genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76011294--76011463	93	1.8	93	90	0	277	30	27	19	22	1.98
76011883--76011942	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
76015246--76015430	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
76026052--76026124	20	3.7	19	80	14	85	20	24	1	53	1.54
76027553--76027615	30	2.1	30	87	0	90	20	33	19	26	1.96
76043377--76043570	27	7.2	27	84	1	255	39	24	18	17	1.92
76059833--76060056	41	5.6	40	75	11	210	25	27	22	25	2.00
76059833--76060070	119	2.0	119	95	1	424	26	27	21	25	1.99
76059797--76060056	81	3.3	78	74	10	233	25	26	22	25	2.00
76067929--76068833	40	22.6	40	90	1	1411	25	26	23	24	2.00
76067929--76068833	80	11.3	80	96	1	1627	25	26	23	24	2.00
76070222--76070428	103	2.0	103	99	0	405	28	27	14	29	1.95
76071593--76071638	13	3.5	13	96	0	83	13	17	26	43	1.85
76080378--76080438	30	2.0	30	87	0	86	29	24	4	40	1.76
76083691--76083744	22	2.2	26	84	12	71	46	0	9	44	1.35
76087493--76087602	44	2.5	43	84	7	125	20	17	28	33	1.95
76088294--76088321	9	3.1	9	100	0	56	21	0	32	46	1.52
76090151--76090372	40	5.6	39	92	1	345	26	27	22	22	1.99
76095732--76095839	43	2.5	43	80	5	137	25	15	25	33	1.95
76115304--76115406	27	3.8	27	77	0	107	28	17	19	34	1.94
76115756--76115795	18	2.2	18	90	0	62	22	22	12	42	1.87
76131448--76131618	93	1.8	93	92	2	290	29	27	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76131443--76131615	46	3.7	47	76	13	196	30	26	19	23	1.98
76144020--76144063	22	2.0	22	86	0	61	43	0	4	52	1.22
76146326--76147154	130	6.4	130	99	0	1633	32	15	29	22	1.95
76148590--76148635	21	2.3	20	78	14	51	28	6	19	45	1.75
76150879--76150958	23	3.3	24	79	8	92	33	15	25	26	1.95
76150879--76150958	24	3.3	24	82	5	99	33	15	25	26	1.95
76154365--76155272	39	23.3	39	98	0	1656	28	28	22	20	1.98
76160492--76160535	22	2.0	22	86	0	61	43	0	4	52	1.22
76162755--76162976	67	3.4	64	76	9	223	31	15	28	23	1.95
76164412--76164457	21	2.3	20	78	14	51	28	6	19	45	1.75
76166701--76166780	23	3.3	24	79	8	92	33	15	25	26	1.95
76166701--76166780	24	3.3	24	82	5	99	33	15	25	26	1.95
76170175--76170391	39	5.5	39	91	2	330	29	28	23	19	1.98
76170175--76170391	116	1.8	119	88	4	334	29	28	23	19	1.98
76170175--76170391	77	2.8	78	90	3	330	29	28	23	19	1.98
76170724--76170943	110	2.0	110	97	0	413	24	20	8	46	1.77
76178243--76178310	18	3.7	18	80	2	73	30	7	14	47	1.72
76180336--76180474	37	3.8	37	95	0	233	38	13	21	25	1.90
76180437--76180560	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
76182701--76182739	17	2.3	17	86	8	53	23	10	2	64	1.37
76183479--76183547	31	2.2	32	79	7	79	55	8	11	24	1.64
76183668--76183760	40	2.3	40	79	1	96	37	6	10	45	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76184112--76184499	85	4.6	85	100	0	776	42	14	9	33	1.77
76185521--76185560	17	2.4	17	95	0	71	10	15	20	55	1.68
76185945--76186152	80	2.7	78	83	5	249	35	15	12	37	1.85
76185908--76186167	76	3.4	77	80	5	299	33	15	15	36	1.88
76185908--76186192	77	3.7	79	77	9	214	32	15	15	37	1.88
76186226--76186386	84	1.9	84	84	5	218	34	13	8	44	1.72
76186877--76187724	56	15.1	56	99	0	1687	46	8	21	23	1.79
76188854--76189036	79	2.3	81	84	5	239	24	22	27	24	2.00
76188854--76189038	40	4.7	40	84	5	241	24	22	28	24	2.00
76188893--76189061	79	2.1	79	83	6	209	26	21	27	24	1.99
76195275--76195326	26	2.0	26	100	0	104	30	23	11	34	1.90
76198579--76198619	21	2.0	21	95	0	73	29	29	17	24	1.97
76198654--76198722	31	2.3	30	82	7	77	26	8	17	47	1.76
76200247--76200345	40	2.3	44	84	8	134	27	24	20	28	1.99
76206019--76206055	15	2.5	15	100	0	74	37	8	13	40	1.74
76215090--76215231	40	3.6	40	90	2	216	25	27	23	23	2.00
76217988--76218028	19	2.1	20	86	4	57	34	9	0	56	1.32
76222837--76222976	39	3.5	39	89	4	176	30	27	22	19	1.98
76225921--76225973	15	3.5	15	70	14	54	43	0	15	41	1.46
76225920--76225982	31	2.0	31	100	0	126	42	0	15	41	1.47
76226079--76226110	3	10.7	3	93	0	55	34	28	0	37	1.57
76226499--76226546	24	2.0	24	84	8	62	50	0	43	6	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76228805--76228891	42	2.1	42	93	0	147	25	20	21	32	1.98
76228805--76228915	42	2.7	40	84	8	136	23	22	23	30	1.99
76238632--76238809	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
76238633--76238788	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
76238629--76238809	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
76248133--76248227	47	2.0	47	97	0	181	21	23	21	34	1.97
76256433--76256545	56	2.0	56	96	0	208	30	18	18	32	1.95
76258567--76258764	27	7.4	27	81	1	202	41	19	18	20	1.90
76258567--76258764	54	3.7	54	84	1	265	41	19	18	20	1.90
76258567--76258760	81	2.4	81	86	2	248	42	19	18	20	1.90
76260323--76260473	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
76260925--76260951	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
76268998--76269054	21	2.7	21	88	0	87	14	38	22	24	1.91
76271609--76271776	71	2.4	71	85	3	214	35	32	17	13	1.89
76296875--76296933	31	2.0	30	80	12	68	45	13	8	32	1.74
76297219--76297276	29	2.0	29	86	6	82	31	10	15	43	1.80
76298615--76298659	23	1.9	24	82	13	58	42	6	0	51	1.28
76298925--76299230	3	102.0	3	100	0	612	66	0	0	33	0.92
76299578--76299627	23	2.2	22	86	13	75	58	0	2	40	1.10
76303806--76303838	17	2.0	17	88	5	50	57	6	0	36	1.23
76305302--76305475	73	2.4	70	73	18	158	32	12	6	48	1.68
76307269--76307303	12	2.9	12	86	0	52	37	0	14	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76308219--76308335	60	2.0	60	96	0	216	32	15	9	42	1.79
76309555--76309590	18	1.9	19	88	5	56	30	8	8	52	1.61
76311476--76311522	3	15.7	3	81	16	53	25	2	2	70	1.10
76313797--76313846	7	7.4	7	77	8	59	0	18	0	82	0.68
76313797--76313852	13	4.3	13	80	13	62	0	17	0	82	0.68
76313798--76313852	12	4.8	12	77	20	64	0	18	0	81	0.68
76313797--76313846	20	2.5	19	84	9	64	0	18	0	82	0.68
76313887--76313945	23	2.6	23	97	0	109	5	28	42	23	1.75
76314109--76314150	13	3.2	13	86	6	57	0	19	0	80	0.70
76314093--76314144	7	7.3	7	89	4	59	3	11	0	84	0.74
76314476--76314582	30	3.6	30	83	6	112	42	5	23	28	1.77
76314506--76314614	30	3.7	29	87	2	146	42	2	22	33	1.68
76314975--76315040	26	2.5	27	85	2	89	39	6	4	50	1.48
76315991--76316280	111	2.7	108	90	3	433	34	17	17	30	1.93
76316555--76316588	4	8.5	4	86	0	50	67	0	5	26	1.13
76317930--76317979	7	7.4	7	77	8	59	0	18	0	82	0.68
76317930--76317985	13	4.3	13	80	13	62	0	17	0	82	0.68
76317931--76317985	12	4.8	12	77	20	64	0	18	0	81	0.68
76317930--76317979	20	2.5	19	84	9	64	0	18	0	82	0.68
76318020--76318078	23	2.6	23	97	0	109	5	28	42	23	1.75
76318242--76318283	13	3.2	13	86	6	57	0	19	0	80	0.70
76318226--76318277	7	7.3	7	89	4	59	3	11	0	84	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76318609--76318715	30	3.6	30	83	6	112	42	5	23	28	1.77
76318639--76318747	30	3.7	29	87	2	146	42	2	22	33	1.68
76319108--76319173	26	2.5	27	85	2	89	39	6	4	50	1.48
76320573--76320606	4	8.5	4	86	0	50	67	0	5	26	1.13
76320974--76321053	39	2.0	40	85	9	110	72	1	8	17	1.16
76321204--76321229	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
76339568--76339606	19	2.0	20	90	10	62	33	28	5	33	1.79
76347794--76347962	43	3.9	44	75	3	139	33	24	15	26	1.95
76348124--76348200	39	2.0	39	97	0	145	27	23	18	31	1.97
76350116--76350156	21	2.0	21	85	9	57	9	12	14	63	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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