genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77838802--77838876	26	2.8	27	80	8	91	25	17	21	36	1.95
77838861--77838963	27	3.8	26	77	8	100	29	10	21	38	1.87
77838962--77839185	27	8.3	27	81	1	252	39	7	23	30	1.81
77838964--77839171	54	3.9	54	91	3	303	38	6	23	31	1.79
77839150--77839278	26	4.9	25	73	8	78	29	10	22	37	1.88
77842822--77842885	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
77847983--77848160	40	4.5	40	90	3	263	23	23	27	25	2.00
77853501--77853559	27	2.2	26	84	3	73	20	23	20	35	1.96
77863655--77863690	18	1.9	19	88	5	56	55	8	0	36	1.30
77864492--77864535	22	2.0	22	86	0	61	52	4	0	43	1.22
77869132--77869271	40	3.5	40	85	2	183	40	18	23	17	1.92
77869397--77869457	27	2.3	27	85	5	79	9	37	19	32	1.85
77869664--77869711	25	1.9	25	100	0	96	33	8	0	58	1.28
77871977--77872043	28	2.4	28	89	0	98	28	26	13	31	1.94
77873853--77874020	46	3.6	46	77	10	180	20	22	29	28	1.98
77873849--77874021	93	1.9	93	91	0	283	20	21	30	27	1.98
77876027--77876139	31	3.8	30	88	6	160	29	25	16	28	1.97
77876163--77876254	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
77876402--77876471	25	2.8	25	86	4	88	25	24	24	25	2.00
77878058--77878235	27	6.6	27	82	5	180	29	27	15	27	1.96
77878078--77878234	82	1.9	81	87	3	226	29	27	15	27	1.96
77880515--77880579	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77880537--77880588	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
77880633--77880688	27	2.1	26	87	9	78	37	10	12	39	1.78
77880697--77880811	27	4.3	27	81	4	124	27	6	20	44	1.77
77880824--77881173	81	4.3	81	84	2	468	40	7	22	30	1.80
77880824--77881171	27	12.8	27	85	2	392	40	7	22	29	1.81
77883571--77883748	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
77883572--77883727	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
77883568--77883748	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
77904176--77904284	29	3.8	30	74	6	75	26	32	14	26	1.95
77904187--77904295	58	1.9	57	83	5	139	27	31	12	28	1.93
77904368--77904414	19	2.5	19	86	3	60	19	36	17	27	1.93
77907316--77907351	18	2.0	18	88	0	54	22	22	8	47	1.77
77911133--77911339	71	2.9	72	76	4	211	34	5	11	48	1.64
77911133--77911354	72	3.1	72	76	3	232	33	6	11	47	1.66
77912244--77912277	13	2.4	14	85	14	52	50	0	14	35	1.44
77912251--77912277	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
77912328--77912457	9	14.7	9	76	7	97	49	16	0	33	1.51
77912329--77912457	54	2.4	52	89	2	195	48	16	0	34	1.51
77917418--77917617	81	2.5	81	89	0	283	29	25	7	38	1.82
77917418--77917617	27	7.4	27	85	2	240	29	25	7	38	1.82
77917616--77917798	27	6.8	27	80	8	196	40	19	8	31	1.82
77917607--77917771	53	3.1	53	86	3	206	39	20	9	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77917764--77917861	27	3.6	27	80	13	110	39	17	9	33	1.81
77919540--77919801	68	4.0	64	77	11	230	30	16	28	24	1.97
77922551--77922643	42	2.2	42	98	0	177	31	15	20	33	1.93
77922665--77922779	31	3.7	31	90	1	178	27	15	26	29	1.96
77925473--77925537	24	2.7	24	76	9	60	35	3	33	27	1.73
77925485--77925554	36	1.9	37	83	13	92	40	2	32	24	1.70
77931658--77931798	60	2.4	59	83	9	171	27	26	19	25	1.99
77934846--77934914	27	2.6	26	86	2	93	42	23	5	28	1.77
77934848--77934914	26	2.5	27	85	2	91	43	23	5	26	1.77
77934897--77934958	27	2.3	27	85	0	79	40	16	16	27	1.89
77936853--77936925	27	2.8	26	83	4	92	39	24	4	31	1.74
77936907--77936966	27	2.2	27	85	11	79	41	20	11	26	1.86
77937407--77937468	27	2.3	27	82	0	70	22	16	16	45	1.85
77939614--77939665	25	2.1	25	96	0	95	9	23	7	59	1.54
77940707--77940779	27	2.7	27	72	16	69	41	21	9	27	1.84
77940757--77940810	27	2.0	27	92	0	90	35	22	14	27	1.93
77940760--77940818	27	2.2	27	87	0	82	38	22	15	23	1.92
77942133--77942356	46	4.8	46	83	5	290	29	25	21	23	1.99
77942141--77942310	93	1.8	93	92	0	286	28	25	21	23	1.99
77945497--77945555	27	2.2	27	93	0	100	38	20	16	23	1.92
77946039--77946117	39	2.0	39	100	0	158	22	17	21	37	1.94
77966882--77967064	40	4.6	40	95	0	312	27	22	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77970435--77970463	10	3.0	10	95	5	51	10	6	10	72	1.28
77971912--77972008	47	2.1	47	98	0	185	13	31	16	38	1.87
77972501--77972573	12	5.6	12	75	16	56	76	2	6	13	1.09
77972501--77972573	13	5.5	13	75	6	56	76	2	6	13	1.09
77972511--77972573	29	2.2	29	82	0	72	76	1	7	14	1.08
77972553--77972603	16	3.5	15	80	19	56	72	5	15	5	1.24
77972501--77972588	41	2.1	41	83	4	106	75	4	7	12	1.18
77972836--77972866	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
77975028--77975124	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
77976934--77976959	12	2.2	12	100	0	52	76	7	0	15	0.99
77977917--77977987	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
77977927--77977976	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
77978037--77978067	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
77980230--77980326	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
77984516--77984634	55	2.1	56	96	1	222	45	9	22	22	1.81
77984879--77984913	17	2.1	17	100	0	70	28	20	11	40	1.87
77985776--77986000	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
77985776--77986033	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
77991378--77991425	25	1.9	25	87	8	71	22	22	25	29	1.99
77991388--77991475	25	3.6	23	75	15	70	27	22	20	29	1.99
77992933--77993110	27	6.6	27	82	6	173	30	27	15	26	1.96
77992954--77993109	82	1.9	81	85	6	217	30	27	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78002328--78002505	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
78002328--78002505	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
78007543--78007613	25	2.8	25	72	6	63	25	21	19	33	1.97
78008494--78008608	54	2.1	54	83	0	140	44	16	17	21	1.87
78008505--78008667	27	6.0	27	75	7	116	40	19	19	20	1.92
78008574--78008692	54	2.2	54	84	3	150	35	17	23	23	1.95
78008572--78008692	27	4.5	27	76	3	109	35	17	23	23	1.95
78008711--78008796	24	3.6	24	79	6	93	29	4	20	45	1.71
78008730--78008805	24	3.2	23	84	3	98	27	2	21	48	1.63
78008730--78008819	24	3.8	24	83	2	92	26	3	21	48	1.65
78008935--78008985	26	2.0	26	92	0	84	21	23	19	35	1.96
78008945--78009000	26	2.2	26	83	0	67	19	21	25	33	1.97
78008994--78009179	32	5.8	32	79	6	205	24	19	18	36	1.95
78012081--78012120	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
78013139--78013195	15	3.6	16	86	11	82	19	12	5	63	1.47
78013238--78013269	10	3.0	11	90	9	57	18	0	9	71	1.12
78021320--78021359	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
78029768--78029794	14	1.9	14	100	0	54	29	37	7	25	1.83
78033470--78033608	37	3.8	37	95	0	233	25	30	18	25	1.98
78033727--78034324	47	12.6	47	93	2	980	29	29	8	32	1.87
78033727--78034324	96	6.3	96	93	1	987	29	29	8	32	1.87
78034303--78034333	16	1.9	16	93	0	53	38	29	0	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78038397--78038625	40	5.7	40	84	4	237	23	28	20	27	1.99
78038440--78038637	40	4.9	40	90	2	299	23	28	20	27	1.99
78038655--78038726	29	2.4	29	84	6	92	27	33	13	25	1.94
78038726--78039063	43	7.7	43	93	5	559	26	33	15	24	1.95
78038907--78039051	51	3.0	50	87	8	205	24	33	16	24	1.96
78038916--78039006	28	3.4	28	70	20	86	26	31	15	26	1.96
78038864--78039051	94	2.0	94	95	0	340	25	34	15	24	1.95
78041091--78041216	47	2.7	47	87	0	162	27	32	8	30	1.87
78044454--78044589	43	3.2	43	69	15	129	30	16	27	25	1.97
78050233--78050299	27	2.6	24	83	9	71	29	28	13	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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