genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101709389--101709701	104	3.0	104	99	0	617	19	11	34	33	1.88
101711379--101711423	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
101714347--101714399	11	4.7	11	75	13	54	64	3	0	32	1.12
101714347--101714412	34	2.0	33	82	8	82	59	4	0	36	1.18
101715543--101715599	7	8.0	7	92	3	96	15	0	40	43	1.47
101715543--101715606	21	3.1	21	91	6	96	17	0	39	43	1.49
101716095--101716146	24	2.2	24	85	0	68	55	7	3	32	1.46
101722722--101722805	44	1.9	44	85	4	116	47	9	20	22	1.78
101724000--101724238	127	1.9	127	82	5	304	36	11	16	35	1.84
101724861--101724931	32	2.2	33	82	7	83	63	4	4	28	1.32
101731937--101731995	26	2.3	26	93	0	100	33	20	6	38	1.79
101737328--101737512	64	2.9	64	89	0	262	24	19	12	43	1.86
101741681--101741721	11	3.7	11	84	12	57	12	12	19	56	1.67
101741680--101741721	22	1.9	22	95	0	75	14	11	19	54	1.70
101742557--101742590	17	1.9	18	88	5	52	41	8	0	50	1.34
101746790--101746872	20	4.1	20	77	11	87	39	10	1	48	1.46
101747937--101747961	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
101752737--101753032	46	6.5	46	84	3	330	41	14	22	20	1.89
101752747--101753030	138	2.1	137	85	2	372	42	15	22	20	1.89
101753291--101753323	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
101760992--101761203	105	2.0	105	97	0	397	17	20	15	46	1.84
101776466--101776593	28	4.5	28	86	2	166	28	12	25	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101776466--101776593	57	2.2	57	87	2	177	28	12	25	33	1.92
101783373--101783411	8	4.9	8	96	0	69	51	23	23	2	1.61
101784021--101784068	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
101794596--101794851	55	4.8	54	77	10	226	35	17	24	22	1.95
101794604--101794804	108	1.8	110	88	4	309	33	18	24	22	1.97
101802301--101802551	55	4.8	52	74	10	181	36	17	23	22	1.94
101802305--101802504	108	1.8	109	84	3	278	35	17	24	23	1.95
101802720--101802750	16	1.9	16	93	0	53	41	3	22	32	1.70
101807232--101807274	15	2.8	16	83	16	56	34	9	20	34	1.85
101807227--101807279	9	5.4	9	75	16	52	33	7	20	37	1.81
101807221--101807287	20	3.3	20	89	0	107	34	10	20	34	1.87
101807336--101807442	24	4.4	24	88	4	162	28	19	22	28	1.98
101807336--101807442	49	2.2	47	90	5	160	28	19	22	28	1.98
101814754--101814781	8	3.5	8	100	0	56	42	21	21	14	1.88
101815295--101815333	20	2.0	20	94	0	69	35	10	20	33	1.86
101815383--101815488	23	4.4	24	92	4	171	29	19	22	28	1.98
101815383--101815511	46	2.6	48	84	9	172	29	20	22	27	1.98
101815696--101815759	31	2.1	31	90	0	101	35	17	23	23	1.95
101816868--101817003	68	2.0	68	98	0	263	30	11	28	29	1.92
101818145--101818348	40	5.1	40	90	1	295	23	23	27	25	2.00
101827494--101827552	30	2.0	30	93	0	100	61	16	11	10	1.57
101827492--101827553	15	4.2	14	78	11	70	61	17	11	9	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101831444--101831503	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
101831504--101831813	67	4.6	67	93	0	476	33	21	25	19	1.96
101832438--101832637	27	7.4	27	88	1	276	23	22	20	34	1.97
101846819--101846843	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
101846950--101846996	23	2.0	23	91	0	76	31	12	10	44	1.77
101846959--101847005	23	2.0	23	84	8	60	40	14	6	38	1.72
101854883--101855044	67	2.4	67	90	1	243	25	19	14	40	1.90
101857487--101857526	18	2.2	18	90	0	62	50	0	0	50	1.00
101858189--101858229	19	2.2	19	90	0	64	58	2	2	36	1.24
101858287--101858324	20	2.0	20	89	5	60	55	2	5	36	1.37
101858334--101858373	22	1.9	20	85	10	53	52	2	0	45	1.14
101858333--101858377	20	2.3	19	81	11	54	53	2	0	44	1.13
101858361--101858456	18	5.1	19	74	20	76	38	2	1	58	1.17
101858359--101858435	28	2.7	29	78	13	81	38	1	1	58	1.15
101858370--101858437	9	7.2	9	70	20	50	33	1	1	63	1.13
101870212--101870421	28	7.5	28	96	1	368	34	26	11	27	1.91
101873712--101873762	26	2.0	26	96	0	93	58	9	1	29	1.41
101873711--101873773	26	2.4	26	86	2	90	55	7	1	34	1.39
101874416--101874441	13	2.0	13	100	0	52	7	23	0	69	1.14
101881446--101881617	93	1.8	93	91	2	283	28	28	20	22	1.99
101881439--101881614	46	3.8	46	77	14	191	29	28	19	22	1.98
101881720--101881944	115	2.0	114	100	0	441	35	16	9	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101884118--101884206	30	3.0	30	79	8	92	57	14	16	11	1.65
101884118--101884197	15	5.4	15	79	7	83	58	12	17	11	1.62
101884129--101884206	15	5.2	15	75	9	70	56	14	16	12	1.68
101890433--101890495	23	2.8	22	79	11	74	39	1	17	41	1.59
101893118--101893147	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
101897390--101897567	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	27	1.96
101897411--101897566	82	1.9	81	86	3	224	28	28	15	27	1.96
101906903--101907009	48	2.2	48	83	3	135	29	20	26	23	1.99
101907045--101907167	49	2.5	49	82	1	138	28	23	26	21	1.99
101908819--101908991	49	3.6	47	85	6	206	23	27	22	26	1.99
101909785--101909835	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
101916819--101917033	47	4.6	48	76	11	198	23	30	17	28	1.97
101916819--101917083	139	1.9	141	83	4	349	23	29	17	29	1.97
101916819--101917033	93	2.3	95	77	9	228	23	30	17	28	1.97
101918400--101918429	10	2.8	11	90	10	53	43	0	16	40	1.48
101918400--101918441	21	2.0	21	85	0	57	42	0	14	42	1.45
101918917--101918963	24	2.0	24	83	8	60	19	25	21	34	1.96
101929487--101929577	26	3.4	26	68	8	67	58	3	10	27	1.48
101932205--101932380	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
101932202--101932373	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
101938854--101938912	23	2.7	21	82	10	64	37	1	18	42	1.61
101940835--101940871	18	2.1	18	100	0	74	43	5	10	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101950735--101950958	46	4.8	46	81	7	236	29	19	28	22	1.98
101954895--101955151	43	6.0	43	87	2	376	26	29	20	23	1.99
101954888--101955140	126	2.0	127	92	0	427	27	28	20	23	1.99
101959223--101959333	15	7.6	15	85	4	111	30	0	0	68	0.96
101959218--101959333	22	5.3	22	82	2	117	32	0	0	66	0.98
101959243--101959283	7	5.7	7	94	5	73	12	0	0	87	0.53
101959280--101959333	7	7.6	7	95	4	99	38	0	0	61	0.96
101959223--101959333	14	7.6	14	81	6	96	30	0	0	68	0.96
101959928--101959991	7	9.0	7	77	3	65	46	25	3	25	1.67
101959925--101959975	15	3.5	15	83	5	68	47	27	1	23	1.63
101960419--101960535	43	2.7	43	90	0	171	31	27	19	21	1.97
101966382--101966548	9	17.6	9	74	10	136	31	0	20	46	1.56
101966386--101966548	39	4.2	40	83	9	150	31	0	20	47	1.55
101966416--101966531	39	2.9	42	86	11	172	32	0	20	46	1.51
101966384--101966492	57	1.9	57	88	0	164	30	0	23	44	1.60
101966382--101966537	48	3.2	48	78	3	170	32	0	21	45	1.57
101966736--101967227	240	2.0	240	96	0	896	33	13	17	35	1.89
101967876--101968130	63	4.0	63	99	0	501	50	5	4	40	1.45
101972796--101972821	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
101972727--101972970	125	2.0	125	89	3	375	22	19	19	38	1.94
101977635--101977694	27	2.3	25	75	13	66	48	0	0	51	1.00
101979283--101979384	48	2.1	48	83	5	125	28	32	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101979290--101979392	49	2.1	48	82	5	118	28	30	18	23	1.98
101985092--101985697	161	3.8	161	95	0	1043	38	22	11	27	1.88
101986520--101986785	136	2.0	136	94	0	469	45	22	6	25	1.76
101987217--101987348	47	2.8	46	79	4	140	33	27	14	25	1.94
101998478--101998525	23	2.1	22	81	11	53	50	12	25	12	1.75
102005175--102005253	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
102005372--102006328	47	20.3	47	98	0	1815	29	29	8	32	1.87
102007501--102007532	16	2.0	16	100	0	64	31	31	12	25	1.92
102013644--102013773	65	2.0	65	100	0	260	32	10	20	36	1.87
102017414--102017598	79	2.3	82	80	7	211	25	26	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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