Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  32  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8698260--8698289
16
1.9
16
93
6
53
23
26
13
36
1.92
8704844--8705707
3
288.0
3
100
0
1728
66
0
0
33
0.92
8708942--8708981
16
2.5
16
91
0
62
80
2
0
17
0.83
8711855--8711890
3
12.0
3
93
0
63
63
0
2
33
1.08
8715114--8715288
46
3.8
45
81
7
199
28
28
21
22
1.99
8715122--8715290
93
1.8
93
92
0
284
27
28
21
22
1.99
8715119--8715308
46
4.1
46
73
14
140
28
28
20
22
1.99
8720229--8720305
38
2.0
38
97
0
145
35
29
6
28
1.82
8721841--8721885
3
15.0
3
90
0
72
2
33
0
64
1.06
8722615--8722654
20
2.0
21
90
5
64
62
0
0
37
0.95
8726121--8726221
35
2.9
35
92
1
159
64
7
7
19
1.45
8726121--8726281
34
4.7
34
76
8
157
60
10
8
19
1.55
8726268--8726354
40
2.2
40
80
2
93
57
10
2
29
1.44
8737652--8737700
15
2.9
16
85
14
64
6
14
0
79
0.91
8737655--8737700
8
5.6
8
82
14
58
4
15
0
80
0.86
8747500--8747536
17
2.2
17
95
0
65
45
16
10
27
1.80
8757157--8757201
18
2.5
18
81
0
54
33
15
15
35
1.89
8757976--8758008
16
2.0
17
88
5
50
12
12
3
72
1.23
8765298--8765410
53
2.2
53
85
1
147
41
17
15
25
1.88
8771105--8771198
48
2.0
48
87
8
138
40
27
12
19
1.88
8772593--8772650
28
2.1
28
93
0
98
24
36
15
24
1.94
8773649--8773742
48
2.0
48
85
8
129
39
27
13
19
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8776508--8776725
3
72.3
3
65
16
58
56
3
8
31
1.46
8776463--8776523
22
2.8
22
80
2
61
68
6
6
18
1.33
8776725--8776756
16
2.0
16
93
0
55
50
6
21
21
1.71
8776861--8776903
16
2.8
15
86
6
59
62
0
6
30
1.21
8776998--8777027
3
10.0
3
100
0
60
66
0
0
33
0.92
8777123--8777153
3
10.0
3
93
6
53
64
0
0
35
0.94
8781724--8781807
42
2.0
42
95
2
152
25
3
16
54
1.58
8789897--8789929
16
2.1
17
88
11
52
75
0
21
3
0.93
8807741--8807790
24
2.1
23
85
3
64
48
4
0
48
1.20
8818099--8818134
12
3.0
12
95
0
63
41
5
25
27
1.77
8822489--8822538
24
2.1
23
85
3
64
48
4
0
48
1.20
8833019--8833074
29
1.9
29
100
0
112
39
12
7
41
1.70
8833083--8833142
18
3.4
18
83
4
68
33
15
11
40
1.83
8833108--8833193
18
4.9
18
71
13
54
38
11
8
41
1.71
8834652--8834719
20
3.6
20
75
15
81
47
5
2
44
1.42
8834652--8834734
36
2.2
37
91
6
141
48
4
3
43
1.41
8834803--8834836
4
8.0
4
87
12
50
23
2
0
73
0.97
8834803--8834836
9
4.0
8
92
7
50
23
2
0
73
0.97
8834802--8834836
13
2.7
13
86
13
54
22
5
0
71
1.07
8837289--8837319
14
2.3
14
94
5
55
12
6
0
80
0.89
8837798--8837832
18
2.0
18
94
5
63
22
14
40
22
1.90
8841035--8841180
40
3.7
40
83
0
166
28
15
24
31
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8861101--8861145
21
2.1
21
95
0
81
33
17
4
44
1.69
8868388--8868456
35
2.0
35
94
0
120
47
14
1
36
1.53
8868532--8868581
18
2.6
18
78
9
55
60
0
2
38
1.09
8870192--8870257
31
2.1
31
91
0
105
31
13
15
39
1.86
8874604--8874639
3
11.7
3
94
5
63
63
0
2
33
1.08
8881656--8881742
5
16.6
5
69
9
57
37
6
20
34
1.80
8881662--8881733
27
2.7
27
86
0
90
37
6
20
34
1.80
8882557--8882593
18
2.1
18
100
0
74
70
5
13
10
1.32
8886503--8886540
14
2.7
14
91
0
58
47
10
0
42
1.38
8898160--8898186
6
4.5
6
100
0
54
33
0
0
66
0.92
8902504--8902605
50
2.0
50
96
0
186
29
17
22
30
1.97
8915262--8915304
20
2.1
20
83
12
52
67
0
4
27
1.10
8916230--8916269
16
2.4
16
88
12
55
27
5
7
60
1.45
8918418--8918442
3
8.3
3
100
0
50
32
0
0
68
0.90
8918643--8918676
10
3.3
10
92
8
59
26
0
2
70
1.01
8921479--8921536
28
2.1
27
87
9
82
60
0
1
37
1.07
8921880--8921922
18
2.4
19
81
14
56
46
4
0
48
1.22
8925781--8925947
68
2.5
68
79
3
176
24
21
15
38
1.92
8927975--8928007
17
2.0
16
94
5
57
48
24
0
27
1.51
8929879--8929914
5
7.2
5
100
0
72
80
0
19
0
0.71
8961866--8961916
26
2.0
26
88
7
77
27
13
7
50
1.69
8966908--8967098
102
1.9
102
85
0
265
39
15
12
32
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8969313--8969351
14
2.8
14
84
0
60
12
17
0
69
1.19
8973783--8973835
18
2.8
19
85
5
81
67
3
0
28
1.07
8973779--8973834
9
6.2
9
78
13
62
66
3
0
30
1.09
8973898--8973959
31
2.0
31
81
12
74
48
1
1
48
1.21
8977601--8977686
39
2.2
39
87
4
120
19
22
29
29
1.98
8979612--8979643
5
6.6
5
92
7
57
81
0
0
18
0.70
8979613--8979643
9
3.3
9
95
4
53
80
0
0
19
0.71
8982297--8982332
15
2.4
15
100
0
72
52
27
5
13
1.63
8984074--8984105
5
6.6
5
92
7
57
81
0
0
18
0.70
8984075--8984105
9
3.3
9
95
4
53
80
0
0
19
0.71
8990595--8990648
23
2.4
23
84
6
67
57
7
3
31
1.44
8990598--8990668
3
23.3
3
71
8
54
60
5
2
30
1.34
8991130--8991167
18
2.1
18
90
0
58
50
0
50
0
1.00
8991131--8991163
11
2.9
12
91
8
52
48
0
51
0
1.00
9000088--9000151
32
2.0
32
96
0
119
29
3
26
40
1.71
9014379--9014404
9
2.9
9
100
0
52
46
23
11
19
1.82
9016229--9016439
89
2.4
89
90
4
320
31
22
20
25
1.98
9017346--9017385
12
3.4
12
79
6
55
7
10
10
72
1.28
9020792--9020816
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
9020918--9020968
21
2.6
19
81
9
66
41
3
3
50
1.39
9023938--9023964
12
2.2
12
100
0
54
29
0
18
51
1.46
9024098--9024184
28
3.2
27
80
4
95
21
6
12
58
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9028746--9028806
21
2.9
21
82
4
79
55
1
1
40
1.19
9036310--9036346
4
9.2
4
100
0
74
0
0
24
75
0.80
9039213--9039416
102
2.0
102
95
0
363
37
13
14
34
1.86
9042474--9042530
28
2.0
28
100
0
114
35
7
17
40
1.77
9044401--9044437
13
2.8
13
91
0
56
35
5
13
45
1.66
9049873--9049963
46
2.0
46
100
0
182
20
15
13
50
1.77
9053650--9053694
22
2.0
22
83
8
56
28
0
8
62
1.25
9059455--9059511
30
1.9
30
85
0
78
29
28
28
14
1.95
9060346--9060435
46
2.0
46
97
0
171
18
24
13
43
1.86
9066976--9067041
30
2.2
30
97
0
123
21
36
28
13
1.91
9067196--9067288
47
2.0
47
97
0
177
24
24
0
50
1.49
9067580--9067630
17
3.0
17
77
8
59
15
11
0
72
1.12
9067561--9067630
33
2.1
34
84
7
90
15
12
1
70
1.25
9067569--9067629
22
2.8
21
75
7
59
16
11
0
72
1.13
9070795--9070828
11
3.0
12
87
12
54
32
0
0
67
0.91
9070953--9071015
30
2.1
31
88
8
94
60
6
4
28
1.42
9071045--9071087
22
2.0
22
95
0
77
58
16
11
13
1.64
9071052--9071092
11
3.7
11
80
0
55
56
14
14
14
1.69
9075250--9075283
17
2.0
17
88
11
52
44
0
0
55
0.99
9075243--9075289
16
3.0
15
77
20
51
46
0
2
51
1.13
9080745--9080772
6
4.7
6
100
0
56
0
14
17
67
1.22
9088899--9088938
17
2.4
17
91
8
64
25
50
0
25
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9098129--9098368
73
3.3
71
89
3
354
32
16
18
32
1.93
9098254--9098598
124
2.7
122
83
6
422
27
15
20
36
1.93
9098525--9099413
76
11.8
73
84
6
652
29
16
20
33
1.94
9098507--9099886
147
8.9
145
77
14
834
30
16
19
34
1.94
9098725--9099386
76
8.7
76
87
6
784
28
16
19
35
1.93
9098725--9099407
231
3.0
228
85
8
853
28
16
19
34
1.94
9098745--9099386
154
4.2
152
85
8
805
28
16
19
34
1.94
9099349--9099593
93
2.7
92
97
1
456
31
18
19
30
1.96
9099628--9099880
73
3.5
72
91
3
391
32
17
18
31
1.94
9101074--9101108
16
2.3
15
90
5
52
80
2
2
14
0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310