genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81843158--81843186	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
81848390--81848615	9	24.6	9	75	9	143	38	0	12	47	1.48
81848390--81848615	18	12.3	18	76	9	161	38	0	12	47	1.48
81848443--81848615	27	6.2	27	77	10	159	38	1	13	46	1.50
81848366--81848587	114	1.9	114	86	3	313	38	0	12	47	1.48
81848720--81848775	15	3.8	15	73	21	64	51	1	0	46	1.11
81848952--81849019	24	2.8	24	82	8	93	45	5	19	29	1.73
81853906--81853958	26	2.0	28	85	7	74	47	18	1	32	1.60
81854321--81854365	18	2.5	18	89	7	65	46	4	4	44	1.43
81854678--81854989	41	7.6	41	90	0	464	26	27	20	24	1.99
81854995--81855094	41	2.4	41	88	0	137	19	22	25	34	1.96
81856316--81856375	29	2.0	30	93	3	104	56	10	6	26	1.57
81858388--81858416	11	2.6	11	100	0	58	55	6	0	37	1.27
81859627--81859784	87	1.8	87	88	1	237	38	21	13	25	1.91
81863081--81863274	39	5.0	39	83	6	207	21	21	28	28	1.99
81870175--81870298	39	3.2	39	95	0	212	20	21	30	26	1.98
81870175--81870336	39	4.2	39	88	2	202	20	22	30	25	1.99
81870175--81870363	78	2.4	78	81	6	197	20	22	30	26	1.98
81870191--81870368	39	4.6	38	81	6	148	20	22	29	27	1.99
81873290--81873341	24	2.2	24	96	0	95	36	1	7	53	1.41
81873290--81873353	24	2.7	24	90	4	85	35	3	10	50	1.54
81887389--81887510	65	1.9	65	93	3	210	32	16	6	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81892212--81892396	40	4.7	40	82	6	198	25	28	21	24	1.99
81892212--81892396	79	2.3	80	78	8	189	25	28	21	24	1.99
81893039--81893236	47	4.2	47	96	1	342	25	27	9	37	1.87
81901736--81901774	21	1.9	20	85	15	53	15	35	25	23	1.94
81902016--81902071	26	2.2	26	100	0	112	33	25	10	30	1.90
81903680--81903740	9	6.9	9	80	14	65	9	11	3	75	1.16
81903680--81903728	17	2.8	17	87	6	62	8	12	4	75	1.16
81903724--81903753	14	2.1	14	93	0	51	20	6	3	70	1.25
81904582--81904622	3	14.0	3	94	5	75	34	0	0	65	0.93
81911029--81911062	17	2.0	17	100	0	68	70	17	11	0	1.16
81915638--81915695	30	1.9	30	82	6	73	24	32	27	15	1.95
81924850--81924881	14	2.3	14	94	0	55	31	43	15	9	1.78
81929760--81929791	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
81957652--81957750	50	2.0	50	95	0	180	32	13	24	30	1.93
81958091--81958214	49	2.5	50	83	5	137	25	20	17	36	1.94
81960086--81960118	16	2.1	16	94	0	57	45	0	6	48	1.27
81968330--81968751	86	4.9	85	78	7	349	22	13	22	41	1.89
81968330--81968751	43	9.9	43	74	4	316	22	13	22	41	1.89
81968329--81968751	170	2.5	170	81	4	456	22	13	22	41	1.89
81970914--81971129	46	5.0	46	81	14	260	22	24	14	37	1.92
81971037--81971107	34	2.1	34	100	0	142	23	26	14	35	1.93
81975006--81975073	28	2.5	25	77	17	66	63	2	1	32	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81975005--81975065	28	2.2	26	85	11	77	63	3	1	31	1.20
81976888--81976963	27	2.8	27	85	0	89	26	15	19	38	1.92
81976898--81976976	27	2.9	27	86	0	95	27	11	20	40	1.87
81976957--81977351	27	14.7	27	83	4	293	29	9	21	38	1.85
81976930--81977351	54	7.8	56	80	7	342	29	9	21	39	1.85
81976930--81977351	81	5.2	80	78	4	342	29	9	21	39	1.85
81980739--81980789	13	3.7	13	80	14	57	7	5	15	70	1.30
81981012--81981117	30	3.6	29	71	12	81	45	1	24	28	1.64
81981011--81981098	30	3.0	30	75	8	90	45	2	22	29	1.65
81981124--81981169	24	1.9	24	95	0	83	26	0	2	71	0.97
81981406--81981565	10	16.5	10	66	19	63	65	2	2	30	1.19
81981407--81981566	9	16.7	9	67	16	81	64	2	2	30	1.20
81981432--81981486	21	2.7	21	80	5	60	58	0	1	40	1.09
81981473--81981576	20	5.2	20	69	11	61	65	3	3	26	1.27
81981406--81981575	30	5.8	30	70	13	106	64	2	2	29	1.22
81981492--81981576	10	8.6	10	71	16	52	67	4	3	24	1.26
81981749--81981878	38	3.4	36	70	18	104	26	5	1	66	1.22
81981771--81981826	20	2.8	22	79	15	59	26	7	0	66	1.18
81982087--81982379	91	3.2	90	83	11	327	40	6	17	35	1.76
81986149--81986197	23	2.1	23	100	0	98	28	18	8	44	1.78
81996004--81996094	2	45.0	2	69	18	55	42	8	2	46	1.47
82010313--82010338	11	2.4	11	100	0	52	46	30	7	15	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82017524--82017744	46	4.8	46	93	2	336	28	29	20	20	1.98
82031727--82031977	68	3.8	65	74	14	201	24	29	16	30	1.96
82033731--82033761	15	2.1	15	93	0	53	12	0	3	83	0.75
82040986--82041211	40	5.7	40	92	2	330	26	27	22	24	2.00
82048994--82049178	40	4.7	40	83	6	200	26	27	22	23	1.99
82048994--82049178	79	2.3	80	80	10	209	26	27	22	23	1.99
82052882--82052907	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
82053261--82053312	13	3.8	13	73	9	50	44	7	3	44	1.51
82053262--82053321	28	2.1	28	100	0	120	36	8	6	48	1.60
82053275--82053322	15	3.3	15	71	11	55	35	8	8	47	1.64
82053728--82053761	14	2.4	14	90	9	52	41	0	0	58	0.98
82053777--82053892	33	3.3	35	82	11	116	50	0	2	46	1.15
82057996--82058074	37	2.1	37	88	0	113	26	30	18	24	1.98
82058261--82058339	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
82057878--82058407	265	2.0	265	99	0	1051	32	22	16	29	1.96
82063853--82063956	38	2.7	38	81	8	131	25	21	21	32	1.98
82063866--82063985	38	3.1	38	81	2	114	24	20	20	34	1.97
82065145--82065279	60	2.2	60	80	6	139	25	25	20	28	1.99
82065284--82065326	19	2.3	19	84	8	52	34	25	18	20	1.96
82069364--82069407	18	2.4	18	88	7	63	25	50	9	15	1.74
82072912--82072957	22	2.2	22	84	7	60	56	8	4	30	1.49
82073447--82073488	12	3.4	12	80	6	57	80	7	11	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82079502--82079741	120	2.0	120	96	0	444	27	22	21	28	1.99
82084065--82084151	19	4.3	19	68	24	61	56	5	5	32	1.47
82084235--82084450	104	2.1	104	98	0	414	51	6	6	35	1.55
82084545--82084587	11	3.9	11	81	0	50	60	4	0	34	1.17
82089136--82089682	289	1.9	289	99	0	1076	42	7	8	41	1.64
82089623--82089742	60	2.0	60	98	0	231	53	0	10	35	1.40
82091515--82091554	21	1.9	21	84	0	53	45	0	5	50	1.23
82092981--82093223	132	1.8	132	89	0	378	39	19	16	24	1.92
82100282--82100339	26	2.2	26	96	0	107	48	22	22	6	1.74
82101288--82101330	11	4.0	11	75	6	52	16	2	4	76	1.05
82103053--82103174	6	19.8	6	70	14	79	47	13	19	18	1.82
82103076--82103146	19	3.8	19	72	10	74	43	15	22	18	1.87
82103065--82103151	37	2.4	37	86	0	120	43	14	21	19	1.87
82103076--82103170	19	4.7	19	64	21	50	45	15	20	18	1.86
82103292--82103385	27	3.5	26	84	5	125	34	21	24	20	1.97
82103573--82103636	22	2.9	21	73	17	58	32	21	25	20	1.97
82104022--82104507	27	18.0	27	85	0	596	26	19	18	35	1.95
82104022--82104508	108	4.5	108	88	1	672	26	19	18	35	1.95
82106584--82106693	6	17.8	6	70	12	71	48	11	19	20	1.80
82106596--82106684	19	4.8	18	76	13	74	46	12	20	21	1.83
82106584--82106693	31	3.5	31	71	9	89	48	11	19	20	1.80
82106584--82106665	37	2.2	37	86	0	110	48	10	20	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82106811--82106945	27	5.0	26	82	4	126	35	20	22	21	1.96
82106811--82106945	54	2.5	53	79	5	146	35	20	22	21	1.96
82107115--82107166	22	2.3	23	75	15	56	28	21	26	23	1.99
82107557--82108015	27	17.0	27	86	2	537	26	18	17	36	1.94
82112526--82112605	40	2.0	40	97	0	151	22	21	20	36	1.95
82113006--82113113	55	2.0	55	81	3	128	31	28	22	17	1.97
82116819--82116996	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
82116840--82116995	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
82126403--82126482	6	13.2	6	89	4	117	16	1	2	80	0.90
82154059--82154316	38	6.8	38	83	3	313	32	24	21	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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