genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43044007--43044121	29	4.0	28	80	8	124	27	27	15	28	1.96
43043998--43044108	58	1.9	58	85	1	152	27	28	16	27	1.97
43044180--43044213	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
43044332--43044383	16	3.3	16	86	2	70	9	17	21	51	1.73
43052003--43052059	29	1.9	30	92	3	98	56	7	33	3	1.43
43053270--43053581	40	7.8	40	92	3	468	23	21	27	26	1.99
43056349--43056406	30	1.9	30	100	0	116	43	13	10	32	1.78
43056846--43057162	47	6.6	47	70	19	185	27	18	29	24	1.98
43056846--43057016	46	3.7	44	81	11	164	27	19	30	22	1.98
43062394--43062418	9	2.8	9	100	0	50	12	0	20	68	1.21
43065598--43065715	29	4.1	29	81	4	107	30	12	30	26	1.93
43082941--43083053	27	4.2	28	81	3	117	34	18	23	23	1.96
43082948--43083054	55	2.0	54	87	5	153	34	16	24	24	1.95
43088961--43088990	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
43089194--43089483	101	2.9	100	85	2	368	29	26	18	25	1.98
43089188--43089487	151	2.0	148	83	3	368	29	27	17	25	1.98
43089188--43089533	50	6.9	50	79	3	354	30	26	17	25	1.97
43092431--43092461	15	2.1	15	93	0	53	51	19	16	12	1.76
43095736--43095765	16	1.9	15	93	6	51	33	20	3	43	1.68
43095963--43096557	50	11.8	50	76	6	463	30	25	17	27	1.97
43095965--43096510	101	5.4	101	77	5	507	28	24	18	27	1.98
43100685--43100709	13	1.9	13	100	0	50	48	0	16	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43103048--43103394	40	8.7	40	95	0	613	30	20	27	21	1.98
43109828--43109884	15	3.9	15	81	2	71	57	15	14	12	1.65
43113529--43113636	26	4.2	26	92	0	180	33	6	24	36	1.81
43118999--43119059	31	2.0	31	93	0	104	34	9	34	21	1.86
43120564--43120646	26	3.2	26	89	0	139	33	6	24	36	1.80
43121299--43121411	27	4.2	28	81	3	117	34	18	23	23	1.96
43121306--43121412	55	2.0	54	87	5	153	34	16	24	24	1.95
43126190--43126219	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
43126423--43126712	101	2.9	100	85	2	368	29	26	18	25	1.98
43126417--43126716	151	2.0	148	83	3	368	29	27	17	25	1.98
43126417--43126762	50	6.9	50	79	3	354	30	26	17	25	1.97
43129660--43129690	15	2.1	15	93	0	53	51	19	16	12	1.76
43132965--43132994	16	1.9	15	93	6	51	33	20	3	43	1.68
43133192--43133786	50	11.8	50	76	6	463	30	25	17	27	1.97
43133194--43133739	101	5.4	101	77	5	507	28	24	18	27	1.98
43137915--43137939	13	1.9	13	100	0	50	48	0	16	36	1.46
43140278--43140424	40	3.7	40	97	0	267	31	20	27	20	1.97
43146858--43146914	15	3.9	15	81	2	71	57	15	14	12	1.65
43164530--43165077	47	11.6	47	92	1	898	32	8	29	29	1.87
43164530--43165077	143	3.9	143	92	1	890	32	8	29	29	1.87
43164530--43165077	190	2.9	188	92	2	898	32	8	29	29	1.87
43165196--43165333	37	3.7	37	92	0	213	26	18	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43166626--43166994	40	9.2	40	92	1	569	24	20	28	27	1.99
43172188--43172388	101	2.0	101	99	0	393	35	10	21	31	1.88
43172997--43173955	47	20.3	47	97	0	1783	33	8	28	29	1.86
43177574--43177719	40	3.7	40	84	7	156	25	22	26	25	2.00
43177613--43177726	40	2.8	40	88	5	160	28	21	25	24	1.99
43179802--43179844	20	2.2	20	100	0	86	34	18	11	34	1.87
43182404--43182562	45	3.6	44	71	10	117	33	29	15	22	1.94
43182682--43182729	24	2.0	24	100	0	96	25	29	16	29	1.97
43182779--43182817	14	2.6	16	88	8	55	35	20	2	41	1.66
43183547--43183571	12	2.1	12	100	0	50	68	0	24	8	1.16
43185121--43185479	46	7.7	46	79	12	394	22	20	27	29	1.98
43185118--43185474	93	3.8	93	98	0	669	22	20	28	28	1.98
43185704--43185741	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
43188131--43188170	21	1.9	21	94	0	71	37	10	12	40	1.77
43188223--43188299	35	2.2	35	88	0	109	32	12	11	42	1.80
43188385--43188429	19	2.4	19	85	7	56	24	2	20	53	1.57
43188394--43188430	9	3.9	10	82	10	51	24	0	18	56	1.41
43189046--43189138	48	1.9	48	88	0	141	22	18	16	43	1.88
43189615--43189672	28	2.1	28	100	0	116	44	3	20	31	1.68
43202716--43202988	27	10.1	27	87	0	341	35	19	19	25	1.95
43203623--43203674	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
43206443--43206501	31	1.9	30	83	10	75	47	3	20	28	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43206771--43206795	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
43212080--43212134	26	2.1	26	100	0	110	29	10	3	56	1.51
43212176--43212216	17	2.3	18	87	4	57	24	24	0	51	1.49
43215595--43215708	42	2.7	42	78	5	106	28	24	14	31	1.95
43216208--43216259	26	2.0	25	85	14	70	30	26	3	38	1.74
43220264--43220441	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
43220285--43220440	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
43226662--43226715	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
43234574--43234758	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
43234555--43234758	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
43241440--43241599	80	2.0	80	93	0	275	28	23	15	33	1.94
43242657--43242710	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
43253155--43253194	18	2.2	19	95	4	73	65	5	0	30	1.14
43266717--43266923	53	3.8	54	78	1	227	21	23	16	37	1.93
43269762--43269923	81	2.0	81	95	0	288	31	16	11	40	1.85
43274884--43274962	28	2.8	28	80	0	86	36	11	22	29	1.89
43275372--43275412	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
43277953--43278095	55	2.6	55	75	7	137	13	27	28	30	1.95
43294207--43294284	28	2.8	28	84	7	104	34	14	24	26	1.93
43310956--43311022	35	1.9	35	100	0	134	50	11	8	28	1.69
43311158--43311288	53	2.4	53	80	7	140	19	25	19	35	1.96
43312952--43313058	42	2.5	42	80	0	115	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43320327--43320386	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
43327318--43327489	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
43327311--43327486	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
43329473--43329652	96	1.9	96	88	0	270	35	16	33	14	1.89
43331077--43331115	21	2.0	20	90	10	62	33	5	0	61	1.18
43331095--43331131	9	4.1	9	89	0	56	43	2	0	54	1.14
43332482--43332535	6	8.7	6	88	8	81	83	0	0	16	0.65
43335614--43335669	18	3.1	18	94	0	103	21	28	23	26	1.99
43340535--43340576	20	2.0	21	86	13	61	30	2	2	64	1.19
43341301--43341353	26	2.0	26	100	0	106	37	15	7	39	1.75
43341411--43341452	13	3.2	13	83	9	50	73	4	4	16	1.17
43343821--43343858	18	2.1	18	85	9	51	44	21	5	28	1.73
43344155--43344207	24	2.2	24	82	0	61	37	15	16	30	1.90
43344172--43344209	6	6.3	6	85	11	51	34	15	13	36	1.87
43345434--43345564	55	2.4	55	90	0	199	29	30	18	21	1.97
43346325--43346643	49	6.7	46	74	13	222	21	27	21	29	1.99
43346469--43346642	95	1.8	94	90	3	278	21	28	21	29	1.98
43355487--43355617	55	2.4	55	90	0	208	27	29	20	22	1.98
43356375--43356691	47	6.7	46	75	9	246	21	29	20	28	1.98
43356484--43356694	95	2.3	91	84	5	280	23	31	19	26	1.98
43360957--43361083	46	2.8	46	97	0	236	28	18	27	25	1.98
43361143--43361319	49	3.6	49	81	5	171	27	19	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43367895--43367957	15	4.2	15	74	6	56	20	14	12	52	1.74
43369936--43370000	31	2.1	31	100	0	130	21	9	12	56	1.63
43370878--43371099	49	4.6	49	74	6	150	27	20	28	23	1.99
43372485--43372747	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
43380438--43380700	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
43384191--43384216	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
43397921--43398019	42	2.3	42	81	5	110	32	25	18	24	1.97
43399377--43399459	23	3.6	23	98	0	157	24	31	33	10	1.90
43401308--43401345	19	2.0	19	85	10	51	23	44	18	13	1.85
43416287--43416345	12	4.9	12	85	0	73	33	11	16	37	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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