genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21441228--21441262	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
21448597--21448662	34	2.0	33	90	3	105	30	27	22	19	1.98
21450163--21450307	48	3.0	48	81	2	175	24	15	27	33	1.95
21452563--21452670	29	3.8	29	82	6	112	29	25	15	29	1.96
21452893--21452935	8	5.4	8	80	0	50	9	23	18	48	1.76
21452893--21452928	16	2.2	16	95	0	63	8	25	19	47	1.77
21452893--21452935	16	2.7	16	82	13	61	9	23	18	48	1.76
21457018--21457072	8	6.9	8	82	0	56	10	25	20	43	1.84
21457010--21457054	16	2.8	16	93	0	81	8	24	20	46	1.78
21457016--21457072	16	3.6	16	79	9	62	10	26	19	43	1.83
21457018--21457076	24	2.5	24	85	0	82	10	23	18	47	1.79
21461595--21461673	25	3.2	25	78	3	79	20	25	18	35	1.95
21461612--21461773	25	6.6	25	66	17	79	19	24	20	35	1.95
21466957--21467071	45	2.6	45	74	0	122	42	17	16	23	1.88
21466957--21467105	45	3.3	44	71	5	120	42	18	16	22	1.88
21467046--21467167	45	2.7	46	79	1	120	44	16	18	20	1.87
21466957--21467132	90	2.0	90	81	4	212	42	17	17	23	1.89
21467137--21467235	45	2.2	45	81	3	119	46	12	20	21	1.82
21480577--21480968	196	2.0	197	93	1	671	34	17	4	43	1.70
21485985--21486039	25	2.2	24	78	15	58	61	1	25	10	1.39
21490829--21490960	46	2.8	48	80	13	168	25	20	31	21	1.98
21492958--21493008	22	2.3	22	96	0	93	11	33	29	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21495409--21495448	20	1.9	22	90	10	66	40	15	10	35	1.80
21496741--21496780	7	5.7	7	82	11	55	42	25	2	30	1.68
21509020--21509051	16	2.0	16	93	0	55	43	28	6	21	1.77
21516630--21516811	46	4.0	46	87	1	231	40	15	24	20	1.91
21517072--21517118	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
21525932--21526046	42	2.8	42	82	6	137	27	25	19	27	1.98
21526080--21526133	22	2.4	22	79	14	65	35	1	3	59	1.26
21530137--21530218	32	2.4	37	76	20	111	20	29	4	45	1.72
21530142--21530211	32	2.2	32	89	0	113	21	30	5	42	1.76
21531561--21531593	17	2.0	17	88	5	50	27	0	0	72	0.85
21536363--21536393	8	3.8	8	95	4	53	77	0	3	19	0.90
21540469--21540576	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
21543284--21543313	16	1.9	16	93	6	53	60	10	3	26	1.45
21549743--21549885	70	2.0	71	94	1	252	22	27	24	25	2.00
21549841--21549966	47	2.7	48	84	6	161	23	29	19	28	1.98
21551819--21551990	94	1.8	94	87	2	256	22	28	19	29	1.98
21551780--21551989	47	4.5	46	73	10	169	22	28	19	30	1.98
21562566--21562657	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
21562547--21562710	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
21568985--21569018	17	2.1	16	88	5	50	23	29	23	23	1.99
21569131--21569309	6	29.8	6	90	2	218	2	4	12	79	0.98
21569186--21569310	1	125.0	1	69	0	79	3	0	12	84	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21571724--21571756	16	1.9	18	88	11	52	54	9	9	27	1.62
21573161--21573208	23	2.1	22	84	3	60	10	16	2	70	1.24
21573178--21573219	22	1.9	22	85	9	59	11	11	0	76	1.03
21573216--21573282	8	8.4	8	75	17	59	35	5	0	58	1.23
21573244--21573287	17	2.7	16	85	3	61	38	4	0	56	1.20
21573451--21573488	19	2.0	20	89	5	60	44	13	2	39	1.57
21579235--21579300	21	3.0	22	84	4	71	28	4	31	34	1.78
21583473--21583514	14	3.1	14	79	6	50	73	4	2	19	1.12
21585322--21585365	18	2.4	18	88	7	63	54	2	0	43	1.12
21588685--21588726	21	2.0	21	90	0	66	30	11	26	30	1.92
21589071--21589150	23	3.2	23	65	21	61	58	1	3	36	1.24
21589699--21589782	29	2.8	30	78	7	82	45	2	5	46	1.40
21594812--21595352	187	2.9	186	87	3	716	41	8	23	25	1.82
21595325--21595382	30	1.9	30	96	0	107	32	6	24	36	1.82
21602332--21602379	19	2.6	19	86	3	71	35	0	16	47	1.47
21605814--21605903	28	3.3	27	89	6	128	35	23	22	18	1.96
21605789--21605902	27	4.2	27	84	4	124	35	21	22	20	1.96
21605789--21605903	54	2.1	53	83	3	140	35	21	22	20	1.96
21606897--21607056	79	2.0	79	98	0	311	52	3	29	14	1.59
21607040--21607072	17	2.0	17	94	5	59	63	0	24	12	1.28
21626072--21626107	13	2.8	13	95	0	63	5	22	41	30	1.76
21629718--21629776	6	10.6	5	81	16	64	16	1	5	76	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21634785--21634811	13	2.1	13	100	0	54	29	14	0	55	1.40
21644344--21644469	42	2.9	44	80	10	152	33	26	16	23	1.96
21644323--21644488	43	3.8	42	75	10	138	32	25	15	26	1.96
21645556--21645580	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
21646544--21646682	41	3.4	41	97	2	262	23	22	28	25	1.99
21650426--21650457	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
21657634--21657728	37	2.6	37	78	9	113	36	18	14	29	1.91
21670795--21670822	10	2.8	10	100	0	56	42	0	39	17	1.50
21675732--21676353	308	2.0	308	99	0	1235	27	29	18	25	1.98
21679278--21679338	26	2.3	28	81	13	76	54	8	1	36	1.40
21679430--21679456	14	1.9	14	100	0	54	51	0	7	40	1.30
21679919--21679981	30	2.1	30	90	0	99	26	3	12	57	1.51
21681545--21681581	19	1.9	19	89	10	58	32	2	0	64	1.07
21681635--21681704	20	3.7	20	77	11	58	40	1	2	55	1.23
21681639--21681702	19	3.3	18	74	10	56	39	1	3	56	1.25
21692914--21692962	25	2.0	25	83	0	62	40	0	4	55	1.19
21693859--21693896	14	2.7	14	88	8	51	34	0	0	65	0.93
21699542--21699586	19	2.4	19	100	0	90	37	11	8	42	1.72
21699689--21699732	16	2.8	16	80	12	56	52	0	4	43	1.22
21700341--21700383	15	2.9	15	80	16	54	44	6	0	48	1.29
21704708--21704830	57	2.1	58	95	3	221	45	12	11	30	1.77
21704813--21704979	86	1.9	87	92	3	284	42	11	8	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21704804--21705240	78	5.4	80	80	11	317	40	11	13	34	1.81
21704963--21705285	78	4.1	78	86	4	411	37	13	14	34	1.85
21704975--21705286	155	2.0	157	85	4	425	38	12	15	33	1.85
21710860--21710953	29	3.2	29	65	11	84	43	6	12	37	1.69
21710849--21710966	58	2.1	57	98	1	227	39	5	10	44	1.60
21715456--21715506	26	2.0	26	84	7	68	64	5	15	13	1.46
21720155--21720240	9	9.6	9	82	7	86	43	22	6	27	1.79
21720155--21720240	27	3.2	27	78	6	102	43	22	6	27	1.79
21720771--21720825	27	2.0	27	100	0	110	32	21	10	34	1.89
21721289--21721332	6	7.3	6	100	0	88	15	0	34	50	1.45
21727986--21728060	37	2.1	36	87	9	109	29	29	6	34	1.83
21731105--21731161	16	3.6	16	97	0	105	33	7	36	22	1.81
21731141--21731230	45	2.0	44	89	6	137	32	5	28	33	1.80
21731375--21731416	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
21731384--21731425	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
21731373--21731789	120	3.5	121	94	1	725	49	5	2	42	1.36
21731515--21731549	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21731617--21731669	16	3.4	17	73	21	53	56	0	0	43	0.99
21733952--21734033	41	2.0	41	97	0	155	43	12	20	23	1.85
21734222--21734296	38	2.0	38	97	0	141	46	16	12	25	1.81
21737344--21737406	31	2.0	31	87	6	92	49	9	7	33	1.64
21739106--21739188	40	2.0	42	90	4	134	26	12	19	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21741013--21741039	13	2.1	13	100	0	54	37	0	22	40	1.54
21748533--21748588	29	2.0	28	96	3	103	19	17	28	33	1.95
21749765--21749789	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
21750398--21750435	20	1.9	20	88	0	58	31	2	0	65	1.06
21752227--21752431	3	65.7	3	67	25	90	35	2	1	60	1.19
21752215--21752323	30	3.7	30	77	10	93	34	1	0	62	1.12
21752423--21752456	14	2.5	14	85	4	52	32	11	0	55	1.36
21753308--21753386	38	2.1	38	95	0	140	36	13	17	31	1.89
21763469--21763653	92	2.0	92	94	0	325	31	17	27	22	1.97
21764388--21765395	210	4.8	205	79	7	973	32	18	20	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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