genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82509556--82509705	56	2.7	56	91	0	237	26	15	24	33	1.95
82509916--82509973	20	2.9	20	81	0	71	32	36	13	17	1.89
82511591--82511620	11	2.7	11	94	0	51	80	3	0	16	0.85
82520074--82520170	30	3.2	30	67	11	74	26	27	15	29	1.96
82524048--82524222	46	3.8	45	78	13	185	29	28	21	21	1.98
82524054--82524226	93	1.9	93	92	0	292	27	29	21	21	1.98
82526273--82526301	13	2.2	13	100	0	58	62	10	0	27	1.28
82526315--82526384	19	3.5	19	78	16	79	57	2	2	37	1.29
82526321--82526365	21	2.1	22	91	4	74	60	2	2	35	1.22
82526521--82526556	10	3.6	10	84	0	54	36	19	25	19	1.95
82526519--82526566	20	2.4	20	78	0	69	31	16	29	22	1.96
82529089--82529239	80	1.9	80	95	0	275	29	15	10	44	1.80
82530958--82531014	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
82536166--82536202	16	2.3	16	100	0	74	37	21	5	35	1.77
82536700--82536749	25	2.0	25	84	7	66	52	10	0	38	1.35
82548644--82548753	28	3.9	28	89	0	148	31	22	18	27	1.97
82551665--82551730	34	1.9	34	100	0	132	37	12	16	33	1.86
82552402--82552444	17	2.5	17	82	14	52	11	4	9	74	1.20
82554389--82554439	23	2.3	23	82	3	59	39	3	11	45	1.59
82572855--82572887	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
82575776--82575865	5	17.8	5	72	19	55	76	2	4	16	1.05
82575796--82575860	6	11.2	6	80	9	64	78	3	4	13	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82575801--82575834	13	2.8	12	86	8	50	82	2	2	11	0.89
82575820--82575860	21	1.9	22	95	5	75	80	2	2	14	0.92
82575825--82575866	16	2.7	16	82	13	52	80	2	2	14	0.90
82578708--82578759	27	2.0	26	82	10	63	21	21	26	30	1.98
82582960--82583032	38	1.9	38	86	5	103	23	17	23	35	1.95
82584149--82584178	15	2.0	15	93	0	51	26	43	6	23	1.78
82586191--82586281	29	3.2	27	72	10	83	24	30	15	29	1.95
82586378--82586414	19	2.0	19	89	5	58	18	40	16	24	1.90
82586521--82586562	8	5.4	8	88	8	52	4	19	21	54	1.62
82600359--82600516	43	3.7	43	76	4	122	24	17	25	32	1.97
82604261--82604324	32	2.0	32	93	0	110	29	17	20	32	1.95
82611713--82611911	27	7.4	27	82	2	229	35	19	21	23	1.96
82611715--82611911	108	1.8	108	90	2	315	35	19	20	23	1.96
82611714--82611911	81	2.4	82	80	5	258	35	19	21	23	1.96
82613153--82613191	17	2.4	17	86	4	53	35	12	30	20	1.90
82615878--82616103	27	8.4	27	88	0	317	34	19	21	24	1.96
82619012--82619044	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
82625888--82625943	26	2.2	26	96	0	103	30	8	25	35	1.86
82631941--82631980	21	1.9	21	84	0	53	30	7	22	40	1.81
82632236--82632272	16	2.3	16	95	0	65	45	21	24	8	1.78
82642470--82642626	33	4.8	33	75	6	113	28	23	14	33	1.94
82646753--82646971	40	5.5	40	91	2	336	23	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82646753--82646971	79	2.8	80	89	2	336	23	22	26	26	2.00
82646753--82646971	119	1.8	119	91	3	361	23	22	26	26	2.00
82658613--82658658	22	2.1	22	88	4	67	50	17	6	26	1.70
82665696--82665813	43	2.8	43	75	5	114	26	16	24	32	1.96
82669795--82669963	40	4.2	40	93	0	284	23	20	28	27	1.98
82669795--82669993	80	2.5	80	86	0	218	23	20	27	28	1.99
82674729--82674900	93	1.8	93	85	2	238	22	20	27	29	1.99
82678086--82678159	36	2.1	36	94	0	130	35	2	21	40	1.68
82690070--82690216	47	3.1	47	65	19	133	23	25	17	34	1.96
82690067--82690256	95	2.0	95	100	0	380	23	24	17	34	1.96
82694718--82694781	28	2.3	28	91	0	101	18	17	37	26	1.93
82695098--82695328	27	8.6	27	84	6	249	40	19	9	30	1.83
82695098--82695328	81	2.9	80	85	1	318	40	19	9	30	1.83
82695282--82695397	27	4.3	27	82	4	110	38	17	14	29	1.89
82695098--82695357	81	3.2	81	81	6	305	40	19	9	30	1.83
82703457--82703519	26	2.5	26	97	2	119	42	14	3	39	1.61
82703477--82703519	13	3.3	13	73	0	50	41	13	2	41	1.57
82706946--82707102	43	3.7	43	77	4	165	26	18	24	29	1.98
82724564--82724607	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
82724621--82724645	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
82725724--82725794	25	2.9	25	82	12	69	4	26	1	67	1.17
82725695--82725772	20	4.2	18	70	15	50	3	30	1	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82725673--82725791	62	1.9	62	82	5	150	4	27	0	67	1.15
82726746--82726790	15	3.1	14	81	12	56	71	0	0	28	0.87
82726754--82726790	16	2.4	15	86	4	56	72	0	0	27	0.84
82731151--82731229	31	2.5	31	93	0	131	27	27	15	29	1.96
82731253--82731342	41	2.2	41	89	2	135	35	22	14	27	1.93
82731488--82731585	26	3.8	26	90	1	153	27	22	23	26	1.99
82733341--82733419	31	2.6	31	91	2	124	27	26	15	30	1.96
82733449--82733532	41	2.0	41	90	0	132	36	20	14	28	1.91
82733678--82734087	26	15.8	26	88	0	615	27	21	24	26	1.99
82733683--82734087	52	7.8	52	99	0	794	26	21	24	26	1.99
82739186--82739952	385	2.0	385	96	0	1408	30	22	11	35	1.89
82742735--82742822	43	2.0	43	91	4	142	38	15	12	32	1.85
82744765--82744887	62	2.0	62	96	0	228	30	25	8	35	1.85
82745111--82745325	49	4.6	47	67	18	133	31	25	16	26	1.97
82745050--82745328	140	2.0	140	95	0	504	30	24	16	27	1.97
82748073--82748141	28	2.5	28	85	0	84	28	13	27	30	1.94
82754467--82754577	38	2.9	38	80	2	123	21	21	24	32	1.98
82770942--82771024	40	2.1	40	97	0	157	21	19	28	30	1.98
82774309--82774386	39	2.0	39	100	0	156	35	5	30	28	1.79
82778068--82778102	15	2.3	15	95	0	61	42	5	20	31	1.75
82779049--82779197	40	3.7	40	88	5	169	25	20	26	27	1.99
82788920--82788983	32	2.0	32	96	0	119	34	20	25	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82804591--82805246	328	2.0	328	100	0	1312	41	23	4	30	1.75
82805546--82805585	13	3.1	13	100	0	80	30	0	22	47	1.52
82806682--82806806	44	2.9	43	74	10	128	24	17	24	32	1.97
82809086--82809189	42	2.4	43	83	1	147	31	25	17	25	1.97
82814760--82814876	29	4.1	29	91	1	182	29	31	14	24	1.95
82816619--82816708	29	3.1	28	81	7	83	26	27	15	30	1.96
82816925--82816960	16	2.2	16	95	0	63	8	16	16	58	1.61
82818452--82818516	33	2.0	33	84	0	85	29	24	23	23	1.99
82818824--82818891	28	2.5	27	90	9	111	25	19	19	36	1.94
82825819--82826068	125	2.0	125	100	0	500	34	23	13	28	1.93
82826972--82827066	28	3.4	28	80	7	104	24	18	16	40	1.91
82831292--82831453	43	3.8	42	78	8	148	33	22	17	25	1.96
82832439--82832503	16	3.9	16	66	18	51	40	20	9	30	1.83
82842494--82842536	21	2.0	21	100	0	86	27	23	23	25	2.00
82853889--82853928	18	2.4	17	88	12	57	75	2	17	5	1.10
82855868--82855955	27	3.3	27	73	13	83	30	13	15	39	1.87
82855882--82856038	54	2.9	54	81	8	162	33	12	17	36	1.87
82855882--82856038	27	5.9	27	76	10	128	33	12	17	36	1.87
82856229--82856261	17	1.9	17	88	11	50	18	45	24	12	1.83
82864147--82864207	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
82868870--82868909	15	2.7	15	88	0	62	55	10	17	17	1.69
82870467--82870513	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82874971--82875239	46	5.7	49	73	10	172	23	29	18	27	1.98
82880879--82880979	45	2.2	45	96	1	184	23	26	18	30	1.98
82888739--82888828	47	1.9	46	97	0	162	22	32	18	25	1.97
82892960--82893007	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
82893971--82894010	21	2.0	20	85	5	53	27	30	32	10	1.89
82905327--82905498	42	4.1	42	90	3	251	25	18	22	33	1.97
82909540--82909602	21	2.9	22	85	2	83	31	3	31	33	1.74
82911866--82911903	17	2.2	17	100	0	76	10	5	10	73	1.23
82914089--82914125	13	3.0	13	84	7	51	13	8	0	78	0.96
82914091--82914138	24	2.0	24	83	4	60	10	12	2	75	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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