genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.153.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50286351--50286535	40	4.7	40	81	5	198	24	22	27	25	2.00
50286351--50286535	79	2.3	81	83	7	218	24	22	27	25	2.00
50286406--50286558	79	1.9	79	84	7	204	26	20	27	25	1.99
50287656--50287720	33	2.0	33	96	0	121	30	16	9	43	1.80
50292640--50292855	40	5.4	39	81	8	202	26	20	27	25	1.99
50300093--50300270	40	4.5	39	85	4	198	26	20	27	25	1.99
50300099--50300270	80	2.2	79	85	3	229	25	21	27	25	1.99
50300126--50300303	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
50302770--50302864	28	3.4	28	83	1	109	26	15	34	23	1.95
50302819--50302880	29	2.1	29	87	0	88	37	14	30	17	1.90
50303181--50303679	27	18.7	27	79	7	500	39	19	9	31	1.84
50303181--50303680	53	9.3	55	82	7	539	39	19	9	32	1.84
50303181--50303679	80	6.2	80	84	3	524	39	19	9	31	1.84
50303632--50303692	27	2.3	27	82	5	70	42	11	13	32	1.79
50303677--50303773	27	3.8	26	72	14	85	28	14	25	30	1.95
50303680--50303783	52	2.0	53	88	1	156	29	13	25	30	1.94
50306846--50306906	21	3.0	21	90	2	97	11	39	26	22	1.88
50308075--50308116	22	1.9	22	95	0	75	28	21	14	35	1.92
50323053--50323102	18	2.7	18	87	6	64	16	2	4	78	1.00
50323058--50323112	26	2.1	27	86	3	76	12	1	5	80	0.97
50327759--50327971	50	4.3	50	93	0	329	24	15	28	31	1.95
50327921--50328048	42	3.0	42	85	3	168	28	11	28	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50333247--50333315	15	4.7	15	79	15	81	60	18	13	7	1.55
50333490--50333555	33	2.0	33	90	0	105	50	15	7	27	1.71
50342207--50342364	68	2.3	68	96	0	289	24	29	14	31	1.94
50344842--50344891	24	2.1	24	100	0	100	52	4	16	28	1.61
50346533--50346757	49	4.5	49	86	2	288	24	17	27	30	1.97
50346526--50346765	99	2.4	100	83	2	304	24	18	27	29	1.98
50349776--50349831	15	3.8	14	83	4	67	12	16	16	55	1.70
50349776--50349842	30	2.3	29	84	7	91	10	16	16	56	1.66
50351975--50352206	49	4.7	49	83	2	266	25	17	27	29	1.98
50351982--50352206	99	2.3	101	82	2	267	26	17	26	29	1.97
50354890--50355102	50	4.3	49	88	3	257	25	12	26	36	1.91
50354890--50355102	99	2.1	100	85	5	270	25	12	26	36	1.91
50355008--50355170	42	3.7	43	79	9	152	28	12	25	32	1.93
50357929--50358105	40	4.4	40	81	4	189	24	22	25	26	2.00
50357929--50358105	80	2.2	80	85	5	225	24	22	25	26	2.00
50360204--50360302	50	1.9	52	87	4	148	33	14	14	38	1.86
50360198--50360322	50	2.4	50	80	11	146	34	15	13	36	1.86
50363664--50363750	28	3.1	29	79	11	99	32	22	13	31	1.93
50367767--50367811	21	2.1	22	83	4	56	17	24	2	55	1.53
50370127--50370205	20	4.0	20	69	12	63	37	22	29	10	1.87
50372790--50372978	75	2.5	75	99	0	369	36	17	7	38	1.78
50379682--50380052	185	2.0	184	90	0	589	31	7	16	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50383692--50383816	28	4.6	27	93	2	187	31	28	13	26	1.94
50383692--50383816	55	2.3	56	90	2	173	31	28	13	26	1.94
50398326--50398396	24	3.0	24	87	0	106	33	2	38	25	1.71
50399812--50399924	27	4.1	28	82	6	117	17	23	22	37	1.94
50400979--50401012	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
50408456--50408556	39	2.6	39	82	3	114	32	3	20	42	1.71
50409012--50409055	22	2.0	22	100	0	88	45	9	13	31	1.75
50411486--50411522	18	2.1	18	100	0	74	32	32	10	24	1.90
50412148--50412226	39	2.0	39	82	0	95	27	3	24	44	1.71
50417683--50417779	48	2.0	48	91	0	158	27	10	31	29	1.90
50419043--50419074	15	2.0	17	88	11	50	40	6	9	43	1.62
50419423--50419468	21	2.2	21	100	0	92	32	17	15	34	1.91
50424587--50424666	39	2.1	39	85	0	106	21	25	17	36	1.95
50428707--50428825	29	4.2	29	82	2	134	30	14	25	30	1.95
50432849--50432891	16	2.7	16	82	7	52	55	16	18	9	1.67
50433111--50433219	29	3.8	28	83	1	128	27	15	27	29	1.96
50434493--50434530	18	2.0	20	90	10	62	26	26	0	47	1.52
50440374--50440438	19	3.4	19	68	19	62	40	7	21	30	1.81
50440359--50440438	39	2.1	39	100	0	160	38	7	20	33	1.80
50440359--50440419	20	3.1	20	65	21	56	36	6	21	36	1.79
50440549--50440617	36	1.9	36	93	0	120	24	21	11	42	1.86
50449705--50449770	34	1.9	34	87	0	96	25	24	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50454629--50454701	34	2.1	34	82	9	87	28	21	21	27	1.99
50468639--50468670	15	2.1	15	94	0	55	34	6	18	40	1.76
50473978--50474015	12	3.2	12	100	0	76	26	7	34	31	1.85
50477305--50477433	49	2.6	49	84	4	154	29	20	26	24	1.99
50480235--50480401	27	6.2	27	86	0	201	34	17	20	26	1.95
50482778--50482957	36	5.5	36	66	22	144	27	11	27	33	1.91
50482733--50482983	63	4.0	63	99	0	493	26	11	27	34	1.90
50483523--50483753	38	6.1	38	90	0	354	16	22	26	33	1.95
50486689--50486876	40	4.7	40	84	3	193	21	22	28	27	1.99
50486687--50486888	80	2.5	80	80	6	232	21	22	28	27	1.99
50494334--50494511	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
50494355--50494510	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
50497397--50497513	40	2.9	40	83	3	137	20	23	29	27	1.99
50498848--50498927	37	2.2	37	84	4	99	27	30	17	25	1.97
50499058--50499298	47	5.2	47	90	1	360	26	31	10	31	1.90
50499191--50499267	25	3.2	25	64	23	65	28	29	7	33	1.85
50503606--50504576	40	24.3	40	99	0	1924	27	27	19	24	1.99
50506027--50506106	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
50506237--50506524	47	6.2	47	92	0	436	26	31	10	31	1.90
50506370--50506446	25	3.2	25	64	17	72	28	28	7	35	1.85
50506373--50506447	23	3.2	23	63	29	59	28	28	8	36	1.85
50517573--50517756	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50517573--50517756	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
50519039--50519063	11	2.3	11	100	0	50	28	40	8	24	1.83
50524535--50524664	47	2.8	47	88	4	183	26	14	25	33	1.94
50526932--50527060	42	3.0	42	78	15	124	30	24	15	29	1.96
50536618--50536681	13	4.9	13	76	0	74	31	7	23	37	1.83
50540125--50540277	30	5.1	30	90	0	225	28	27	20	23	1.99
50543774--50543892	46	2.6	46	89	2	177	42	13	24	20	1.88
50546148--50546195	26	2.0	26	84	12	66	64	12	8	14	1.49
50546215--50546255	21	1.9	22	90	5	66	58	7	12	21	1.58
50546264--50546316	25	2.2	23	83	12	63	58	1	11	28	1.43
50548843--50548991	47	3.2	47	83	4	167	30	28	16	23	1.96
50548872--50548991	47	2.6	45	86	5	168	30	26	16	25	1.97
50551943--50552039	48	2.0	48	100	0	194	41	10	20	27	1.85
50553607--50553823	40	5.5	40	90	2	314	22	28	24	24	1.99
50558758--50558935	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
50558779--50558934	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
50559417--50559443	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
50574483--50574607	46	2.7	46	92	2	198	30	28	20	20	1.98
50595236--50595260	13	1.9	13	100	0	50	48	20	8	24	1.76
50597273--50597339	19	3.7	18	74	7	55	40	10	7	41	1.67
50597443--50597626	67	2.7	67	100	0	368	58	16	6	17	1.59
50599598--50599821	47	4.7	49	78	8	189	24	28	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50600901--50600959	22	2.7	22	78	0	64	32	18	25	23	1.97
50601260--50601375	27	4.3	27	76	10	103	29	12	18	39	1.88
50601276--50601434	27	5.9	27	76	8	128	32	11	18	37	1.88
50608330--50608510	54	3.3	54	76	3	175	20	23	18	38	1.94
50610180--50610321	67	2.1	69	84	5	180	30	20	28	19	1.97
50611815--50611980	83	2.0	83	97	0	314	42	14	25	17	1.87
50614206--50614348	47	3.0	47	89	0	169	33	9	29	27	1.89
50614250--50614327	25	3.2	25	64	29	69	30	10	29	29	1.90
50629546--50629683	59	2.3	59	96	0	249	31	13	23	31	1.93
50632339--50632395	29	2.0	29	82	6	71	28	22	0	49	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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