	3.2	27	83	3	95	33	11	14	40	1.83
90884415--90884494	27	2.9	27	81	5	81	35	11	13	40	1.81
90886534--90886569	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
90892051--90892084	14	2.4	15	90	9	54	70	2	0	26	1.01
90892080--90892181	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
90893183--90893511	17	19.3	17	73	10	192	34	11	10	43	1.75
90893183--90893364	35	5.2	34	79	9	170	34	12	11	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90893530--90893567	16	2.3	17	81	4	51	36	15	10	36	1.82
90893490--90893569	19	4.3	19	69	18	51	41	12	7	38	1.71
90898512--90898600	17	5.4	17	81	2	92	38	7	12	41	1.72
90898520--90898600	34	2.4	34	93	0	135	34	8	13	43	1.75
90898620--90898657	16	2.3	17	81	4	51	36	15	10	36	1.82
90902078--90902245	73	2.3	73	83	6	216	25	18	19	36	1.94
90902227--90902254	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
90902164--90902379	92	2.4	85	83	14	285	26	17	21	34	1.96
90902262--90902578	140	2.3	140	97	0	598	26	17	20	35	1.95
90904685--90904773	16	5.5	16	71	20	53	33	2	6	57	1.37
90904701--90904761	16	3.5	17	75	11	61	32	3	6	57	1.41
90906850--90906880	16	1.9	16	93	0	53	77	3	12	6	1.08
90906897--90906946	3	16.7	3	82	0	64	68	8	0	24	1.16
90907511--90907548	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
90908621--90908645	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
90909029--90909138	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
90910757--90910869	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
90910755--90910869	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
90913710--90913753	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
90918448--90918535	3	29.0	3	79	2	95	32	6	1	59	1.31
90919146--90919229	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
90926009--90926226	47	4.6	47	82	3	206	32	29	15	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90926009--90926226	94	2.3	94	81	3	233	32	29	15	22	1.95
90927130--90927177	23	2.1	22	81	11	53	20	6	12	60	1.54
90931075--90931182	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
90932451--90932657	70	3.0	70	89	0	315	34	28	13	24	1.93
90935832--90935881	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
90936776--90936808	12	2.8	12	100	0	66	24	9	0	66	1.20
90937362--90937398	19	2.0	18	89	5	56	24	0	2	72	0.97
90937961--90938044	42	2.0	42	100	0	168	35	7	11	45	1.69
90938352--90938384	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
90938932--90939533	301	2.0	301	100	0	1204	34	15	24	24	1.95
90940672--90940723	21	2.5	21	73	17	54	38	1	13	46	1.54
90942501--90942707	67	3.2	64	71	10	161	32	16	28	22	1.96
90945815--90945890	29	2.6	29	95	0	134	25	10	30	34	1.89
90946224--90946251	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
90953485--90953518	18	1.9	17	88	5	50	50	29	0	20	1.49
90958375--90958408	18	1.9	17	88	5	50	50	29	0	20	1.49
90958875--90958923	25	1.9	25	83	4	62	51	0	14	34	1.43
90959371--90959407	14	2.6	15	83	12	51	56	0	5	37	1.22
90971777--90971812	18	1.9	19	88	5	56	69	0	0	30	0.89
90971856--90971964	45	2.4	45	87	4	148	62	5	30	1	1.28
90972812--90972849	18	2.1	18	90	0	58	23	15	13	47	1.81
90974029--90974103	31	2.5	31	80	2	89	34	10	10	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90975671--90976935	482	2.7	482	96	2	2290	34	14	14	36	1.86
90977395--90977429	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
90977670--90977705	18	2.1	17	89	5	54	27	0	0	72	0.85
90977670--90977718	25	2.0	25	84	8	64	32	2	0	65	1.04
90977739--90977808	34	2.1	34	92	7	117	42	7	0	50	1.30
90979954--90982801	75	38.5	73	93	3	3611	32	20	17	29	1.96
91006019--91006097	28	2.7	29	80	13	81	48	12	7	31	1.69
91006792--91006823	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
91007105--91007240	60	2.2	63	83	6	163	45	10	0	43	1.43
91007159--91007245	31	2.8	33	74	13	94	48	9	0	42	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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