genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176929--2177045	58	2.0	58	93	0	198	16	17	28	37	1.92
2200751--2200825	28	2.7	28	87	0	114	26	10	33	29	1.90
2201289--2201766	245	2.0	245	100	0	956	42	8	15	34	1.76
2204142--2204289	74	2.0	74	94	0	260	47	9	10	31	1.70
2205562--2205643	23	3.6	22	80	4	83	24	24	18	32	1.97
2215439--2215476	20	2.0	19	85	10	51	50	13	28	7	1.69
2223683--2223837	43	3.7	43	77	6	172	25	16	27	30	1.96
2240785--2240815	14	2.2	14	94	0	53	29	0	45	25	1.54
2241273--2241441	87	1.9	87	97	0	320	40	11	7	41	1.68
2243735--2243798	31	2.1	31	96	0	119	39	18	28	14	1.90
2250002--2250080	31	2.5	31	91	0	131	29	22	16	31	1.96
2250286--2250423	26	5.3	26	86	6	185	26	23	21	28	1.99
2250286--2250423	54	2.7	53	92	7	223	26	23	21	28	1.99
2251227--2251313	27	3.2	27	91	3	131	18	26	20	34	1.96
2251367--2251465	28	3.5	28	78	9	85	33	11	17	38	1.85
2251456--2251800	81	4.3	81	96	1	622	30	9	20	39	1.84
2251458--2251866	27	15.2	27	80	5	391	30	9	20	40	1.83
2251844--2251974	27	4.9	27	88	0	190	43	9	19	28	1.81
2251836--2252012	81	2.2	81	76	0	183	38	8	19	33	1.82
2254454--2254578	28	4.6	27	93	2	187	31	28	13	26	1.94
2254454--2254578	55	2.3	56	90	2	173	31	28	13	26	1.94
2258526--2258689	40	4.1	39	80	9	154	24	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2261244--2261369	47	2.7	47	80	6	139	30	18	27	23	1.98
2268563--2268608	23	2.0	23	100	0	92	30	8	8	52	1.62
2268884--2268932	22	2.3	20	80	16	55	28	6	6	59	1.46
2279613--2279639	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2280481--2280515	11	3.2	11	91	0	52	54	11	0	34	1.37
2285812--2285849	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
2298400--2298563	42	3.9	42	81	6	197	31	15	23	28	1.96
2298400--2298563	85	1.9	84	82	6	206	31	15	23	28	1.96
2298740--2298780	15	2.7	15	92	0	64	31	0	29	39	1.57
2327452--2327500	20	2.4	21	86	3	64	30	22	26	20	1.98
2338346--2338475	43	3.0	43	78	6	138	30	24	13	30	1.94
2342128--2342171	22	2.0	22	90	0	70	56	4	0	38	1.20
2342119--2342170	10	5.1	10	84	11	52	59	5	0	34	1.21
2345003--2345033	5	6.0	5	92	7	53	38	0	0	61	0.96
2347277--2347309	17	2.1	17	88	11	52	45	36	0	18	1.49
2347938--2347966	13	2.2	13	100	0	58	41	6	20	31	1.79
2348060--2348160	41	2.5	41	98	0	193	24	27	24	22	2.00
2351647--2351673	13	2.1	13	100	0	54	77	0	7	14	0.97
2353611--2353644	15	2.1	16	89	10	52	67	2	0	29	1.05
2355238--2355287	20	2.5	20	86	3	64	50	2	12	36	1.51
2360169--2360340	87	2.0	87	89	0	263	22	22	34	20	1.97
2367023--2367086	33	2.0	33	90	3	103	35	18	21	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2367030--2367172	67	2.0	67	85	7	187	31	21	27	19	1.97
2367102--2367153	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
2382402--2382867	101	4.6	101	98	0	880	33	20	25	20	1.97
2390880--2391034	45	3.5	45	81	8	178	25	17	25	31	1.97
2395071--2395333	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
2403021--2403232	40	5.3	40	86	3	250	25	27	21	25	1.99
2407174--2407249	38	2.1	38	92	5	129	52	17	2	27	1.57
2407343--2407392	26	1.9	26	87	0	73	34	10	10	46	1.71
2410483--2410542	30	2.0	31	90	3	95	41	1	21	35	1.63
2410487--2410542	15	3.7	15	87	2	76	42	1	19	35	1.62
2410923--2410964	15	2.8	15	92	0	66	26	14	14	45	1.83
2412487--2412559	32	2.5	27	76	19	83	26	4	19	50	1.65
2412500--2412560	32	1.9	32	93	0	104	27	4	18	49	1.68
2413981--2414018	14	2.7	15	92	8	62	42	5	2	50	1.39
2414120--2414224	52	2.0	52	85	3	140	31	20	18	30	1.96
2416425--2416557	64	2.0	66	92	4	225	39	0	18	42	1.50
2417771--2417875	17	6.2	16	70	13	68	49	13	9	27	1.73
2417910--2418109	35	5.7	35	72	8	120	43	11	14	31	1.81
2417942--2418114	88	2.0	88	80	4	197	41	11	15	31	1.82
2417910--2418182	18	15.5	18	71	8	161	41	10	14	33	1.80
2418443--2418476	10	3.5	10	96	4	61	0	8	5	85	0.75
2418766--2418840	12	6.2	12	77	13	55	0	26	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2418783--2418841	3	18.0	3	86	13	73	0	33	0	66	0.92
2418773--2418840	16	4.1	16	87	7	91	0	29	0	70	0.87
2418773--2418837	34	1.9	33	87	3	94	0	29	0	70	0.87
2419208--2419309	30	3.4	29	83	5	132	45	3	21	29	1.70
2419308--2419340	14	2.3	15	89	5	50	24	0	3	72	0.98
2419582--2419748	54	3.1	55	89	3	266	37	16	16	29	1.91
2419727--2419761	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
2420009--2420042	16	2.1	16	88	0	50	64	5	11	17	1.45
2419849--2420103	91	2.9	86	80	11	295	37	18	18	26	1.93
2420061--2420678	193	3.2	193	95	1	1094	34	21	13	30	1.92
2433677--2433735	3	18.0	3	86	13	73	0	33	0	66	0.92
2433667--2433735	10	7.3	10	82	11	74	0	30	0	69	0.89
2433677--2433732	13	4.5	13	80	17	64	0	33	0	66	0.92
2433836--2433878	18	2.4	18	88	0	59	13	9	6	69	1.35
2434093--2434209	30	3.9	30	78	7	96	45	4	21	29	1.71
2434108--2434209	30	3.4	30	83	2	125	45	4	21	28	1.72
2434205--2434241	15	2.4	16	90	4	58	24	0	2	72	0.97
2438932--2439025	31	3.0	31	98	0	179	52	4	28	14	1.61
2441898--2441949	25	2.1	25	82	7	61	51	7	13	26	1.67
2444608--2444648	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2450304--2450348	23	1.9	23	90	4	72	44	4	0	51	1.21
2450995--2451074	40	2.0	41	82	7	101	56	6	1	36	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451477--2451511	17	1.9	19	88	11	56	68	0	5	25	1.11
2451997--2452026	15	1.9	16	93	6	53	20	3	0	76	0.92
2452309--2452355	19	2.5	18	86	10	67	42	2	6	48	1.40
2452317--2452367	19	2.7	19	88	8	77	37	1	5	54	1.36
2467697--2467760	28	2.3	28	75	0	74	51	9	1	37	1.44
2469491--2469706	40	5.4	40	90	3	314	24	22	27	25	2.00
2472205--2472269	20	3.1	21	85	12	89	58	0	0	41	0.98
2472212--2472343	22	5.9	21	74	15	90	58	0	1	39	1.13
2472226--2472284	14	4.9	14	66	33	55	61	0	0	38	0.96
2472230--2472343	33	3.2	34	84	9	149	58	0	1	38	1.14
2472212--2472369	21	7.1	22	71	17	96	55	3	1	40	1.24
2472212--2472361	22	6.7	22	69	19	73	56	2	1	40	1.22
2472382--2472413	14	2.2	15	94	5	57	78	0	3	18	0.89
2472414--2472491	39	1.9	42	82	7	99	73	6	7	12	1.25
2472435--2472497	24	2.5	24	82	10	65	76	4	7	11	1.15
2472435--2472487	26	2.0	26	81	7	61	77	3	7	11	1.10
2480333--2480387	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
2481551--2482195	74	8.7	74	86	3	798	31	20	16	32	1.94
2481551--2482195	223	2.9	222	85	3	834	31	20	16	32	1.94
2483111--2483183	35	2.1	35	94	0	128	21	32	13	31	1.93
2494593--2494647	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
2494987--2495055	35	2.0	35	97	0	129	18	11	52	17	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2496497--2496540	3	14.7	3	100	0	88	34	0	31	34	1.58
2496916--2496959	23	1.9	23	85	0	61	29	2	6	61	1.34
2500257--2500291	17	2.1	17	100	0	70	37	11	5	45	1.64
2502091--2502146	28	2.0	28	89	0	85	32	12	21	33	1.91
2505245--2505372	40	3.2	40	74	15	129	26	7	8	57	1.56
2505244--2505415	82	2.1	80	81	9	188	27	7	9	55	1.58
2507480--2507517	19	2.0	19	85	10	51	52	0	10	36	1.36
2509326--2509535	43	4.9	43	85	2	251	24	17	26	32	1.97
2514275--2514299	12	2.1	12	100	0	50	16	68	0	16	1.22
2517253--2517670	172	2.4	172	84	2	529	37	14	13	35	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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