genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29084825--29084882	27	2.2	24	77	14	62	51	20	6	20	1.70
29089733--29089949	40	5.5	40	86	6	275	25	28	23	23	1.99
29097767--29097942	40	4.5	40	87	4	234	26	27	22	23	1.99
29104436--29104465	12	2.5	12	94	0	51	33	3	26	36	1.73
29109631--29109690	28	2.1	29	81	9	70	43	1	21	33	1.63
29113878--29113906	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
29114843--29114995	45	3.5	44	85	7	197	23	18	26	31	1.97
29114855--29115020	45	3.8	43	82	8	146	22	18	28	30	1.98
29123292--29123464	46	3.7	46	75	13	174	28	27	21	22	1.99
29123297--29123465	93	1.8	93	89	0	266	28	27	21	22	1.99
29126846--29126909	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
29127103--29127220	23	5.0	24	89	9	172	27	22	21	28	1.99
29127267--29127305	11	3.7	11	80	13	55	33	20	10	35	1.86
29127266--29127316	20	2.5	20	100	0	102	35	19	9	35	1.85
29127353--29127400	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
29135183--29135248	20	3.3	20	93	0	114	31	21	12	34	1.90
29135183--29135237	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
29135564--29135646	41	2.0	41	97	0	157	26	28	15	28	1.96
29140687--29140738	22	2.4	22	90	9	88	28	17	23	30	1.97
29141929--29142006	9	8.7	9	78	0	84	44	17	10	26	1.81
29141928--29142007	27	3.0	27	84	0	115	45	17	10	27	1.80
29142039--29142077	20	2.0	20	89	0	60	20	0	7	71	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29142034--29142080	6	7.5	6	81	9	58	17	0	6	76	0.98
29142063--29142108	24	1.9	24	82	8	58	28	0	4	67	1.10
29142109--29142143	18	1.9	18	94	0	61	8	2	48	40	1.49
29143844--29144166	48	6.8	48	80	7	320	26	22	24	26	2.00
29147139--29147345	53	3.8	54	78	1	200	20	23	17	38	1.93
29147151--29147345	55	3.6	53	77	2	165	19	23	18	37	1.94
29150245--29150344	38	2.5	40	73	11	107	22	20	28	30	1.98
29152412--29152444	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
29159395--29159593	105	1.9	101	85	6	274	25	27	16	31	1.96
29161856--29162000	46	3.2	45	81	6	161	20	18	13	47	1.82
29161971--29162090	45	2.7	45	83	5	136	22	23	19	35	1.96
29162080--29162124	22	2.0	22	100	0	90	17	22	24	35	1.95
29163188--29163237	9	5.6	9	75	17	50	46	14	10	30	1.77
29163181--29163237	18	3.2	18	94	0	96	45	14	8	31	1.75
29168439--29168498	28	2.1	28	96	0	111	21	6	15	56	1.61
29174009--29174062	24	2.1	26	83	10	67	1	24	3	70	1.13
29174070--29174108	6	6.5	6	90	0	51	0	48	28	23	1.51
29177985--29178026	17	2.7	16	85	14	61	59	2	0	38	1.10
29178057--29178104	9	5.6	9	85	12	57	68	6	2	22	1.23
29178057--29178105	17	2.9	17	85	14	66	69	6	2	22	1.21
29183945--29183994	22	2.3	22	89	0	73	50	16	2	32	1.56
29191718--29191805	44	2.0	44	95	0	158	42	12	9	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29194273--29194356	42	2.0	42	90	0	132	35	15	27	21	1.94
29194686--29195027	177	1.9	177	100	0	684	22	19	26	31	1.98
29199648--29200411	206	3.7	207	91	1	1158	29	21	17	31	1.96
29202507--29202931	213	2.0	213	89	0	645	23	23	16	37	1.93
29208659--29208708	15	3.5	15	82	15	61	42	12	24	22	1.87
29208729--29208758	14	2.1	14	93	0	51	46	10	6	36	1.64
29223019--29223782	206	3.7	207	91	1	1174	31	17	21	29	1.96
29225474--29225569	44	2.1	47	81	11	112	35	4	1	59	1.24
29225834--29225887	13	3.9	15	73	14	53	29	7	0	61	1.23
29225897--29225955	10	5.7	10	76	13	57	28	6	0	64	1.19
29230814--29230952	45	3.1	44	76	7	136	37	17	20	24	1.94
29230816--29230929	22	5.1	22	77	7	113	38	18	19	23	1.93
29230899--29230950	24	2.2	23	82	3	59	40	19	19	21	1.92
29232835--29232875	19	2.2	20	91	8	68	34	24	4	36	1.77
29232978--29233036	27	2.2	27	100	0	118	42	15	10	32	1.80
29252110--29252220	43	2.6	43	76	2	107	31	27	14	27	1.95
29256466--29256596	40	3.3	40	87	6	187	25	18	27	29	1.98
29264469--29264654	40	4.7	40	86	5	234	24	21	26	26	1.99
29264469--29264687	80	2.8	80	82	8	243	26	21	26	26	1.99
29269584--29269615	11	3.1	11	86	13	50	40	28	0	31	1.57
29271063--29271191	43	3.0	43	82	0	141	34	25	13	26	1.94
29271102--29271252	43	3.8	42	75	18	142	37	22	12	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29272894--29272941	25	1.9	25	83	8	62	29	18	20	31	1.97
29287670--29287925	128	2.0	128	99	0	503	43	10	14	31	1.79
29292448--29292703	128	2.0	128	99	0	503	43	10	14	31	1.79
29295097--29295138	21	2.1	19	86	8	57	42	0	0	57	0.99
29295204--29295279	11	7.4	10	73	16	50	31	2	1	64	1.15
29295214--29295258	21	2.2	20	88	4	63	26	4	0	68	1.08
29302280--29302431	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	26	1.94
29302280--29302431	55	2.8	55	93	0	250	30	28	13	26	1.94
29309971--29310015	3	15.0	3	100	0	90	33	0	33	33	1.58
29310639--29310666	13	2.2	13	100	0	56	57	21	0	21	1.41
29311812--29311848	14	2.8	14	84	8	51	32	2	0	64	1.07
29322201--29322229	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
29324093--29324185	3	31.7	3	75	4	82	66	0	32	1	0.99
29324109--29324190	21	4.0	21	85	4	105	70	0	28	1	0.95
29324094--29324185	41	2.2	41	84	3	114	67	0	31	1	0.98
29325538--29325578	21	2.0	21	95	0	73	26	29	17	26	1.97
29326395--29326430	7	5.0	7	89	3	54	2	0	25	72	0.98
29326443--29326467	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
29326579--29326609	7	4.4	7	91	0	53	3	0	29	67	1.06
29326478--29326822	112	3.2	109	76	13	361	27	1	15	55	1.48
29326490--29326830	103	3.2	104	81	8	368	28	1	15	55	1.48
29326819--29326870	16	3.2	16	94	5	88	28	0	9	61	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29329131--29329287	78	2.1	76	84	6	201	27	5	12	54	1.59
29332458--29332515	27	2.1	27	83	0	71	27	20	31	20	1.98
29333678--29333714	18	2.0	20	84	10	51	43	5	0	51	1.24
29337359--29337396	19	2.0	19	100	0	76	26	10	21	42	1.85
29337589--29337623	13	2.8	12	83	8	52	62	0	0	37	0.95
29353809--29353896	46	1.9	46	85	0	113	27	31	21	19	1.97
29356743--29356803	31	2.0	31	83	0	77	32	13	13	40	1.82
29358518--29358545	13	2.2	13	100	0	56	64	7	7	21	1.43
29358621--29358684	9	6.9	9	78	7	65	65	1	1	31	1.11
29358621--29358687	19	3.6	19	82	11	77	64	1	1	32	1.12
29358668--29358709	22	1.9	22	90	0	66	52	0	0	47	1.00
29358629--29358711	9	8.4	10	73	20	50	59	1	1	38	1.13
29364597--29364629	12	2.8	12	95	0	57	45	0	12	42	1.41
29367267--29367412	40	3.6	40	85	3	186	33	28	15	23	1.94
29376799--29376856	30	2.0	30	96	3	109	31	24	18	25	1.98
29378630--29378723	40	2.4	39	74	13	95	34	35	12	18	1.88
29382340--29382383	23	1.9	23	100	0	88	38	25	4	31	1.76
29393864--29393908	20	2.2	20	88	7	65	31	17	0	51	1.46
29394225--29394254	16	1.9	15	93	6	51	46	6	0	46	1.29
29394804--29394841	19	2.1	18	90	5	58	63	7	0	28	1.23
29395545--29395602	12	4.6	13	76	19	52	32	5	3	58	1.37
29395954--29395980	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29396165--29396221	17	3.1	19	78	14	66	31	0	7	61	1.23
29396306--29396335	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29
29398207--29398451	62	4.0	62	96	0	427	40	22	6	30	1.80
29399743--29399872	11	11.2	11	72	15	75	80	6	7	4	1.01
29399741--29399836	28	3.2	28	77	11	77	79	10	9	1	1.00
29399752--29399794	17	2.4	17	84	7	59	81	9	9	0	0.88
29400281--29400331	13	4.2	12	78	14	59	86	5	7	0	0.71
29400280--29400331	8	6.8	8	80	14	56	84	5	9	0	0.77
29400667--29400862	108	1.8	108	89	2	313	25	17	10	46	1.80
29406794--29406869	13	5.9	13	81	1	91	32	7	22	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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