genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11449927--11449951	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
11452911--11452936	12	2.2	12	100	0	52	73	0	7	19	1.07
11455864--11455893	13	2.2	14	94	5	53	10	0	6	83	0.81
11463454--11463515	31	2.0	31	100	0	124	19	9	12	58	1.62
11472277--11472306	14	2.1	14	100	0	60	73	0	0	26	0.84
11475037--11475075	15	2.6	15	83	0	51	61	0	5	33	1.18
11476599--11477022	44	9.6	43	66	10	194	27	22	19	30	1.98
11476468--11477126	177	3.7	177	90	0	978	28	21	19	30	1.97
11476953--11477049	44	2.2	44	80	7	108	26	25	20	26	1.99
11476836--11477110	88	3.1	87	63	18	188	27	21	21	30	1.98
11489118--11489172	3	18.0	3	80	17	60	61	0	5	32	1.19
11489192--11489230	15	2.6	15	83	0	51	61	0	5	33	1.18
11491508--11491547	18	2.2	18	86	8	55	45	0	0	55	0.99
11491732--11491786	15	3.4	15	72	18	56	54	0	0	45	0.99
11492240--11492278	14	2.8	14	76	0	51	30	15	10	43	1.80
11498244--11498607	31	12.0	31	65	12	148	48	11	1	39	1.48
11498270--11498634	91	4.0	91	100	0	730	46	12	1	40	1.48
11499628--11499687	18	3.4	18	71	13	61	50	0	5	45	1.23
11499714--11499767	25	2.2	25	83	12	67	42	0	11	46	1.39
11499984--11500036	27	2.0	27	84	0	70	60	0	3	35	1.15
11500412--11500436	13	1.9	13	100	0	50	36	0	24	40	1.55
11500626--11500664	18	2.2	18	86	9	53	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11502325--11502354	16	1.9	15	93	6	51	0	43	0	56	0.99
11503269--11503296	13	2.2	13	100	0	56	28	0	32	39	1.57
11506645--11506695	23	2.2	23	92	0	84	13	23	37	25	1.92
11508368--11508429	30	2.0	31	84	3	81	35	1	45	17	1.59
11510829--11510874	23	2.0	24	82	4	58	47	17	0	34	1.48
11516412--11516638	63	3.6	63	79	0	247	27	25	18	27	1.98
11521106--11521369	47	5.6	47	91	3	415	27	29	8	34	1.87
11523062--11523181	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
11527144--11527337	63	3.1	63	82	1	201	29	30	17	22	1.96
11527191--11527363	63	2.7	64	83	2	224	30	28	16	23	1.96
11538261--11538365	27	3.9	27	82	9	117	34	21	24	19	1.96
11539958--11540013	26	2.2	26	96	0	103	33	26	8	30	1.87
11544276--11544314	21	1.9	21	85	15	55	17	2	7	71	1.21
11545274--11545378	27	3.9	27	82	7	124	35	21	23	19	1.96
11546975--11547056	26	3.2	26	98	0	155	34	26	8	30	1.86
11552079--11552175	40	2.4	40	87	0	131	31	18	24	24	1.97
11556757--11556794	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
11557023--11557190	46	3.6	45	78	12	180	29	28	20	22	1.98
11557024--11557194	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
11557612--11557671	30	2.0	30	90	0	93	31	25	5	38	1.77
11562150--11562243	47	2.0	46	93	2	161	18	29	24	26	1.97
11564246--11564411	47	3.5	47	98	0	314	28	26	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11564838--11564897	30	2.0	30	90	0	93	31	25	5	38	1.77
11565428--11565562	68	2.0	68	98	0	261	37	20	5	35	1.77
11568252--11568293	18	2.5	18	81	11	54	33	0	4	61	1.17
11569522--11569570	23	2.2	22	85	10	64	6	18	0	75	1.00
11571344--11571629	144	2.0	144	98	0	554	30	20	12	36	1.90
11571856--11571893	19	2.0	19	89	0	58	26	31	23	18	1.97
11571860--11571902	19	2.3	19	79	0	50	30	30	18	20	1.97
11575808--11575919	41	2.7	43	84	5	149	22	16	24	36	1.94
11586622--11587047	143	3.0	143	99	0	834	36	16	16	30	1.91
11588346--11588419	28	2.7	28	89	2	105	33	22	9	33	1.87
11594513--11594558	22	2.2	22	84	7	60	58	0	4	36	1.18
11605752--11605791	21	1.9	21	89	0	62	15	7	20	57	1.61
11612675--11612802	49	2.6	49	82	7	161	31	19	24	25	1.98
11612588--11612847	142	1.8	144	80	10	318	27	19	25	26	1.99
11613632--11613667	13	2.8	13	95	4	65	13	19	41	25	1.88
11619835--11619890	28	2.0	28	86	10	78	16	16	46	21	1.84
11620007--11620046	21	2.0	20	85	5	53	15	37	27	20	1.92
11621987--11622068	34	2.5	33	80	11	96	67	0	20	12	1.23
11622055--11622094	21	2.0	20	85	5	53	57	5	30	7	1.48
11622080--11622158	18	4.4	17	73	17	61	56	1	26	15	1.46
11622046--11622160	37	3.1	37	74	11	101	59	1	26	13	1.44
11626728--11626803	27	2.8	26	90	4	116	31	5	32	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11629749--11629798	18	2.8	18	81	3	66	44	2	2	52	1.24
11643456--11643583	44	3.0	44	80	7	138	31	25	21	21	1.98
11652114--11652173	29	2.1	29	96	0	111	23	31	15	30	1.95
11653318--11653405	28	3.1	29	79	10	94	37	21	20	20	1.94
11657643--11657740	42	2.3	42	84	5	126	30	25	19	24	1.98
11657665--11657780	44	2.7	41	83	10	128	29	25	22	22	1.99
11661914--11662307	131	2.9	138	75	6	408	30	21	20	27	1.98
11662587--11662617	16	2.0	16	93	6	55	41	12	0	45	1.42
11683832--11683950	43	2.8	43	93	0	202	30	33	14	21	1.93
11687923--11687979	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
11687921--11687987	20	3.3	20	95	0	125	35	11	19	32	1.88
11687932--11687987	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
11688036--11688250	24	9.0	24	88	5	312	28	21	22	27	1.99
11688036--11688252	47	4.5	48	86	7	302	28	21	22	27	1.99
11688444--11688507	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
11700352--11700470	43	2.8	43	93	0	202	30	33	14	21	1.93
11705878--11705951	38	1.9	38	100	0	148	45	5	18	29	1.72
11705878--11705938	19	3.2	19	63	9	52	45	4	19	29	1.71
11709875--11709930	10	5.6	10	79	8	69	66	1	10	21	1.32
11716539--11716593	20	2.8	20	72	10	58	30	21	34	12	1.91
11716536--11716607	20	3.6	20	68	19	51	33	20	31	13	1.92
11717712--11717777	22	2.9	22	90	6	96	18	6	1	74	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11722940--11723007	32	2.1	32	94	0	118	47	14	5	32	1.69
11726859--11726963	25	4.3	25	74	9	92	40	15	20	23	1.90
11742812--11742857	16	2.9	15	81	9	56	15	4	2	78	1.01
11742829--11742896	5	12.8	5	74	20	50	17	4	1	76	1.03
11742825--11742896	12	6.2	11	76	12	65	18	4	1	76	1.02
11742825--11742876	6	9.0	6	85	4	63	15	3	1	78	0.98
11746444--11746476	13	2.4	14	85	10	50	48	9	18	24	1.76
11748228--11748272	21	2.1	21	87	4	63	24	17	24	33	1.96
11748906--11749012	28	3.8	29	77	10	105	57	4	15	22	1.57
11748906--11749009	56	1.9	54	84	4	136	56	3	16	23	1.56
11748907--11749010	27	3.7	27	78	11	104	56	3	16	23	1.56
11750154--11750195	21	2.0	21	90	0	66	45	2	7	45	1.44
11751123--11751158	17	2.1	18	94	5	65	22	0	2	75	0.94
11751615--11751674	30	2.0	30	93	6	104	28	10	10	51	1.67
11752103--11752127	6	4.2	6	100	0	50	64	0	0	36	0.94
11759906--11760090	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
11759907--11760090	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
11759959--11760123	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
11766938--11766985	19	2.5	20	86	6	71	47	16	4	31	1.65
11766950--11766988	19	2.1	19	100	0	78	46	17	5	30	1.70
11767963--11768077	37	3.1	37	89	0	167	24	33	21	20	1.97
11768240--11768566	94	3.5	94	94	0	555	27	29	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11768374--11768447	22	3.2	22	67	23	62	24	32	13	29	1.93
11768240--11768566	47	7.0	47	86	0	447	27	29	11	32	1.91
11771861--11771890	7	4.3	7	91	0	51	46	26	0	26	1.53
11775197--11775450	47	5.4	47	86	2	332	35	21	13	29	1.92
11775197--11775450	94	2.7	94	88	1	375	35	21	13	29	1.92
11779850--11779996	47	3.1	47	88	3	181	40	20	9	29	1.84
11791719--11791750	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
11793255--11794178	309	3.0	309	99	0	1809	34	18	14	33	1.91
11803534--11803579	19	2.3	20	88	3	67	32	10	2	54	1.47
11808128--11808160	12	2.8	12	86	4	50	18	60	9	12	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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