genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  33  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9101219--9101254	16	2.2	16	90	0	54	0	50	0	50	1.00
9103409--9103442	8	4.4	8	88	3	52	61	0	0	38	0.96
9103406--9103446	13	3.0	13	89	7	55	58	0	0	41	0.98
9103408--9103481	33	2.2	33	81	9	80	56	1	5	36	1.31
9103574--9103633	25	2.4	25	72	16	61	55	0	3	41	1.16
9105139--9105801	44	15.4	44	85	5	829	30	26	13	28	1.94
9105142--9105811	301	2.2	301	90	0	1072	29	26	14	29	1.95
9117535--9117573	7	5.7	7	87	6	62	28	0	12	58	1.34
9118069--9118137	30	2.3	30	76	0	75	28	40	17	13	1.87
9118476--9118515	21	1.9	21	85	10	55	30	45	22	2	1.66
9121803--9122191	126	3.1	126	86	3	493	29	18	15	37	1.92
9122358--9122403	16	2.6	17	86	10	58	52	32	0	15	1.43
9122372--9122421	23	2.2	23	88	0	73	52	34	0	14	1.42
9122909--9122939	9	3.4	9	100	0	62	22	9	25	41	1.84
9122989--9123025	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
9125878--9125909	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
9142215--9142336	50	2.4	51	91	2	201	35	14	23	26	1.94
9142319--9142404	31	2.8	31	92	0	127	27	16	27	27	1.97
9142608--9142635	10	2.8	10	100	0	56	32	10	21	35	1.88
9146644--9146750	47	2.3	47	95	0	187	22	11	17	48	1.79
9150506--9150534	14	2.1	14	100	0	58	34	27	17	20	1.95
9152523--9152576	28	1.9	28	84	0	72	61	7	7	24	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9152633--9152738	56	1.9	55	82	1	131	56	14	5	23	1.59
9153120--9153189	29	2.3	29	90	4	104	34	10	14	41	1.79
9153120--9153199	31	2.6	30	88	5	108	32	8	13	45	1.75
9153120--9153208	29	3.0	29	85	8	90	32	10	13	43	1.77
9160192--9160230	19	2.1	19	85	0	51	33	5	7	53	1.51
9163713--9163776	30	2.2	29	94	2	110	34	21	17	26	1.95
9187552--9187604	25	2.2	25	89	3	81	67	11	7	13	1.40
9193482--9193747	80	3.3	80	100	0	532	46	13	8	31	1.73
9195295--9195353	29	2.1	29	87	3	84	44	10	15	30	1.79
9200285--9200320	16	2.3	15	86	9	54	36	0	0	63	0.94
9207139--9207172	12	2.7	13	86	9	52	35	5	20	38	1.77
9207269--9207314	23	2.0	23	95	0	83	26	19	17	36	1.94
9210333--9210366	11	3.1	11	100	0	68	38	35	17	8	1.81
9211471--9211531	20	3.1	19	75	13	61	42	9	4	42	1.59
9211478--9211531	19	2.8	18	78	10	63	40	11	5	42	1.64
9211866--9212185	80	4.0	80	98	0	604	18	24	18	38	1.93
9216830--9216876	17	2.7	18	80	12	53	55	2	4	38	1.31
9217567--9217605	14	2.7	15	88	11	55	58	5	0	35	1.20
9217881--9217938	24	2.3	26	82	11	68	34	1	10	53	1.45
9219818--9219851	16	2.1	16	88	0	50	64	8	8	17	1.47
9222200--9222260	30	2.0	30	96	0	113	39	26	1	32	1.66
9222994--9223096	42	2.4	42	83	4	118	30	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9223003--9223147	43	3.4	42	81	6	141	32	22	17	27	1.96
9224939--9225250	46	7.0	46	88	6	444	22	24	15	38	1.92
9225164--9225239	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
9234266--9234299	17	1.9	18	88	5	52	58	0	2	38	1.13
9245521--9245698	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
9245522--9245677	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
9245518--9245698	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
9252946--9252988	22	2.0	21	82	8	52	53	2	18	25	1.56
9253487--9253638	27	5.6	27	90	2	223	26	14	28	30	1.95
9253487--9253638	55	2.8	55	89	2	234	26	14	28	30	1.95
9253487--9253638	82	1.9	82	91	0	250	26	14	28	30	1.95
9267941--9268001	32	1.9	32	96	3	115	36	3	19	40	1.68
9277280--9277365	27	3.2	25	80	8	91	22	22	18	37	1.94
9278569--9278603	18	1.9	18	88	11	54	71	0	0	28	0.86
9279423--9279489	33	2.0	33	94	0	116	37	7	16	38	1.77
9279863--9279913	24	2.1	25	88	3	77	17	13	31	37	1.89
9293921--9293962	21	2.0	21	90	0	66	19	7	4	69	1.31
9293929--9293986	22	2.7	23	81	7	59	17	6	3	72	1.21
9294320--9294372	27	2.0	27	96	0	97	26	13	18	41	1.87
9309495--9309521	14	1.9	14	100	0	54	88	3	7	0	0.61
9310599--9310860	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
9313571--9313896	48	6.9	46	74	9	248	24	29	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9313571--9313838	93	2.8	94	82	1	295	24	29	19	26	1.98
9313568--9313896	141	2.3	142	83	6	400	24	29	19	26	1.99
9316106--9316164	30	1.9	30	89	3	91	45	6	1	45	1.40
9316775--9316800	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
9323543--9323910	26	14.2	26	99	0	727	35	26	7	30	1.84
9327610--9327636	10	2.7	10	100	0	54	7	40	22	29	1.81
9330864--9331231	26	14.2	26	99	0	727	34	26	7	30	1.84
9336666--9336844	94	1.9	95	85	5	247	30	10	6	52	1.61
9352827--9353155	48	6.9	48	74	8	251	24	31	17	26	1.97
9356847--9356887	21	2.0	21	85	0	55	48	19	12	19	1.80
9358993--9359098	41	2.6	41	90	0	167	34	25	21	17	1.96
9359659--9359702	23	1.9	23	86	9	63	56	11	11	20	1.64
9361777--9361847	25	2.9	24	81	10	74	26	23	25	23	2.00
9362747--9363027	106	2.7	106	100	0	562	38	22	6	32	1.79
9367031--9367082	25	2.1	25	100	0	104	61	15	11	11	1.57
9368542--9368595	24	2.2	24	83	0	72	27	1	20	50	1.59
9370066--9370139	22	3.4	22	92	0	130	10	37	32	18	1.86
9373477--9373525	25	2.0	25	91	0	80	12	30	14	42	1.82
9376822--9376852	9	3.4	9	95	0	53	32	9	41	16	1.80
9377091--9377132	21	2.0	22	90	4	68	7	4	21	66	1.35
9388735--9388911	87	2.0	87	100	0	354	45	11	7	35	1.69
9391509--9391564	23	2.5	24	83	11	66	39	0	14	46	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9392003--9392075	20	3.7	20	78	10	69	36	8	15	39	1.77
9393721--9393770	20	2.5	20	96	0	91	40	4	20	36	1.71
9393734--9393777	20	2.2	20	87	0	61	38	4	18	38	1.71
9399087--9399117	16	1.9	16	93	0	53	58	0	3	38	1.15
9399110--9399166	18	3.1	19	72	7	55	38	0	5	56	1.22
9399094--9399166	36	2.1	36	84	7	96	43	0	4	52	1.20
9407451--9407486	18	2.0	18	94	0	63	47	16	8	27	1.75
9409379--9409548	87	2.0	87	96	0	313	35	17	12	34	1.88
9413178--9413454	48	5.8	47	77	9	238	27	16	30	25	1.97
9413129--9413460	48	6.9	50	74	9	235	26	17	30	25	1.97
9413139--9413460	95	3.4	96	83	7	363	27	17	29	25	1.98
9416409--9416499	44	2.1	44	87	4	130	47	12	13	27	1.78
9418632--9418904	151	1.8	147	84	4	368	23	37	19	19	1.94
9419379--9419416	7	5.4	7	90	0	58	68	0	31	0	0.90
9420132--9420198	33	2.0	33	97	0	125	46	16	16	20	1.84
9426452--9426504	26	2.0	26	82	13	65	35	1	13	49	1.53
9429886--9429923	7	5.4	7	90	0	58	68	2	28	0	1.03
9431209--9431299	44	2.1	44	93	0	155	47	13	12	27	1.78
9433789--9433816	14	2.0	14	100	0	56	57	14	7	21	1.61
9436451--9436568	57	2.1	58	91	1	193	44	8	20	27	1.80
9454950--9455055	48	2.2	49	81	8	119	21	16	32	29	1.96
9463779--9463943	48	3.5	48	77	6	174	26	26	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9463779--9463994	94	2.3	94	82	3	265	25	25	18	30	1.98
9469058--9469144	43	2.0	43	97	0	165	48	8	13	29	1.71
9474089--9474172	43	1.9	44	82	2	107	32	29	13	25	1.93
9474132--9474396	47	5.6	47	73	14	204	27	28	16	27	1.97
9474088--9474397	141	2.2	141	90	1	489	27	29	16	26	1.97
9474310--9474444	49	2.7	50	83	7	177	20	29	19	30	1.97
9475755--9475844	28	3.2	27	86	10	112	33	23	23	20	1.97
9475755--9475844	27	3.2	28	81	13	114	33	23	23	20	1.97
9481380--9481476	27	3.6	27	91	2	149	26	14	28	29	1.95
9481380--9481489	27	4.0	27	87	4	114	29	13	26	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310