genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39122226--39122286	31	1.9	32	86	3	88	22	24	16	36	1.94
39122249--39122307	27	2.2	26	84	3	73	25	22	15	37	1.93
39128928--39129032	27	3.9	27	87	3	140	37	23	10	28	1.88
39129013--39129087	27	2.8	26	72	8	78	40	26	4	29	1.74
39128932--39129049	54	2.2	54	80	3	130	39	23	9	27	1.85
39129832--39129891	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
39138745--39138812	34	2.0	34	91	0	109	22	29	5	42	1.77
39145381--39146230	79	10.8	79	98	0	1632	22	22	28	26	1.99
39154138--39154948	79	10.3	79	96	1	1411	22	22	27	26	1.99
39162593--39163435	109	7.7	109	98	0	1618	23	24	17	34	1.96
39163422--39163543	47	2.6	47	94	0	208	27	22	13	36	1.92
39169909--39170030	47	2.6	47	94	0	208	26	23	13	36	1.93
39177328--39177475	75	2.0	75	98	0	287	35	2	23	37	1.69
39177690--39178626	78	12.0	78	99	0	1856	27	9	19	44	1.80
39178655--39178697	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
39181884--39181926	18	2.4	18	96	0	77	37	4	20	37	1.74
39185164--39185206	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
39195112--39195200	45	2.0	45	95	0	160	21	21	15	41	1.90
39199211--39199268	30	1.9	30	82	6	73	24	34	24	17	1.96
39210031--39210056	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
39210051--39210088	20	1.9	20	89	10	60	52	13	5	28	1.61
39211197--39211239	21	2.0	22	82	13	54	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39211934--39213060	587	1.9	580	85	5	1488	22	14	19	43	1.87
39215886--39215943	18	3.2	18	77	22	59	34	0	3	62	1.12
39219783--39219845	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
39219822--39220178	181	2.0	176	93	2	606	52	10	10	26	1.67
39224309--39224480	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	20	1.98
39224302--39224477	46	3.8	46	78	10	187	29	29	20	20	1.98
39224310--39224496	46	4.0	46	70	19	120	28	29	20	21	1.98
39225242--39225370	65	2.0	65	93	0	222	44	19	20	16	1.87
39247577--39247610	18	1.9	18	88	5	52	55	29	11	2	1.50
39249958--39250222	131	2.0	131	82	1	316	29	20	17	32	1.95
39249985--39250292	131	2.4	130	79	4	307	27	20	19	33	1.96
39255089--39255143	22	2.5	22	96	0	101	12	25	34	27	1.92
39257635--39257779	72	2.0	72	98	0	281	32	17	12	37	1.87
39257964--39258318	172	2.1	173	96	1	660	22	15	20	42	1.88
39259017--39259113	27	3.6	27	91	2	149	26	13	28	30	1.94
39259017--39259126	27	4.0	27	87	4	114	29	12	26	31	1.93
39261780--39261832	24	2.3	23	87	12	74	49	1	3	45	1.31
39261950--39261998	24	2.0	25	84	11	66	30	2	6	61	1.32
39264491--39264519	14	2.1	14	93	6	51	55	3	0	41	1.17
39269202--39269237	18	2.0	18	94	0	63	47	16	5	30	1.70
39269362--39269490	39	3.3	39	88	4	197	31	26	23	18	1.97
39269362--39269508	39	3.7	39	84	6	181	31	26	22	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39273141--39273177	17	2.2	17	100	0	74	40	18	5	35	1.74
39281391--39281446	20	2.7	21	86	5	78	12	33	28	25	1.92
39285051--39285081	8	4.0	8	91	8	55	74	0	0	25	0.82
39285051--39285081	15	2.0	16	93	6	55	74	0	0	25	0.82
39287525--39287585	22	2.8	22	82	0	77	39	22	19	18	1.92
39288001--39288062	27	2.3	27	88	0	88	32	17	14	35	1.90
39288042--39288100	27	2.2	27	84	0	73	27	11	27	33	1.92
39288052--39288287	54	4.4	54	80	5	255	32	8	19	38	1.83
39288053--39288287	27	8.7	27	78	7	219	32	8	19	38	1.83
39288052--39288273	81	2.8	80	82	6	277	33	8	18	39	1.82
39297864--39298128	137	1.9	137	81	3	318	19	20	27	32	1.97
39304147--39304232	34	2.6	34	83	1	102	26	19	23	30	1.98
39306046--39306154	27	4.1	27	87	1	166	40	21	14	23	1.90
39316745--39316914	41	4.2	40	74	18	152	27	27	22	22	1.99
39325106--39325246	42	3.5	40	80	10	128	27	26	22	22	1.99
39330619--39330981	40	9.1	39	89	5	523	23	20	28	27	1.99
39330626--39330981	80	4.5	80	95	1	610	22	21	28	27	1.99
39340441--39340761	161	2.0	160	99	0	633	40	18	17	23	1.91
39341785--39342007	39	5.7	40	83	8	248	26	21	26	25	2.00
39341785--39342007	79	2.8	81	82	9	264	26	21	26	25	2.00
39341837--39342040	79	2.6	79	83	8	204	26	21	27	25	1.99
39346352--39346411	27	2.2	28	85	5	79	36	20	26	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39372811--39372870	27	2.3	26	85	2	75	35	16	23	25	1.95
39379872--39379931	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
39396779--39396813	6	5.5	6	87	12	52	80	2	0	17	0.84
39396782--39396808	14	1.9	14	100	0	54	74	3	0	22	0.98
39396756--39396813	20	2.6	22	81	15	66	72	3	0	24	1.00
39396832--39396926	9	10.6	9	84	6	113	26	9	18	45	1.80
39411876--39411907	14	2.3	14	94	0	55	53	28	0	18	1.45
39414956--39415057	28	3.7	28	80	1	107	42	21	14	21	1.89
39415021--39415140	28	4.3	27	77	12	100	25	20	25	29	1.99
39417797--39417915	24	5.0	24	91	4	179	29	21	21	28	1.98
39417967--39418005	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
39417968--39418012	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
39425678--39425753	24	3.2	24	98	0	143	27	18	19	34	1.95
39425803--39425869	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
39425803--39425858	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
39434315--39434477	42	3.9	42	76	5	132	30	21	15	32	1.94
39441215--39442242	56	18.4	56	98	0	1932	33	25	14	26	1.94
39443645--39443680	10	3.6	10	85	14	56	16	22	44	16	1.86
39443645--39443689	20	2.3	20	92	3	74	17	24	42	15	1.88
39443759--39443839	27	3.0	27	87	0	108	30	22	22	24	1.99
39443879--39444113	27	8.7	27	80	4	240	37	18	11	31	1.87
39444163--39444254	27	3.4	27	80	3	87	34	20	22	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39444421--39444490	27	2.6	27	81	0	86	14	21	22	41	1.89
39447592--39447743	27	5.6	27	90	2	223	26	14	28	30	1.95
39447592--39447743	55	2.8	55	89	2	234	26	14	28	30	1.95
39447592--39447743	82	1.9	82	91	0	250	26	14	28	30	1.95
39452826--39453010	40	4.6	40	88	0	262	21	28	23	25	1.99
39460573--39460618	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
39465037--39465288	55	4.7	54	78	10	252	34	16	25	23	1.95
39465045--39465245	108	1.8	110	88	4	309	33	16	25	23	1.96
39465361--39465411	23	2.2	24	89	3	77	49	9	21	19	1.77
39468921--39469067	47	3.1	47	86	0	195	34	10	28	27	1.89
39469275--39469418	37	3.9	37	91	0	234	23	17	31	27	1.97
39472281--39472355	27	2.8	26	80	8	87	40	24	8	28	1.83
39472349--39472614	27	9.9	27	85	2	329	38	18	16	25	1.92
39472341--39472614	54	5.1	54	87	2	363	38	18	16	25	1.92
39472341--39472614	81	3.4	81	86	3	363	38	18	16	25	1.92
39473073--39473169	6	15.8	6	71	16	65	19	18	16	45	1.86
39473050--39473160	31	3.5	31	91	1	159	18	17	15	48	1.81
39479235--39480141	40	22.7	40	99	0	1778	22	27	20	29	1.98
39484733--39484957	40	5.6	40	83	2	281	23	26	24	26	2.00
39484697--39484957	80	3.3	78	83	4	308	23	25	23	26	2.00
39487161--39487394	55	4.4	53	76	9	228	37	17	23	21	1.94
39487168--39487368	108	1.8	110	86	4	291	35	17	23	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39487391--39487424	17	2.0	17	100	0	68	35	17	29	17	1.93
39487601--39487631	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
39500286--39500320	18	2.0	17	88	5	52	42	20	0	37	1.52
39501397--39501560	42	3.9	42	86	3	213	29	24	15	30	1.95
39501877--39501977	49	2.1	49	90	0	157	33	20	22	22	1.97
39508767--39508873	54	2.0	54	96	0	196	52	0	20	26	1.53
39510616--39510816	30	6.9	29	78	10	187	48	13	16	20	1.81
39510637--39510798	6	26.8	6	74	15	138	48	13	16	20	1.80
39510934--39510999	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
39510934--39511007	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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