genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17883783--17883816	14	2.4	14	90	0	50	23	52	11	11	1.70
17884940--17884966	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
17891474--17891805	44	7.6	43	63	21	127	28	18	25	28	1.98
17891429--17891981	132	4.2	132	97	0	998	27	19	24	28	1.98
17892948--17893091	75	1.9	75	89	1	218	18	23	27	29	1.98
17893589--17893615	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
17893934--17894105	85	2.0	86	98	1	337	16	20	11	51	1.75
17894128--17894152	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
17894467--17894728	132	2.0	131	95	0	470	29	12	16	40	1.86
17904644--17904698	21	2.6	22	77	16	62	65	1	3	29	1.20
17904686--17904723	9	4.2	9	83	9	51	68	0	2	28	1.03
17910488--17910528	21	2.0	21	85	9	57	19	31	19	29	1.96
17937384--17937699	3	105.3	3	100	0	632	33	0	0	66	0.92
17937786--17937822	18	2.1	18	94	0	65	24	2	0	72	0.97
17943199--17943260	29	2.1	31	82	11	76	14	16	41	27	1.87
17943886--17943977	34	2.7	34	75	9	107	33	4	16	45	1.67
17944537--17944575	20	2.0	19	95	5	69	46	5	7	41	1.55
17944913--17944946	17	1.9	17	88	5	50	47	0	0	52	1.00
17949346--17949562	39	5.6	39	84	0	245	34	17	31	15	1.92
17949400--17949551	19	7.8	19	66	4	79	32	18	33	15	1.92
17949351--17949562	78	2.7	78	84	0	271	33	17	32	16	1.92
17955741--17955812	36	2.0	36	97	0	135	45	2	4	47	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17955748--17955815	12	5.6	13	73	15	56	45	2	2	48	1.32
17956665--17956764	50	2.0	50	100	0	200	36	8	10	46	1.67
17957800--17957839	20	2.0	20	85	9	55	50	0	10	40	1.36
17959142--17959179	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
17962237--17962326	45	2.0	45	91	0	144	45	16	13	24	1.83
17963229--17963254	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
17964095--17964144	24	2.0	25	85	11	68	46	4	6	44	1.47
17966070--17966115	16	2.9	16	90	0	65	50	21	19	8	1.75
17974423--17975200	47	16.6	47	100	0	1556	29	27	17	25	1.97
17975175--17975295	46	2.6	47	90	3	201	30	28	20	19	1.97
17982409--17982446	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
17983171--17983230	30	2.0	30	83	0	75	33	25	6	35	1.82
17985892--17986067	50	3.5	49	83	3	199	30	26	17	26	1.97
17985892--17986075	101	1.8	99	83	2	242	29	26	17	26	1.97
17987737--17987770	17	2.0	17	88	0	50	47	14	5	32	1.69
17992791--17992830	17	2.2	18	82	13	55	50	15	5	30	1.65
17992798--17992831	17	2.0	17	94	0	59	50	14	5	29	1.67
17998722--17998833	27	4.1	27	81	10	97	37	23	21	17	1.94
18000261--18000325	24	2.7	24	92	0	112	26	38	0	35	1.57
18000226--18000325	48	2.1	47	81	7	112	22	37	4	37	1.73
18002834--18003011	27	6.6	27	81	3	169	28	28	15	27	1.96
18005372--18005549	70	2.5	70	81	0	221	29	24	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18010311--18010586	48	5.8	47	72	11	179	27	24	20	27	1.99
18010763--18010841	25	3.2	25	96	0	140	40	22	13	22	1.90
18023129--18023300	93	1.8	93	89	0	272	29	29	19	21	1.98
18023121--18023296	46	3.8	46	77	10	178	30	28	19	21	1.97
18025689--18025768	30	2.6	31	77	11	85	55	13	17	13	1.70
18025680--18025759	15	5.4	15	72	12	67	57	12	17	12	1.65
18025691--18025768	15	5.2	15	72	9	61	55	14	16	14	1.70
18028739--18028785	20	2.3	20	92	0	76	27	34	19	19	1.96
18028697--18028830	66	2.0	66	92	0	223	29	29	20	20	1.98
18032486--18032736	123	2.0	123	97	0	475	33	19	16	30	1.94
18034355--18034386	16	2.0	16	93	0	55	34	6	28	31	1.82
18038559--18038608	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
18039236--18039274	16	2.4	17	82	8	53	28	0	0	71	0.86
18040674--18040754	26	3.1	26	84	7	110	35	23	19	20	1.96
18041723--18041764	21	2.0	21	100	0	84	47	28	9	14	1.75
18047074--18047133	20	3.0	20	78	4	68	63	5	8	23	1.42
18051342--18051429	27	3.2	27	87	6	124	19	22	21	36	1.95
18055449--18055602	38	4.0	38	83	3	184	22	19	25	33	1.97
18055413--18055590	76	2.3	77	82	5	207	24	21	24	29	1.99
18061095--18061122	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
18061436--18061501	5	13.4	5	79	9	66	56	0	1	42	1.08
18062955--18063153	101	2.0	101	93	0	344	33	26	9	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18067385--18067413	5	6.0	5	92	8	51	58	0	0	41	0.98
18067392--18067442	25	2.0	25	88	3	75	54	0	1	43	1.11
18070915--18071206	27	10.8	27	87	0	368	30	22	7	39	1.82
18071194--18071404	27	7.9	26	80	3	145	39	20	9	30	1.83
18071199--18071356	54	2.9	53	85	1	190	39	21	9	29	1.85
18071251--18071376	54	2.3	54	91	0	198	38	19	11	30	1.86
18071199--18071404	81	2.6	81	80	7	224	40	20	9	30	1.83
18071251--18071434	54	3.4	54	82	5	178	38	20	11	29	1.88
18071397--18071530	27	5.0	27	90	0	205	34	20	21	23	1.97
18071735--18071805	26	2.8	25	84	2	97	30	23	18	26	1.97
18071734--18071832	25	4.0	24	74	12	67	31	22	19	27	1.98
18073692--18073783	46	2.0	45	95	2	166	44	13	11	29	1.79
18074039--18074081	21	2.0	21	100	0	86	23	32	13	30	1.93
18076250--18076287	19	2.1	18	90	5	58	55	15	15	13	1.70
18078928--18078969	15	2.8	14	89	10	57	23	2	4	69	1.20
18078928--18078969	8	5.6	7	94	5	57	23	2	4	69	1.20
18080121--18080342	40	5.5	40	77	8	225	31	22	20	25	1.98
18080109--18080342	81	2.9	81	87	1	335	32	23	19	25	1.98
18080326--18080415	41	2.2	41	84	2	110	18	24	22	34	1.96
18080337--18080415	41	1.9	41	86	0	113	21	24	20	34	1.97
18083055--18083093	19	2.1	19	95	0	69	43	12	20	23	1.86
18087447--18087480	17	1.9	18	88	5	52	17	29	41	11	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18090699--18090771	36	2.0	36	89	5	112	38	2	27	31	1.71
18093301--18093335	13	2.6	14	90	4	54	8	22	0	68	1.16
18094333--18094444	27	4.2	26	79	7	116	17	23	23	35	1.95
18094333--18094444	54	2.1	54	84	3	145	17	23	23	35	1.95
18099105--18099168	32	2.0	32	93	0	110	18	18	34	28	1.95
18100505--18100552	7	6.9	7	90	0	69	41	37	2	18	1.63
18101297--18101404	31	3.5	31	84	3	110	48	13	17	20	1.81
18101539--18101642	27	3.9	26	85	6	109	35	22	23	19	1.96
18101801--18101865	22	3.0	22	77	8	69	33	21	24	20	1.97
18102296--18102700	27	15.0	27	87	2	537	23	21	18	35	1.95
18102689--18102758	27	2.6	27	90	0	113	28	7	22	41	1.80
18110912--18111143	96	2.4	97	89	3	335	25	29	18	27	1.98
18110912--18111143	48	4.8	48	84	1	295	25	29	18	27	1.98
18113857--18113960	53	2.0	54	82	3	131	34	6	18	40	1.77
18116314--18116361	25	1.9	25	86	0	69	27	18	22	31	1.97
18118678--18118710	17	1.9	17	100	0	66	27	24	36	12	1.91
18131372--18131408	16	2.2	17	90	4	58	24	24	37	13	1.91
18131665--18131715	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
18141522--18141620	49	2.0	49	96	0	180	18	32	14	35	1.90
18148642--18148813	46	3.7	46	77	14	192	22	19	29	29	1.98
18148635--18148805	93	1.8	93	91	2	281	22	20	28	28	1.99
18157419--18157561	72	2.0	72	98	0	277	37	25	13	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18175070--18175138	31	2.2	31	81	0	84	49	5	4	40	1.47
18190361--18190459	3	34.0	3	79	6	105	2	33	0	64	1.05
18190358--18190459	26	3.9	26	85	2	116	1	33	0	64	1.05
18190372--18190459	20	4.5	20	79	11	83	2	32	0	64	1.06
18194304--18194335	4	8.2	4	93	6	57	78	0	0	21	0.76
18199981--18200021	21	1.9	21	90	5	64	7	12	4	75	1.16
18200653--18200682	14	2.1	14	100	0	60	26	0	0	73	0.84
18200641--18200681	14	2.6	16	85	14	59	29	2	0	68	1.03
18200914--18200959	24	1.9	24	86	0	65	34	0	2	63	1.07
18204496--18204583	44	2.0	44	95	0	158	25	17	23	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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