genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.162.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  162  of  310  ( 37082 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53064844--53064887	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
53065880--53065924	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
53068368--53068414	18	2.6	18	82	0	58	14	29	0	55	1.40
53068343--53068420	24	3.2	24	83	0	102	12	29	0	57	1.36
53069356--53069403	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
53069350--53069393	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
53070384--53070428	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
53074734--53074762	14	2.1	14	100	0	58	27	20	13	37	1.91
53078560--53078620	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
53080573--53080619	11	4.6	10	80	12	51	51	27	2	19	1.58
53081322--53081485	43	3.8	43	75	11	138	32	25	18	23	1.97
53088763--53088812	15	3.1	15	78	18	55	8	20	0	72	1.10
53092680--53092857	27	6.6	26	81	8	153	28	15	26	29	1.96
53092677--53092857	82	2.2	81	82	2	220	28	15	26	29	1.96
53092762--53092868	27	3.9	27	85	1	79	27	14	27	30	1.95
53099274--53099327	25	2.2	25	86	0	72	40	0	11	48	1.39
53099280--53099327	25	1.9	25	91	0	78	37	0	12	50	1.41
53101294--53101333	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
53102576--53102623	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
53102977--53103026	11	4.6	11	80	12	59	80	6	4	10	1.02
53102978--53103025	21	2.4	19	89	10	69	79	6	4	10	1.05
53102977--53103026	20	2.4	22	93	6	86	80	6	4	10	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53108245--53108284	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
53109530--53109577	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
53109851--53109875	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
53114310--53114479	46	3.7	45	78	10	191	30	29	19	21	1.97
53114318--53114489	93	1.8	93	90	2	274	29	29	20	21	1.98
53114361--53114504	46	3.1	44	69	21	98	29	27	20	22	1.98
53118646--53118694	25	2.0	25	100	0	98	48	0	32	18	1.48
53118695--53118836	71	2.0	70	98	1	275	35	22	16	25	1.95
53120216--53120393	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
53120217--53120372	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
53120213--53120393	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
53122719--53122913	98	2.0	98	95	0	354	27	18	31	22	1.97
53128499--53128676	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
53128500--53128655	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
53128496--53128676	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
53136989--53137306	80	4.0	80	99	0	627	48	16	11	23	1.79
53145748--53145806	31	1.9	31	82	0	73	45	22	6	25	1.76
53150958--53151010	11	4.7	11	75	13	54	73	0	22	3	0.99
53150955--53150993	17	2.2	18	90	4	62	76	0	23	0	0.78
53150955--53151010	24	2.3	24	80	17	62	73	0	23	3	0.99
53150948--53151097	75	2.0	75	98	0	291	62	6	24	7	1.46
53151033--53151085	11	4.7	11	75	13	54	75	0	22	1	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53151041--53151084	6	7.2	6	80	14	54	77	0	20	2	0.88
53151030--53151074	17	2.5	17	89	7	63	75	0	24	0	0.80
53151030--53151085	24	2.3	24	82	17	71	75	0	23	1	0.90
53153213--53153256	11	4.0	11	84	0	61	47	11	9	31	1.71
53153210--53153255	22	2.1	22	91	0	74	47	8	10	32	1.69
53153353--53153671	90	3.5	90	89	0	449	30	7	17	44	1.77
53153371--53153494	46	2.8	45	74	6	117	33	8	13	44	1.74
53155592--53155809	63	3.2	67	81	10	230	43	15	11	30	1.82
53155664--53155774	31	3.5	30	68	23	84	42	16	11	29	1.83
53155934--53156040	41	2.6	41	85	2	126	31	24	18	25	1.98
53156528--53156561	8	4.2	8	84	0	50	50	11	0	38	1.39
53158078--53158168	44	2.1	44	93	0	155	26	28	21	23	1.99
53160058--53160229	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98
53160050--53160225	46	3.8	46	80	12	207	28	28	20	21	1.98
53161044--53161189	73	2.0	73	95	0	265	30	21	19	27	1.98
53188495--53188539	21	2.1	21	100	0	90	37	31	8	22	1.85
53191648--53191691	22	2.0	22	100	0	88	36	18	13	31	1.90
53192710--53192955	49	4.9	50	79	8	277	29	25	18	26	1.98
53192772--53192952	100	1.8	100	86	6	267	29	25	19	25	1.98
53196411--53196555	40	3.6	40	84	4	184	24	26	24	25	2.00
53199040--53199150	29	3.9	28	80	8	100	28	32	13	25	1.94
53202011--53202179	40	4.2	40	93	0	293	22	21	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53202011--53202180	80	2.1	80	98	0	331	22	21	26	29	1.99
53202253--53202359	40	2.7	41	88	4	157	24	22	26	27	2.00
53205341--53205378	19	2.1	18	85	9	51	52	18	26	2	1.58
53205448--53205709	100	2.6	100	99	0	515	27	22	26	24	2.00
53214784--53215223	49	9.2	49	91	2	675	32	7	30	30	1.85
53214784--53215223	47	9.2	47	92	1	664	32	7	30	30	1.85
53214784--53215223	143	3.1	143	92	2	704	32	7	30	30	1.85
53215341--53215419	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
53223854--53223880	5	5.4	5	100	0	54	40	18	18	22	1.91
53224497--53224591	29	3.3	29	83	1	120	26	27	14	31	1.95
53224468--53224584	58	2.0	57	83	4	146	25	29	17	28	1.97
53226015--53226046	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
53232231--53232297	28	2.4	28	92	0	107	16	37	22	23	1.94
53252472--53253464	47	21.1	47	98	0	1896	32	10	27	29	1.90
53254479--53254535	26	2.2	26	81	9	62	28	17	17	36	1.93
53259107--53259144	15	2.4	17	82	13	53	42	2	13	42	1.57
53271006--53271065	6	9.8	6	79	16	70	46	15	20	18	1.84
53271014--53271093	31	2.6	31	89	0	115	46	13	18	21	1.84
53271208--53271267	28	2.2	27	82	8	77	36	21	21	20	1.95
53271853--53272315	27	17.1	27	82	0	496	26	18	18	36	1.94
53272368--53272442	27	2.8	27	75	0	78	33	10	20	36	1.87
53272421--53272589	54	3.1	54	91	0	266	31	10	20	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53272421--53272589	27	6.3	27	85	0	230	31	10	20	37	1.86
53274532--53274619	6	14.3	6	71	17	65	46	14	19	19	1.84
53274541--53274619	31	2.5	31	89	0	113	46	13	20	18	1.83
53274734--53274815	28	3.0	26	82	8	92	36	21	21	19	1.95
53275358--53275876	27	19.3	27	81	2	533	26	17	18	36	1.93
53275830--53275945	59	2.0	60	91	1	189	22	17	20	39	1.92
53275986--53276063	27	2.9	27	75	3	77	30	10	20	38	1.86
53276039--53276315	27	10.3	27	86	2	378	31	9	19	39	1.83
53277684--53277856	41	4.2	41	89	2	267	51	5	20	22	1.68
53277688--53277845	83	1.9	83	93	2	273	50	5	20	23	1.70
53278942--53278979	19	2.1	18	90	5	58	28	15	0	55	1.41
53281251--53281447	64	3.1	64	100	0	394	34	14	9	42	1.77
53281295--53281395	32	3.2	32	66	20	93	32	14	9	42	1.79
53286840--53286974	70	1.9	70	95	0	243	44	10	27	17	1.81
53287198--53287381	40	4.7	40	82	8	209	26	22	26	25	2.00
53287250--53287414	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
53292045--53292214	38	4.4	38	88	1	223	19	19	25	35	1.95
53297246--53297422	45	4.0	45	88	2	259	29	28	20	22	1.98
53298838--53298909	34	2.1	34	82	7	85	25	22	20	31	1.98
53306636--53306752	56	2.1	56	98	0	225	44	8	23	23	1.81
53307886--53308110	79	2.8	79	82	7	276	24	21	28	25	1.99
53307886--53308110	40	5.7	40	84	5	278	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53307886--53308143	119	2.2	119	80	6	274	25	21	27	25	1.99
53310348--53310383	18	2.1	17	94	5	63	80	11	0	8	0.90
53313744--53313786	14	3.3	12	79	17	50	37	18	2	41	1.63
53313815--53313874	13	4.4	13	69	19	50	36	13	0	50	1.42
53313811--53313877	21	3.2	21	66	8	64	34	14	0	50	1.44
53313758--53313886	42	3.1	41	85	4	163	31	16	3	48	1.64
53313928--53313992	25	2.6	25	80	0	85	35	24	13	26	1.93
53322081--53322249	46	3.7	45	75	15	175	28	26	21	23	1.99
53322086--53322256	93	1.8	93	91	2	281	28	27	22	22	1.99
53322679--53322738	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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