genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35038190--35038237	25	1.9	25	86	0	69	27	22	16	33	1.96
35039103--35039136	14	2.4	14	100	0	68	38	0	17	44	1.49
35045152--35045289	54	2.6	54	98	0	267	25	19	25	29	1.98
35045869--35045913	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
35052074--35052180	30	3.6	29	85	5	126	25	21	26	27	1.99
35054762--35054822	21	2.8	21	80	7	68	37	4	0	57	1.20
35054832--35054876	19	2.4	19	100	0	90	42	8	0	48	1.34
35054997--35055066	22	3.2	22	82	9	72	54	1	1	42	1.18
35055128--35055234	20	5.3	21	75	22	88	59	0	0	39	1.04
35055138--35055224	23	4.4	19	75	21	74	59	0	0	40	0.97
35055164--35055202	15	2.6	15	92	8	62	64	0	0	35	0.94
35055181--35055257	23	3.4	23	76	16	79	55	3	0	40	1.18
35055145--35055225	38	2.3	35	87	12	112	61	0	0	38	0.96
35055179--35055257	22	3.5	22	74	17	72	56	3	0	39	1.17
35055260--35055320	20	3.1	19	76	9	59	73	1	4	19	1.10
35055270--35055325	9	6.3	9	78	15	55	75	0	5	19	1.00
35055270--35055325	20	2.6	21	83	13	69	75	0	5	19	1.00
35055294--35055343	24	2.1	24	85	3	66	78	2	4	16	1.00
35062794--35062857	32	2.0	32	82	14	78	45	0	25	29	1.54
35066192--35066221	15	2.0	15	93	0	51	43	20	10	26	1.83
35067259--35067426	46	3.6	45	77	9	169	23	29	21	26	1.99
35084051--35084095	22	2.0	22	95	0	81	53	20	4	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35091685--35091780	49	2.0	49	81	4	113	31	15	10	42	1.81
35097592--35097640	15	3.4	16	78	15	54	42	0	2	55	1.11
35107353--35107416	33	2.0	31	90	6	101	40	23	0	35	1.55
35112367--35112408	23	1.9	22	85	9	59	42	7	4	45	1.52
35112502--35112548	23	2.1	22	84	11	60	40	21	0	38	1.53
35116151--35116203	20	2.8	19	81	13	65	28	0	3	67	1.07
35116143--35116204	28	2.3	26	78	21	67	30	0	3	66	1.08
35116307--35116340	17	2.0	17	100	0	68	47	0	23	29	1.52
35116784--35116821	14	2.5	16	83	12	53	71	2	26	0	1.00
35120496--35120535	12	3.3	12	89	0	53	10	32	35	22	1.87
35122033--35122058	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
35122621--35122664	23	2.0	23	86	8	65	65	4	0	29	1.12
35122860--35122908	18	3.1	16	75	21	57	71	6	0	22	1.08
35123087--35123176	44	2.1	44	82	14	107	1	37	1	60	1.12
35123153--35123228	6	13.8	6	81	14	60	0	47	1	51	1.09
35123184--35123221	20	1.9	19	89	5	58	0	36	0	63	0.95
35123174--35123228	15	3.5	15	88	9	83	0	41	0	58	0.98
35125052--35125115	32	2.0	32	100	0	128	34	6	18	40	1.76
35127211--35127237	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
35139638--35139822	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
35139619--35139822	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
35144014--35144202	20	9.4	20	68	10	91	11	32	19	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35144002--35144082	40	2.0	40	83	4	101	19	32	14	33	1.92
35144074--35144202	60	2.2	60	85	0	177	10	32	21	35	1.87
35148572--35148659	31	2.8	31	77	6	97	19	28	37	14	1.91
35152857--35152881	13	1.9	13	100	0	50	0	32	28	40	1.57
35170442--35170470	7	4.1	7	100	0	58	27	13	27	31	1.94
35179845--35179883	21	1.9	20	89	5	60	30	2	20	46	1.64
35180436--35180623	48	3.9	48	88	2	254	19	18	28	32	1.96
35191101--35191145	22	2.0	22	95	0	81	31	8	20	40	1.83
35202277--35202395	55	2.2	55	86	3	159	35	16	21	26	1.95
35202835--35202872	6	6.3	6	82	11	51	81	0	0	18	0.69
35205395--35205446	25	2.0	26	85	3	70	44	9	3	42	1.55
35205550--35205645	11	8.8	11	66	22	51	50	5	0	44	1.24
35205524--35205636	56	2.0	56	93	5	192	47	7	0	45	1.30
35205533--35205620	26	3.2	26	71	22	90	48	5	0	45	1.26
35213463--35213539	40	1.9	40	89	0	118	22	16	25	35	1.95
35214518--35214544	14	1.9	14	100	0	54	51	29	18	0	1.46
35235780--35235825	22	2.1	22	100	0	92	30	0	21	47	1.51
35236246--35236282	16	2.3	16	95	0	65	54	16	5	24	1.63
35236295--35236327	14	2.3	15	90	10	52	57	0	3	39	1.14
35241896--35242353	47	9.7	47	96	0	808	32	8	30	29	1.87
35242472--35242550	37	2.1	37	88	0	113	25	17	31	25	1.97
35247542--35247592	25	2.0	25	88	0	75	33	19	19	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35250882--35251187	45	6.8	45	98	0	567	32	18	28	21	1.96
35250882--35251435	135	4.0	135	81	5	579	33	17	26	22	1.96
35251250--35251362	47	2.4	47	96	0	208	35	14	24	25	1.93
35276660--35276781	47	2.6	47	94	0	217	36	13	23	26	1.91
35276760--35276954	54	3.6	54	82	7	234	36	17	24	20	1.94
35276760--35276954	55	3.6	54	83	6	234	36	17	24	20	1.94
35283135--35283414	131	2.1	131	100	0	560	26	13	30	29	1.94
35287190--35287278	30	3.0	30	84	0	115	15	28	30	25	1.96
35290944--35291109	42	3.9	43	81	6	187	24	28	18	28	1.98
35290972--35291097	43	3.0	43	84	1	173	25	29	18	26	1.98
35291886--35292020	70	1.9	70	92	0	225	36	18	13	31	1.89
35295817--35296033	47	4.7	45	77	9	179	25	17	29	27	1.97
35295822--35295993	94	1.8	93	86	6	249	26	17	30	25	1.97
35301454--35301484	13	2.3	14	94	5	55	29	6	19	45	1.75
35303320--35303496	49	3.6	48	80	3	149	29	16	27	27	1.97
35305915--35305940	12	2.2	12	100	0	52	30	0	7	61	1.24
35308595--35308641	16	2.9	17	73	20	55	40	12	8	38	1.74
35310090--35310167	9	8.6	9	71	14	54	66	1	0	32	1.00
35310122--35310159	20	1.9	20	88	0	58	57	2	0	39	1.12
35310122--35310167	19	2.3	20	85	3	58	60	2	0	36	1.09
35310106--35310186	29	2.8	28	77	3	81	66	1	1	30	1.07
35310356--35310417	20	3.2	20	73	13	65	25	9	1	62	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35310353--35310437	39	2.2	39	79	8	93	30	7	2	60	1.36
35310423--35310477	19	2.7	20	78	16	60	30	3	0	65	1.10
35310395--35310518	50	2.5	50	77	13	123	29	5	2	62	1.31
35310444--35310535	20	4.8	20	74	15	77	26	5	1	67	1.19
35310480--35310538	18	3.1	19	76	16	52	25	5	1	67	1.20
35317411--35317504	47	2.0	47	87	0	134	19	24	19	37	1.94
35319288--35319437	24	6.1	24	89	6	230	28	20	19	31	1.97
35319288--35319437	50	3.1	48	87	6	221	28	20	19	31	1.97
35319488--35319554	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
35319488--35319543	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
35319591--35319638	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
35326230--35326339	42	2.6	43	80	1	123	28	16	23	31	1.96
35326964--35326989	10	2.6	10	100	0	52	19	0	30	50	1.48
35332795--35332819	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
35336896--35336936	17	2.4	17	84	8	57	58	0	12	29	1.34
35339471--35339517	20	2.3	20	81	0	58	51	6	14	27	1.67
35341975--35342010	9	3.9	9	92	3	54	61	0	2	36	1.11
35341329--35342939	660	2.4	665	79	8	1697	37	10	10	41	1.74
35344936--35344967	13	2.5	13	100	0	64	53	0	0	46	1.00
35348529--35348750	28	8.0	29	62	20	100	29	2	24	42	1.68
35348532--35348779	82	3.0	82	99	0	487	28	2	23	45	1.66
35350881--35350907	7	3.9	7	100	0	54	29	44	0	25	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35353585--35353626	20	2.1	20	86	0	57	45	2	9	42	1.49
35355200--35355238	19	2.1	19	100	0	78	35	0	25	38	1.56
35360851--35361001	74	2.0	74	98	0	293	34	7	7	50	1.59
35367509--35367784	47	5.9	48	79	9	282	28	17	30	23	1.97
35367467--35367783	94	3.4	93	80	11	335	28	17	29	24	1.97
35371492--35371659	90	1.9	90	82	5	214	33	13	21	31	1.91
35374166--35374331	65	2.6	65	80	5	174	39	11	18	31	1.86
35374231--35374388	65	2.4	65	79	5	160	39	11	17	32	1.85
35378313--35378358	22	2.1	22	88	8	67	41	2	4	52	1.33
35383915--35384152	49	4.9	49	88	3	349	32	7	29	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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