genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72892096--72892320	49	4.5	48	78	8	254	30	27	16	25	1.97
72903652--72903752	29	3.6	28	84	7	116	29	27	15	26	1.96
72903976--72904020	16	2.8	16	82	0	54	15	20	13	51	1.76
72905286--72905323	16	2.3	17	90	4	60	15	5	28	50	1.66
72906981--72907012	16	2.0	16	100	0	64	50	31	6	12	1.65
72908477--72908580	28	3.7	27	82	7	127	27	13	30	27	1.94
72908475--72908580	56	1.9	56	88	3	160	28	13	30	28	1.94
72910538--72910777	120	2.0	119	98	0	462	40	8	17	33	1.80
72911827--72912008	40	4.6	40	88	0	258	23	21	28	26	1.99
72918568--72918635	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
72918457--72918784	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
72918737--72918815	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
72921197--72922130	123	7.6	123	99	0	1823	21	21	29	27	1.99
72930336--72930506	27	6.3	27	86	1	189	37	17	19	25	1.93
72930336--72930481	55	2.7	53	83	6	193	39	17	17	25	1.92
72930337--72930495	82	2.0	81	87	1	228	37	18	17	25	1.93
72938561--72938783	47	4.7	47	92	1	322	32	7	30	29	1.85
72938902--72938980	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
72940597--72940770	27	6.4	27	85	1	213	35	18	19	25	1.95
72940597--72940752	55	2.9	53	86	7	215	36	19	19	24	1.95
72940598--72940752	82	1.9	82	89	0	238	36	19	19	24	1.95
72941512--72941571	27	2.3	26	82	2	66	21	20	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72945468--72945664	38	5.1	38	86	2	277	22	22	23	30	1.99
72945468--72945664	78	2.6	76	83	3	277	22	22	23	30	1.99
72945662--72945773	43	2.6	43	97	0	206	10	25	33	30	1.90
72949191--72949239	22	2.2	23	82	10	57	40	8	0	51	1.32
72951775--72951897	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
72953936--72954195	43	6.0	43	82	6	294	30	27	16	25	1.97
72965338--72965398	30	2.0	30	84	6	79	31	26	4	37	1.77
72971491--72971637	40	3.7	40	94	0	258	29	20	27	21	1.98
72976091--72976261	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
72976083--72976258	46	3.8	46	80	12	216	28	29	21	20	1.98
72978651--72978739	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
72978651--72978730	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
72978662--72978739	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
72985946--72985988	15	2.9	15	79	6	52	9	13	18	58	1.62
72990084--72990178	28	3.4	28	79	7	102	30	12	29	27	1.93
72996005--72996118	27	4.2	27	87	3	151	19	25	21	34	1.96
72996004--72996113	55	2.0	55	87	5	161	20	25	20	34	1.96
73001957--73002662	40	17.7	40	98	0	1344	27	22	27	22	1.99
73010528--73010704	40	4.5	40	86	5	236	25	23	28	21	1.99
73014757--73014818	26	2.3	26	86	2	79	35	25	8	30	1.85
73014924--73015017	27	3.4	27	76	11	93	22	22	18	37	1.94
73025679--73025754	37	2.1	37	100	0	152	35	15	27	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73028455--73028508	20	2.7	20	73	0	54	22	29	16	31	1.96
73031005--73031140	18	6.6	20	73	15	75	69	1	21	8	1.23
73031023--73031140	6	19.2	6	68	11	69	70	1	20	7	1.21
73031097--73031142	18	2.5	19	93	6	78	71	0	26	2	0.97
73033577--73033616	20	2.0	20	85	0	53	35	17	7	40	1.78
73033665--73033755	46	2.0	46	86	0	128	24	31	9	34	1.88
73033769--73034197	47	9.1	47	96	0	732	26	28	12	32	1.92
73037323--73037356	10	3.4	10	87	0	50	14	20	23	41	1.89
73038924--73039039	29	4.1	29	85	3	146	25	13	33	26	1.94
73038924--73039054	29	4.6	29	82	3	142	26	12	33	26	1.93
73038924--73039039	57	2.0	57	83	6	146	25	13	33	26	1.94
73041934--73042026	43	2.2	43	84	0	114	30	27	15	26	1.96
73043229--73043422	47	4.2	46	77	9	182	24	30	19	25	1.98
73043179--73043422	47	5.2	46	73	11	167	24	29	19	27	1.98
73048674--73048734	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
73055058--73055089	14	2.3	14	100	0	64	37	21	0	40	1.54
73058632--73058921	48	6.0	48	94	0	481	35	6	27	30	1.82
73059062--73059164	37	2.8	37	95	0	179	23	20	31	25	1.98
73060451--73060702	40	6.3	40	92	0	423	24	19	28	27	1.98
73060734--73060890	28	5.6	27	77	8	143	21	19	28	30	1.97
73060762--73060890	29	4.5	28	76	8	109	21	17	29	31	1.97
73060730--73060918	57	3.3	57	85	2	238	22	18	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73064621--73064723	37	2.8	37	95	0	179	23	20	31	25	1.98
73077241--73077281	21	2.0	20	90	4	64	7	4	51	36	1.51
73079542--73079807	139	1.9	139	87	1	390	23	19	18	37	1.94
73082646--73082680	13	2.6	13	90	4	52	31	8	0	60	1.27
73086000--73086060	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
73089560--73089723	67	2.4	67	98	0	319	20	28	18	32	1.96
73094316--73094406	29	3.2	29	81	6	107	27	32	14	25	1.94
73096461--73096603	48	3.0	48	90	3	216	27	23	20	27	1.99
73102330--73102404	36	2.1	36	92	0	123	33	30	9	26	1.88
73103087--73103144	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
73103116--73103166	19	2.9	17	83	11	66	35	17	9	37	1.83
73108056--73108202	74	2.0	73	95	1	267	44	13	19	22	1.85
73108320--73108364	23	2.0	23	86	4	65	44	17	6	31	1.75
73108317--73108374	22	2.6	22	84	7	73	41	18	5	34	1.73
73113198--73113325	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
73113197--73113325	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
73115997--73116113	48	2.4	48	91	0	180	29	24	20	25	1.99
73124097--73124291	54	3.6	54	80	7	216	36	15	24	23	1.93
73124106--73124291	55	3.5	53	81	9	189	36	15	24	23	1.94
73124106--73124315	108	1.9	108	80	5	237	38	14	23	23	1.91
73126970--73127112	50	2.9	50	82	6	166	30	19	25	24	1.98
73128003--73128080	30	2.6	30	97	0	147	20	24	34	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73155468--73155514	22	2.1	23	84	4	60	42	25	2	29	1.67
73159431--73159507	28	2.8	28	82	3	95	27	25	9	37	1.86
73159445--73159516	28	2.6	28	84	0	90	29	26	12	31	1.93
73159472--73159602	58	2.3	57	94	2	235	26	28	14	30	1.95
73159503--73159594	29	3.2	29	60	6	69	26	28	15	30	1.96
73160153--73160275	64	1.9	64	98	0	237	32	18	7	41	1.78
73160733--73160799	34	2.0	34	96	0	125	34	16	10	38	1.83
73177050--73177226	48	3.7	48	80	2	196	22	25	20	30	1.98
73177058--73177237	94	1.9	96	82	4	231	23	26	18	30	1.98
73182311--73182411	41	2.5	41	93	0	166	24	28	24	21	1.99
73184374--73184398	7	3.6	7	100	0	50	32	24	0	44	1.54
73187356--73187589	6	37.8	6	73	16	176	47	14	19	18	1.83
73187356--73187589	19	12.6	18	74	17	176	47	14	19	18	1.83
73187398--73187589	25	7.7	25	82	6	166	46	15	19	18	1.83
73187361--73187588	62	3.7	62	96	0	411	47	15	19	17	1.83
73187708--73187759	27	2.0	26	92	3	86	38	21	23	17	1.93
73188027--73188274	81	3.1	81	89	1	354	25	18	19	36	1.94
73188017--73188274	27	9.6	27	85	1	320	25	18	20	36	1.95
73188279--73188696	27	15.4	27	82	3	329	37	8	21	33	1.83
73188394--73188466	28	2.7	27	91	2	110	28	6	20	43	1.77
73188279--73188696	81	5.1	81	75	4	365	37	8	21	33	1.83
73192976--73193088	27	4.2	28	88	3	153	35	21	23	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73192980--73193086	55	2.0	55	88	5	164	35	20	23	20	1.96
73200828--73200911	27	3.1	27	87	1	123	39	20	22	17	1.92
73208966--73209044	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
73209177--73210211	47	21.9	47	96	1	1755	29	31	8	30	1.87
73218577--73218648	25	3.0	23	82	10	72	27	22	20	29	1.99
73218604--73218673	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
73233650--73233682	8	4.1	8	100	0	66	12	0	0	87	0.53
73241384--73241451	23	2.7	25	84	8	86	25	16	33	25	1.95
73242045--73242085	20	2.0	20	100	0	82	36	9	9	43	1.71
73244715--73244815	42	2.4	43	83	1	132	26	16	28	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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