genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89612818--89612928	20	5.6	20	91	0	186	41	27	17	13	1.87
89616586--89616775	20	9.9	20	76	7	178	35	25	23	15	1.94
89616641--89616775	40	3.4	40	86	0	198	38	24	20	16	1.92
89616773--89616842	36	1.9	36	88	5	106	20	28	21	30	1.98
89625754--89625780	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
89626471--89626537	34	2.0	34	96	0	125	37	7	22	32	1.82
89632350--89632431	27	3.1	27	80	3	87	34	21	21	21	1.97
89634593--89634688	29	3.3	29	88	1	140	31	30	13	25	1.94
89635502--89635545	21	2.1	21	100	0	88	43	27	9	20	1.82
89637510--89637536	12	2.2	12	100	0	54	33	25	14	25	1.95
89638917--89639055	48	2.9	48	94	2	235	26	27	17	28	1.97
89638807--89639078	48	6.3	42	78	9	187	29	27	16	26	1.97
89639051--89639196	37	4.0	36	80	7	170	27	29	17	26	1.97
89645358--89645685	40	8.2	40	92	0	548	27	20	27	24	1.99
89648658--89648771	43	2.7	42	75	6	122	31	25	11	31	1.91
89650733--89650965	116	2.0	116	100	0	466	28	12	24	34	1.91
89652832--89652887	27	2.2	25	81	12	76	21	21	21	35	1.96
89656597--89656679	27	3.1	27	92	0	139	20	21	21	36	1.96
89661342--89661415	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
89677845--89677967	43	2.9	43	79	6	151	31	13	24	30	1.94
89679533--89679603	24	2.8	26	78	6	74	25	18	21	35	1.95
89691393--89691465	36	2.0	36	97	0	137	31	15	30	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89695188--89695347	85	1.9	86	92	2	268	35	8	21	35	1.83
89695970--89696189	67	3.3	67	99	0	431	30	17	32	20	1.95
89699454--89699506	26	2.0	26	92	0	88	41	11	11	35	1.77
89699791--89699842	22	2.4	22	86	0	68	28	19	28	23	1.98
89700014--89700062	16	3.2	16	80	19	68	32	12	10	44	1.75
89703939--89703981	17	2.5	17	100	0	86	18	34	34	11	1.87
89704176--89704544	27	13.7	27	83	3	233	36	22	7	33	1.81
89704220--89704400	54	3.4	54	92	0	290	30	22	6	40	1.79
89704220--89704426	54	3.8	54	90	0	279	32	21	6	39	1.79
89704532--89704775	27	9.1	27	84	0	301	37	18	19	24	1.94
89704532--89704775	54	4.5	54	90	0	346	37	18	19	24	1.94
89704982--89705051	25	2.8	25	97	0	131	27	25	21	25	1.99
89704982--89705076	50	1.9	50	82	8	122	28	24	22	25	1.99
89709395--89709502	40	2.7	40	95	0	189	21	26	20	31	1.98
89724962--89725145	27	6.8	27	86	4	201	27	24	10	37	1.88
89724962--89725145	82	2.3	81	88	4	275	27	24	10	37	1.88
89724962--89725145	55	3.4	53	89	3	262	27	24	10	37	1.88
89725124--89725292	27	6.3	27	84	3	180	40	20	8	31	1.82
89725138--89725289	81	1.9	80	88	1	232	42	19	7	29	1.80
89725281--89725520	27	8.9	27	81	6	245	36	17	20	25	1.94
89725277--89725520	54	4.5	54	85	3	305	36	18	19	25	1.94
89725277--89725504	81	2.8	81	80	4	273	36	19	18	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89725664--89725694	16	1.9	16	93	0	53	29	22	12	35	1.91
89725727--89725820	25	3.8	25	92	1	145	24	25	21	28	1.99
89725727--89725833	25	4.4	24	89	3	126	27	23	21	28	1.99
89731445--89731662	40	5.5	40	86	4	266	25	27	22	23	2.00
89733862--89733909	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
89736336--89736598	126	2.1	128	90	2	413	30	22	16	30	1.96
89736963--89737240	46	5.7	46	71	18	211	29	27	20	23	1.99
89737039--89737162	62	2.0	62	96	0	230	29	28	15	26	1.96
89737120--89737259	46	3.0	47	85	6	130	30	27	20	22	1.98
89739702--89739923	40	5.6	40	89	1	331	23	22	24	28	1.99
89746221--89746349	65	2.0	65	81	6	154	31	8	20	39	1.82
89747994--89748937	40	23.6	40	89	0	1433	25	21	24	29	1.99
89747994--89748902	80	11.4	80	99	0	1764	24	21	23	29	1.99
89755702--89755909	80	2.6	79	87	3	285	28	26	20	24	1.99
89755722--89755897	40	4.4	40	91	2	282	29	27	19	22	1.98
89763636--89763863	40	5.7	40	94	1	336	28	28	20	23	1.99
89767115--89767292	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
89767136--89767291	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
89775293--89775470	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
89775314--89775469	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
89777176--89777302	45	2.9	45	81	10	140	23	21	29	25	1.99
89782568--89782654	24	3.6	24	77	10	79	26	13	31	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89784520--89784625	52	2.0	52	100	0	212	29	22	8	39	1.84
89802415--89802510	43	2.3	42	80	8	106	30	17	22	29	1.97
89804990--89805014	12	2.1	12	100	0	50	24	8	16	52	1.70
89806134--89806176	23	1.9	22	86	13	61	20	2	23	53	1.57
89808416--89808461	24	1.9	24	95	0	83	45	6	13	34	1.69
89811274--89811462	94	2.0	94	92	0	315	27	13	26	32	1.94
89812268--89812370	32	3.2	31	75	13	84	32	20	20	27	1.97
89812359--89812451	27	3.5	26	72	8	62	38	20	18	22	1.93
89812861--89812954	27	3.4	27	84	8	93	28	8	23	39	1.84
89812878--89812960	27	3.1	27	89	5	116	31	7	20	40	1.79
89815706--89815735	13	2.3	13	94	0	51	33	30	26	10	1.89
89818683--89818856	49	3.5	49	83	1	213	25	14	27	32	1.95
89828702--89828928	40	5.7	40	92	0	382	22	28	20	29	1.98
89839356--89839523	86	2.0	86	91	2	275	31	17	15	35	1.92
89840551--89840629	37	2.1	37	88	0	113	24	32	18	24	1.97
89840748--89841207	47	9.8	47	97	0	839	29	30	8	31	1.87
89841292--89841395	52	2.0	52	98	0	199	28	24	7	39	1.83
89841879--89842000	60	2.0	60	98	0	235	29	19	10	40	1.85
89842907--89843026	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
89851289--89851382	22	4.1	22	79	5	89	24	24	18	32	1.97
89861054--89861089	18	1.9	19	88	5	56	44	8	8	38	1.65
89861178--89861284	47	2.2	48	85	5	144	37	23	16	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89868684--89868949	47	5.6	48	70	13	169	22	27	20	30	1.98
89868684--89868949	94	2.9	92	75	10	272	22	27	20	30	1.98
89870886--89871063	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
89870907--89871062	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
89871545--89871570	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
89878063--89878140	39	2.0	39	94	0	138	28	25	17	28	1.98
89879176--89879291	44	2.6	43	77	9	117	24	27	19	28	1.99
89879266--89879391	47	2.7	46	83	7	155	22	30	20	26	1.98
89891902--89892077	46	3.8	46	76	12	189	22	19	28	29	1.98
89891898--89892069	93	1.8	93	91	0	281	22	19	29	28	1.98
89895007--89895054	15	3.2	15	87	0	69	12	18	14	54	1.71
89895011--89895065	15	3.7	15	85	2	67	9	18	16	56	1.66
89900591--89900893	40	7.6	40	90	2	387	24	20	28	27	1.99
89907694--89907915	109	2.0	110	98	0	428	41	14	20	22	1.89
89908853--89909036	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
89908853--89909033	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
89912212--89912353	72	2.0	72	94	0	248	33	18	26	22	1.97
89912911--89913026	58	2.0	58	93	0	196	22	16	24	37	1.94
89914172--89914251	38	2.1	38	88	0	115	30	10	23	36	1.88
89914910--89915205	146	2.0	146	99	0	583	30	19	14	35	1.91
89921510--89921584	31	2.4	30	81	16	91	53	2	13	30	1.53
89921530--89921609	31	2.6	31	82	7	85	56	3	12	27	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89929716--89929775	28	2.1	28	87	6	86	48	1	5	45	1.34
89932165--89932215	24	2.0	27	85	14	72	25	1	11	60	1.41
89932217--89932261	22	2.0	23	83	12	58	35	2	4	57	1.31
89936965--89937015	14	3.7	14	75	21	54	27	7	1	62	1.33
89936992--89937084	44	2.1	44	84	4	116	31	6	2	60	1.34
89936979--89937129	3	50.3	3	69	10	76	29	9	2	58	1.43
89937265--89937346	24	3.2	26	72	19	64	32	4	6	56	1.45
89937378--89937430	23	2.5	22	82	11	65	33	1	9	54	1.43
89937478--89937541	24	2.6	25	82	5	76	35	3	6	54	1.41
89937108--89937576	252	1.9	248	82	9	583	33	4	6	56	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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