genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9486837--9486906	27	2.5	28	90	4	106	34	22	24	18	1.96
9486837--9486926	27	3.2	27	82	7	101	33	23	23	20	1.97
9487032--9487096	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
9490945--9491042	28	3.5	28	78	0	97	26	26	15	31	1.96
9492638--9492855	40	5.5	40	91	0	330	25	22	26	25	2.00
9500579--9500716	40	3.5	40	90	3	199	26	23	27	23	2.00
9506844--9506974	49	2.7	48	81	3	145	24	29	19	26	1.98
9507002--9507208	46	4.4	46	76	6	159	24	25	20	29	1.99
9507000--9507208	94	2.2	93	82	3	249	23	26	20	29	1.99
9509094--9509175	33	2.5	33	93	0	137	48	23	3	24	1.67
9509925--9510082	43	3.7	42	79	7	158	31	25	18	24	1.98
9517561--9517601	20	2.0	22	85	9	59	46	0	0	53	1.00
9521666--9521710	23	2.0	23	95	0	81	11	8	66	13	1.44
9531525--9531585	18	3.4	18	67	13	54	57	0	4	37	1.20
9535834--9535909	38	2.0	38	89	0	116	21	25	13	40	1.89
9538994--9539039	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
9542401--9542454	19	2.9	19	86	2	56	75	3	5	14	1.12
9542412--9542471	6	9.8	6	89	3	75	75	5	3	16	1.12
9543839--9543867	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
9544677--9545088	196	2.1	196	83	0	500	19	28	21	29	1.98
9553875--9553910	18	2.0	18	100	0	72	33	16	16	33	1.92
9565375--9565435	19	3.3	19	70	17	56	54	6	1	37	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9565443--9565481	19	2.1	18	90	9	60	38	2	5	53	1.37
9566821--9566866	18	2.6	18	92	0	74	21	32	28	17	1.96
9577451--9577607	78	2.0	79	91	1	253	29	12	15	41	1.85
9578111--9578159	15	3.3	15	75	11	55	6	22	12	59	1.55
9579457--9579547	41	2.3	41	82	3	105	39	2	4	53	1.33
9580271--9580394	32	3.9	31	81	8	126	33	16	8	40	1.80
9583070--9583119	26	2.0	26	84	7	68	22	10	14	54	1.69
9598856--9599005	41	3.7	41	83	1	212	21	23	27	28	1.99
9601163--9601201	20	2.0	20	90	10	62	35	2	20	41	1.66
9602925--9602951	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
9603703--9603732	14	2.1	14	93	0	51	70	6	6	16	1.31
9603560--9604075	89	5.8	89	92	2	784	37	18	14	29	1.91
9604860--9604971	42	2.7	42	90	0	161	13	22	14	50	1.77
9615577--9615668	46	2.0	46	100	0	184	50	8	6	34	1.59
9615594--9615668	25	3.2	25	68	27	81	50	8	6	34	1.58
9615584--9615689	46	2.3	46	88	6	144	52	7	4	34	1.51
9615672--9615713	13	2.9	15	79	17	52	64	2	0	33	1.07
9615803--9615843	18	2.2	19	86	4	57	63	2	2	31	1.20
9616875--9616919	21	2.1	21	83	0	54	22	0	20	57	1.40
9617106--9617152	19	2.5	19	80	13	60	34	2	4	59	1.29
9620762--9620832	14	5.1	14	87	0	106	57	14	9	18	1.63
9620742--9620832	42	2.2	42	85	0	119	57	10	9	21	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9620792--9620837	22	2.1	22	87	0	65	58	13	6	21	1.57
9623205--9623239	18	2.0	18	88	5	54	11	25	45	17	1.81
9632458--9632526	25	2.8	25	88	2	95	31	18	30	18	1.96
9632466--9632538	25	2.9	25	89	0	101	31	19	28	20	1.97
9634036--9634117	41	2.0	41	100	0	164	39	7	9	43	1.65
9634042--9634126	41	2.1	40	89	4	127	40	7	11	41	1.69
9642641--9642692	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
9643150--9643209	27	2.2	28	87	3	86	45	1	0	53	1.10
9646759--9646783	11	2.3	11	100	0	50	8	8	44	40	1.63
9649143--9649207	12	5.4	12	75	0	67	21	0	52	26	1.47
9649143--9649216	36	2.1	36	81	0	85	22	1	51	24	1.56
9649146--9649223	24	3.2	24	90	0	111	24	1	50	24	1.57
9651972--9652007	19	1.9	18	94	5	63	41	16	0	41	1.48
9655978--9656067	45	2.0	45	97	0	171	47	11	14	26	1.77
9656184--9656374	96	2.0	96	90	0	301	29	13	24	32	1.93
9659935--9659999	31	1.9	34	82	14	82	49	4	1	44	1.32
9665700--9665760	17	3.6	17	86	0	86	42	14	3	39	1.62
9666740--9666884	31	4.5	30	73	13	94	44	12	4	38	1.61
9672881--9672995	39	2.9	38	75	7	106	10	51	4	33	1.56
9681211--9681239	14	2.1	14	100	0	58	51	6	27	13	1.66
9693280--9693309	14	2.1	14	93	0	51	43	20	10	26	1.83
9693791--9693912	54	2.3	54	94	1	210	32	11	21	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9695935--9696081	41	3.6	41	76	7	140	33	27	17	21	1.96
9698817--9698863	21	2.2	21	84	0	58	34	12	8	44	1.73
9698828--9698876	21	2.4	21	96	3	91	24	12	12	51	1.73
9698927--9698976	20	2.5	20	83	6	66	28	12	16	44	1.83
9701406--9701515	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
9703441--9703479	15	2.6	15	91	0	69	30	23	23	23	1.99
9705695--9705729	17	2.1	17	88	0	52	57	11	2	28	1.48
9709701--9709739	19	2.0	20	90	5	62	23	25	17	33	1.96
9711410--9711489	40	2.0	40	95	0	142	51	11	8	28	1.67
9712865--9712929	34	1.9	35	81	6	80	41	7	6	44	1.58
9718118--9718195	38	2.1	38	85	0	102	32	8	12	46	1.73
9718406--9718450	10	4.8	9	83	5	54	6	8	2	82	0.93
9718410--9718446	19	1.9	20	88	5	58	8	10	2	78	1.06
9722595--9722645	23	2.1	23	82	10	57	64	3	5	25	1.33
9722890--9722915	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9722934--9722991	26	2.3	25	88	5	89	62	5	5	27	1.38
9723638--9723671	10	3.3	10	88	8	50	79	0	2	17	0.86
9733361--9733436	36	2.1	36	92	0	125	46	1	2	50	1.24
9733528--9733570	17	2.5	18	82	17	56	34	2	0	62	1.08
9736196--9736495	100	3.0	100	99	0	582	29	14	12	43	1.83
9736698--9736767	35	2.0	35	100	0	140	28	8	14	48	1.73
9746600--9747150	105	5.3	105	81	4	549	33	13	18	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9746600--9747150	209	2.6	210	81	3	619	33	13	18	34	1.89
9754532--9754599	32	2.1	32	94	0	118	22	58	11	7	1.57
9756093--9756132	12	3.4	12	89	3	55	15	5	2	77	1.04
9766817--9766885	25	2.7	26	81	16	83	27	20	23	28	1.99
9771182--9771348	43	3.9	43	75	6	160	30	23	14	31	1.95
9771182--9771344	86	1.9	85	84	3	220	30	23	15	31	1.95
9776532--9776655	61	2.0	61	98	0	239	17	12	15	54	1.72
9787255--9787318	32	2.0	32	93	0	110	32	28	9	29	1.88
9796883--9797108	113	2.0	113	98	0	434	25	16	25	32	1.96
9798933--9799018	20	4.3	20	83	0	91	12	22	16	48	1.79
9800063--9800238	38	4.5	38	80	5	183	32	24	21	22	1.98
9800063--9800226	78	2.1	78	82	4	206	34	24	18	22	1.96
9800105--9800254	78	1.9	78	84	8	198	30	24	22	23	1.99
9804859--9804907	24	2.0	26	88	11	77	38	0	0	61	0.96
9804859--9804917	24	2.5	23	79	15	68	38	0	0	61	0.96
9812213--9812342	43	3.0	44	83	4	149	25	16	26	31	1.97
9818619--9818796	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
9818620--9818775	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
9818616--9818796	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
9826683--9826860	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
9826684--9826839	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
9826680--9826860	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9836522--9836627	54	2.0	54	96	3	196	17	13	11	57	1.64
9837739--9837768	8	3.6	8	95	4	51	23	0	0	76	0.78
9839354--9839404	21	2.4	22	81	15	63	60	9	5	23	1.50
9839799--9839867	33	2.2	33	94	5	124	59	0	5	34	1.21
9843982--9844374	195	2.0	195	100	0	786	41	7	19	31	1.79
9852948--9852981	17	1.9	18	88	5	52	67	0	29	2	1.05
9853968--9854062	45	2.1	45	90	3	147	22	16	18	42	1.89
9854046--9854080	6	5.7	6	89	3	52	20	20	14	45	1.85
9858657--9858692	15	2.3	16	90	4	56	66	8	5	19	1.38
9860524--9860678	44	3.4	46	73	10	140	28	22	20	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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