genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13332583--13332651	28	2.5	27	83	6	93	24	2	1	71	1.09
13332583--13332643	12	5.2	11	71	21	52	24	1	1	72	1.03
13333669--13333853	100	1.9	100	91	0	307	24	13	28	33	1.93
13341398--13341431	15	2.3	15	94	0	59	26	14	29	29	1.95
13342376--13342541	43	3.9	43	73	3	122	30	21	15	32	1.94
13344156--13344192	17	2.1	18	85	14	51	54	2	10	32	1.49
13344505--13344566	25	2.5	25	82	14	76	69	3	3	24	1.18
13344478--13344747	3	92.0	3	67	11	123	60	5	5	27	1.44
13345286--13345349	28	2.2	29	78	8	69	25	3	7	64	1.36
13351220--13351365	43	3.4	42	82	8	152	31	24	16	27	1.96
13354232--13354340	27	4.1	27	85	9	152	32	23	25	18	1.97
13354726--13354755	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
13355422--13355467	22	2.1	22	100	0	92	36	10	8	43	1.71
13357854--13357961	40	2.7	40	95	0	189	31	20	26	21	1.98
13359729--13359836	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
13367871--13367918	6	8.0	6	92	0	78	4	50	29	16	1.64
13378093--13378132	20	2.0	20	90	0	62	30	27	0	42	1.56
13386544--13386581	20	1.9	20	88	0	58	44	21	7	26	1.79
13397570--13397673	53	2.0	51	81	7	120	36	9	24	29	1.87
13399206--13399255	26	2.0	26	88	7	77	30	0	6	64	1.18
13401463--13401496	17	2.0	17	94	0	59	44	0	11	44	1.40
13405223--13405345	31	4.0	31	91	0	201	27	29	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13405316--13405426	50	2.2	51	91	1	179	26	22	18	33	1.96
13408519--13408605	43	2.0	43	82	8	106	17	48	3	31	1.64
13410813--13410851	18	2.2	18	90	0	60	69	0	2	28	1.02
13415569--13415601	6	5.7	6	85	7	50	12	3	0	84	0.72
13415568--13415600	17	1.9	17	100	0	66	12	3	0	84	0.72
13415888--13415936	3	16.0	3	95	4	89	34	0	0	65	0.93
13419544--13419593	14	3.5	15	79	15	52	22	22	14	42	1.88
13427827--13428138	88	3.6	88	69	12	248	33	21	19	25	1.97
13427735--13428189	175	2.6	175	92	0	750	33	20	19	26	1.97
13429958--13429989	12	2.6	12	95	5	55	31	0	0	68	0.90
13429994--13430026	6	5.7	6	85	7	50	12	3	0	84	0.72
13429982--13430034	22	2.4	22	78	9	54	16	3	1	77	1.01
13429993--13430025	17	1.9	17	100	0	66	12	3	0	84	0.72
13436529--13436553	11	2.3	11	100	0	50	92	0	0	8	0.40
13437806--13437844	20	1.9	20	84	5	51	38	0	5	56	1.22
13444024--13444077	16	3.4	16	78	14	58	55	0	27	16	1.42
13447666--13447697	16	2.0	16	100	0	64	37	25	18	18	1.94
13452109--13452187	23	3.3	23	64	19	61	51	7	11	29	1.65
13452119--13452198	22	3.4	22	65	18	61	48	10	12	28	1.73
13452111--13452220	50	2.2	50	98	0	211	49	9	10	30	1.69
13459939--13460189	132	1.9	132	86	3	362	23	21	21	33	1.97
13462508--13462627	4	29.8	4	81	1	141	5	27	15	50	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13462506--13462647	8	17.6	8	95	1	194	9	26	13	50	1.71
13465657--13465753	30	3.2	30	72	5	88	46	5	1	47	1.31
13465919--13465956	12	3.2	12	96	0	67	26	47	23	2	1.65
13471110--13471156	21	2.2	21	77	7	51	6	19	6	68	1.34
13478515--13478554	19	2.0	20	85	4	55	42	10	2	45	1.51
13479727--13479773	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
13479803--13479849	18	2.6	18	96	0	85	34	27	12	25	1.92
13480222--13480357	23	5.9	23	78	8	125	38	22	7	30	1.82
13480225--13480492	46	6.0	46	73	15	170	38	23	6	31	1.81
13480424--13480493	23	3.0	23	85	0	95	38	24	5	31	1.79
13484588--13484629	7	5.9	7	85	2	57	28	50	2	19	1.60
13484583--13484664	21	3.9	20	74	15	67	32	43	1	21	1.61
13484585--13484647	28	2.2	28	84	13	85	30	47	1	20	1.60
13484585--13484650	14	4.7	14	83	14	75	31	45	1	21	1.61
13484648--13484682	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
13484621--13484679	21	2.8	21	84	2	64	40	38	0	20	1.53
13484650--13484721	22	3.3	21	72	14	65	45	29	1	23	1.61
13485097--13485205	40	2.7	39	79	6	112	29	19	23	27	1.98
13485113--13485205	40	2.3	40	84	0	114	32	18	24	24	1.97
13487483--13487595	36	3.2	36	76	9	99	38	28	15	17	1.90
13488948--13489008	30	2.0	30	90	6	97	57	11	4	26	1.54
13494607--13494669	28	2.2	28	85	0	81	31	23	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13494609--13494691	28	3.0	28	82	3	69	33	20	15	30	1.94
13510978--13511316	172	2.0	172	92	1	563	20	10	20	47	1.80
13514670--13514791	3	40.7	3	71	12	81	27	5	1	65	1.24
13515087--13515138	3	17.7	3	76	4	52	32	5	0	61	1.20
13515093--13515139	21	2.2	21	88	0	67	31	6	0	61	1.21
13519197--13519240	21	2.0	22	86	4	63	34	9	22	34	1.86
13529499--13529523	9	2.8	9	100	0	50	56	12	12	20	1.67
13536641--13536693	21	2.5	22	85	14	67	52	7	0	39	1.30
13536932--13536964	15	2.2	15	100	0	66	87	0	0	12	0.53
13540741--13540804	20	3.2	22	68	18	59	54	0	6	39	1.26
13540790--13540838	19	2.6	18	75	9	53	63	2	4	30	1.24
13540787--13540886	38	2.6	36	80	16	105	64	1	3	32	1.16
13540833--13540874	16	2.5	17	88	7	59	64	0	2	33	1.07
13540768--13540896	57	2.2	57	82	11	149	62	0	4	32	1.21
13540828--13540896	13	4.8	15	73	20	67	63	0	2	33	1.09
13541004--13541045	20	2.2	19	87	12	59	64	0	4	30	1.14
13542681--13543233	204	2.7	204	89	1	822	29	21	17	31	1.96
13545584--13545639	26	2.2	26	93	6	96	32	7	23	37	1.82
13552118--13552177	30	2.0	30	96	0	111	21	40	11	26	1.88
13553693--13553729	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
13560354--13560417	20	3.2	22	68	18	59	54	0	6	39	1.26
13560403--13560451	19	2.6	18	75	9	53	63	4	4	28	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13560446--13560487	16	2.5	17	80	7	50	61	0	2	35	1.09
13560617--13560658	20	2.2	19	87	12	59	64	0	4	30	1.14
13563281--13563499	112	2.0	112	92	1	368	30	17	21	30	1.96
13567328--13567464	43	3.2	42	87	6	177	23	18	27	31	1.97
13567543--13567609	31	2.2	31	83	0	80	56	17	7	17	1.63
13567857--13567932	21	3.6	21	80	7	91	0	47	19	32	1.50
13568347--13568375	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
13570506--13570662	77	2.0	77	95	0	278	28	26	13	31	1.94
13570951--13570975	12	2.1	12	100	0	50	32	28	8	32	1.86
13572766--13572919	64	2.4	64	97	0	290	37	2	18	42	1.64
13572873--13573133	95	2.7	96	81	9	311	39	0	13	46	1.49
13572908--13573201	9	33.4	9	73	9	223	37	2	12	47	1.54
13572908--13573210	71	4.2	72	74	12	235	37	1	12	47	1.53
13572908--13573210	62	4.8	62	77	10	267	37	1	12	47	1.53
13572906--13573201	95	3.0	95	83	11	339	37	2	12	47	1.54
13573323--13573376	15	3.7	14	75	7	54	53	0	0	46	1.00
13573552--13573622	24	3.0	24	89	0	106	45	8	16	29	1.77
13573670--13573862	64	3.0	64	95	0	343	47	4	10	37	1.58
13576973--13577006	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
13578180--13578313	24	5.7	24	82	5	141	23	12	29	34	1.92
13584541--13584573	17	1.9	17	93	0	57	54	0	6	39	1.25
13585727--13585862	24	5.7	24	84	3	159	22	12	30	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13585727--13585863	72	1.9	72	86	0	193	22	12	30	34	1.91
13585727--13585880	72	2.1	72	82	0	182	23	12	29	34	1.91
13587768--13587802	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
13587916--13587983	26	2.6	26	93	4	111	45	4	7	42	1.52
13588229--13588359	14	8.9	14	71	12	66	47	32	1	19	1.59
13588277--13588335	21	2.8	21	81	0	73	45	37	0	16	1.48
13588301--13588359	29	2.1	28	81	9	66	50	30	0	18	1.47
13588819--13588873	28	1.9	29	82	10	69	58	5	1	34	1.32
13588998--13589103	40	2.7	39	82	4	115	29	22	19	28	1.98
13589034--13589410	116	3.3	115	89	2	560	30	19	20	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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