genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71826754--71826790	16	2.3	16	90	0	65	21	0	29	48	1.50
71846094--71846226	40	3.3	40	94	0	230	27	15	19	37	1.92
71849291--71849836	273	2.0	271	94	2	961	45	11	7	35	1.70
71851276--71851301	13	2.0	13	100	0	52	7	0	23	69	1.14
71852255--71852611	114	3.1	114	95	0	635	41	3	13	41	1.61
71853079--71853961	41	21.5	41	97	0	1631	28	19	27	24	1.98
71873726--71874572	40	21.2	40	93	0	1372	24	17	25	32	1.96
71873726--71874512	80	9.8	80	99	0	1520	24	16	25	33	1.96
71878385--71878449	3	21.7	3	96	0	121	69	0	30	0	0.89
71894470--71894547	39	2.0	39	100	0	156	41	10	12	35	1.77
71895798--71895929	55	2.4	55	87	2	194	22	21	32	22	1.98
71907952--71908003	26	2.0	26	100	0	104	34	23	3	38	1.73
71910303--71910337	6	5.7	6	96	3	61	0	31	0	68	0.90
71914203--71914344	22	6.3	22	79	11	162	44	17	14	23	1.85
71914192--71914322	47	2.9	44	80	9	149	45	17	12	24	1.82
71914701--71914739	20	2.0	20	89	0	60	41	12	5	41	1.65
71919776--71919802	12	2.2	12	100	0	54	22	18	14	44	1.86
71922722--71922764	22	2.0	22	90	0	68	37	13	13	34	1.85
71935526--71935571	18	2.6	18	89	6	67	28	8	34	28	1.87
71939723--71939758	19	1.9	19	94	5	65	5	16	5	72	1.23
71940226--71940310	10	8.9	10	75	7	61	37	4	1	56	1.28
71945949--71946058	33	3.3	33	84	2	130	47	17	20	15	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71948464--71948499	11	3.3	11	92	0	54	2	11	0	86	0.68
71950260--71950298	13	2.9	13	81	7	51	51	5	2	41	1.38
71962342--71962366	5	5.0	5	100	0	50	40	0	60	0	0.97
71962604--71962639	6	6.0	6	100	0	72	16	16	0	66	1.25
71962946--71962988	18	2.4	18	88	7	61	53	2	0	44	1.13
71967074--71967142	26	2.7	26	86	4	88	37	18	7	36	1.79
71975354--71977376	405	5.0	405	97	0	3672	33	8	17	41	1.78
71978413--71978502	28	3.2	28	66	9	76	23	17	22	36	1.95
71980150--71980318	81	2.1	81	90	0	266	44	5	13	37	1.66
71981018--71981319	91	3.3	91	77	5	322	32	6	20	40	1.78
71981016--71981344	182	1.8	182	85	2	464	31	6	21	39	1.80
71982312--71982345	17	1.9	18	88	5	52	82	2	2	11	0.89
71987004--71987064	4	14.2	4	77	13	50	68	4	6	19	1.30
71987004--71987064	13	4.8	12	75	13	50	68	4	6	19	1.30
71987004--71987064	17	3.5	17	76	8	61	68	4	6	19	1.30
72001312--72001354	20	2.1	21	95	4	79	23	13	2	60	1.45
72003714--72003759	21	2.2	20	84	3	56	50	0	0	50	1.00
72006018--72006101	3	27.3	3	74	11	64	30	4	3	60	1.34
72010434--72010468	16	2.2	16	100	0	70	45	5	17	31	1.71
72015871--72015916	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
72018986--72019037	25	2.0	26	88	7	79	21	0	11	67	1.22
72024825--72024871	18	2.5	19	86	6	69	70	0	2	27	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72027168--72027201	12	2.8	12	90	0	50	14	14	44	26	1.84
72028870--72028911	21	2.0	21	95	0	75	54	4	21	19	1.62
72029666--72029697	14	2.2	15	94	5	57	62	3	12	21	1.43
72032082--72032184	50	2.1	50	98	0	197	24	1	22	51	1.58
72039816--72039856	14	2.9	14	85	0	64	21	7	31	39	1.81
72044392--72044432	14	2.9	14	85	0	64	21	7	31	39	1.81
72046661--72046687	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
72048898--72048923	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
72051237--72051290	28	1.9	28	96	0	99	24	18	27	29	1.98
72057708--72057832	40	3.1	40	71	15	112	37	21	20	20	1.94
72059731--72059808	40	2.0	40	84	0	102	19	15	33	32	1.93
72067911--72068093	14	12.6	15	69	13	82	44	29	2	23	1.65
72067871--72068076	73	2.8	73	92	0	331	43	29	2	24	1.67
72067964--72068094	7	18.1	7	74	16	63	46	30	0	22	1.57
72067992--72068172	22	8.3	22	66	11	86	46	29	2	21	1.63
72067969--72068388	109	3.9	109	70	13	309	48	28	1	20	1.60
72067840--72068089	73	3.4	72	85	5	326	44	30	2	23	1.66
72068122--72068257	58	2.4	58	83	10	156	47	27	2	22	1.66
72068204--72068262	7	8.3	7	85	7	57	50	28	0	20	1.48
72068247--72068318	22	3.3	22	90	0	108	54	33	0	12	1.38
72068683--72068720	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
72068830--72069185	115	3.1	114	81	6	396	33	18	18	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72068830--72069105	117	2.4	114	86	4	374	32	17	19	30	1.95
72068830--72069138	117	2.6	116	83	8	317	33	18	19	29	1.95
72068898--72069207	117	2.7	111	79	8	325	35	18	18	28	1.94
72071576--72071764	9	21.0	9	76	11	165	46	20	1	32	1.58
72071617--72071678	21	3.1	21	75	13	60	46	14	0	38	1.45
72071576--72071696	38	3.3	39	77	16	127	47	17	0	35	1.48
72074148--72074202	27	2.0	27	100	0	110	32	7	7	52	1.56
72076769--72076797	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
72080519--72080592	30	2.5	28	78	19	87	25	1	1	71	1.02
72083070--72083291	3	70.3	3	65	24	61	32	4	3	59	1.33
72083141--72083241	11	9.5	11	74	21	83	35	0	1	61	1.14
72083141--72083240	36	2.8	37	82	14	129	36	1	2	61	1.14
72083054--72083283	9	23.6	10	64	24	75	33	3	3	59	1.31
72083147--72083287	13	10.9	14	68	22	60	34	2	2	60	1.26
72087243--72087275	14	2.2	16	89	10	52	21	15	12	51	1.75
72095320--72096301	210	4.7	210	93	0	1642	29	18	22	30	1.97
72097905--72098103	27	7.1	27	70	19	108	34	3	2	60	1.26
72097987--72098103	26	4.3	27	72	18	75	34	1	2	61	1.20
72098010--72098103	33	2.9	33	81	9	104	36	0	2	61	1.08
72098006--72098102	50	2.0	50	84	11	130	35	0	2	62	1.07
72097931--72098103	3	56.3	3	65	26	62	33	3	2	60	1.29
72101342--72101366	3	8.3	3	100	0	50	32	68	0	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72107236--72107318	43	2.0	42	90	2	130	54	10	6	28	1.59
72110177--72110232	28	2.0	28	82	0	67	16	23	32	28	1.96
72116990--72117126	42	3.3	42	78	0	148	18	24	15	41	1.89
72116995--72117108	21	5.4	21	70	8	79	18	25	14	41	1.89
72119297--72119353	24	2.3	23	82	14	62	35	19	22	22	1.96
72121321--72121360	22	1.9	20	85	10	53	40	7	12	40	1.71
72126670--72126704	18	2.0	18	94	5	63	51	0	0	48	1.00
72132392--72132423	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
72140374--72140768	126	3.1	125	85	2	517	30	16	15	36	1.90
72140827--72140963	36	3.9	36	73	9	131	45	14	0	40	1.45
72140933--72140987	28	2.0	27	85	7	74	40	14	0	45	1.45
72140978--72141070	41	2.3	41	85	9	127	45	24	1	29	1.60
72141410--72141466	26	2.2	25	84	6	69	28	3	5	63	1.33
72142653--72142722	29	2.6	26	84	13	88	72	5	0	21	1.05
72156280--72156420	24	5.9	24	85	3	185	33	34	12	20	1.89
72156287--72156420	72	1.9	72	88	3	207	32	35	12	20	1.90
72157735--72157768	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
72161939--72161976	19	2.0	20	89	5	60	44	23	5	26	1.74
72162911--72162941	14	2.2	14	100	0	62	51	12	0	35	1.40
72164885--72165007	39	3.2	39	91	0	201	29	24	22	23	1.99
72172688--72172771	39	2.2	39	86	0	114	29	22	21	26	1.99
72174218--72174267	25	2.0	25	100	0	100	48	8	16	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72176762--72176809	21	2.3	20	89	3	69	35	18	4	41	1.70
72179452--72179496	10	4.5	10	86	8	65	66	0	2	31	1.04
72181609--72181658	20	2.4	21	83	3	57	30	4	0	66	1.10
72181753--72181801	9	5.4	9	80	9	64	69	0	0	30	0.89
72181753--72181805	27	2.0	27	92	0	88	69	0	0	30	0.88
72195377--72195438	30	2.1	30	100	0	124	38	9	16	35	1.81
72202530--72202607	9	8.3	9	90	7	120	55	19	2	23	1.55
72205013--72205082	24	2.8	25	86	6	97	28	15	24	31	1.96
72205015--72205105	24	3.9	23	85	7	96	30	17	23	28	1.97
72205014--72205140	23	5.5	22	77	14	96	32	18	22	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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