genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24007882--24007935	23	2.3	23	87	0	72	37	3	7	51	1.48
24024969--24025094	63	2.0	63	95	0	225	38	17	4	38	1.71
24026622--24026687	25	3.0	21	73	16	69	54	13	1	30	1.48
24026661--24026721	32	1.9	32	86	0	86	57	16	1	24	1.48
24030777--24030875	36	2.8	36	100	0	198	64	14	8	13	1.48
24031635--24031685	25	2.0	25	88	0	75	68	3	13	13	1.34
24043687--24043800	56	2.0	56	94	0	201	34	15	19	30	1.93
24047083--24047121	20	1.9	21	89	5	62	66	2	0	30	1.05
24047223--24047277	23	2.4	24	77	22	64	54	10	0	34	1.36
24047799--24047841	5	8.6	5	100	0	86	60	0	0	39	0.97
24047869--24047907	19	2.0	20	90	5	62	33	7	5	53	1.51
24048383--24049022	325	2.0	325	88	2	955	29	14	30	25	1.95
24054749--24054796	23	2.1	23	100	0	96	33	16	22	27	1.96
24056793--24056843	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
24058809--24058879	24	3.0	24	82	12	76	19	14	33	32	1.92
24058819--24058889	24	3.0	24	87	0	88	21	12	32	33	1.91
24060289--24060410	47	2.6	44	81	12	129	28	16	30	24	1.96
24060286--24060502	48	4.6	48	76	10	159	26	17	30	26	1.97
24060326--24060604	49	5.8	49	73	10	166	26	17	30	25	1.97
24064011--24064118	51	2.1	51	81	3	119	41	15	11	31	1.82
24069989--24070027	21	2.0	20	85	10	53	30	5	20	43	1.73
24070137--24070461	48	6.7	49	75	7	297	28	19	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24070138--24070462	96	3.4	96	88	2	456	28	19	27	25	1.98
24074363--24074540	39	4.6	39	82	6	152	27	28	22	21	1.99
24074395--24074558	78	2.1	78	83	5	199	26	29	22	21	1.99
24074433--24074558	39	3.2	39	94	0	207	26	29	21	22	1.99
24082060--24082219	78	2.1	78	82	4	189	28	29	20	21	1.98
24082104--24082219	39	3.0	39	96	0	205	27	30	20	21	1.98
24101140--24101200	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
24105992--24106067	33	2.3	33	77	4	82	43	30	9	17	1.80
24113317--24113369	27	2.0	27	92	0	88	33	22	22	20	1.97
24114990--24115071	26	3.2	26	92	0	137	36	23	7	32	1.82
24117510--24117587	36	2.2	36	81	9	88	21	6	11	60	1.53
24122644--24122711	35	1.9	35	100	0	136	63	2	0	33	1.10
24122654--24122714	15	3.7	15	70	19	50	68	1	0	29	0.99
24125244--24125348	37	2.7	39	80	7	115	31	23	17	27	1.97
24125481--24125529	11	4.5	11	76	23	50	48	12	0	38	1.41
24125480--24125508	11	2.5	12	88	11	51	48	10	0	41	1.37
24125483--24125530	15	3.1	14	76	21	51	52	10	0	37	1.36
24125506--24125552	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
24126309--24126385	15	5.5	15	72	19	53	45	0	2	51	1.14
24141710--24141750	21	2.0	21	85	4	57	51	24	0	24	1.49
24145891--24146007	10	11.7	10	74	14	84	61	0	1	36	1.06
24145935--24146009	28	2.6	29	83	8	91	62	0	1	36	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24146080--24146172	10	9.2	10	72	10	55	62	1	2	34	1.14
24146418--24146498	20	4.2	20	71	21	73	43	2	0	54	1.13
24146586--24146679	20	4.8	19	70	18	68	41	3	0	55	1.16
24146661--24146707	21	2.3	21	78	10	53	31	4	2	61	1.27
24146586--24146707	10	12.4	10	70	21	55	38	4	0	56	1.24
24147773--24147824	25	2.1	25	96	0	95	36	7	13	42	1.73
24148526--24148585	21	2.9	20	74	13	59	68	1	1	28	1.09
24148530--24148597	20	3.4	19	75	15	57	66	1	1	30	1.10
24154436--24154496	29	2.1	29	81	6	70	57	0	3	39	1.15
24154428--24154497	30	2.3	29	74	13	70	58	0	2	38	1.13
24154738--24154890	76	2.0	76	96	0	279	32	13	13	40	1.83
24155636--24155667	5	6.4	5	100	0	64	81	0	0	18	0.70
24156790--24156837	14	3.4	14	72	11	53	29	10	14	45	1.78
24156780--24156838	28	2.1	28	100	0	118	27	10	15	47	1.77
24160156--24160739	299	2.0	298	96	0	1078	30	15	18	35	1.92
24161990--24162036	23	2.2	21	75	17	51	36	0	0	63	0.94
24161999--24162037	11	3.5	11	89	6	60	33	0	0	66	0.92
24165526--24165568	9	4.8	9	94	0	77	23	9	30	37	1.86
24168068--24168223	78	2.0	78	98	0	303	39	20	15	25	1.91
24174850--24174910	17	3.4	17	68	12	50	49	16	3	31	1.62
24174841--24174911	37	1.9	37	97	0	133	46	16	5	30	1.70
24179030--24179079	23	2.2	23	96	0	91	40	14	10	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24181879--24181929	23	2.2	22	83	13	59	49	1	5	43	1.38
24181938--24181975	11	3.5	11	92	0	58	71	0	5	23	1.07
24184078--24184440	181	2.0	181	95	0	645	26	20	21	31	1.98
24188160--24188194	18	1.9	18	88	0	52	42	17	17	22	1.88
24189415--24189450	18	2.0	18	88	0	54	33	22	16	27	1.95
24189703--24189799	34	2.8	34	77	10	99	46	13	9	30	1.74
24190070--24190141	29	2.5	28	80	8	83	48	2	18	30	1.62
24192102--24192152	21	2.4	22	83	3	59	31	3	7	56	1.46
24192727--24192767	21	1.9	23	85	14	61	31	7	4	56	1.48
24192725--24192773	21	2.4	21	80	19	59	34	6	4	55	1.44
24208244--24208456	42	5.0	43	72	5	144	34	20	22	23	1.97
24208253--24208492	129	1.9	129	85	5	342	33	20	22	22	1.97
24209348--24209736	197	2.0	195	92	2	636	35	18	25	19	1.95
24210379--24210429	21	2.4	22	83	3	59	31	3	7	56	1.46
24211004--24211044	21	1.9	23	85	14	61	31	7	4	56	1.48
24211002--24211050	21	2.4	21	80	19	59	34	6	4	55	1.44
24212806--24212848	20	2.2	20	87	4	61	34	2	2	60	1.22
24215163--24215188	5	5.2	5	100	0	52	0	42	0	57	0.98
24223682--24223836	28	5.6	28	81	6	165	27	27	15	29	1.96
24223947--24224027	40	2.0	40	97	0	153	35	18	7	38	1.79
24235953--24236048	43	2.2	43	79	3	104	28	23	18	29	1.98
24235972--24236067	43	2.2	42	83	7	113	28	26	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24240133--24240169	18	2.1	18	89	0	56	72	5	0	21	1.04
24240536--24240587	11	4.6	12	77	20	58	67	0	1	30	1.02
24240536--24240587	21	2.3	23	87	9	72	67	0	1	30	1.02
24241853--24241882	16	1.9	16	93	6	53	13	0	3	83	0.77
24242221--24242551	44	7.5	44	89	2	459	25	25	15	32	1.95
24242221--24242997	132	6.0	132	86	4	999	27	25	14	32	1.95
24242523--24242581	30	2.0	30	100	0	118	16	27	13	42	1.86
24242480--24242625	74	2.0	74	94	0	256	22	26	15	35	1.94
24242554--24242997	44	10.1	44	89	0	629	29	26	13	31	1.94
24242499--24242651	74	2.1	74	80	4	166	25	26	16	32	1.96
24243888--24243914	13	2.1	13	100	0	54	18	0	0	81	0.69
24254646--24254682	18	2.1	18	89	0	56	72	5	0	21	1.04
24255050--24255101	11	4.6	12	77	20	58	67	0	1	30	1.02
24255050--24255101	21	2.3	23	87	9	72	67	0	1	30	1.02
24256349--24256378	16	1.9	16	93	6	53	13	0	3	83	0.77
24256348--24256397	17	3.1	16	82	5	57	10	8	2	80	0.99
24259634--24259750	43	2.7	43	83	7	123	29	28	16	26	1.97
24259679--24259770	43	2.1	43	86	11	127	27	29	17	26	1.97
24260392--24260431	15	2.7	15	92	0	62	55	25	0	20	1.44
24262267--24262351	42	2.0	42	97	0	161	31	20	22	25	1.98
24262609--24262657	24	2.0	24	92	0	80	40	4	6	48	1.47
24272249--24272394	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24275557--24275674	59	2.0	58	91	4	193	29	12	12	44	1.80
24275822--24275946	63	2.0	62	91	0	196	30	16	4	47	1.68
24277117--24277174	30	1.9	30	85	0	80	25	31	25	17	1.97
24281222--24281389	43	3.9	43	81	4	162	32	27	14	25	1.94
24281221--24281414	43	4.5	42	78	10	146	34	27	13	24	1.93
24281221--24281420	86	2.3	85	78	7	208	35	27	13	24	1.93
24281653--24281692	19	2.1	19	85	0	53	70	2	2	25	1.13
24281619--24281699	31	2.5	33	80	11	98	65	2	2	29	1.18
24281660--24281706	19	2.6	18	77	12	51	68	0	4	27	1.08
24283462--24283489	9	3.1	9	100	0	56	35	32	10	21	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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