genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73246845--73246883	16	2.4	17	91	4	62	51	38	2	7	1.44
73249528--73249928	40	10.0	40	99	0	793	22	22	27	27	1.99
73262320--73262502	40	4.6	40	82	7	158	24	20	27	26	1.99
73262373--73262502	40	3.3	40	91	1	199	23	20	28	26	1.99
73262373--73262537	79	2.1	79	81	2	188	25	20	28	25	1.99
73263954--73264169	27	8.0	26	86	6	245	31	17	25	25	1.97
73263954--73264166	80	2.7	80	87	3	286	31	17	25	25	1.97
73264246--73264304	24	2.5	24	86	5	84	22	8	23	45	1.79
73264420--73264473	26	2.1	26	82	0	63	18	18	25	37	1.94
73264476--73264716	32	7.5	32	77	8	215	19	19	23	37	1.94
73264476--73264722	64	3.9	63	80	6	257	20	19	22	37	1.95
73264476--73264716	96	2.5	96	82	5	290	19	19	23	37	1.94
73264734--73264798	22	3.0	22	72	4	60	18	23	15	43	1.88
73266227--73266302	23	3.3	23	86	0	107	22	10	26	40	1.86
73269507--73269654	57	2.5	56	82	10	172	31	20	25	23	1.98
73277002--73277039	19	2.1	19	85	14	53	39	13	18	28	1.88
73282745--73282835	46	2.0	46	93	0	155	42	17	14	25	1.87
73282753--73282827	23	3.3	23	66	26	59	41	16	14	28	1.87
73285617--73285663	24	1.9	25	82	4	60	27	25	4	42	1.73
73285823--73285879	12	4.6	12	76	6	60	59	3	10	26	1.46
73285824--73285871	25	2.0	25	87	4	71	62	4	8	25	1.41
73293122--73293194	34	2.2	33	90	4	112	36	5	41	15	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73300257--73300389	69	1.9	70	89	1	205	33	14	15	36	1.88
73301772--73302123	47	7.5	47	95	0	614	33	9	27	29	1.88
73302102--73302150	16	3.4	16	68	26	54	36	0	28	34	1.58
73302097--73302150	27	2.0	27	100	0	108	37	0	29	33	1.58
73302050--73302193	74	1.9	74	95	0	261	34	6	27	31	1.82
73301956--73302291	168	2.0	168	94	0	591	33	8	28	30	1.86
73302124--73302389	47	5.7	47	92	0	424	33	7	29	29	1.86
73302214--73302292	25	3.3	25	64	10	74	32	5	27	34	1.79
73301909--73302338	215	2.0	215	95	0	779	33	8	28	30	1.86
73301862--73302385	262	2.0	262	93	0	886	33	8	28	29	1.87
73307574--73307783	40	5.2	40	86	4	237	24	22	25	27	2.00
73307574--73307777	80	2.5	80	85	4	279	24	21	25	27	1.99
73314674--73314830	27	5.8	27	90	0	242	29	24	8	36	1.85
73314663--73314859	54	3.6	54	84	0	232	32	23	8	35	1.85
73314629--73314976	27	12.9	27	78	5	184	36	22	7	33	1.83
73314661--73314854	81	2.4	81	84	0	264	33	23	8	35	1.84
73314809--73315041	81	2.9	78	72	10	200	40	20	7	31	1.81
73314818--73315038	27	8.1	27	76	9	173	41	19	7	31	1.79
73315092--73315156	27	2.4	27	82	5	78	36	20	23	20	1.95
73315853--73315909	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
73315959--73316028	25	2.8	24	81	12	70	27	22	21	28	1.99
73319076--73319132	27	2.1	27	93	0	96	31	21	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73319382--73319434	22	2.4	22	87	0	70	16	32	22	28	1.96
73319556--73319608	27	2.0	27	85	7	72	18	26	24	30	1.98
73324250--73324318	22	3.1	22	91	0	111	14	20	18	46	1.84
73324704--73324736	15	2.2	16	89	10	52	24	0	21	54	1.45
73329726--73329792	9	7.4	9	79	0	62	61	0	10	28	1.29
73329726--73329792	6	11.2	6	81	0	62	61	0	10	28	1.29
73329734--73329774	15	2.7	15	84	0	55	65	0	9	24	1.22
73331683--73331764	41	2.0	41	97	0	155	23	31	12	32	1.91
73335545--73335570	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
73337145--73337239	49	2.0	48	89	4	138	35	15	17	29	1.91
73348741--73348912	47	3.7	48	75	13	187	29	29	18	23	1.97
73348695--73348959	92	2.9	93	91	3	435	29	30	18	21	1.97
73349054--73349141	44	2.0	44	93	4	151	28	23	15	31	1.96
73357670--73357750	28	2.9	28	86	1	108	24	14	33	27	1.95
73358049--73358443	27	14.7	27	82	4	422	38	19	9	31	1.85
73358341--73358483	27	5.3	27	86	1	137	38	18	13	30	1.89
73358874--73358899	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
73365222--73365448	47	4.9	47	79	9	214	28	17	31	23	1.97
73365227--73365448	46	4.7	47	79	8	195	27	17	31	23	1.97
73374723--73374996	49	5.5	49	77	4	253	24	18	26	30	1.98
73374770--73374958	100	1.9	100	86	1	270	25	20	24	29	1.99
73374723--73375006	150	1.9	151	88	1	426	24	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73374719--73374999	101	2.8	99	78	4	296	24	18	25	30	1.98
73375220--73375258	16	2.4	16	78	0	51	35	10	15	38	1.81
73392744--73392795	16	3.2	16	80	0	59	11	19	17	51	1.75
73394075--73394113	16	2.4	17	86	4	53	15	5	28	51	1.64
73394844--73395136	49	5.9	49	72	9	207	25	17	26	30	1.97
73394846--73395130	150	1.9	151	86	4	405	25	17	26	31	1.97
73396902--73396943	22	2.0	22	90	4	68	66	7	0	26	1.17
73398599--73398905	24	12.9	24	91	5	491	28	21	22	28	1.99
73398599--73398905	47	6.5	48	92	4	491	28	21	22	28	1.99
73398599--73398905	71	4.3	71	96	2	539	28	21	22	28	1.99
73398963--73399019	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
73398951--73399021	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
73398956--73399010	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
73403147--73403322	46	3.8	46	79	10	214	22	21	27	28	1.99
73403144--73403314	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
73410934--73410975	21	2.0	21	90	4	66	61	7	0	30	1.22
73414965--73415195	49	4.8	49	78	7	213	26	21	28	23	1.99
73414965--73415197	98	2.4	95	82	4	270	26	21	28	23	1.99
73420985--73421151	41	4.3	39	79	11	150	23	28	14	33	1.94
73421046--73421110	34	1.9	34	96	0	121	21	26	15	36	1.93
73421092--73421290	41	4.9	40	78	6	134	23	28	14	33	1.94
73421092--73421246	41	3.8	41	81	5	163	23	29	14	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73421153--73421294	41	3.5	40	79	9	135	23	27	14	33	1.94
73421153--73421313	82	2.0	82	80	2	180	24	27	14	32	1.95
73422805--73422835	15	2.1	15	94	5	55	83	3	0	12	0.75
73425016--73425049	16	2.1	16	94	0	59	5	14	29	50	1.67
73426281--73426306	7	3.7	7	100	0	52	42	46	11	0	1.40
73426754--73427443	349	2.0	348	96	0	1281	31	17	17	33	1.94
73432083--73432161	27	2.9	27	83	3	88	27	15	18	37	1.91
73432126--73432361	27	8.7	27	76	12	182	32	10	17	38	1.84
73432130--73432351	81	2.7	82	82	5	231	32	10	18	39	1.84
73432128--73432351	54	4.2	53	83	7	256	32	10	18	38	1.84
73432155--73432361	81	2.6	81	80	9	235	32	10	18	39	1.84
73446390--73446436	14	3.4	14	80	11	60	78	0	19	2	0.85
73447317--73447578	131	2.0	131	99	0	515	30	26	16	27	1.96
73451155--73451206	26	2.0	26	100	0	104	34	23	0	42	1.54
73454138--73454166	13	2.2	13	100	0	58	13	20	27	37	1.91
73459031--73459124	42	2.2	42	83	3	109	26	27	30	14	1.95
73460016--73460093	23	3.6	22	72	17	74	1	33	0	65	1.01
73460054--73460083	16	1.9	16	93	6	53	0	36	0	63	0.95
73462850--73463122	40	6.8	40	99	0	537	19	22	30	26	1.98
73463325--73463430	40	2.7	40	92	0	176	25	23	26	24	2.00
73472586--73472748	40	4.1	38	83	11	177	25	29	22	22	1.99
73472606--73472748	40	3.6	40	88	1	198	25	29	23	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73475927--73476122	40	4.9	40	83	3	252	23	23	28	25	2.00
73498835--73498882	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
73498921--73498997	9	7.9	9	72	16	64	35	7	22	35	1.83
73498930--73499001	11	7.1	11	70	17	57	36	11	20	31	1.88
73498919--73499001	20	4.2	20	93	0	148	36	10	20	32	1.87
73499054--73499207	24	6.4	24	90	5	240	32	20	19	27	1.97
73499414--73499477	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
73500436--73500554	27	4.4	27	83	0	148	35	20	19	25	1.96
73500443--73500550	54	2.0	54	89	1	164	35	20	19	25	1.96
73500544--73500609	27	2.4	27	79	0	69	28	21	16	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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