genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97502077--97502388	27	11.5	28	84	6	376	41	10	19	28	1.84
97502090--97502422	54	6.2	54	83	4	287	40	10	21	27	1.86
97502084--97502370	81	3.5	81	99	0	556	42	10	19	27	1.84
97503932--97503970	20	2.0	20	100	0	78	53	5	5	35	1.45
97511086--97511308	40	5.6	40	84	3	227	26	28	21	24	1.99
97511240--97511317	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
97518987--97519171	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
97518954--97519171	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
97526975--97527057	42	2.0	42	82	0	103	18	32	22	26	1.97
97529517--97529553	14	2.5	15	91	8	67	21	32	32	13	1.92
97529539--97529670	63	2.1	63	87	1	185	19	21	27	31	1.98
97535891--97536157	142	1.9	142	84	3	358	28	19	26	24	1.99
97543611--97543880	49	5.6	48	73	14	193	26	19	29	24	1.99
97545968--97546140	27	6.4	27	86	0	238	35	19	20	24	1.96
97549084--97549163	23	3.5	23	78	10	67	41	20	16	22	1.90
97551543--97551640	9	12.3	9	68	27	62	50	0	1	48	1.07
97551541--97551601	30	2.0	31	87	9	90	49	0	0	50	1.00
97551544--97551640	39	2.5	39	86	8	153	50	0	1	48	1.07
97551544--97551645	38	2.7	38	87	6	152	50	0	0	49	1.07
97551562--97551630	18	3.5	19	74	18	70	47	0	1	50	1.09
97551594--97551651	30	2.0	29	86	3	80	50	0	1	48	1.11
97553723--97553778	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97558457--97558492	19	1.9	19	88	5	56	47	11	0	41	1.39
97558790--97558850	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
97562221--97562328	26	4.2	26	92	0	180	31	8	24	36	1.85
97574897--97574956	19	3.0	21	67	20	56	25	5	25	45	1.73
97574889--97575026	39	3.5	39	90	0	213	27	3	22	46	1.68
97576587--97576664	39	2.0	39	87	5	113	28	5	23	43	1.75
97580301--97580418	42	2.8	42	84	8	134	31	26	14	27	1.95
97589711--97589775	30	2.3	27	80	12	85	60	10	0	29	1.31
97589711--97589779	29	2.4	30	81	15	92	57	10	0	31	1.32
97591820--97591954	43	3.1	43	93	0	225	30	33	24	11	1.91
97607316--97607344	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
97609111--97609160	18	2.7	18	84	6	55	30	2	12	56	1.47
97611336--97611361	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
97611484--97611524	20	2.0	22	90	9	68	53	19	7	19	1.68
97612183--97612208	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
97614830--97614907	41	2.0	37	86	0	75	19	32	5	38	1.73
97619137--97619349	42	5.1	41	83	3	257	27	24	21	27	1.99
97619136--97619349	84	2.5	83	85	4	304	27	24	21	27	1.99
97626581--97626843	46	5.7	46	79	12	295	23	20	27	28	1.99
97626580--97626844	93	2.8	93	95	0	467	23	20	27	27	1.99
97629966--97630141	68	2.6	67	77	15	159	21	27	16	34	1.95
97634811--97634960	75	2.0	75	93	0	255	31	11	29	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97640937--97641199	136	1.9	138	87	1	386	46	6	7	40	1.56
97641108--97641287	88	2.1	86	88	2	261	46	6	6	41	1.53
97641714--97641749	9	4.0	9	92	0	63	63	11	13	11	1.51
97642158--97642265	37	2.9	37	91	0	162	25	30	20	24	1.98
97642384--97642917	47	11.3	47	96	0	942	29	29	8	32	1.87
97642921--97643126	48	4.3	48	87	0	277	33	28	5	33	1.80
97642921--97643126	96	2.1	96	93	0	349	33	28	5	33	1.80
97648789--97649039	39	6.4	39	83	0	268	32	17	30	19	1.95
97648822--97648885	19	3.3	19	71	4	65	32	18	34	14	1.91
97648841--97648905	20	3.3	20	73	4	69	29	18	35	16	1.93
97648833--97648894	19	3.2	19	69	13	54	35	17	30	16	1.92
97648789--97649031	78	3.1	78	84	1	308	32	17	30	20	1.95
97648789--97649024	117	2.0	117	88	0	346	32	17	30	20	1.95
97660193--97660354	43	3.8	43	77	9	179	29	14	24	31	1.95
97660193--97660349	86	1.8	85	86	4	226	29	15	24	30	1.95
97663800--97664156	184	1.9	184	100	0	714	24	12	29	34	1.91
97664464--97664491	13	2.2	13	100	0	56	21	0	0	78	0.75
97664469--97664498	15	1.9	16	93	6	53	20	0	0	80	0.72
97664555--97664591	16	2.3	16	90	9	58	0	18	0	81	0.70
97666580--97666796	40	5.5	40	89	2	305	25	22	28	23	2.00
97671176--97671214	14	2.8	14	88	11	62	25	0	0	74	0.82
97673724--97673749	13	2.0	13	100	0	52	15	23	7	53	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97675432--97675465	16	2.1	16	89	10	52	58	2	2	35	1.28
97675436--97675477	16	2.5	17	77	14	52	54	2	2	40	1.26
97676418--97676504	34	2.6	34	83	0	102	32	8	17	42	1.78
97678672--97678806	28	4.8	28	92	0	189	34	12	25	28	1.92
97678935--97679029	43	2.2	43	81	5	102	27	18	25	28	1.98
97679691--97679796	53	2.0	53	98	0	203	29	16	20	33	1.94
97681689--97681812	46	2.7	46	92	3	205	32	27	18	21	1.97
97682235--97682294	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
97688279--97689141	28	30.8	28	99	0	1663	35	10	25	28	1.89
97690534--97690632	50	2.0	50	97	0	189	20	19	29	31	1.97
97692557--97692709	38	4.0	38	86	1	189	30	25	22	20	1.98
97696378--97696443	33	2.0	33	100	0	132	33	36	3	27	1.72
97699362--97699452	29	3.2	28	80	7	103	27	28	15	28	1.96
97724631--97724736	54	2.0	54	88	0	158	41	22	12	23	1.87
97729280--97729539	130	2.0	130	96	0	475	29	16	23	30	1.96
97734444--97734532	42	2.1	41	91	4	151	26	21	29	21	1.98
97738573--97738755	92	2.0	92	96	0	339	24	22	15	36	1.94
97745488--97745712	40	5.7	40	87	5	255	27	20	25	26	1.99
97751814--97751865	25	2.1	25	85	3	70	25	17	23	34	1.96
97751916--97751973	21	2.7	22	84	10	77	31	22	12	34	1.91
97752395--97752466	25	2.9	24	81	4	63	25	19	23	31	1.98
97751580--97752781	601	2.0	601	99	0	2368	31	24	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97758705--97758838	6	21.8	6	71	15	87	47	14	19	19	1.83
97758726--97758867	31	4.5	31	87	0	167	47	12	19	19	1.81
97759035--97759086	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
97759322--97759759	27	16.2	27	87	2	515	42	8	20	28	1.81
97759322--97759759	81	5.4	81	85	3	567	42	8	20	28	1.81
97759752--97759884	54	2.5	53	81	8	160	30	9	21	38	1.85
97759752--97759884	27	4.9	27	76	3	108	30	9	21	38	1.85
97762266--97762716	27	16.2	27	77	13	267	41	7	21	29	1.80
97762266--97762716	54	8.1	55	75	13	307	41	7	21	29	1.80
97762266--97762716	81	5.4	81	78	10	408	41	7	21	29	1.80
97762450--97762578	67	1.9	67	88	3	197	39	8	22	29	1.84
97762737--97762862	27	4.7	27	75	8	114	28	9	23	38	1.86
97762693--97762862	54	3.2	52	76	9	155	28	10	21	40	1.85
97762944--97762984	21	2.0	21	100	0	82	17	29	24	29	1.97
97765066--97765122	30	1.9	30	92	0	96	35	17	21	26	1.95
97772433--97772585	42	3.7	41	78	6	148	33	14	21	30	1.93
97773567--97773596	13	2.3	13	94	0	51	3	26	43	26	1.70
97776863--97777559	348	2.0	348	100	0	1394	39	6	19	35	1.77
97780847--97781024	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
97780848--97781003	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
97780844--97781024	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
97788910--97789087	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97788911--97789066	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
97788907--97789087	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
97799818--97799942	51	2.5	51	82	5	146	28	28	16	27	1.97
97808931--97809040	57	1.9	58	81	9	136	27	20	20	31	1.97
97822294--97822346	22	2.4	22	75	12	63	32	20	26	20	1.98
97822827--97823258	27	16.0	27	81	3	296	31	8	18	41	1.80
97823134--97823258	53	2.3	54	83	1	162	32	4	19	44	1.71
97823355--97823389	17	2.0	17	88	5	52	11	34	28	25	1.91
97826163--97826312	41	3.7	41	83	1	212	21	23	27	28	1.99
97849051--97849176	47	2.7	44	83	11	155	28	18	29	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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