genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.307.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101203682--101203877	108	1.8	108	89	2	313	46	10	17	25	1.80
101203843--101203943	45	2.3	43	80	10	112	52	8	12	25	1.68
101204213--101204276	13	5.1	12	83	11	76	0	9	4	85	0.72
101204219--101204277	8	7.8	8	81	14	63	0	10	5	84	0.76
101204213--101204265	21	2.5	22	84	9	74	0	9	3	86	0.68
101204688--101204735	8	5.9	8	85	9	53	10	6	0	83	0.81
101204685--101204733	14	3.4	14	78	13	55	10	6	0	83	0.80
101204686--101204747	22	2.8	22	82	7	63	8	6	3	82	0.94
101204730--101204809	8	8.6	9	75	18	58	1	10	10	78	1.01
101204753--101204792	17	2.4	16	87	8	53	2	12	7	77	1.07
101204721--101204809	8	10.4	8	70	17	54	2	8	8	79	1.01
101206096--101206220	62	2.0	62	90	0	196	30	8	22	38	1.84
101207597--101207669	37	2.0	36	91	2	119	39	6	23	30	1.81
101211469--101211599	66	2.0	66	96	3	246	32	20	19	26	1.97
101213717--101213794	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
101213747--101214074	174	1.9	174	95	0	593	30	14	24	31	1.94
101217728--101217949	67	3.4	64	76	9	223	31	15	28	23	1.96
101220284--101220418	69	2.0	69	100	0	270	34	8	22	34	1.84
101220936--101221096	82	2.0	82	98	0	313	28	11	23	36	1.89
101222097--101222318	40	5.6	40	89	2	297	22	20	26	30	1.99
101229302--101229389	40	2.2	40	97	0	167	22	21	25	30	1.99
101229363--101229414	25	2.1	25	100	0	104	19	15	23	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101229323--101229454	65	2.0	65	95	0	237	21	19	25	34	1.97
101229388--101229548	40	4.1	40	89	2	236	22	21	26	29	1.99
101229302--101229494	105	1.8	105	96	0	359	21	21	24	32	1.98
101230399--101230544	74	2.0	73	94	1	256	32	14	23	29	1.94
101231354--101231473	40	2.9	42	82	7	165	33	28	15	23	1.94
101233990--101234188	99	2.0	99	99	0	389	30	27	13	29	1.94
101234794--101234971	27	6.6	27	82	5	180	29	27	15	27	1.96
101234814--101234970	82	1.9	81	87	3	226	29	27	15	27	1.96
101241690--101241810	58	2.1	59	98	1	235	29	20	13	36	1.91
101242978--101243155	27	6.6	27	82	5	180	29	27	15	27	1.96
101242998--101243154	82	1.9	81	87	3	226	29	27	15	27	1.96
101245618--101245821	53	3.8	54	78	1	212	21	23	18	37	1.94
101248575--101248672	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
101248603--101248683	27	3.0	27	87	5	92	29	12	25	32	1.92
101252959--101253006	22	2.1	24	85	14	66	54	0	6	39	1.26
101264814--101264966	65	2.4	65	78	0	171	26	16	18	37	1.93
101265098--101265149	26	2.0	26	85	7	70	15	9	23	51	1.72
101269821--101270091	46	5.7	50	71	22	128	23	29	20	26	1.99
101269877--101270091	46	4.6	45	78	13	188	24	29	20	25	1.99
101269877--101270091	94	2.3	90	80	11	222	24	29	20	25	1.99
101269969--101270094	47	2.7	44	84	11	155	23	29	19	26	1.99
101272327--101272548	40	5.6	40	88	1	313	22	21	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101275073--101275102	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
101275300--101275742	50	8.8	50	74	7	297	30	25	17	26	1.97
101275306--101275742	151	2.9	151	84	1	572	31	25	17	26	1.97
101286165--101286308	73	2.0	73	98	0	279	40	18	22	18	1.92
101287845--101287933	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
101287845--101287924	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
101287856--101287933	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
101291696--101291846	27	5.5	28	81	6	132	28	28	15	27	1.96
101291696--101291846	55	2.8	54	79	6	153	28	28	15	27	1.96
101292008--101292131	27	4.6	27	83	3	142	25	29	17	27	1.98
101292003--101292132	54	2.4	55	81	10	158	26	28	17	27	1.98
101291714--101292281	286	2.0	286	97	0	1084	28	28	14	28	1.95
101294308--101294478	93	1.8	93	88	0	261	28	28	20	22	1.99
101294299--101294474	46	3.8	46	76	12	162	28	28	20	22	1.98
101297282--101297359	39	2.0	39	97	0	147	21	30	8	38	1.84
101299602--101299773	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
101299595--101299770	46	3.8	46	76	12	198	29	28	20	21	1.98
101302269--101302310	21	2.0	20	86	4	57	26	33	11	28	1.92
101302340--101302436	30	3.2	30	77	2	106	28	26	15	28	1.96
101304021--101304074	12	4.4	12	92	2	81	74	7	3	14	1.18
101304982--101305048	5	13.0	5	72	20	50	77	1	16	4	1.00
101304982--101305048	16	4.3	15	83	12	82	77	1	16	4	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101305096--101305127	12	2.7	12	100	0	64	46	12	15	25	1.81
101305129--101305190	24	2.6	24	78	0	70	64	0	24	11	1.26
101305129--101305172	12	3.7	12	81	0	52	68	0	22	9	1.18
101307468--101307555	30	2.9	30	75	0	95	29	27	14	28	1.95
101308507--101308603	30	3.2	30	73	2	97	27	26	15	29	1.96
101310297--101310340	11	3.8	11	82	17	54	72	9	4	13	1.24
101310296--101310345	22	2.3	20	81	18	57	76	8	4	12	1.15
101311272--101311328	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
101311261--101311328	21	3.2	20	80	12	66	76	2	17	2	1.04
101311272--101311328	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
101311272--101311328	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
101311397--101311483	30	2.9	29	81	6	93	63	1	22	12	1.36
101311402--101311448	24	2.0	24	83	4	60	63	2	21	12	1.39
101315288--101315384	30	3.2	30	76	2	97	28	26	16	27	1.97
101323221--101323317	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
101328109--101328195	30	2.9	30	77	3	95	28	14	26	29	1.95
101328868--101328916	21	2.4	20	89	3	71	14	18	22	44	1.85
101329138--101329162	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
101329887--101329930	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
101334757--101334819	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
101335657--101335755	50	2.0	50	97	0	189	55	15	5	24	1.60
101341593--101341626	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101341576--101341635	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
101342681--101342718	20	1.9	20	88	0	58	15	21	21	42	1.89
101342690--101342727	20	1.9	20	89	10	60	15	13	21	50	1.78
101345345--101345379	12	2.8	12	91	4	52	68	0	20	11	1.20
101345338--101345383	18	2.5	18	82	3	56	71	0	19	8	1.11
101345360--101345447	41	2.1	42	83	4	108	56	3	28	11	1.50
101345597--101345650	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
101345597--101345670	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
101345597--101345661	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
101348669--101348703	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
101350535--101350622	46	1.9	46	97	0	167	18	40	17	23	1.90
101351267--101351377	56	2.0	57	96	1	206	24	24	14	36	1.93
101355424--101355477	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
101355424--101355497	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
101355424--101355488	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
101356608--101356700	47	2.0	47	93	0	159	26	27	18	26	1.98
101360868--101360898	11	2.7	11	95	5	53	77	6	9	6	1.12
101367340--101367405	33	2.0	33	82	8	80	33	16	22	27	1.96
101386872--101387013	40	3.6	40	89	2	207	28	23	26	21	1.99
101389873--101389920	23	2.1	23	100	0	96	31	31	12	25	1.92
101391075--101391264	40	4.8	40	75	9	163	26	26	20	26	1.99
101399079--101399270	40	4.8	40	78	9	203	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101399070--101399271	79	2.5	81	81	7	234	26	26	21	25	2.00
101404563--101404678	40	2.9	40	93	0	196	27	21	27	23	1.99
101415939--101415991	26	2.0	26	100	0	106	30	11	11	47	1.74
101418171--101418227	25	2.3	25	90	6	89	38	5	36	19	1.74
101419655--101419720	27	2.4	27	80	9	73	18	22	18	40	1.91
101426013--101426069	25	2.3	25	90	6	89	36	5	36	21	1.76
101427472--101427582	54	2.1	53	87	1	159	17	25	20	36	1.94
101427472--101427582	27	4.2	26	85	7	125	17	25	20	36	1.94
101429831--101429938	29	3.8	29	81	6	121	27	26	14	30	1.95
101435181--101435280	51	2.0	51	84	4	130	30	27	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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