genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88419429--88419500	23	3.1	23	95	0	126	31	19	20	27	1.97
88419552--88419590	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
88419553--88419597	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
88429020--88429093	31	2.4	31	86	4	105	18	35	27	18	1.95
88431880--88431921	21	2.0	21	95	0	75	33	28	7	30	1.84
88439313--88439346	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
88443226--88443296	35	2.0	35	86	0	97	36	21	19	22	1.95
88448279--88448354	37	2.1	37	89	0	116	42	15	9	32	1.79
88448930--88448985	23	2.4	23	77	22	64	48	1	1	48	1.22
88448930--88448984	21	2.5	22	80	19	62	49	1	1	47	1.23
88453768--88453833	28	2.2	28	82	12	80	56	1	0	42	1.08
88454006--88454059	26	2.0	27	82	10	67	35	18	3	42	1.68
88454311--88454357	24	2.0	24	87	8	69	48	0	0	51	1.00
88455595--88455644	3	16.7	3	82	0	64	30	0	36	34	1.58
88462783--88462966	68	2.7	68	81	2	190	26	22	15	35	1.94
88472675--88472706	12	2.7	12	100	0	64	21	34	18	25	1.96
88479905--88479952	21	2.2	22	82	10	55	27	6	6	60	1.45
88484178--88484205	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
88487274--88487329	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
88487263--88487329	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
88487378--88487523	25	6.0	24	85	10	190	29	19	21	29	1.98
88487378--88487525	47	3.0	49	86	9	196	29	19	20	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88497003--88497091	45	2.0	45	91	4	144	39	15	20	24	1.91
88498686--88498727	20	2.2	19	87	12	59	57	4	0	38	1.20
88499299--88499323	11	2.3	11	100	0	50	44	24	0	32	1.54
88500602--88500647	23	2.0	23	95	0	83	17	6	19	56	1.62
88513772--88514376	302	2.0	302	100	0	1210	34	26	11	27	1.91
88518589--88519140	40	13.8	40	87	5	771	28	26	22	22	1.99
88518598--88519140	120	4.5	120	98	0	1027	28	26	22	22	1.99
88522865--88522915	26	2.0	26	96	0	93	37	29	15	17	1.91
88525233--88525262	16	1.9	15	93	6	51	30	23	0	46	1.52
88525472--88525750	49	5.6	50	80	6	278	34	26	14	25	1.94
88525466--88525750	150	1.9	151	86	2	403	33	26	15	24	1.95
88525518--88525754	101	2.3	101	82	5	282	33	26	15	25	1.95
88528299--88528354	15	3.7	15	82	0	67	55	14	17	12	1.69
88540275--88540318	20	2.2	20	100	0	88	31	36	22	9	1.86
88541600--88541671	37	1.9	37	81	15	87	45	18	9	26	1.80
88542178--88542241	31	2.1	31	96	0	119	48	10	12	28	1.75
88553202--88553231	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
88553443--88553572	50	2.6	49	82	3	154	33	26	14	24	1.94
88559957--88559996	20	2.0	20	90	0	62	5	27	22	45	1.73
88562359--88562730	50	7.7	50	77	11	318	28	18	29	23	1.98
88562359--88562730	94	3.8	97	78	11	356	28	18	29	23	1.98
88566257--88566385	64	2.0	64	100	0	258	26	27	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88566349--88566394	22	2.1	22	95	0	83	30	19	15	34	1.93
88566422--88566519	49	2.0	49	100	0	196	44	18	4	32	1.68
88573583--88573628	22	2.1	22	95	0	83	30	19	15	34	1.93
88573651--88573760	54	2.0	54	100	0	220	46	16	3	33	1.64
88577039--88577133	48	2.0	48	91	0	154	24	20	14	41	1.89
88587945--88587977	17	1.9	17	93	0	57	54	12	15	18	1.71
88590577--88590634	29	2.0	29	83	6	73	27	29	10	32	1.90
88591252--88591375	62	2.0	62	91	0	203	32	20	8	37	1.84
88595445--88595523	37	2.1	37	83	4	97	26	29	18	25	1.98
88595642--88596221	47	12.4	47	80	9	571	29	28	10	32	1.89
88619591--88619693	40	2.6	40	92	0	161	22	23	27	27	1.99
88641578--88641646	19	3.8	19	70	21	67	30	14	40	14	1.86
88641575--88641639	33	2.0	33	100	0	130	29	15	43	12	1.83
88655107--88655465	46	7.8	46	96	0	612	22	23	15	38	1.92
88657519--88657574	21	2.6	21	70	10	51	37	3	5	53	1.41
88659685--88659944	99	2.8	92	81	9	262	27	18	30	24	1.98
88659593--88659950	47	7.6	47	73	14	269	26	19	30	23	1.98
88662610--88662647	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
88667346--88667752	50	8.6	48	79	10	310	28	17	30	23	1.97
88668800--88668863	31	2.1	31	90	0	101	34	17	18	29	1.94
88668934--88668972	21	1.9	21	89	5	62	12	38	25	23	1.90
88680470--88680600	66	2.0	66	95	0	235	19	38	19	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88681810--88681897	45	1.9	46	84	6	117	36	14	21	27	1.93
88687302--88687365	28	2.2	28	83	2	83	29	25	4	40	1.76
88687473--88687510	18	2.1	18	85	9	51	68	7	0	23	1.16
88687508--88687577	22	3.3	22	76	11	83	48	25	1	24	1.59
88688009--88688054	19	2.4	19	92	7	76	47	2	2	47	1.26
88688351--88688429	42	1.9	42	84	2	106	53	6	5	35	1.48
88691980--88692012	6	5.5	6	96	0	57	87	0	12	0	0.53
88694878--88694925	19	2.5	19	79	3	51	60	4	22	12	1.49
88695196--88695605	200	2.0	201	95	1	734	30	18	22	27	1.97
88705412--88705456	23	1.9	24	86	13	67	51	11	11	26	1.71
88707794--88707831	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
88712073--88712132	21	2.9	21	97	2	113	18	25	41	15	1.89
88713367--88713774	48	8.5	48	85	0	503	27	26	16	29	1.97
88713353--88713774	96	4.4	96	88	0	585	26	26	17	29	1.97
88713353--88713774	191	2.2	192	88	0	612	26	26	17	29	1.97
88715121--88715247	57	2.2	57	98	0	245	24	11	21	43	1.85
88719296--88719473	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
88719317--88719472	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
88728597--88728742	50	2.9	49	76	13	154	27	27	15	30	1.96
88730016--88730050	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
88731105--88731192	28	3.1	29	73	12	92	22	27	15	34	1.95
88731081--88731192	57	2.0	57	85	7	156	21	30	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88733155--88733242	28	3.1	29	73	12	92	22	27	15	34	1.95
88733131--88733242	57	2.0	57	85	7	156	21	30	17	30	1.96
88740614--88740645	15	2.0	17	88	11	50	25	21	18	34	1.96
88743867--88743898	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
88747837--88747893	30	1.9	30	82	13	73	28	5	14	52	1.62
88748903--88748956	26	2.1	25	86	3	72	25	14	14	44	1.84
88750170--88750295	24	5.3	24	80	5	103	20	23	17	38	1.93
88750170--88750270	24	4.2	24	85	6	107	18	24	16	39	1.91
88750170--88750295	47	2.6	47	74	6	119	20	23	17	38	1.93
88751681--88751774	29	3.3	29	81	11	113	28	27	15	27	1.97
88753388--88753450	30	2.1	30	87	0	90	25	4	15	53	1.61
88753574--88753606	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
88755604--88755728	29	4.4	29	84	3	164	24	12	31	32	1.92
88755604--88755721	57	2.1	57	85	3	157	24	12	31	31	1.93
88759043--88759192	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
88759067--88759250	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
88763677--88763710	13	2.6	13	100	0	68	41	11	8	38	1.73
88787678--88787712	13	2.7	13	95	0	61	20	22	45	11	1.82
88790937--88790964	14	2.0	14	100	0	56	21	0	28	50	1.49
88791111--88791144	15	2.3	15	89	0	50	14	0	38	47	1.45
88791000--88791151	7	21.3	7	78	6	81	21	0	37	40	1.54
88795038--88795184	43	3.4	43	86	0	206	24	17	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88803231--88803406	56	3.1	56	99	0	343	22	22	9	45	1.80
88809358--88809485	29	4.5	28	86	2	166	32	25	12	29	1.92
88809357--88809485	57	2.3	57	89	2	197	32	25	12	29	1.92
88815776--88815992	40	5.4	40	90	2	305	23	23	27	25	2.00
88827438--88827507	29	2.3	30	79	13	81	70	1	7	21	1.20
88827613--88827643	15	2.1	15	100	0	62	25	32	19	22	1.97
88829296--88829329	18	1.9	18	88	5	52	38	0	55	5	1.24
88834892--88835055	70	2.4	68	83	10	170	27	7	13	51	1.67
88834925--88835058	70	1.9	70	96	0	250	26	8	14	50	1.71
88838824--88838860	16	2.4	16	86	8	51	48	0	8	43	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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