genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25940156--25940332	72	2.5	72	82	4	198	30	25	19	24	1.98
25941008--25941050	20	2.3	19	81	14	54	37	18	0	44	1.50
25957558--25957742	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
25957559--25957742	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
25957559--25957775	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
25964195--25964367	56	3.1	56	96	0	310	44	8	23	24	1.80
25965557--25965766	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
25965504--25965766	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
25965505--25965801	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
25968790--25969602	3	271.0	3	99	0	1608	66	0	33	0	0.92
25970246--25970316	29	2.4	28	86	6	88	53	12	9	23	1.68
25978626--25978832	54	3.9	54	73	11	181	38	17	22	22	1.93
25980924--25980977	26	2.1	26	96	0	99	35	9	24	31	1.87
25985295--25985691	202	2.0	202	98	0	776	30	21	18	29	1.97
25992421--25992646	40	5.7	40	88	4	271	25	27	21	25	1.99
25993778--25993897	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
26006555--26006732	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26006556--26006711	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26006552--26006732	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26018927--26019476	47	11.4	49	90	4	813	29	29	8	33	1.86
26018927--26019470	96	5.7	96	90	3	823	29	29	8	33	1.86
26026451--26026492	21	2.0	20	86	4	57	16	19	28	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26037638--26037783	27	5.4	27	88	0	193	28	23	8	39	1.84
26037639--26037783	54	2.7	54	90	0	218	28	24	8	38	1.84
26037775--26037913	27	5.1	27	72	15	108	38	23	10	28	1.87
26037773--26037914	54	2.7	53	78	10	155	38	23	10	28	1.88
26037815--26037994	83	2.2	81	83	2	216	41	20	7	31	1.79
26038019--26038070	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
26039872--26040043	93	1.8	93	91	0	281	27	30	20	21	1.98
26039865--26040039	46	3.8	46	77	10	185	28	30	20	21	1.98
26040096--26040198	51	2.0	51	92	0	170	23	31	16	29	1.96
26045182--26045301	46	2.6	45	86	2	150	29	29	20	21	1.98
26046851--26046898	20	2.4	20	92	0	78	43	12	16	27	1.84
26048714--26048891	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26048715--26048870	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26048711--26048891	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26056805--26056982	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
26056806--26056961	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
26056802--26056981	82	2.2	81	82	3	218	27	15	26	30	1.96
26063317--26063355	20	2.0	20	95	5	71	20	15	43	20	1.88
26065733--26065771	20	2.1	19	85	9	53	2	28	17	51	1.59
26077702--26077851	75	2.0	75	92	0	246	32	10	21	36	1.87
26088268--26088543	40	6.9	40	90	3	416	26	26	21	25	2.00
26088268--26088543	119	2.3	119	90	4	416	26	26	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26095661--26095876	40	5.5	40	82	6	210	25	26	21	26	2.00
26095694--26095880	79	2.3	78	81	8	225	25	26	21	26	1.99
26095694--26095882	40	4.8	41	85	5	221	25	26	21	25	1.99
26115921--26116068	43	3.5	42	78	14	144	25	25	19	29	1.99
26133351--26133415	33	2.0	33	93	0	112	21	12	24	41	1.87
26136398--26136487	45	2.0	45	95	0	162	17	23	25	33	1.96
26139836--26139884	23	2.1	23	100	0	98	40	12	20	26	1.87
26139981--26140044	29	2.1	31	88	5	96	46	0	1	51	1.10
26141964--26142019	29	1.9	29	89	7	87	33	0	28	37	1.58
26142369--26142408	22	1.9	20	90	10	62	32	0	0	67	0.91
26144961--26145135	49	3.6	49	77	6	160	26	18	28	25	1.98
26146891--26147418	48	11.0	48	76	8	376	28	19	26	25	1.99
26146903--26147416	146	3.6	144	84	5	569	27	19	27	25	1.99
26147952--26147990	21	1.9	19	85	10	51	56	2	7	33	1.41
26150482--26150734	48	5.3	47	86	6	323	45	11	10	32	1.75
26152023--26152177	43	3.6	43	77	5	125	28	15	24	31	1.95
26169530--26169581	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
26177403--26177464	30	2.1	30	100	0	124	33	22	16	27	1.95
26179911--26180061	43	3.5	43	78	7	146	30	14	22	32	1.94
26184105--26184183	34	2.3	34	86	4	106	29	18	24	27	1.98
26199819--26199876	29	2.0	29	96	0	107	53	8	0	37	1.32
26206201--26206244	22	2.0	22	86	8	63	2	15	20	61	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26207439--26207495	9	5.8	10	76	15	57	36	8	21	33	1.84
26207457--26207512	20	2.8	20	97	0	103	37	10	19	32	1.86
26207457--26207512	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
26207564--26207684	52	2.4	51	90	2	190	23	22	24	28	1.99
26207564--26207684	26	4.7	26	86	1	165	23	22	24	28	1.99
26210180--26210244	15	4.5	15	77	11	55	67	1	9	21	1.27
26219584--26219625	20	2.1	20	95	0	75	19	14	23	42	1.87
26230652--26230692	14	2.9	14	88	3	55	80	2	2	14	0.92
26233771--26233802	13	2.6	12	90	9	55	53	15	0	31	1.43
26242079--26242192	43	2.7	42	79	2	147	31	14	23	29	1.95
26243154--26243239	31	2.8	31	91	1	138	25	25	16	32	1.96
26243458--26243526	24	2.8	25	86	4	95	23	24	24	27	2.00
26243636--26243681	24	1.9	24	86	0	65	30	13	23	32	1.93
26247135--26247210	38	2.0	38	94	0	134	28	13	26	31	1.93
26253357--26253687	49	6.7	48	79	5	331	29	25	18	26	1.98
26253357--26253687	99	3.3	99	85	2	414	29	25	18	26	1.98
26255293--26255402	43	2.6	43	78	4	116	27	18	21	32	1.96
26255238--26255387	43	3.5	43	71	15	123	28	16	23	32	1.95
26258212--26258419	56	3.7	56	84	3	258	37	23	12	26	1.91
26259386--26259415	13	2.3	13	94	0	51	6	23	0	70	1.11
26260503--26260761	64	4.0	64	98	0	500	30	4	20	44	1.71
26273230--26273324	29	3.4	28	82	4	111	26	13	31	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26278216--26278269	27	2.0	27	100	0	108	33	3	18	44	1.67
26278687--26278817	50	2.6	50	78	2	138	28	16	24	30	1.97
26278505--26278786	141	2.0	141	85	0	375	29	17	22	30	1.96
26283055--26283089	13	2.7	13	86	0	52	37	8	42	11	1.72
26292827--26292909	39	2.1	39	97	0	157	24	12	15	48	1.79
26298283--26298451	39	4.3	39	93	0	284	25	19	26	28	1.99
26303053--26303087	15	2.2	16	90	5	54	74	0	14	11	1.08
26303060--26303101	20	2.1	20	86	0	57	73	0	14	11	1.09
26306252--26306294	15	2.8	16	79	13	54	79	0	11	9	0.95
26307597--26307634	18	2.2	17	86	13	51	21	10	13	55	1.67
26308294--26308348	27	2.0	27	86	6	76	38	12	14	34	1.84
26316162--26316433	6	44.8	6	74	18	226	48	13	16	21	1.80
26316141--26316305	30	5.3	29	78	13	134	49	12	16	21	1.79
26316162--26316433	61	4.8	58	77	17	155	48	13	16	21	1.80
26316294--26316433	61	2.3	61	98	0	271	47	15	15	20	1.82
26316162--26316433	73	4.0	71	79	15	315	48	13	16	21	1.80
26318869--26318918	22	2.3	22	100	0	100	42	26	4	28	1.73
26319723--26320114	195	2.0	195	95	0	712	32	17	13	36	1.89
26322497--26322690	40	4.8	40	82	5	232	25	21	27	25	1.99
26322499--26322716	79	2.7	78	77	14	221	25	21	27	25	1.99
26325111--26325170	30	2.0	30	83	0	75	30	21	8	40	1.83
26327653--26327744	40	2.3	40	83	3	105	22	14	29	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26328467--26328519	23	2.2	24	83	9	65	26	1	30	41	1.66
26332771--26332913	43	3.3	42	79	9	139	34	25	16	23	1.95
26336115--26336157	21	2.1	21	83	8	54	65	2	6	25	1.30
26336824--26337158	141	2.4	141	88	1	438	34	11	28	25	1.91
26336786--26337124	47	7.2	47	91	0	507	34	11	27	25	1.91
26337138--26337228	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
26342960--26343148	40	4.8	40	75	10	149	24	22	28	24	2.00
26344795--26344895	51	2.0	51	98	0	193	36	21	18	22	1.95
26345160--26345694	268	2.0	268	98	0	1043	25	17	24	32	1.96
26352130--26353080	40	23.8	40	98	0	1785	29	21	27	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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