genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59421449--59421474	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
59427214--59427265	4	13.0	4	100	0	104	50	25	0	25	1.50
59429649--59429703	27	2.0	27	85	0	74	54	0	10	34	1.36
59434045--59434114	20	3.3	20	67	18	61	45	12	18	22	1.83
59434031--59434116	43	2.0	43	97	0	163	44	13	19	22	1.86
59438791--59438845	26	2.1	26	100	0	110	27	14	20	38	1.91
59439134--59439221	44	2.0	44	100	0	176	43	0	9	47	1.35
59453669--59453711	4	10.5	4	80	14	52	76	0	2	20	0.89
59453669--59453711	21	2.1	20	87	12	61	76	0	2	20	0.89
59455844--59456015	47	3.7	45	81	11	197	25	30	18	26	1.98
59455844--59456015	92	1.9	93	85	8	244	25	30	18	26	1.98
59457556--59457594	20	2.0	20	89	0	60	79	5	5	10	1.04
59457674--59457700	12	2.2	12	100	0	54	77	7	0	14	0.97
59460166--59460267	40	2.6	40	87	4	136	28	22	26	22	1.99
59462344--59462671	48	6.9	48	79	6	290	26	30	17	25	1.98
59462345--59462617	95	2.9	95	83	3	318	26	30	17	26	1.97
59462341--59462665	143	2.3	141	85	2	416	26	30	18	25	1.98
59468723--59468776	21	2.6	21	93	0	99	20	24	42	12	1.87
59476025--59476081	6	9.8	6	81	7	73	78	1	1	17	0.91
59476000--59476081	29	2.8	28	82	10	85	75	2	2	19	1.03
59476001--59476078	23	3.4	22	80	7	75	75	2	2	19	1.03
59476025--59476078	17	3.2	17	92	5	83	79	1	1	16	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59499364--59499608	49	4.9	49	79	2	256	24	20	25	28	1.99
59504751--59504900	49	3.0	50	88	1	205	24	17	29	29	1.97
59504758--59504901	50	2.9	50	88	1	191	24	18	29	28	1.98
59507652--59507690	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
59510234--59510379	50	2.9	50	85	1	186	24	17	28	29	1.97
59510242--59510379	49	2.8	50	85	1	179	24	17	28	29	1.97
59542580--59542612	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
59546008--59546052	21	2.2	20	88	4	63	28	26	26	17	1.98
59547926--59547991	6	11.0	6	79	12	64	19	4	0	75	0.97
59547926--59547964	17	2.2	18	90	4	62	15	2	0	82	0.79
59547926--59547991	11	5.5	12	76	10	64	19	4	0	75	0.97
59549549--59549747	101	2.0	101	95	0	362	34	11	19	35	1.87
59550537--59550563	14	1.9	14	100	0	54	22	7	7	62	1.46
59550993--59551025	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
59560782--59560806	11	2.3	11	100	0	50	28	20	0	52	1.47
59574447--59574538	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
59574685--59574779	25	3.8	25	87	4	138	27	23	24	25	2.00
59574672--59574779	50	2.2	50	85	8	141	26	23	22	27	1.99
59575590--59575652	27	2.3	27	83	5	83	20	25	19	34	1.96
59575706--59575787	27	3.0	26	79	13	85	34	9	15	40	1.81
59575769--59576006	81	2.9	80	85	3	307	28	8	20	42	1.81
59575769--59575973	27	7.6	27	88	3	297	28	6	21	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59575770--59576006	54	4.4	54	86	2	280	29	8	20	42	1.81
59576005--59576150	27	5.4	27	88	0	202	41	9	22	26	1.85
59576005--59576177	54	3.2	54	84	0	229	38	9	23	28	1.86
59575995--59576177	81	2.3	80	79	6	197	38	10	22	28	1.87
59584615--59584682	18	3.8	18	75	7	57	36	17	11	33	1.86
59584793--59584817	12	2.1	12	100	0	50	48	20	16	16	1.82
59584796--59584832	18	2.0	19	89	5	58	45	18	18	16	1.85
59584857--59584882	6	4.3	6	100	0	52	53	15	15	15	1.73
59589018--59589336	96	3.3	96	84	0	422	25	27	19	28	1.99
59588916--59589346	146	3.0	145	80	9	391	25	27	19	27	1.99
59588922--59589346	50	8.8	49	71	16	215	25	27	19	27	1.98
59591007--59591090	27	3.2	27	64	16	77	48	16	5	28	1.69
59591002--59591105	51	2.0	51	100	0	208	49	15	5	29	1.68
59605687--59605711	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
59616674--59616700	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
59618589--59618634	22	2.0	23	84	12	60	58	0	19	21	1.39
59620149--59620413	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
59620116--59620413	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
59620345--59620422	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
59623139--59623291	77	2.0	77	97	0	288	25	26	18	30	1.98
59623831--59623950	60	2.0	60	93	0	204	25	33	16	25	1.96
59624359--59624552	101	1.9	101	94	0	343	31	25	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59626814--59627026	108	2.0	104	93	3	363	36	25	13	24	1.92
59628482--59628702	40	5.6	40	85	3	232	25	28	21	24	1.99
59628634--59628711	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
59630305--59630488	94	2.0	94	98	0	359	37	12	27	22	1.90
59630787--59631002	40	5.3	40	83	3	254	24	23	26	25	2.00
59631230--59631271	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
59635575--59635750	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
59635572--59635743	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
59642640--59642801	81	2.0	81	96	0	297	48	8	22	21	1.76
59643243--59643487	122	2.0	122	97	0	463	20	17	29	32	1.96
59644340--59644465	63	2.0	63	95	0	225	38	9	19	31	1.84
59649350--59649573	40	5.6	40	84	3	270	24	22	26	26	2.00
59649355--59649569	83	2.7	80	85	5	265	23	23	26	26	2.00
59649801--59649842	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
59652532--59652706	40	4.3	40	80	7	178	30	16	23	29	1.96
59665372--59665434	32	2.0	32	96	0	117	33	14	25	26	1.94
59670018--59670242	40	5.7	40	86	6	289	24	21	28	25	1.99
59670018--59670275	80	3.2	80	82	8	235	25	21	27	25	1.99
59679313--59679370	24	2.4	25	82	5	82	34	17	25	22	1.96
59679313--59679391	24	3.2	23	80	8	77	32	18	25	22	1.97
59688685--59688830	48	3.0	48	87	0	211	27	21	25	25	2.00
59699052--59699082	13	2.4	13	88	0	53	19	38	29	12	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59706162--59706385	40	5.7	40	87	7	282	25	22	27	25	2.00
59706162--59706385	79	2.8	81	86	8	291	25	22	27	25	2.00
59706162--59706418	79	3.3	79	82	9	233	26	21	27	24	1.99
59712777--59713040	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
59712777--59713073	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
59722435--59722581	43	3.4	44	81	3	156	28	14	23	32	1.95
59722482--59722597	43	2.7	42	77	4	108	28	16	25	29	1.97
59732829--59732908	40	2.0	40	95	0	142	25	12	18	43	1.85
59735244--59735289	11	4.5	11	78	13	53	34	13	19	32	1.90
59735338--59735407	24	2.8	25	91	4	106	27	25	24	22	2.00
59735626--59735709	31	2.7	31	92	1	134	32	20	25	22	1.98
59739671--59739775	52	2.0	52	94	0	183	26	27	20	24	1.99
59743169--59743221	11	5.3	10	78	13	56	35	9	18	35	1.84
59743268--59743353	26	3.4	25	87	7	122	29	23	23	24	1.99
59745018--59745065	25	2.0	24	83	4	60	35	25	16	22	1.95
59745102--59745168	20	3.3	20	89	4	100	34	8	20	35	1.84
59745101--59745168	11	6.7	11	71	17	58	33	8	20	36	1.84
59745195--59745262	24	2.9	23	93	4	109	29	20	20	29	1.98
59745199--59745276	24	3.3	23	89	5	102	29	16	21	32	1.96
59755822--59755864	22	2.0	22	100	0	86	32	18	25	23	1.97
59756148--59756172	13	1.9	13	100	0	50	16	8	24	52	1.70
59760444--59760469	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59760632--59760697	32	2.1	32	97	0	123	34	21	18	25	1.96
59761002--59761306	27	11.3	27	79	3	247	31	7	20	40	1.81
59761002--59761315	54	5.8	54	76	3	283	31	7	20	40	1.80
59760975--59761315	81	4.2	81	80	1	335	31	7	20	41	1.80
59761632--59761723	28	3.3	28	87	0	130	26	34	17	21	1.95
59764577--59764702	54	2.3	53	82	9	148	30	9	20	39	1.84
59764579--59764702	27	4.6	27	79	2	133	29	9	20	40	1.84
59765019--59765138	28	4.3	28	91	0	186	28	35	14	22	1.93
59770271--59770589	27	11.8	27	78	3	302	31	8	19	39	1.83
59770271--59770589	54	5.9	54	82	3	347	31	8	19	39	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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