genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10110135--10110176	19	2.2	19	87	8	59	64	0	35	0	0.94
10113754--10114519	389	2.0	388	87	3	1112	37	15	14	31	1.88
10118862--10118908	11	4.3	11	73	10	51	44	6	0	48	1.28
10123596--10123668	32	2.3	31	83	2	83	54	13	2	28	1.53
10126087--10126161	31	2.3	32	88	4	107	60	21	6	12	1.55
10126854--10126882	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
10130194--10130219	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
10134119--10134185	34	2.0	34	94	5	118	47	4	23	23	1.70
10136356--10136728	202	1.8	202	91	0	611	34	22	14	28	1.93
10139380--10139436	2	28.5	2	89	0	87	1	3	47	47	1.29
10144893--10145133	49	4.8	49	75	11	168	23	26	22	28	1.99
10144900--10145077	49	3.6	49	80	7	184	20	26	24	28	1.99
10149795--10149939	75	1.9	75	100	0	290	31	17	13	38	1.88
10161945--10161990	23	2.0	23	95	0	83	36	17	19	26	1.94
10162087--10162120	12	2.7	13	86	9	52	38	20	5	35	1.77
10164655--10164692	15	2.4	16	82	4	51	47	0	2	50	1.15
10169933--10170004	22	3.3	22	86	7	103	34	2	18	44	1.64
10175992--10176196	46	4.4	45	76	14	163	27	19	29	23	1.98
10183689--10183809	46	2.6	49	85	13	159	26	20	29	23	1.99
10186584--10186651	29	2.3	29	80	5	75	29	32	11	26	1.92
10186472--10186799	175	1.9	175	89	2	507	31	24	14	29	1.94
10186761--10186832	29	2.5	30	80	13	87	30	29	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10193494--10193563	22	3.2	22	79	0	77	38	8	18	34	1.81
10196349--10196392	21	2.2	19	84	8	52	22	4	13	59	1.53
10196786--10196829	22	2.0	22	90	0	70	36	9	20	34	1.84
10199805--10199829	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
10204462--10204575	44	2.6	42	74	19	108	64	2	1	31	1.18
10205538--10205564	13	2.1	13	100	0	54	22	29	33	14	1.94
10206084--10206123	4	9.8	4	94	5	71	50	0	0	50	1.00
10207993--10208050	27	2.1	27	87	0	80	43	15	22	18	1.88
10207993--10208057	27	2.4	27	84	0	67	43	16	21	18	1.88
10218731--10218767	17	2.2	16	90	4	56	43	5	0	51	1.24
10218708--10218803	10	9.2	10	70	18	54	32	8	0	59	1.27
10223668--10223755	44	2.0	44	95	4	160	29	18	19	32	1.95
10230736--10231309	219	2.6	219	90	3	881	32	17	23	27	1.96
10231220--10231581	132	2.7	131	91	1	571	31	14	25	28	1.95
10231220--10231581	44	8.2	44	86	1	485	31	14	25	28	1.95
10236682--10236727	21	2.1	21	84	4	56	34	8	13	43	1.74
10241068--10241258	103	1.9	103	83	6	253	35	13	23	27	1.92
10245106--10245224	41	2.9	41	85	8	143	28	18	28	24	1.98
10253483--10253744	139	1.9	139	91	1	427	33	20	7	38	1.80
10257827--10257879	28	2.0	26	85	7	70	30	15	7	47	1.73
10259497--10259576	31	2.5	32	89	2	117	47	16	3	32	1.64
10265508--10265570	32	2.0	32	100	0	126	33	25	9	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10268980--10269024	20	2.2	20	84	0	54	46	4	13	35	1.63
10273326--10273353	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
10273541--10273620	39	2.1	39	92	0	133	20	3	27	48	1.66
10285318--10285544	46	4.9	45	77	11	178	29	20	28	22	1.98
10286982--10287131	73	2.0	74	87	1	212	28	13	15	42	1.84
10288030--10288275	27	9.1	27	82	3	271	28	21	8	41	1.81
10288030--10288275	81	3.0	81	82	3	307	28	21	8	41	1.81
10288280--10288475	27	7.3	27	87	0	257	35	18	19	26	1.95
10288675--10288760	27	3.2	26	83	4	82	19	23	20	36	1.95
10288878--10289064	6	30.8	6	75	16	154	20	16	13	49	1.79
10288878--10289064	30	6.4	30	81	9	215	20	16	13	49	1.79
10288878--10289064	85	2.2	85	95	0	329	20	16	13	49	1.79
10292551--10292851	41	7.4	41	90	1	455	33	24	22	19	1.97
10293260--10293313	25	2.2	25	100	0	108	27	7	24	40	1.81
10293913--10293943	15	2.1	15	93	0	53	58	0	9	32	1.31
10305260--10305507	129	1.9	131	83	3	322	27	19	21	31	1.98
10305260--10305495	43	5.5	43	83	0	274	27	19	21	31	1.97
10305260--10305495	86	2.7	86	86	2	323	27	19	21	31	1.97
10308151--10308193	20	2.2	20	83	8	52	32	0	23	44	1.54
10308724--10308850	46	2.7	46	82	11	152	27	17	29	25	1.97
10315277--10315346	22	3.2	22	72	0	59	38	8	18	34	1.81
10316223--10316274	22	2.3	23	93	3	88	30	1	15	51	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10318573--10318632	22	2.7	22	89	5	86	35	8	20	36	1.82
10319469--10319495	11	2.5	11	100	0	54	29	0	14	55	1.40
10320273--10320328	25	2.2	25	100	0	112	30	35	0	33	1.58
10322199--10322223	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
10326274--10326372	50	2.0	50	97	0	189	27	20	26	26	1.99
10326592--10326656	28	2.3	28	89	0	94	33	26	7	32	1.85
10326762--10326824	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
10326772--10326835	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
10327288--10327326	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
10327910--10327943	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
10334439--10334503	28	2.3	28	89	0	94	33	27	6	32	1.82
10334609--10334671	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
10335135--10335173	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
10341946--10341978	17	1.9	17	93	0	57	36	0	3	60	1.12
10342293--10342376	3	27.3	3	73	20	59	27	4	2	65	1.25
10342304--10342350	23	2.0	23	84	8	60	25	0	2	72	0.96
10342295--10342341	23	2.1	23	88	11	71	23	0	2	74	0.93
10354790--10354928	75	1.9	75	90	0	224	31	15	20	31	1.94
10354865--10355081	88	2.5	88	78	9	230	28	14	19	37	1.91
10357154--10357226	35	2.1	35	89	0	110	30	20	15	34	1.93
10364577--10364670	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
10364587--10364664	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10380552--10380626	3	24.0	3	75	12	62	62	4	4	29	1.31
10380551--10380653	22	5.0	21	73	18	83	65	2	4	27	1.27
10380538--10380626	13	6.6	14	74	15	64	61	3	6	28	1.37
10380646--10380802	78	2.0	77	90	1	242	42	12	33	11	1.78
10380956--10381011	20	2.8	19	91	8	85	64	0	35	0	0.94
10380961--10381022	15	4.1	15	75	6	54	66	0	33	0	0.92
10384518--10385281	387	2.0	388	87	2	1117	39	15	14	31	1.87
10388186--10388262	11	8.0	10	74	20	58	66	1	31	1	1.08
10388206--10388260	4	13.2	4	81	11	58	70	0	29	0	0.87
10388186--10388260	15	5.3	14	74	19	66	66	1	30	1	1.08
10388196--10388239	19	2.3	19	88	11	72	70	2	27	0	0.99
10388200--10388260	23	2.6	22	82	15	70	68	1	29	0	0.99
10396008--10396069	22	2.8	22	81	13	74	43	1	1	53	1.20
10398009--10398123	7	16.1	7	73	19	80	36	5	0	58	1.21
10398008--10398123	20	5.8	19	78	12	110	36	5	0	58	1.20
10398002--10398072	29	2.6	26	82	12	81	36	2	0	60	1.11
10398092--10398140	18	2.8	18	84	6	57	32	4	2	61	1.26
10409405--10409494	46	1.9	47	81	2	110	34	15	21	28	1.94
10411201--10411315	7	17.1	7	71	25	81	36	4	0	59	1.18
10411200--10411315	20	5.8	19	79	14	119	36	4	0	59	1.17
10411194--10411315	26	4.6	26	72	18	85	35	4	0	60	1.16
10411289--10411332	18	2.6	17	85	7	54	31	4	2	61	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10411609--10411666	17	3.6	17	71	21	61	36	1	0	62	1.06
10414772--10414796	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
10416760--10416800	13	3.1	13	92	3	64	60	2	0	36	1.10
10417175--10417215	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
10417438--10417470	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
10419708--10419793	31	2.7	31	87	3	109	58	19	6	15	1.60
10420028--10420068	21	2.0	21	95	0	73	0	48	19	31	1.49
10420487--10420515	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
10420682--10420720	17	2.4	16	86	4	51	51	0	12	35	1.40
10429697--10429736	12	3.3	12	86	10	55	80	0	17	2	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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